View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1643_high_72 (Length: 323)

Name: NF1643_high_72
Description: NF1643
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1643_high_72
NF1643_high_72
[»] chr6 (44 HSPs)
chr6 (33-302)||(26143511-26143780)
chr6 (37-266)||(25483706-25483935)
chr6 (37-296)||(25580369-25580628)
chr6 (35-266)||(25539188-25539419)
chr6 (37-296)||(26056569-26056828)
chr6 (37-296)||(26076539-26076798)
chr6 (37-300)||(26862227-26862490)
chr6 (35-280)||(26656610-26656855)
chr6 (35-280)||(26762581-26762826)
chr6 (35-300)||(26647124-26647389)
chr6 (35-300)||(26753092-26753357)
chr6 (35-296)||(26884715-26884976)
chr6 (40-300)||(27337367-27337627)
chr6 (40-300)||(27398107-27398367)
chr6 (35-288)||(28786883-28787136)
chr6 (35-288)||(27717783-27718036)
chr6 (35-288)||(27610404-27610657)
chr6 (35-288)||(28793004-28793257)
chr6 (35-283)||(28781746-28781994)
chr6 (138-296)||(25511640-25511798)
chr6 (35-288)||(27603988-27604241)
chr6 (35-218)||(25492673-25492856)
chr6 (35-297)||(27530576-27530838)
chr6 (35-204)||(27215097-27215266)
chr6 (46-266)||(27705710-27705930)
chr6 (43-266)||(26623924-26624147)
chr6 (43-266)||(26729901-26730124)
chr6 (46-266)||(26803102-26803322)
chr6 (46-240)||(27426944-27427138)
chr6 (35-266)||(31285204-31285435)
chr6 (35-240)||(26824464-26824669)
chr6 (46-288)||(27679606-27679848)
chr6 (35-240)||(27697918-27698123)
chr6 (33-204)||(27592389-27592560)
chr6 (46-204)||(27676988-27677146)
chr6 (37-92)||(25511585-25511640)
chr6 (150-233)||(28140295-28140378)
chr6 (151-227)||(26937790-26937866)
chr6 (158-240)||(28097775-28097857)
chr6 (139-204)||(26849461-26849526)
chr6 (133-221)||(28243538-28243626)
chr6 (158-240)||(26950511-26950593)
chr6 (139-204)||(26975700-26975765)
chr6 (149-221)||(29843338-29843410)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (35-288)||(8132-8385)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (35-288)||(12959-13212)
scaffold0277 (35-288)||(3996-4249)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (35-288)||(18698680-18698933)
chr4 (35-288)||(18678840-18679093)
chr4 (46-288)||(18723365-18723607)
chr4 (46-288)||(18730784-18731026)
chr4 (46-288)||(18654757-18654999)
chr4 (46-240)||(18074417-18074611)
chr4 (133-241)||(5090284-5090392)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (35-291)||(28126956-28127212)
chr1 (43-241)||(28163706-28163904)
chr1 (35-240)||(267672-267877)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (35-240)||(2871-3076)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (35-288)||(29273122-29273375)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (46-240)||(60225-60419)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (141-240)||(3280410-3280509)
chr2 (135-240)||(17992547-17992652)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (141-240)||(16691618-16691717)
[»] scaffold0038 (1 HSPs)
scaffold0038 (133-221)||(43700-43788)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 44)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 33 - 302
Target Start/End: Original strand, 26143511 - 26143780
Alignment:
Q  33 aaatgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactt 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143511 aaatgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaagaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactt 26143610  T
Q  133 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagag 232  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26143611 tttggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagag 26143710  T
Q  233 agaattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaacca 302  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143711 agaattcaagtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaacca 26143780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 37 - 266
Target Start/End: Original strand, 25483706 - 25483935
Alignment:
Q  37 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatg 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25483706 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttg 25483805  T
Q  137 gtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25483806 gtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttcttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 25483905  T
Q  237 ttcaagtcataataaactgaaacatctcca 266  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25483906 ttcaagtcataataacctgaaacatctcca 25483935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 37 - 296
Target Start/End: Original strand, 25580369 - 25580628
Alignment:
Q  37 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatg 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  25580369 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgtggtccacatggtaggactttatg 25580468  T
Q  137 gtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25580469 gtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagat 25580568  T
Q  237 ttcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaatt 296  Q
    ||||| || ||||||  |||||||||||||  |  |||||||||||| || |||||||||    
T  25580569 ttcaattcttaataacttgaaacatctccattattatctccttttaataatagttaaatt 25580628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 35 - 266
Target Start/End: Original strand, 25539188 - 25539419
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539188 atgtggccaaataccctgttggattacagtccccaatagaacaagtgaaattgcttcttgacttgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 25539287  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539288 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttgttgctgatcaatttgaagttgtatgttttcttcataatgtcagagag 25539387  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctcca 266  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  25539388 aattcaagtcataataacttgaaacatctcca 25539419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 37 - 296
Target Start/End: Original strand, 26056569 - 26056828
Alignment:
Q  37 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatg 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  26056569 gtagccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttg 26056668  T
Q  137 gtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 236  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26056669 gtaccggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 26056768  T
Q  237 ttcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaatt 296  Q
    ||||| || ||| ||  |||||||||||||| |  | ||||||| || || |||||||||    
T  26056769 ttcaactcttaagaacttgaaacatctccagaagaagctcctttcaaaaatagttaaatt 26056828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 37 - 296
Target Start/End: Original strand, 26076539 - 26076798
Alignment:
Q  37 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatg 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  26076539 gtagccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttg 26076638  T
