View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16450_low_1 (Length: 946)

Name: NF16450_low_1
Description: NF16450
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16450_low_1
NF16450_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-931)||(10461005-10461925)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 913; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 913; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 931
Target Start/End: Original strand, 10461005 - 10461925
Alignment:
Q  11 gaaacatagggacaagattagcttttcaattttataccttttaattttaaaagttcaattttatacatgaatagcagacacacagatgcctaatactact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461005 gaaacatagggacaagattagcttttcaattttataccttttaattttaaaagttcaattttatacatgaatagcagacacacagatgcctaatactact 10461104  T
Q  111 aaagaaggggaacaaattaaaaggcctaaccgaaaaccaaaagatagcataggaaattaggacgacaagcaaaacaccatctattatgtttgaaattcca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461105 aaagaaggggaacaaattaaaaggcctaaccgaaaaccaaaagatagcataggaaattaggacgacaagcaaaacaccatctattatgtttgaaattcca 10461204  T
Q  211 aatatcaaatttacacgtaagcttctatagtttgaaattttgattattggattctgctttcctattcatcaatgagtctggccataaaatgattgtaaca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461205 aatatcaaatttacacgtaagcttctatagtttgaaattttgattattggattctgctttcctattcatcaatgagtctggccataaaatgattgtaaca 10461304  T
Q  311 tcaaattatttgattcataatttaatgggaatttaataacaatatatcatgtaaataaaggacaattaggtacagagcatagtactatactgtaccttga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461305 tcaaattatttgattcataatttaatgggaatttaataacaatatatcatgtaaataaaggacatttaggtacagagcatagtactatactgtaccttga 10461404  T
Q  411 ccacacaatcttttttattttggggaacattgttcagtaatgaaatcaaaccaaacaaaaccatgttatatttaattcagggcctaaataaatgcatgtg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461405 ccacacaatcttttttattttggggaacattgttcagtaatgaaatcaaaccaaacaaaaccatgttatatttaattcagggcctaaataaatgcatgtg 10461504  T
Q  511 attgtaattagtacgtcaaaacaatcatcagtgacacaagaagaagacagaattatagtgaagagtgataattaattatagtaacaagctgtaatctcca 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461505 attgtaattagtacgtcaaaacaatcatcagtgacacaagaagaagacagaattatagtaaagagtgataattaattatagtaacaagctgtaatctcca 10461604  T
Q  611 ggtcatcccctgttttgtctttggatgcactgatataagacaagtatagctatagcatcaattgatatatttaagagcagaaaatattcaaaggggaatt 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461605 ggtcatcccctgttttgtctttggatgcactgatataagacaagtatagctatagcatcaattgatatatttaagagcagaaaatattcaaaggggaatt 10461704  T
Q  711 gtcaaacaatgattaaataatatgaaaatgcagcatgataagcaaaccttattaccttaatgttataaaaaactttaccattggagataatcggaaagtt 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461705 gtcaaacaatgattaaataatatgaaaatgcagcatgataagcaaaccttattaccttaatgttataaaaaactttaccattggagataatcggaaagtt 10461804  T
Q  811 gctgtagcttccgcgctgaaacctgttattccaccagcagggaacaagtatgtcaatagcgtcggggatgttgggtccaaacatatccctgagcaccgcc 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461805 gctgtagcttccgcgctgaaacctgttattccaccagcagggaacaagtatgtcaatagcgtcggggatgttgggtccaaacatatccctgagcaccgcc 10461904  T
Q  911 atagcttctctcaaagtctct 931  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  10461905 atagcttctctcaaagtctct 10461925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University