View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16434_low_8 (Length: 384)

Name: NF16434_low_8
Description: NF16434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16434_low_8
NF16434_low_8
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (10-366)||(2929456-2929815)
chr6 (21-369)||(3003353-3003704)
chr6 (5-366)||(2964651-2965015)
chr6 (5-369)||(2937602-2937969)
chr6 (16-369)||(2927313-2927669)
chr6 (10-369)||(2974154-2974516)
chr6 (22-369)||(2996942-2997292)
chr6 (6-366)||(2658557-2658926)
chr6 (16-369)||(2952086-2952445)
chr6 (23-369)||(2934759-2935108)
chr6 (24-345)||(2983024-2983351)
chr6 (24-164)||(2978408-2978550)
chr6 (161-345)||(2979192-2979373)
chr6 (227-303)||(2985695-2985771)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (5-369)||(34811-35178)
scaffold0024 (78-337)||(44532-44791)
scaffold0024 (24-69)||(45123-45168)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (25-358)||(3339187-3339523)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-355)||(49613580-49613931)
chr3 (28-345)||(49618589-49618897)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 10 - 366
Target Start/End: Original strand, 2929456 - 2929815
Alignment:
Q  10 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggag 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  2929456 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggag 2929555  T
Q  107 ttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatat 206  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||  ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  2929556 ttcttgaaattcctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatat 2929655  T
Q  207 tcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2929656 tcttgattatgttactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaat 2929755  T
Q  307 cattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagt 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2929756 cattctgtggctaacatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagt 2929815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 3003704 - 3003353
Alignment:
Q  21 gagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003704 gagtgcaactgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaatt 3003605  T
Q  118 cctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatg 217  Q
    |||||||||||||||| ||||   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||   ||||||     
T  3003604 cctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattaccgattatc 3003505  T
Q  218 ttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggc 317  Q
     | || || |||||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||||    
T  3003504 gttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtgattctgtggc 3003405  T
Q  318 taacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||  |||||||||    
T  3003404 taacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttct 3003353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Original strand, 2964651 - 2965015
Alignment:
Q  5 agatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcggg 101  Q
    |||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||||    
T  2964651 agataatacatctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggg 2964750  T
Q  102 aggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |   ||||| ||||||  | | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  2964751 aggagttcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagtca 2964850  T
Q  202 tatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggag 301  Q
    ||||||  ||| |||||| || || |||||| ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||  ||||||||||||||  | ||||||    
T  2964851 tatattactgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggag 2964950  T
Q  302 acaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagt 366  Q
    | | | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||    
T  2964951 atagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagt 2965015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 5 - 369
Target Start/End: Original strand, 2937602 - 2937969
Alignment:
Q  5 agatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtgatt---tacttgaatggaggttttcggg 101  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||| | ||| ||||| ||    
T  2937602 agataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttcagg 2937701  T
Q  102 aggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||   ||||||  ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  2937702 aggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctcatgagtca 2937801  T
Q  202 tatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggag 301  Q
    ||||||  ||||||||||  | || |||||| |||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||  |||  |||||||||||||| || ||||||    
T  2937802 tatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttggag 2937901  T
Q  302 acaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
    ||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  2937902 acagtgattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttct 2937969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 369
Target Start/End: Original strand, 2927313 - 2927669
Alignment:
Q  16 ctacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttg 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  2927313 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 2927412  T
Q  113 aaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttga 212  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||   || ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||  |||    
T  2927413 aaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattactga 2927512  T
Q  213 ttatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattct 312  Q
    ||||  | || || |||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||  | |||||    
T  2927513 ttatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggagacggtgattct 2927612  T
Q  313 gtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||| || |||||  |||||||||    
T  2927613 gtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttct 2927669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 369
Target Start/End: Original strand, 2974154 - 2974516
Alignment:
Q  10 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggag 106  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  2974154 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggttttcgggaggag 2974253  T
Q  107 ttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatat 206  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||   ||||| ||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  2974254 ttcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatat 2974353  T
Q  207 tcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaat 306  Q
    | ||||||||  |  |||| |||||| ||||||||||||| ||| ||| | ||| |||||| ||| ||   | |||||| ||||| || ||||||||| |    
T  2974354 tattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttggagacagt 2974453  T
Q  307 cattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
     ||||||| |||| | | |||||||||||| |  ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  2974454 gattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttct 2974516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 22 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 2997292 - 2996942
Alignment:
Q  22 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |   ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2997292 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagttcttgaaattc 2997193  T
Q  119 ctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgt 218  Q
    ||   ||| | |||| |||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |  |||  ||||||  |||||||||    
T  2997192 cttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgt 2997093  T
Q  219 tactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggct 318  Q
    | || || |||||| ||||||||| ||||||||||| |  || |||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||    
T  2997092 ttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggct 2996993  T
Q  319 aacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||||||||||||    
T  2996992 aacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttct 2996942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 2658926 - 2658557
Alignment:
Q  6 gatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcg--- 99  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |   ||||||||| | |||||||||        
T  2658926 gatgatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcaaaa 2658827  T
Q  100 ---ggaggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatg 196  Q
       |||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||| | || |||  ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2658826 tcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttatg 2658727  T
Q  197 agtcctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtt 296  Q
    |||| ||||||  |||||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||  ||  |||||||||||||| || |    
T  2658726 agtcatatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggct 2658627  T
Q  297 tggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagt 366  Q
    |||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||  |||| ||||| ||||    
T  2658626 tggagacagtgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagt 2658557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 369
Target Start/End: Original strand, 2952086 - 2952445
Alignment:
Q  16 ctacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttg 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  2952086 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggaaggagttcttg 2952185  T
