View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1643_high_26 (Length: 441)

Name: NF1643_high_26
Description: NF1643
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1643_high_26
NF1643_high_26
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (19-403)||(15874102-15874486)
chr8 (19-403)||(15899583-15899967)
chr8 (19-403)||(15920611-15920995)
chr8 (19-404)||(14060516-14060901)
chr8 (70-404)||(14049145-14049479)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 15874486 - 15874102
Alignment:
Q  19 tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||||    
T  15874486 tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgttcaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat 15874387  T
Q  119 tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15874386 tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatgccaaaaaaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaaagattgaag 15874287  T
Q  219 ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  15874286 ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt 15874187  T
Q  319 gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagat 403  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||   |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  15874186 gctacactttatgggaaatgttgatgaccaatgcccgaatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagat 15874102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Original strand, 15899583 - 15899967
Alignment:
Q  19 tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||||    
T  15899583 tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat 15899682  T
Q  119 tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  15899683 tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctgattatggcaaaaaaattgataaagatgctaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaag 15899782  T
Q  219 ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt 318  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  15899783 ataatattgaagatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt 15899882  T
Q  319 gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagat 403  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  15899883 gctacactttatggaaaatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagat 15899967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Original strand, 15920611 - 15920995
Alignment:
Q  19 tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||||    
T  15920611 tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat 15920710  T
Q  119 tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  15920711 tacaagcttctatggacatcaatatttgttgcttattatggcaaaaaaattgataaagatgttaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaag 15920810  T
Q  219 ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt 318  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  15920811 ataatattgaatatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt 15920910  T
Q  319 gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagat 403  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  15920911 gctacactttatggaaaatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagat 15920995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 14060901 - 14060516
Alignment:
Q  19 tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat 118  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||| || |||| ||||||||||||||     
T  14060901 tttgcgacaaaatgaaagattttataagtattgctcaccaaagattatatcatttggtccgatccatcacaataataaatgtcttaaagaaggagagcag 14060802  T
Q  119 tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag 218  Q
    ||||| ||||||||||| || | |||| |||   | |||||||||  |||  || |||||| |||| ||||||| || ||||||||||| | ||||||||    
T  14060801 tacaaacttctatggacctctacatttcttgaggaatatggcaaagaaatcaatcaagatggtaaccaagcatgcaaacttttgcttaacaagattgaag 14060702  T
Q  219 ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt 318  Q
    ||||||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||    
T  14060701 ataatattgaagaattgaagaacatgttcactgaagatgcaattgaaggattcaatgacaatgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttcctt 14060602  T
Q  319 gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatg 404  Q
    |||||| || |||| |||||| ||||||||  | || || |  ||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||    
T  14060601 gctacatttcatgggaaatgtcgatgaccaatatcccgaagggctaaatcttaagtttgaccaattgatgtatatatggagagatg 14060516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 70 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 14049479 - 14049145
Alignment:
Q  70 atttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcattacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaatt 169  Q
    ||||||||| || |||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||   | |||||||||  |||     
T  14049479 atttggtcccatccatcacaatagtgaatgtcttaaagaaggagagcattacaagcttctgtggacatctacatttgttgaggaatatggcaaacaaatc 14049380  T
Q  170 gataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggct 269  Q
     || ||||||   || |||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||||| | |  ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  14049379 aatcaagatggccaccaagcctgcaaacttttgcttaacaagattgaagataatattgtagaattgaagaacatgttcacggaagatgcaattgaaggat 14049280  T
Q  270 acaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatct 369  Q
     |||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||||| |||||| ||||||||  | || || |  ||||||||    
T  14049279 tcaatgacaacgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttccttgctgcattttatggaaaatgtcgatgaccaatatcctgaagggctaaatct 14049180  T
Q  370 taagtttgaccgacttatgtacatatggagagatg 404  Q
    ||||||||| | | | |||||||||||||||||||    
T  14049179 taagtttgatcaattgatgtacatatggagagatg 14049145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University