Q  137 gtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 236  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26076639 gtaccggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 26076738  T
Q  237 ttcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaatt 296  Q
    ||||| || ||| ||  |||||||||||||| |  | ||||||| || || |||||||||    
T  26076739 ttcaactcttaagaacttgaaacatctccagaagaagctcctttcaaaaatagttaaatt 26076798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 37 - 300
Target Start/End: Original strand, 26862227 - 26862490
Alignment:
Q  37 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatg 136  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || | ||| | |||||||||||||||||    
T  26862227 gtagccaaataccctgttggattaaagtcccgagtagaacaagtgaaattgcttcttgatatggaatctgatgaaggggtacacatggtaggactttatg 26862326  T
Q  137 gtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaa 236  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  26862327 gtactggaggcatggggaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttgttgccgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataaagttagagagaa 26862426  T
Q  237 ttcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaac 300  Q
    ||||| ||||||||   |||||||||||||| | || || ||||||| ||||||||||||||||    
T  26862427 ttcaactcataatagcttgaaacatctccagaaggagcttcttttaaaaacagttaaattgaac 26862490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 35 - 280
Target Start/End: Original strand, 26656610 - 26656855
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  26656610 atgttgccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggacttta 26656709  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26656710 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagag 26656809  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttt 280  Q
    ||||||  |||||||||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  26656810 aattcagctcataataatttgaaacatctccaggaggagctccttt 26656855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 35 - 280
Target Start/End: Original strand, 26762581 - 26762826
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  26762581 atgttgccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggacttta 26762680  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26762681 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagag 26762780  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttt 280  Q
    ||||||  |||||||||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  26762781 aattcagctcataataatttgaaacatctccaggaggagctccttt 26762826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 26647124 - 26647389
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||| || | |||||  ||||||||||||||    
T  26647124 atgtagccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggacttta 26647223  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26647224 tggtactggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagag 26647323  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaac 300  Q
    ||||||  |||||||||  |||||||||||||| | || ||||||| || |||||||||| |||||    
T  26647324 aattcagctcataataacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttaaagtgaac 26647389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 35 - 300
Target Start/End: Original strand, 26753092 - 26753357
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||| || | |||||  ||||||||||||||    
T  26753092 atgtagccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggacttta 26753191  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26753192 tggtactggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagag 26753291  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaac 300  Q
    ||||||  |||||||||  |||||||||||||| | || ||||||| || |||||||||| |||||    
T  26753292 aattcagctcataataacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttaaagtgaac 26753357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 35 - 296
Target Start/End: Original strand, 26884715 - 26884976
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| | |||||||||||||| | ||  ||| | || | ||| | |||||||||| ||||    
T  26884715 atgtagccaaataccctgttggattacagtaccgagtacaacaattaaaattgcttcttgataaggaatctaacgaaggggtacacatggtaggaattta 26884814  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  26884815 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattatgttgctgatcaatttgaatgtgtatgttttctgcataaagtcagggag 26884914  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaatt 296  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||    
T  26884915 aattcaactcataataacttgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacaattaaatt 26884976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27337627 - 27337367
Alignment:
Q  40 gccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggta 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||   ||  ||||| || | ||||  ||||||||||||||||||||    
T  27337627 gccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggta 27337528  T
Q  140 ctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattc 239  Q
    || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  27337527 ctagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattc 27337428  T
Q  240 aagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaac 300  Q
    |  || ||| ||  |||||||||||||| | || ||||||| || ||||||| || |||||    
T  27337427 agctcgtaaaaacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttcaactgaac 27337367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27398367 - 27398107
Alignment:
Q  40 gccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggta 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||   ||  ||||| || | ||||  ||||||||||||||||||||    
T  27398367 gccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggta 27398268  T
Q  140 ctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattc 239  Q
    || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  27398267 ctagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattc 27398168  T
Q  240 aagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaac 300  Q
    |  || ||| ||  |||||||||||||| | || ||||||| || ||||||| || |||||    
T  27398167 agctcgtaaaaacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttcaactgaac 27398107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Original strand, 28786883 - 28787136
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  28786883 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggacttta 28786982  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  28786983 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 28787082  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  |   |||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||    
T  28787083 aattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggtgctccttttaaaaaca 28787136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27718036 - 27717783