Q  113 aaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttga 212  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||  |||    
T  2952186 aaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtcatatattgctga 2952285  T
Q  213 ttatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggaga---caatcat 309  Q
    |||||||  | || |||||| | |||||||||||||||  || | ||| |||||| ||| ||  || ||||| || |||  | |||||||    | | ||    
T  2952286 ttatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggagaaagtagtgat 2952385  T
Q  310 tctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  2952386 tctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttct 2952445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 369
Target Start/End: Original strand, 2934759 - 2935108
Alignment:
Q  23 gtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 119  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934759 gtgcaactgaattgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 2934858  T
Q  120 tcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgtt 219  Q
    |||||||   ||||  ||| | || |||  ||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||   ||||||||||    
T  2934859 tcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgtt 2934958  T
Q  220 actattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggcta 319  Q
     || | ||||||| ||||||||||||||||| ||| || || |||||| ||| ||| ||||||||| | |||  | |||  || | | ||||||||||||    
T  2934959 gctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggcta 2935058  T
Q  320 acatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
    || |||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  2935059 acttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttct 2935108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 24 - 345
Target Start/End: Original strand, 2983024 - 2983351
Alignment:
Q  24 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 120  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |   ||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2983024 tgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2983123  T
Q  121 caattattagttggggatggcac---cgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatg 217  Q
    |||||| |||||   ||| | ||   ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2983124 caattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcattgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatg 2983223  T
Q  218 ttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggc 317  Q
    ||  | || |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||  ||||||| |||||   | ||||||||  ||| ||| ||||    
T  2983224 ttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggc 2983323  T
Q  318 taacatgtttaatggtctttgcaaaaat 345  Q
    || | |||||||||||||||||||||||    
T  2983324 tatcttgtttaatggtctttgcaaaaat 2983351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 24 - 164
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978550
Alignment:
Q  24 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  121 caattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatat 164  Q
    ||||||  ||||| |||||| ||||||  ||| |||||| ||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 161 - 345
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979373
Alignment:
Q  161 atatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcgga 260  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||   | |  | |||| |||||||||||| |||| ||| | |||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatgt---tgtcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  261 catacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaat 345  Q
     |||||| ||| ||   ||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaat 2979373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 227 - 303
Target Start/End: Original strand, 2985695 - 2985771
Alignment:
Q  227 tggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagac 303  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||    
T  2985695 tggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttcagaaccaaatactggaaaattggtttcgagac 2985771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 35178 - 34811
Alignment:
Q  5 agatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcggg 101  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||   ||||||||| | | |||||||||     
T  35178 agataatacatctaccgagtgcaactcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggttttcgga 35079  T
Q  102 aggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcc 201  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35078 aggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtca 34979  T
Q  202 tatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggag 301  Q
    ||||||  ||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||   |||  | ||||||    
T  34978 tatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttggag 34879  T
Q  302 acaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttct 369  Q
    ||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  34878 acagtgattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttct 34811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 78 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 44791 - 44532
Alignment:
Q  78 tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggag 177  Q
    ||||||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||  || ||  |||    | |||  ||| ||| | |||||| ||||| |||||    
T  44791 tttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatatggttgctatggag 44692  T
Q  178 cagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaag 277  Q
     ||| |||||||||| |||| || |||||| || |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || |||| | ||| ||       
T  44691 tagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcggagca 44592  T
Q  278 aaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtcttt 337  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||| |||||    
T  44591 aaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatgatcttt 44532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 45168 - 45123
Alignment:
Q  24 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacact 69  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  45168 tgcaaatgagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaccact 45123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 25 - 358
Target Start/End: Original strand, 3339187 - 3339523
Alignment:
Q  25 gcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 121  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339187 gcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 3339286  T
Q  122 aattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttac 221  Q
    |||||  |||||  ||||| ||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  3339287 aattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgc 3339386  T
Q  222 tattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggctaac 321  Q
    | || |||||||||||||||||||| ||| ||| | ||| |||||| || |||  |||||||| |||||| || ||| ||||| | |||||||||||||     
T  3339387 ttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaa 3339486  T
Q  322 atgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattcta 358  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  3339487 ttgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattcta 3339523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 355
Target Start/End: Original strand, 49613580 - 49613931
Alignment:
Q  7 atgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggag 103  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | ||||||||| |||     
T  49613580 atgaaacatctacagagtgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggac 49613679  T
Q  104 gagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtccta 203  Q
    | ||||||||||||||||||||   ||||| |||| | || |||  ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||    
T  49613680 gggttcttgaaattcctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtccta 49613779  T
Q  204 tattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagac 303  Q
     |||   ||||||||| || || ||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||  |||||||||  ||| || |||| ||     
T  49613780 cattacggattatgttgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggat 49613879  T
Q  304 aatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacatt 355  Q
    | | |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| |||||    
T  49613880 agtgattctgtggctaacttgtttaatagtctttggaaaaatgttacacatt 49613931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Original strand, 49618589 - 49618897
Alignment:
Q  28 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaat 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     ||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  49618589 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaat 49618688  T
Q  125 tattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttactat 224  Q
    ||  ||||| |||  | |||| | |||||||| |||||||| ||||||           ||||||||| |||| |||||||||  ||||||| || || |    
T  49618689 taagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgctt-----------cattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgt 49618776  T
Q  225 tatggatttccttataaatactggtaaggaagcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaatgggtttggagacaatcattctgtggctaacatg 324  Q
    | |||||| |||||||||||  |||| ||| ||||| |||||| |||||| || ||||| ||| |||  | ||| ||||| | |||||||||| ||| ||    
T  49618777 tttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaacttg 49618876  T
Q  325 tttaatggtctttgcaaaaat 345  Q
    | |||||||||||| ||||||    
T  49618877 tataatggtctttggaaaaat 49618897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University