View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16443_low_12 (Length: 264)

Name: NF16443_low_12
Description: NF16443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16443_low_12
NF16443_low_12
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (16-264)||(30224202-30224449)
chr8 (27-256)||(6428720-6428949)
chr8 (16-264)||(5567398-5567645)
chr8 (16-255)||(25248984-25249225)
chr8 (38-264)||(31032038-31032258)
chr8 (38-257)||(3379149-3379366)
chr8 (16-264)||(3375446-3375682)
chr8 (113-208)||(36535940-36536035)
chr8 (175-237)||(14935576-14935638)
chr8 (38-108)||(19473658-19473728)
chr8 (38-108)||(19544583-19544653)
chr8 (38-108)||(19588043-19588113)
chr8 (16-75)||(36535863-36535922)
chr8 (38-108)||(14939641-14939711)
chr8 (144-207)||(29274786-29274849)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (16-264)||(7040333-7040580)
chr4 (16-264)||(23564687-23564934)
chr4 (16-264)||(52520571-52520821)
chr4 (16-264)||(52518729-52518979)
chr4 (16-264)||(18656080-18656327)
chr4 (113-255)||(23566457-23566599)
chr4 (46-210)||(54296454-54296617)
chr4 (104-237)||(3529247-3529379)
chr4 (104-237)||(23985773-23985905)
chr4 (38-237)||(52545137-52545333)
chr4 (145-264)||(3274580-3274699)
chr4 (137-237)||(24807423-24807522)
chr4 (38-97)||(56074680-56074739)
chr4 (18-83)||(23566383-23566448)
chr4 (50-138)||(18395689-18395776)
chr4 (187-237)||(18395816-18395866)
chr4 (200-237)||(18320077-18320114)
chr4 (200-237)||(18398569-18398606)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (16-264)||(29758092-29758339)
chr2 (114-264)||(20516053-20516209)
chr2 (55-148)||(8759115-8759207)
chr2 (38-138)||(18612074-18612174)
chr2 (225-264)||(8759203-8759242)
chr2 (177-237)||(18739671-18739730)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (16-264)||(28124599-28124849)
chr7 (16-264)||(28126426-28126676)
chr7 (16-264)||(20046507-20046758)
chr7 (16-264)||(44963135-44963382)
chr7 (16-264)||(4895554-4895803)
chr7 (114-237)||(37405559-37405682)
chr7 (16-97)||(28014285-28014366)
chr7 (205-264)||(44962255-44962314)
chr7 (18-95)||(25471785-25471862)
chr7 (125-187)||(36989570-36989632)
chr7 (21-97)||(8405645-8405721)
chr7 (189-237)||(25471955-25472003)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (16-264)||(16808590-16808840)
chr1 (16-264)||(17449283-17449529)
chr1 (114-237)||(9312028-9312151)
chr1 (114-237)||(3282800-3282923)
chr1 (114-237)||(3284501-3284624)
chr1 (114-237)||(9310411-9310534)
chr1 (23-190)||(48941646-48941816)
chr1 (145-237)||(37664695-37664787)
chr1 (145-237)||(37674417-37674509)
chr1 (145-237)||(37702185-37702277)
chr1 (186-264)||(48940648-48940726)
chr1 (137-237)||(902076-902175)
chr1 (46-237)||(5924828-5925006)
chr1 (38-80)||(9487493-9487535)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (16-264)||(5376847-5377097)
chr6 (16-264)||(5378702-5378952)
chr6 (16-264)||(19645312-19645559)
chr6 (27-264)||(1088676-1088912)
chr6 (114-237)||(15868391-15868514)
chr6 (114-237)||(33866098-33866221)
chr6 (74-264)||(15149108-15149304)
chr6 (114-237)||(15866579-15866702)
chr6 (114-237)||(33869245-33869368)
chr6 (24-209)||(9415095-9415279)
chr6 (113-237)||(14611083-14611206)
chr6 (166-237)||(32079909-32079980)
chr6 (26-97)||(8915606-8915677)
chr6 (113-237)||(28884362-28884487)
chr6 (37-91)||(24544763-24544817)
chr6 (223-264)||(9414991-9415032)
chr6 (177-237)||(14620510-14620570)
chr6 (104-185)||(14618975-14619054)
chr6 (23-97)||(20985827-20985901)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (16-264)||(17402794-17403044)
chr3 (27-264)||(6789592-6789828)
chr3 (16-264)||(1139985-1140220)
chr3 (137-237)||(20302625-20302725)
chr3 (145-237)||(20327167-20327259)
chr3 (137-194)||(41874441-41874497)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (38-237)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (114-237)||(6225-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (114-237)||(39787168-39787291)
chr5 (40-102)||(20012959-20013021)
chr5 (62-237)||(25076173-25076348)
chr5 (62-237)||(25134142-25134317)
chr5 (137-181)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (54-237)||(39144-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (16-108)||(19072-19164)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 30224449 - 30224202
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  30224449 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 30224352  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224351 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 30224252  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224251 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 30224202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 27 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 6428949 - 6428720
Alignment:
Q  27 tcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaa 126  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6428949 tcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagagtgaatagatttgattaaaagatgatgaa 6428850  T
Q  127 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 226  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6428849 tgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagtttacttatcaactaatt 6428750  T
Q  227 atagttgattactaactctagtctaactac 256  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6428749 atagttgattactaactcttgtctaactac 6428720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 5567645 - 5567398
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  5567645 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 5567548  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  5567547 aaagatgatgaatgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttagc 5567448  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5567447 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactactttaacta 5567398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 25249225 - 25248984
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  25249225 agggagaaaagtcatatatgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 25249128  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac- 213  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25249127 aaagatcatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 25249028  T
Q  214 --ttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaacta 255  Q
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25249027 tattatcaattaactatagttgattactaactctagtctaacta 25248984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 38 - 264
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032258
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata 137  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||  | ||    
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagatcatgaatgagtgtagta 31032135  T
Q  138 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31032136 atgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaa----cttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 31032231  T
Q  238 ctaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  31032232 ctaactcaagtctaactaccttaacta 31032258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 38 - 257
Target Start/End: Original strand, 3379149 - 3379366
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata 137  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||| || ||||||||||||||||    
T  3379149 agcaagaaagcaagtataaaagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gataaaaa-atgatgaatgagtacaata 3379246  T
Q  138 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    || |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  3379247 gttttccttaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagttgatta 3379346  T
Q  238 ctaactctagtctaactacc 257  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3379347 ctaactctagtctaactacc 3379366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 3375446 - 3375682
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||          || ||||  |||| ||||| ||  |    
T  3375446 agggagaaaggtcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactca----------ttgtagaaatgaatagatt-ga--a 3375532  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3375533 aaagataatgaatgggtacaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttact 3375632  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  3375633 tatcaactaactatagttgattactaacagaagtctaactaccttaacta 3375682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 113 - 208
Target Start/End: Original strand, 36535940 - 36536035
Alignment:
Q  113 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 208  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36535940 taaaagatgatgaatgagtacaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 175 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14935638 - 14935576
Alignment:
Q  175 tctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14935638 tctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 14935576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473658
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 108  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19473658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544583
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 108  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19544583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 108
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588113
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 108  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19588113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 75
Target Start/End: Original strand, 36535863 - 36535922
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagat 75  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36535863 agggagaaaggtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagat 36535922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 38 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 14939711 - 14939641
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 108  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||    
T  14939711 agcaagaaagcaagcatatgagtactcatgtagaagatactcgtagaaactcattatagaatgaatagatt 14939641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 144 - 207
Target Start/End: Original strand, 29274786 - 29274849
Alignment:
Q  144 ctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 207  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  29274786 ctatatataaagattaattggagtaattaactctaactaacccgtaaccaagctactaactcta 29274849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 7040580 - 7040333
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  7040580 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 7040483  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040482 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 7040383  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040382 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 7040333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 23564687 - 23564934
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  23564687 agggagaaaagtcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 23564784  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564785 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 23564884  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564885 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 23564934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 52520821 - 52520571
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||  |  | |||||| ||||||||||    
T  52520821 agggagaaagatcatagatgtaagaaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattgaaatgaaaatatttgattaa 52520722  T
Q  116 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52520721 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 52520622  T
Q  216 atcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  52520621 atcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 52520571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 52518979 - 52518729
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  52518979 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 52518880  T
Q  116 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 215  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52518879 aagatgatgattgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 52518780  T
Q  216 atcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  52518779 atcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 52518729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 18656327 - 18656080
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  18656327 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 18656230  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  18656229 aaagatgatgaatgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttagc 18656130  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656129 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 18656080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 113 - 255
Target Start/End: Original strand, 23566457 - 23566599
Alignment:
Q  113 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23566457 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagtctagttta 23566556  T
Q  213 cttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaacta 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566557 cttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaacta 23566599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 46 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  46 agcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct 145  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||| | ||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattataaaatgaattgatt-gattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttcct 54296519  T
Q  146 atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54296518 atatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 104 - 237
Target Start/End: Original strand, 3529247 - 3529379
Alignment:
Q  104 agatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaac 203  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529247 agatttgat-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaac 3529345  T
Q  204 tctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  3529346 tttagtttacctatcaactaactacagttgatta 3529379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 104 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 23985905 - 23985773
Alignment:
Q  104 agatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaac 203  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985905 agatttgat-aaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaac 23985807  T
Q  204 tctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23985806 tctagtttacctatcaactaactatagttgatta 23985773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 38 - 237
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545333
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaa-tgagtacaat 136  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||| || ||| ||||      
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagataataaaatga-tacatg 52545233  T
Q  137 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatt 236  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52545234 agtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatt 52545332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 264
Target Start/End: Original strand, 3274580 - 3274699
Alignment:
Q  145 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactc 244  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  3274580 tatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaactcttgtttacctatcaactaattatagttgattactaacta 3274679  T
Q  245 tagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||| | |||||||||||||    
T  3274680 tagttttactaccttaacta 3274699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 24807522 - 24807423
Alignment:
Q  137 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatt 236  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||||  ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24807522 agtgttcctatatatagattttagtt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagttgatt 24807424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 97
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074739
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 97  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttataga 56074739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 83
Target Start/End: Original strand, 23566383 - 23566448
Alignment:
Q  18 ggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaag 83  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  23566383 ggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactcaaag 23566448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 138
Target Start/End: Original strand, 18395689 - 18395776
Alignment:
Q  50 agcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatag 138  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| | | ||||||  || |||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  18395689 agcataagagtattcatgtgggagatactcatatagactcatagtatagtgaatagatatga-taaaagatagtgaatgagtacaatag 18395776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 187 - 237
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395866
Alignment:
Q  187 ctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagttgatta 18395866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 200 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 18320114 - 18320077
Alignment:
Q  200 taactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  18320114 taactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 18320077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 200 - 237
Target Start/End: Original strand, 18398569 - 18398606
Alignment:
Q  200 taactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  18398569 taactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 18398606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 29758339 - 29758092
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  29758339 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 29758242  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758241 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 29758142  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29758141 tatcaactaactatagttgattactaagtctagtctaactaccttaacta 29758092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 114 - 264
Target Start/End: Original strand, 20516053 - 20516209
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttg----agtaactac-----ctctaactaacttctaaccaagctactaact 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    ||||||||      ||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  20516053 aaaaaataatgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaacc 20516152  T
Q  205 ctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||| | |||||   ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  20516153 ctagctaactta---actaactatagttaattactaactccagtttaattaccttaacta 20516209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 55 - 148
Target Start/End: Original strand, 8759115 - 8759207
Alignment:
Q  55 aagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctata 148  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8759115 aagagtactcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagatt-gat-aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 138
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatag-agtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaat 136  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | | | ||||||||||||| | |||| ||| ||||| |||  ||||||| ||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaataga-ttgataaaagtataatgattgagtacaat 18612172  T
Q  137 ag 138  Q
    ||    
T  18612173 ag 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 264
Target Start/End: Original strand, 8759203 - 8759242
Alignment:
Q  225 ctatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8759203 ctatagttgattactaactcaagtctaactaccttaacta 8759242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 18739730 - 18739671
Alignment:
Q  177 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  18739730 taactaact-ctaaccagactactaactctagttaacgtatcaactaactataattgatta 18739671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 28124599 - 28124849
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  28124599 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 28124698  T
Q  116 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28124699 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 28124798  T
Q  216 atcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  28124799 atcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 28124849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 28126426 - 28126676
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  28126426 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 28126525  T
Q  116 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28126526 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 28126625  T
Q  216 atcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  28126626 atcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 28126676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 20046507 - 20046758
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  20046507 agggagaaaagtcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gataa 20046605  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20046606 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 20046705  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  20046706 ttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 20046758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 44963382 - 44963135
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  44963382 agggagaaaagtcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 44963285  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44963284 aaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttact 44963185  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44963184 tatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaacta 44963135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 4895803 - 4895554
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||| |  |||  | || |||| | ||| ||||||    
T  4895803 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaaacataagagtactcatctgggagatactcatagagatccatattggaatgaatatatt-gattaa 4895705  T
Q  116 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 215  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4895704 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 4895605  T
Q  216 atcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||    
T  4895604 atcaactaactatagttgattacaattactctaatctaactaccttaacta 4895554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405682
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagttgatta 37405682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 97
Target Start/End: Original strand, 28014285 - 28014366
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 97  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  28014285 agggagaaagatcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtaga 28014366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 205 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 44962314 - 44962255
Alignment:
Q  205 ctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  44962314 ctagtttacttatcaactaactatagttgattactcactcaagtctaactaccttaacta 44962255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 95
Target Start/End: Original strand, 25471785 - 25471862
Alignment:
Q  18 ggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattata 95  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| || ||| ||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  25471785 ggagaaagatcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattata 25471862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 125 - 187
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  125 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttc 187  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 8405721 - 8405645
Alignment:
Q  21 gaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 97  Q
    ||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||||| | |||||| ||  ||||||||||| ||||    
T  8405721 gaaagatcatatatgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagataatcgtagaaactcattgtaga 8405645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 237
Target Start/End: Original strand, 25471955 - 25472003
Alignment:
Q  189 aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25471955 aaccaacctactaactctagttaacctatcaactaactatagttaatta 25472003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 16808590 - 16808840
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  16808590 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtcggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 16808689  T
Q  116 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 215  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16808690 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 16808789  T
Q  216 atcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  16808790 atcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 16808840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 17449529 - 17449283