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  27718036 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggacttta 27717937  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  27717936 tggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 27717837  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||| |   |||||| |||||||||| ||| | || |||||||||| ||||    
T  27717836 aattcaacttcaaataaattgaaacatcttcagaaggagctccttttaaaaaca 27717783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27610657 - 27610404
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| | | || || ||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  27610657 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcaagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggacttta 27610558  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  27610557 tggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 27610458  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||| |   |||||| |||||||||| ||||| || |||||||||| ||||    
T  27610457 aattcaacttcaaataaattgaaacatcttcaggaggagctccttttaaaaaca 27610404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Original strand, 28793004 - 28793257
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  28793004 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggacttta 28793103  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  28793104 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 28793203  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    | ||||  |   |||| | |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||    
T  28793204 agttcagcttcaaatagattgaaacatctccaggaggtgctccttttaaaaaca 28793257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 35 - 283
Target Start/End: Original strand, 28781746 - 28781994
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||     || | |||  |||  ||| | ||||||||||||||    
T  28781746 atgttgccaattaccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatcgcttcttggtgaaggatatgataatggagtcaggatggtaggacttta 28781845  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  28781846 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgtaaaagcagtttataacttaattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 28781945  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaa 283  Q
    ||||||  |   |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  28781946 aattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctccttttaa 28781994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 138 - 296
Target Start/End: Original strand, 25511640 - 25511798
Alignment:
Q  138 tactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaat 237  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25511640 tactagaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaat 25511739  T
Q  238 tcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaatt 296  Q
    |||| || ||| ||  |||||||||||||| |  | ||||||| || || |||||||||    
T  25511740 tcaactcttaagaacttgaaacatctccagaagaagctcctttcaaaaatagttaaatt 25511798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27604241 - 27603988
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| || ||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  27604241 atgttgccaattatcctattggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatctcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggacttta 27604142  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  27604141 tggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 27604042  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  |   |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  27604041 aattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctccttttaaaaaca 27603988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 35 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 25492856 - 25492673
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||| ||   ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  25492856 atgttgccaaataccctgttggattacaatcccgagtacaacacgtgaaattgcttctagatgaggtatctgaggatgagttccacatggtaggacttta 25492757  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttct 218  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || | ||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25492756 tggtactggaggcttaggtaaatcaacacttgcaaaatcaatctataacttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 25492673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 35 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 27530838 - 27530576
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  || ||||||       ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  27530838 atgttgccaaatatcctgttggattacagtcccgagtacaacatgtgaaagggcatcttgatgaaaaatctgatgatgaggtccacatggtaggacttta 27530739  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||  | ||||||||||  | ||||| |||| |    
T  27530738 tggtactggaggcataggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagttttatgttttctagaaaatgtgagagtg 27530639  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattg 297  Q
    ||||| | |    ||||  ||||||||||||| ||  | |||||||||| |||||||| ||||    
T  27530638 aattcgacttcagataacttgaaacatctccaagagaaactccttttaaaaacagttagattg 27530576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 27215097 - 27215266
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||| |    
T  27215097 atgttgccaaacaccctgttggattacatacccaaatacaacaagtaaaattgcttcttgacaagggatctaaggaagaggtccacatggtaggacttca 27215196  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 204  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||| ||||||    
T  27215197 tggagctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttttaatttcattgctgatcagtttgaa 27215266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 27705930 - 27705710
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||| ||| | |||||    
T  27705930 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcacttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttttggcattggag 27705831  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 245  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  27705830 gcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 27705731  T
Q  246 taataaactgaaacatctcca 266  Q
     ||| |  |||||||||||||    
T  27705730 aaatgacttgaaacatctcca 27705710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 43 - 266
Target Start/End: Original strand, 26623924 - 26624147
Alignment:
Q  43 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 142  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  |||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| | ||||| | ||    
T  26623924 aaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattg 26624023  T
Q  143 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 242  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||      
T  26624024 gaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagc 26624123  T
Q  243 tcataataaactgaaacatctcca 266  Q
    ||| |||||  |||||||||||||    
T  26624124 tcaaaataacttgaaacatctcca 26624147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 43 - 266
Target Start/End: Original strand, 26729901 - 26730124
Alignment:
Q  43 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 142  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  |||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| | ||||| | ||    
T  26729901 aaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattg 26730000  T
Q  143 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 242  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||      
T  26730001 gaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagc 26730100  T
Q  243 tcataataaactgaaacatctcca 266  Q
    ||| |||||  |||||||||||||    
T  26730101 tcaaaataacttgaaacatctcca 26730124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 266
Target Start/End: Original strand, 26803102 - 26803322
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    |||||||||||||| || || ||| || || ||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  26803102 taccctgttggattgcactctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 26803201  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 245  Q
    || ||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  26803202 gcttgggtaaatcagcacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 26803301  T
Q  246 taataaactgaaacatctcca 266  Q
     |||||  |||||||||||||    
T  26803302 aaataacttgaaacatctcca 26803322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27427138 - 27426944
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27427138 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27427039  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 240  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  27427038 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 27426944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 35 - 266
Target Start/End: Original strand, 31285204 - 31285435
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||| | ||   || |  | | ||| | |||||||||||||||    
T  31285204 atgttgccaattaccctgttggatttaagtttcgaatacaacaagtgaaattgcttcttgataaggaaactaataaaggggtacacatggtaggacttta 31285303  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||| |  |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||| ||||||||||||  |  |||||||||||||| |||| ||||||    
T  31285304 tgggataggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttattggtgatcaatttgacggattatgttttcttcatgatgtgagagag 31285403  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctcca 266  Q
    ||||||  | | |||||  |||||||||||||    
T  31285404 aattcagctaaaaataacttgaaacatctcca 31285435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 240
Target Start/End: Original strand, 26824464 - 26824669
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||| |  |  ||||| |||| |||||  ||||||||||||||    
T  26824464 atgttgccaaatacccggttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatctcttcttgataacgaatctgatgatgtggtccatatggtaggacttta 26824563  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
     |||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||| ||||||||  | | ||||||||| | || || ||||||    
T  26824564 cggtattggaggtttaggtaaatcaacacttgcaaaagcaacttttaattctattgctgataaatttgaagttttttgttttcttgagaacgtgagagag 26824663  T
Q  235 aattca 240  Q
    ||||||    
T  26824664 aattca 26824669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 46 - 288
Target Start/End: Original strand, 27679606 - 27679848
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   ||| || || |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27679606 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggatccgatgatggggtccatatggttggaatttatggcattggag 27679705  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 245  Q
    |  |||| |||||||||||||||| |  | | |||||||||||||| |||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  27679706 gtttggggaaatcaacacttgcaagacaaatctataattttgttgcagatcaattcgaaggttcatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 27679805  T
Q  246 taataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
     |||||  ||||| ||||||| ||  | |||||||||| ||||    
T  27679806 aaataacttgaaatatctccaagagaagctccttttaaaaaca 27679848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27698123 - 27697918
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| | | || ||  ||||||||   ||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| |||     
T  27698123 atgttgccaattaccctgttggattacagtctcaagtacaaagagtgaaatcaattcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatttt 27698024  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||| | ||||||| |||| |||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||  |    
T  27698023 tgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcaagagcaatctataatttggttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcataatgtgagaatg 27697924  T
Q  235 aattca 240  Q
    ||||||    
T  27697923 aattca 27697918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27592560 - 27592389
Alignment:
Q  33 aaatgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactt 132  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||| ||    
T  27592560 aaatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatt 27592461  T
Q  133 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 204  Q
    ||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  27592460 tatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataactttattgctgatcaatttgaa 27592389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27677146 - 27676988
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||| |||||| |||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27677146 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaaatgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27677047  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 204  Q
    || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27677046 gcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 27676988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 92
Target Start/End: Original strand, 25511585 - 25511640
Alignment:
Q  37 gtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttct 92  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25511585 gtagccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttct 25511640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 150 - 233
Target Start/End: Original strand, 28140295 - 28140378
Alignment:
Q  150 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagaga 233  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  28140295 gggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcataatgtgagaga 28140378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 227
Target Start/End: Original strand, 26937790 - 26937866
Alignment:
Q  151 ggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgt 227  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  26937790 ggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaaagtttgtgttttcttcataatgt 26937866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 28097857 - 28097775
Alignment:
Q  158 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 240  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  28097857 caacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaatgtgtctgtttccttcacaatgtgagagaaaattca 28097775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 204
Target Start/End: Original strand, 26849461 - 26849526
Alignment:
Q  139 actggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 204  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  26849461 actggaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaa 26849526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 221
Target Start/End: Original strand, 28243538 - 28243626
Alignment:
Q  133 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttca 221  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  28243538 tatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttca 28243626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 158 - 240
Target Start/End: Original strand, 26950511 - 26950593
Alignment:
Q  158 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 240  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||| |   |||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  26950511 caacacttgctcaagcagtttataacttgattgctaatcaatttgaatgcaaatgttttcttcacaatgtgagagaaaattca 26950593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 204
Target Start/End: Original strand, 26975700 - 26975765
Alignment:
Q  139 actggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 204  Q
    ||||| || ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  26975700 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatttgattgctaatcaatttgaa 26975765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 29843410 - 29843338
Alignment:
Q  149 tgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttca 221  Q
    |||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||  |||||||| |||||||| || | |||||||||||    
T  29843410 tgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgataaatttgaatgtttgtgttttcttca 29843338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Original strand, 8132 - 8385
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || ||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  8132 atgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggacttta 8231  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  8232 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 8331  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  |   |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  8332 aattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaaca 8385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 13212 - 12959
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || ||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  13212 atgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggacttta 13113  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  13112 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 13013  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  |   |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  13012 aattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaaca 12959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4249 - 3996
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || |||||  |||  | || |||||||||||||||    
T  4249 atgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggagcccacatggtaggacttta 4150  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  4149 tggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttattgctgatgaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 4050  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  |   |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  4049 aattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctccttttaaaaaca 3996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 18698933 - 18698680
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||  ||||||||| |  || ||||| ||||  ||||||||| ||||||||||    
T  18698933 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaagcgcttcttgataaaggatctgatgatggagtccgcatgttaggacttta 18698834  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  18698833 tggcattggaggcatgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 18698734  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  |   ||| || |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  18698733 aattcagcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaaca 18698680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 18679093 - 18678840
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||| | ||||  ||||||||||||||||||||    
T  18679093 atgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaatgatcttatgatggagtccgcatggtaggacttta 18678994  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  18678993 tggcattggaggcatgggtaaattaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 18678894  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  |   ||| || |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  18678893 aattcagcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaaca 18678840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 46 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 18723607 - 18723365
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||| | | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18723607 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctaatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18723508  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 245  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | || || ||||||||||||  |      
T  18723507 gcatgggaaaatcaacacttgcaaaaggaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaacgtgagagagaattcagcttc 18723408  T
Q  246 taataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
     ||| || |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  18723407 aaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaaca 18723365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 46 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 18731026 - 18730784
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||| | | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18731026 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatcttatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18730927  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 245  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||  |      
T  18730926 gcatgggaaaatcaacacttgctaaagtaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagcttc 18730827  T
Q  246 taataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
     ||| || |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  18730826 aaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaaca 18730784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 46 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 18654999 - 18654757
