View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16445_low_6 (Length: 350)

Name: NF16445_low_6
Description: NF16445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16445_low_6
NF16445_low_6
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-347)||(31320147-31320476)
chr4 (19-347)||(31332401-31332729)
[»] scaffold0651 (1 HSPs)
scaffold0651 (19-347)||(3194-3522)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (179-332)||(33521947-33522105)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 347
Target Start/End: Original strand, 31320147 - 31320476
Alignment:
Q  18 aaaagaatggtcagatgaacacaaacttcccctctttgaaagcttagagtatctatctgctatggaaaccgtgtgtgagaggattggtgtcaaagaaaat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31320147 aaaagaatggtcagatgaacacaaacttcccctctttgaaaccttagagtatctatctgctatggaaaccgtgtgtgagaggattggtgtcaatgaaaat 31320246  T
Q  118 tgtacacaagaaggattccaaaatcaagtattaagaaaagggtgccaaaatcttggcttaaaagttgattatgtgccaagaaattcaccagggaatcatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31320247 tgtacacaagaaggattccaaaatcaagtattaagaaaagggtgccaaaatcttggcttaaaagttgattatgtgccaagaaattcaccagggaatcatt 31320346  T
Q  218 attgtggttcatgtggttatggttgtccaaaaggtgagaaacaagggactcaagctacatggcttgtagatgctgttgaaaaagatgctgtgataataac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  31320347 attgtggttcatgtggttatggttgtccaaagggagagaaacaagggactcaagctacatggcttgtagatgctgttgataaaggtgctgtgattataac 31320446  T
Q  318 aggatgcaaagctgagagattcttgtttga 347  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31320447 aggatgtaaagctgagagattcttgtttga 31320476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 347
Target Start/End: Original strand, 31332401 - 31332729
Alignment:
Q  19 aaagaatggtcagatgaacacaaacttcccctctttgaaagcttagagtatctatctgctatggaaaccgtgtgtgagaggattggtgtcaaagaaaatt 118  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  31332401 aaagaatggtcagagaaacacaaactttcactctttgatagcatagagtatctatctgctatggaaactgtgtgcgagagaattggtgtcaacgaaaatt 31332500  T
Q  119 gtacacaagaaggattccaaaatcaagtattaagaaaagggtgccaaaatcttggcttaaaagttgattatgtgccaagaaattcaccagggaatcatta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31332501 gtacacaagaaggattccaaaatcaagtattaagaaaagggtgtcaaaatcttggcttaaaagttgattatgtgccaagaaattcaccagggaatcatta 31332600  T
Q  219 ttgtggttcatgtggttatggttgtccaaaaggtgagaaacaagggactcaagctacatggcttgtagatgctgttgaaaaagatgctgtgataataaca 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  31332601 ttgtggttcatgtggttatggttgtccaaagggagagaaacaagggactcaagctacatggcttgtagatgctgttgataaaggtgctgtgattataaca 31332700  T
Q  319 ggatgcaaagctgagagattcttgtttga 347  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31332701 ggatgtaaagctgagagattcttgtttga 31332729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0651 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0651
Description:

Target: scaffold0651; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 3522 - 3194
Alignment:
Q  19 aaagaatggtcagatgaacacaaacttcccctctttgaaagcttagagtatctatctgctatggaaaccgtgtgtgagaggattggtgtcaaagaaaatt 118  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  3522 aaagaatggtcagagaaacacaaactttcactctttgatagcatagagtatctatctgctatggaaactgtgtgcgagagaattggtgtcaacgaaaatt 3423  T
Q  119 gtacacaagaaggattccaaaatcaagtattaagaaaagggtgccaaaatcttggcttaaaagttgattatgtgccaagaaattcaccagggaatcatta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3422 gtacacaagaaggattccaaaatcaagtattaagaaaagggtgtcaaaatcttggcttaaaagttgattatgtgccaagaaattcaccagggaatcatta 3323  T
Q  219 ttgtggttcatgtggttatggttgtccaaaaggtgagaaacaagggactcaagctacatggcttgtagatgctgttgaaaaagatgctgtgataataaca 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  3322 ttgtggttcatgtggttatggttgtccaaagggagagaaacaagggactcaagctacatggcttgtagatgctgttgataaaggtgctgtgattataaca 3223  T
Q  319 ggatgcaaagctgagagattcttgtttga 347  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3222 ggatgtaaagctgagagattcttgtttga 3194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 179 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 33522105 - 33521947
Alignment:
Q  179 aagttgattatgtgccaagaaattcaccagggaatcattattgtggttcatgtggttatggttgtccaaaaggtga-----gaaacaagggactcaagct 273  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||| |||||||| |||   ||||||||| ||||||| ||      |||||||||||  | | |    
T  33522105 aagtcgattatgtgccgagaaattcatcagagcatcattactgtggttcttgtaactatggttgtacaaaaggagataaacaaaacaagggaccgatgtt 33522006  T
Q  274 acatggcttgtagatgctgttgaaaaagatgctgtgataataacaggatgcaaagctga 332  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| | | |||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  33522005 acatggcttgtcgatgctgtggaacacggtgctgtaatactaacaagatgcaaagctga 33521947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University