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||  |||| ||||| ||  |    
T  17449529 agggagaaaggtcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagatt-ga--a 17449433  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  17449432 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttact 17449333  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  17449332 tatcaactaactatagttgattactaactcaagtccaactaccttaacta 17449283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312028
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagttgatta 9312028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282800
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagttgatta 3282800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284501
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagttgatta 3284501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310411
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagttgatta 9310411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 48941816 - 48941646
Alignment:
Q  23 aagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag---tgaaaagatttgattaaaaga 119  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||   |||| ||||||||||||||||    
T  48941816 aagattatagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaaga 48941717  T
Q  120 taatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaa 190  Q
    || ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  48941716 tactgaatgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 237
Target Start/End: Original strand, 37664695 - 37664787
Alignment:
Q  145 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37664695 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37664787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 237
Target Start/End: Original strand, 37674417 - 37674509
Alignment:
Q  145 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37674417 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37674509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 37702277 - 37702185
Alignment:
Q  145 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37702277 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37702185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 186 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940648
Alignment:
Q  186 tctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcttgtctaactaccttaacta 48940648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902076
Alignment:
Q  137 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatt 236  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagatgatt 902077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 237
Target Start/End: Original strand, 5924828 - 5925006
Alignment:
Q  46 agcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct 145  Q
    |||||||||||||||| |||| |  |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| |||||  | ||||  ||||||| |    
T  5924828 agcaagcataagagtattcatataggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagatgatgaaataatacacgagtgttctt 5924925  T
Q  146 atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||||||||| |||         |||   | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5924926 atatatagagttta---------actg--tttaactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagttgatta 5925006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 9487535 - 9487493
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactca 80  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9487535 agcaagaaagcaagcataagattattcatgtgagagatactca 9487493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 5377097 - 5376847
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  5377097 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 5377000  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5376999 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 5376900  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  5376899 ttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 5376847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 5378952 - 5378702
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  5378952 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 5378855  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5378854 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 5378755  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  5378754 ttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 5378702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 19645312 - 19645559
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaa-agatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||   ||| ||||| ||| |    
T  19645312 agggagaaaagtcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagatt-gat-a 19645409  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19645410 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttact 19645509  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19645510 tatcaactaactataattgattactaactctagtctaactaccttaacta 19645559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 27 - 264
Target Start/End: Original strand, 1088676 - 1088912
Alignment:
Q  27 tcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaa-gaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatga 125  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||    
T  1088676 tcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 1088773  T
Q  126 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1088774 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttacttatcaactaac 1088873  T
Q  226 tatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||    
T  1088874 tatagttgatcactaactctaatttaactactttaacta 1088912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868391
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagttgatta 15868391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866098
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagttgatta 33866098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 74 - 264
Target Start/End: Original strand, 15149108 - 15149304
Alignment:
Q  74 atactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata-----gt--gttcctatatatagagattagtttga 165  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||     ||  ||||||||||||||| |||| |||||    
T  15149108 atactcaaagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttga 15149205  T
Q  166 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15149206 gtaactaactctaactaacttctaaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaacta 15149304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866579
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagttgatta 15866579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869245
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagttgatta 33869245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 9415279 - 9415095
Alignment:
Q  24 agatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataat 123  Q
    |||||||| ||| || ||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||| |     
T  9415279 agatcataaatgtaaacaaaagaacaaacataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaatgata-gatttgattaaaagatgac 9415181  T
Q  124 gaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 209  Q
     |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415180 tagagagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 113 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14611206 - 14611083
Alignment:
Q  113 taaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttt 211  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| ||||||||||||||| |||    
T  14611206 taaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactctaattt 14611109  T
Q  212 acttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    || ||||||||||| |||||||||||    
T  14611108 acctatcaactaaccatagttgatta 14611083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 166 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079909
Alignment:
Q  166 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 32079909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 8915677 - 8915606
Alignment:
Q  26 atcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 97  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  8915677 atcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattataga 8915606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 237
Target Start/End: Original strand, 28884362 - 28884487
Alignment:
Q  113 taaaagataatgaatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   ||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||||||     
T  28884362 taaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctagtta 28884461  T
Q  212 acttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    || |||||||||||||||| ||||||    
T  28884462 acctatcaactaactatagctgatta 28884487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 24544817 - 24544763
Alignment:
Q  37 aagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcat 91  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  24544817 aagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactcat 24544763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 9415032 - 9414991
Alignment:
Q  223 aactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415032 aactatagttgatcactaactctagtctaactaccttaacta 9414991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 177 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620510
Alignment:
Q  177 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaatcatagttgatta 14620510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14619054 - 14618975
Alignment:
Q  104 agatttgattaaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaact 185  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  14619054 agatttgat-aaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Original strand, 20985827 - 20985901
Alignment:
Q  23 aagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 97  Q
    ||||||||||||| || ||||   |||||||||||||||||||||||  ||||||| | | ||| ||||||||||    
T  20985827 aagatcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattataga 20985901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 17402794 - 17403044
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  17402794 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 17402891  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17402892 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 17402991  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgattac--taactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  17402992 ttatcaactaactatagttgattacaattactctagtctaactaccttaacta 17403044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 27 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 6789828 - 6789592
Alignment:
Q  27 tcatagatgcaagcaa-gagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatga 125  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||  |  |||||||| |||    
T  6789828 tcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaatgaatagattgaa--aaaagatagtga 6789731  T
Q  126 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 225  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6789730 atgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcacttatccactaac 6789631  T
Q  226 tatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6789630 tatacatgattaccaactctagtctaactaccttaacta 6789592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 1140220 - 1139985
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 114  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  1140220 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 1140123  T
Q  115 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 214  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            ||||||||||    
T  1140122 aaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc------------ctagtttact 1140035  T
Q  215 tatcaactaactatagttgattactaactctagtctaactaccttaacta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1140034 tatcaactaactatagttgattactaactcaagtccaactaccttaacta 1139985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20302725 - 20302625
Alignment:
Q  137 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaact-aactatagttgat 235  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||| ||    
T  20302725 agtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagtttat 20302627  T
Q  236 ta 237  Q
    ||    
T  20302626 ta 20302625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20327259 - 20327167
Alignment:
Q  145 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaact-aactatagttgatta 237  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||| ||||    
T  20327259 tatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagtttatta 20327167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 137 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 41874497 - 41874441
Alignment:
Q  137 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 194  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  41874497 agtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaactcttaaccaa 41874441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 38 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58785
Alignment:
Q  38 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata 137  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagatgatgaatgagtacaata 58885  T
Q  138 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  58884 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagttgatta 58785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6225
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||| ||||||||||||||||    
T  6248 ctatcaattaactatagttgatta 6225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 114 - 237
Target Start/End: Original strand, 39787168 - 39787291
Alignment:
Q  114 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 213  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787168 aaaagacagtgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 39787267  T
Q  214 ttatcaactaactatagttgatta 237  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  39787268 ctatcaactaactatagttgatta 39787291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 40 - 102
Target Start/End: Original strand, 20012959 - 20013021
Alignment:
Q  40 caagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaa 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  20012959 caagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaa 20013021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Original strand, 25076173 - 25076348
Alignment:
Q  62 ctcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagt-gttcctatatatagagatta 159  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| | ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  25076173 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatatt-gat-aaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagatta 25076270  T
Q  160 gtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||| || | |||  ||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  25076271 gttggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25076348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Original strand, 25134142 - 25134317
Alignment:
Q  62 ctcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagt-gttcctatatatagagatta 159  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| | ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  25134142 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatatt-gat-aaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagatta 25134239  T
Q  160 gtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    ||| || | |||  ||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  25134240 gttggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25134317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 6569932 - 6569888
Alignment:
Q  137 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaact 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  6569932 agtgttcctatatatagagattagttggactaactaactctaact 6569888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 54 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 39325 - 39144
Alignment:
Q  54 taagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatat 151  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||  |||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||||    
T  39325 taagagtactcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatgaaatga-tacatgagtgttcctatatat 39229  T
Q  152 agagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 237  Q
    |||| |||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39228 agagtttagtt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 39144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 19164 - 19072
Alignment:
Q  16 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 108  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19164 agggagaaaaatcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University