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||||| | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18654999 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctgatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18654900  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 245  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||| ||||||  |      
T  18654899 gcatgggaaaatcaacacttgcaaaatcaattaataattgtattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagaaaattcatcttc 18654800  T
Q  246 taataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
     ||| || |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  18654799 aaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaaca 18654757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 240
Target Start/End: Original strand, 18074417 - 18074611
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  18074417 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 18074516  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 240  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  18074517 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 18074611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 5090392 - 5090284
Alignment:
Q  133 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagag 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||||| || | ||||||||||  ||||| ||||    
T  5090392 tatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatgtctttgttttcttcccaatgtgagag 5090293  T
Q  233 agaattcaa 241  Q
    | |||||||    
T  5090292 aaaattcaa 5090284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 35 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 28127212 - 28126956
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||  || | || |||||||||| |||||||| || | ||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  28127212 atgttgccaaatatcctgttggattacaggaccaagtacaacaagtgaatttgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggacttta 28127113  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||  |  |||| ||||||    
T  28127112 tggtattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagag 28127013  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagtt 291  Q
    | ||||| ||   ||||  ||||||||||||| ||| | |||||||| | |||||||    
T  28127012 atttcaactccatataatttgaaacatctccaagaaaagctccttttgaaaacagtt 28126956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 43 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28163904 - 28163706
Alignment:
Q  43 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 142  Q
    ||||| |||||||||||||| || | | || ||||||||||||||||||| || | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28163904 aaatatcctgttggattacaatctcaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatgatactg 28163805  T
Q  143 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaa 241  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||  |  |||| |||||||||||||    
T  28163804 gaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaa 28163706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 267877 - 267672
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||  ||| | | || |||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| ||||    
T  267877 atgttgccaattaccctgttggattatggtctcaagtacaacaagtgaaattgcttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaattta 267778  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| |||||     
T  267777 tgggattggaggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataattttattgctgatcaatttgaaggattatgttttcttcatgatgtgagagaa 267678  T
Q  235 aattca 240  Q
    ||||||    
T  267677 aattca 267672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3076 - 2871
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |  |||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  3076 atgttgccaattaccctgttggaatgaagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggacttta 2977  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||    
T  2976 tggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagag 2877  T
Q  235 aattca 240  Q
    ||||||    
T  2876 aattca 2871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 29273375 - 29273122
Alignment:
Q  35 atgtagccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggacttta 134  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||| |||| ||||||||| |  || ||||| |||| | |||  ||||| ||| ||||    
T  29273375 atgttgccaaataccctgttggattacagtctcaagtacaacaagtcaaatcgcttcttgataatggatctgatgatgggatccatatggttggaattta 29273276  T
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||| | ||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||| ||||||    
T  29273275 tgggattggtggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttttcttcatgatgtgagagag 29273176  T
Q  235 aattcaagtcataataaactgaaacatctccaggaagatctccttttaagaaca 288  Q
    ||||||  | | |||||  ||||||||||||| ||  | |||||||||| ||||    
T  29273175 aattcagctaaaaataacttgaaacatctccaagagaaactccttttaaaaaca 29273122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 240
Target Start/End: Original strand, 60225 - 60419
Alignment:
Q  46 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 145  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  60225 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 60324  T
Q  146 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 240  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  60325 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 60419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 141 - 240
Target Start/End: Original strand, 3280410 - 3280509
Alignment:
Q  141 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 240  Q
    |||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  3280410 tggaggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagagaaaattca 3280509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 17992652 - 17992547
Alignment:
Q  135 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagag 234  Q
    ||||||||| || ||||| ||  |||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||   ||||| ||||| ||||| |||||     
T  17992652 tggtactggtggaatgggcaagacaactcttgctcaagcagtttataatttggttgctaatcaatttcaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 17992553  T
Q  235 aattca 240  Q
    ||||||    
T  17992552 aattca 17992547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 240
Target Start/End: Original strand, 16691618 - 16691717
Alignment:
Q  141 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 240  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||   |||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || | |||||||||||| | || ||||| ||||||    
T  16691618 tggaggaatcggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcatgacgtgagagaaaattca 16691717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 221
Target Start/End: Original strand, 43700 - 43788
Alignment:
Q  133 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttca 221  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  43700 tatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttca 43788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University