View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16452_low_2 (Length: 700)

Name: NF16452_low_2
Description: NF16452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16452_low_2
NF16452_low_2
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-684)||(28184024-28184699)
chr1 (259-584)||(42609660-42609985)
chr1 (37-141)||(42609438-42609542)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (52-684)||(40944720-40945352)
chr7 (64-684)||(40958685-40959305)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (123-684)||(43216467-43217028)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (418-626)||(40549495-40549703)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 684
Target Start/End: Original strand, 28184024 - 28184699
Alignment:
Q  9 agcataggcaaacacatactccctgtcgacaactttgagcaaatctttctcgcaaaatcttgaaggatgaagttctccattgacaccggttgtgagtgtt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184024 agcataggcaaacacatactccctgtcgacaactttgagcaaatctttctcgcaaaatcttgaaggatgaagttctccattgacaccggttgtgagtgtt 28184123  T
Q  109 ctcttagcaacttggcttacagtgttcttgacagtgttcctcaaattctcttccaaatgcctcaagtcaattgcttggcaaagcgcgatcaagaaagtgg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184124 ctcttagcaacttggcttacagtgttcttgacagtgttcctcaaattctcttccaaatgcctcaagtcaattgcttggcaaagcgcgatcaagaaagtgg 28184223  T
Q  209 aagacatgagctttaagatctcaatagcctcgtttgtttttctagaagaaatcaaacccaaagagttaacgtcttggttgtgttgctcagcactttgcac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184224 aagacatgagctttaagatctcaatagcctcgtttgtttttctagaagaaatcaaacccaaagagttaacgtcttggttgtgttgctcagcactttgcac 28184323  T
Q  309 atgggtggtgacagggttagcaagatattgtaactcagagcaataagaagccatagcaatttcagatcccttgaaaccataatccaaacttgggtttcta 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184324 atgggtggtgacagggttagcaagatattgtaactcggagcaataagaagccatagcaatttcagatcccttgaaaccataatccaaacttgggtttcta 28184423  T
Q  409 cttgcagtaagattcgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcattaacaagctcagagaattgagcaaacatgagtttaccgatcgaagcaagagctaaac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184424 cttgcagtaagattcgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcattaacaagctcagagaattgagcaaacatgagtttaccgatcgaagcaagagctaaac 28184523  T
Q  509 gagtgttgtccattgaaactccaataggtgttccttgaaagttaccaccatgtatggccttgttccttgaaacatcgatcaaagggttgtcgttgaccga 608  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184524 gagtgttgtccattgaaactccgataggtgttccttgaaagttaccaccatgtatggccttgttccttgaaacatcgatcaaagggttgtcgttgaccga 28184623  T
Q  609 gttaatctctctttcaatagacttggtcgaaaatcttatcacttcaatcaaaggaccaagccattgaggtgaagtt 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28184624 gttaatctctctttcaatagacttggtcgaaaatcttatcacttcaatcaaaggaccaagccattgaggtgaagtt 28184699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 259 - 584
Target Start/End: Original strand, 42609660 - 42609985
Alignment:
Q  259 atcaaacccaaagagttaacgtcttggttgtgttgctcagcactttgcacatgggtggtgacagggttagcaagatattgtaactcagagcaataagaag 358  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |  || || ||||| || |    
T  42609660 atcaagcctaaagagttaacatcttggttatgttgttcagcactttggacatgagtggtgacaggactagcaaggtattgaagttctgaacaataggatg 42609759  T
Q  359 ccatagcaatttcagatcccttgaaaccataatccaaacttgggtttctacttgcagtaagattcgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcattaacaag 458  Q
    |||| |||| ||| | ||| ||||| || |||||||||||||| || |  || ||||| ||| | |||||||| || ||||| || |  ||||| |||||    
T  42609760 ccattgcaacttctgctcctttgaagccgtaatccaaacttggattgcggctagcagtgagacttgaaggcaatccgttgttatagatgtcattcacaag 42609859  T
Q  459 ctcagagaattgagcaaacatgagtttaccgatcgaagcaagagctaaacgagtgttgtccattgaaactccaataggtgttccttgaaagttaccacca 558  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| || | |||||  |||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || || || |||    
T  42609860 ctcagtgaattgagcaaacataagtttaccaatggcagcaatggctaaacgagtgttatccatcgatacaccaatcggtgtaccttggaaatttcctcca 42609959  T
Q  559 tgtatggccttgttccttgaaacatc 584  Q
    || |  ||||| | ||||||||||||    
T  42609960 tgaagtgccttatcccttgaaacatc 42609985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 141
Target Start/End: Original strand, 42609438 - 42609542
Alignment:
Q  37 acaactttgagcaaatctttctcgcaaaatcttgaaggatgaagttctccattgacaccggttgtgagtgttctcttagcaacttggcttacagtgttct 136  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |  || |||||||||||   ||| ||  ||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  42609438 acaacattgagtaaatccttctcacaaaaccttgatggatgcaactcaccattgacaccaactgttagaattctcttggctacttgacttacagtgttct 42609537  T
Q  137 tgaca 141  Q
    |||||    
T  42609538 tgaca 42609542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 52 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 40945352 - 40944720
Alignment:
Q  52 tctttctcgcaaaatcttgaaggatgaagttctccattgacaccggttgtgagtgttctcttagcaacttggcttacagtgttcttgacagtgttcctca 151  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  | || || ||  | || || ||||| ||||| ||||||||||| | |||  |||    
