View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1643_high_7 (Length: 595)
Name: NF1643_high_7
Description: NF1643
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1643_high_7 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 15874486 - 15873918
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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| T |
15874486 |
tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgttcaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat |
15874387 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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| T |
15874386 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatgccaaaaaaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaaagattgaag |
15874287 |
T |
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| Q |
219 |
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318 |
Q |
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| T |
15874286 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt |
15874187 |
T |
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| Q |
319 |
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418 |
Q |
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| T |
15874186 |
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15874087 |
T |
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| Q |
419 |
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517 |
Q |
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| T |
15874086 |
aatcaacttcccaagaataatgcttgagattctatgcgaagaaatgggtattgatttggaatttttaattaacaattcttttgatatgggtgaatccaaa |
15873987 |
T |
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| Q |
518 |
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583 |
Q |
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| T |
15873986 |
cgacttggaatggtaatagtcaaattggaaaatcctaagccctttcatatacttgattttgctcgttca |
15873918 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Original strand, 15899583 - 15900150
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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15899583 |
tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat |
15899682 |
T |
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| Q |
119 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag |
218 |
Q |
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| T |
15899683 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctgattatggcaaaaaaattgataaagatgctaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaag |
15899782 |
T |
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| Q |
219 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt |
318 |
Q |
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| T |
15899783 |
ataatattgaagatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt |
15899882 |
T |
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| Q |
319 |
gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggag |
418 |
Q |
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| T |
15899883 |
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15899982 |
T |
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| Q |
419 |
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518 |
Q |
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| T |
15899983 |
aatcaacttccaaaaataatgcttgagattctatgcgaagaaacgagtgttgatttggattttttaattaacaattcttttgcaatgggtgcatgcaaac |
15900082 |
T |
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| Q |
519 |
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583 |
Q |
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| T |
15900083 |
gacttggaatggcaatgctccaattggaaaatcataagccctttcatttacttgattttggtcgttca |
15900150 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 584
Target Start/End: Original strand, 15920611 - 15921179
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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| T |
15920611 |
tttgcggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcat |
15920710 |
T |
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| Q |
119 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag |
218 |
Q |
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| T |
15920711 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgcttattatggcaaaaaaattgataaagatgttaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaag |
15920810 |
T |
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| Q |
219 |
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318 |
Q |
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| T |
15920811 |
ataatattgaatatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttcttt |
15920910 |
T |
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| Q |
319 |
gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggag |
418 |
Q |
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| T |
15920911 |
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15921010 |
T |
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| Q |
419 |
aaccaacttccaaacaaaatgcttgagattctatgcgaagaaacaggtattgatttggtttatttatctaacaattatggtgatatgggtagaggcaaac |
518 |
Q |
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| T |
15921011 |
aaccagcttccaaacaaaatgcttgagattctatgcaaagaagcgggttatgatttgggatttttaattaacaattatgataatttgggtcgaggtaaac |
15921110 |
T |
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| Q |
519 |
gacttggaatggtaatggtccaattgg---atgctaagccctttcatatacttgattttactcgttcat |
584 |
Q |
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| T |
15921111 |
gatgcggaatggtaatggttcaattggaaaatactaagccctgtcatctactcgattttgctcgttcat |
15921179 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 14060901 - 14060445
Alignment:
| Q |
19 |
tttgcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcat |
118 |
Q |
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| T |
14060901 |
tttgcgacaaaatgaaagattttataagtattgctcaccaaagattatatcatttggtccgatccatcacaataataaatgtcttaaagaaggagagcag |
14060802 |
T |
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| Q |
119 |
tacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaag |
218 |
Q |
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| T |
14060801 |
tacaaacttctatggacctctacatttcttgaggaatatggcaaagaaatcaatcaagatggtaaccaagcatgcaaacttttgcttaacaagattgaag |
14060702 |
T |
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| Q |
219 |
ataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttcttt |
318 |
Q |
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| T |
14060701 |
ataatattgaagaattgaagaacatgttcactgaagatgcaattgaaggattcaatgacaatgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttcctt |
14060602 |
T |
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| Q |
319 |
gctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggag |
418 |
Q |
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| T |
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14060502 |
T |
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| Q |
419 |
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475 |
Q |
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| T |
14060501 |
aaccaacttccataccaaatgcttgagattatatgcaatgaaagaggcattgatttg |
14060445 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 70 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 14049479 - 14049074
Alignment:
| Q |
70 |
atttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcattacaagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaatt |
169 |
Q |
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| T |
14049479 |
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14049380 |
T |
|
| Q |
170 |
gataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagataatattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggct |
269 |
Q |
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| T |
14049379 |
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14049280 |
T |
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| Q |
270 |
acaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatct |
369 |
Q |
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| T |
14049279 |
tcaatgacaacgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttccttgctgcattttatggaaaatgtcgatgaccaatatcctgaagggctaaatct |
14049180 |
T |
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| Q |
370 |
taagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatattgctggagaaccaacttccaaacaaaatgcttgagattctatgcgaagaaacaggtatt |
469 |
Q |
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| T |
14049179 |
taagtttgatcaattgatgtacatatggagagatgttaagttgttggagaaccaacttccataccaaatgcttgagattatatgcaatgcaagaggcatt |
14049080 |
T |
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| Q |
470 |
gatttg |
475 |
Q |
| |
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| T |
14049079 |
gatttg |
14049074 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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