View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1643_high_57 (Length: 347)

Name: NF1643_high_57
Description: NF1643
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1643_high_57
NF1643_high_57
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (11-336)||(16874059-16874384)
chr6 (11-336)||(16580199-16580524)
chr6 (11-336)||(16614856-16615181)
chr6 (43-275)||(16572274-16572506)
chr6 (11-213)||(16977491-16977692)
chr6 (70-127)||(16691581-16691638)
chr6 (249-296)||(16977712-16977759)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (11-336)||(11196-11521)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-296)||(21628996-21629274)
chr2 (19-271)||(233679-233932)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-265)||(48298795-48299042)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-271)||(7391563-7391816)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 16874384 - 16874059
Alignment:
Q  11 aagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16874384 aagaagcattgtgacaaccatgacatgatccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagtggctgaaattcttac 16874285  T
Q  111 tgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16874284 tgatgatcttacgcttcacgtcaggaacattggctgcaatattgaaaacttccaatagcataacagatattagatacactgattccagtagctaaagatt 16874185  T
Q  211 tatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgcttag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  16874184 tatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttccggaaagataagaaaataaagagttaattgttacgttaaataaacgcatgcttag 16874085  T
Q  311 ctaagcaacaatttacaaaagtgatg 336  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  16874084 ctaagcaacaaattacaaaagagatg 16874059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 16580524 - 16580199
Alignment:
Q  11 aagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  16580524 aagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaacattttcgggaggacagttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagcgactgaaattcttac 16580425  T
Q  111 tgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16580424 tgatgatcttacgcttcacgtcatgaacattagctgcaatattgaaaacttccaatagcataacagatattagatacactgattccagtagctaaagatt 16580325  T
Q  211 tatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgcttag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16580324 tatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttgatttcaacctttccggaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgcttag 16580225  T
Q  311 ctaagcaacaatttacaaaagtgatg 336  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||    
T  16580224 cttagcaacaaattacaaaagagatg 16580199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 16614856 - 16615181
Alignment:
Q  11 aagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  16614856 aagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaacattttcgggaggacagttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagcgactgaaattcttac 16614955  T
Q  111 tgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16614956 tgatgatcttacgcttcacgtcatgaacattagctgcaatattgaaaacttccaatagcataacagatattagatacactgattccagtagctaaagatt 16615055  T
Q  211 tatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgcttag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16615056 tatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttgatttcaacctttccggaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgcttag 16615155  T
Q  311 ctaagcaacaatttacaaaagtgatg 336  Q
    || |||||||| ||||||||| ||||    
T  16615156 cttagcaacaaattacaaaagagatg 16615181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 43 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 16572506 - 16572274
Alignment:
Q  43 taacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatg 142  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16572506 taacatttttgggagaaccgttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagcgactgaaattcttactgatgatcttacgcttcacgtcatgaatattg 16572407  T
Q  143 gctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttc 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16572406 gctgcaatattgaaaacttccaatagcatatcagatattagatacactgattccagtagctaaagatttatgtgcatacgatatggcatctgtcggcttc 16572307  T
Q  243 tttccaacctttcctgaaagataagtaaataaa 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16572306 tttccaacctttcctgaaagataagtaaataaa 16572274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 213
Target Start/End: Original strand, 16977491 - 16977692
Alignment:
Q  11 aagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttac 110  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||  ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||  |||     ||||||| ||     
T  16977491 aagaagccttgttacaaccatgacatgatccttaacattttctggtagaccgctgaattttgtttatcactgatctcgaaaaagcaatggaaattcgtat 16977590  T
Q  111 tgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatt 210  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | |||||||| ||| | || ||| || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||  |||||    
T  16977591 tgatgatcttatgcttcgcgtcttgaacattggctgcattatgggaa-cttgcattagcatagaagatattatatacactgattccaggagctcaagatt 16977689  T
Q  211 tat 213  Q
    |||    
T  16977690 tat 16977692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 127
Target Start/End: Original strand, 16691581 - 16691638
Alignment:
Q  70 ttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgatcttacgcttc 127  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||| |||||    
T  16691581 ttttttgtcaccgatctcgagcaagcgatggaaattcttactgatgatcttatgcttc 16691638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 249 - 296
Target Start/End: Original strand, 16977712 - 16977759
Alignment:
Q  249 acctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaat 296  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  16977712 acctttcctaaaagataagtaaataaagagttaacttttattttaaat 16977759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 11196 - 11521
Alignment:
Q  11 aagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgtttttt-gtcacggatctcgagcaagtggctgaaattctta 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |   |||||| |||    
T  11196 aagaagccttgtgacaaccatgacatgatccttaacattt-caggaggaccgttgaatgtttttttgtcactgatctcgagcaagcgaaggaaattgtta 11294  T
Q  110 ctgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagat 209  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||||| | ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| | || || |  ||||    
T  11295 ctgatgatcttatgcttcgcatcatgaacattggctgcaatattgggaacttccagtagcatagcagatactagatacactgatcctaggagatcgagat 11394  T
Q  210 ttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgctta 309  Q
    |||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11395 ttatatgcatatgatatggcatctgcatgcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgctta 11494  T
Q  310 gctaagcaacaatttacaaaagtgatg 336  Q
    | | |||||| | ||||||||| ||||    
T  11495 ggttagcaacgaattacaaaagagatg 11521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 21629274 - 21628996
Alignment:
Q  19 ttgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgtt-ttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgat 117  Q
    |||||||| |||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  21629274 ttgtgacagccataacatgatccctaacattttcaggaggaccgttgaatgttcttttgtcacttatctcgagcaagcgatggaaattcttactgatgat 21629175  T
Q  118 cttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgc 217  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| || ||||  |||||||| |||    
T  21629174 cttacgcttcgtgtcatgaatattggctgccatattgggaacttccaataccatagcagatatgagatacactgattcaaggagctcaagatttatatgc 21629075  T
Q  218 atatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaat 296  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  21629074 atatgatatggcatcagccggcttctttccaacaattcctgaaatataaggaaaaaaagagttaattgtgatgttaaat 21628996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Original strand, 233679 - 233932
Alignment:
Q  19 ttgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttt-tttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgat 117  Q
    ||||| || |||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  233679 ttgtggcagccataacatgatccctgacagtttcaggaggaccggtgaatgtttgtttctcactgacctcaagcaagcggcggaaattcttactgatgat 233778  T
Q  118 cttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgc 217  Q
    |||||||||  | ||||||| | ||||||| || ||   ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||    
T  233779 cttacgcttagcatcatgaacattggctgccatgtttggaacttccagcagcatagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaagatttatatgc 233878  T
Q  218 atatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaa 271  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  233879 atatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagataattaaa 233932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 8e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 265
Target Start/End: Original strand, 48298795 - 48299042
Alignment:
Q  19 ttgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttt-tttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgat 117  Q
    ||||| || |||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  48298795 ttgtggcagccataacatgatccctgacagtttcaggaggaccggtgaatgtttgtttctcactgacctcaagcaagcggcggaaattcttactgatgat 48298894  T
Q  118 cttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgc 217  Q
    |||||||||  | ||||||| | ||||||| || |||  ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||    
T  48298895 cttacgcttagcatcatgaacattggctgccatgttgggaacttccagcagcatagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaagatttatatgc 48298994  T
Q  218 atatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagata 265  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  48298995 atatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagata 48299042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 7391816 - 7391563
Alignment:
Q  19 ttgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttt-tttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgat 117  Q
    ||||| || |||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | || ||| |||||| | | ||||||||||||||||||    
T  7391816 ttgtggcagccataacatgatccctgacagtttcaggaggaccggtgaatgtttgtttctcgctgacctcaagcaagcgtcggaaattcttactgatgat 7391717  T
Q  118 cttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgc 217  Q
    |||||||||  | ||||||| | ||||||| || |||  ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||    
T  7391716 cttacgctttgcatcatgaacattggctgccatgttgggaacttccagcagcatagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaagatttatatgc 7391617  T
Q  218 atatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaa 271  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7391616 atatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagataattaaa 7391563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University