T  40945352 tctttttcacaaaatcttgaaggatgaagttctccattcacgcctatggtaagggtctttttggcgacttgacttacggtgttcttgactgagtttttca 40945253  T
Q  152 aattctcttccaaatgcctcaagtcaattgcttggcaaagcgcgatcaagaaagtggaagacatgagctttaagatctcaatagcctcgtttgtttttct 251  Q
    | ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||| || || | |||||||||    
T  40945252 agttctcctccaaatgtcttaaatcaattgcttggcaaagagcaatcaagaatgtggaagacatgagttgaaggatctcaatggcttcatatgtttttct 40945153  T
Q  252 agaagaaatcaaacccaaagagttaacgtcttggttgtgttgctcagcactttgcacatgggtggtgacagggttagcaagatattgtaactcagagcaa 351  Q
     ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || || || || ||||||||||| |||||||| |||    
T  40945152 cgaagaaatcaaacccaaagagttcacatcttggttgtgctgctcggcactttggacgtgggttgtaaccggatttgcaagatattgcaactcagaacaa 40945053  T
Q  352 taagaagccatagcaatttcagatcccttgaaaccataatccaaacttgggtttctacttgcagtaagattcgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcat 451  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  40945052 taggaagccatggcaatttcagctcccttgaaaccataatccaaactaggatttctactcgcagaaagatttgaaggcaatccattgttgtaaaaatcat 40944953  T
Q  452 taacaagctcagagaattgagcaaacatgagtttaccgatcgaagcaagagctaaacgagtgttgtccattgaaactccaataggtgttccttgaaagtt 551  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || || ||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  40944952 tgacaagctcagagaattgagcaaacataagtttgccaattgatgcgagagccaaacgtgtattatccatggatactccaataggcgttccttgaaagtt 40944853  T
Q  552 accaccatgtatggccttgttccttgaaacatcgatcaaagggttgtcgttgaccgagttaatctctctttcaatagacttggtcgaaaatcttatcact 651  Q
     |||||||| |  || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||    
T  40944852 tccaccatgcaaagctttgtttcttgaaacatcaatcaaggggttgtcgttgacagagttgatctctctctcaattgacttggtagagaatctaatcact 40944753  T
Q  652 tcaatcaaaggaccaagccattgaggtgaagtt 684  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  40944752 tcaaccaaaggaccaagccattgtggtgaagtt 40944720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 64 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 40959305 - 40958685
Alignment:
Q  64 aatcttgaaggatgaagttctccattgacaccggttgtgagtgttctcttagcaacttggcttacagtgttcttgacagtgttcctcaaattctcttcca 163  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||  | || || ||  | || || ||||| ||||| ||||||||||| | |||  |||| ||||| ||||    
T  40959305 aatcttgaaggttgaagttctccatttactcctatggtaagggtctttttggctacttgacttacggtgttcttgactgagtttttcaagttctcctcca 40959206  T
Q  164 aatgcctcaagtcaattgcttggcaaagcgcgatcaagaaagtggaagacatgagctttaagatctcaatagcctcgtttgtttttctagaagaaatcaa 263  Q
    |||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||| || || | ||||||||| || ||||||||    
T  40959205 aatgtcttaaatcaattgcttggcaaagtgcaatcaagaatgtggaagacatgagttgaaggatctcaatggcttcatatgtttttcttgatgaaatcaa 40959106  T
Q  264 acccaaagagttaacgtcttggttgtgttgctcagcactttgcacatgggtggtgacagggttagcaagatattgtaactcagagcaataagaagccata 363  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || || || || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||     
T  40959105 acccaaagagttcacatcttggttgtgctgctcggcactttggacgtgggttgtaaccggatttgcaagatattgcaactcagaacaataggaagccatg 40959006  T
Q  364 gcaatttcagatcccttgaaaccataatccaaacttgggtttctacttgcagtaagattcgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcattaacaagctcag 463  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40959005 gcaatttcagctcccttgaaaccataatccaaactaggatttctacttgcagaaagatttgaaggcaatccattgttgtaaaaatcattgacaagctcag 40958906  T
Q  464 agaattgagcaaacatgagtttaccgatcgaagcaagagctaaacgagtgttgtccattgaaactccaataggtgttccttgaaagttaccaccatgtat 563  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || || || ||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |     
T  40958905 agaattgagcaaacataagtttgccaattgatgcgagagccaaacgtgtattatccatggatactccaataggcgttccttgaaattttccaccatgcaa 40958806  T
Q  564 ggccttgttccttgaaacatcgatcaaagggttgtcgttgaccgagttaatctctctttcaatagacttggtcgaaaatcttatcacttcaatcaaagga 663  Q
     || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||| |||||||    
T  40958805 agctttgtttcttgaaacatcaatcaaggggttgtcgttgacagagttgatctctctctcaattgacttggtagagaatctaatcacttcaaccaaagga 40958706  T
Q  664 ccaagccattgaggtgaagtt 684  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  40958705 ccaagccattgtggtgaagtt 40958685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 123 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 43217028 - 43216467
Alignment:
Q  123 gcttacagtgttcttgacagtgttcctcaaattctcttccaaatgcctcaagtcaattgcttggcaaagcgcgatcaagaaagtggaagacatgagcttt 222  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| | ||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| || || | |||  | |||||||||||||||||     
T  43217028 gcttacagttttcttgacagagttcttgaaaatttcctccaaatgcctcaagtcaatagcttggcagagtgcaaccaaatatgtggaagacatgagcttc 43216929  T
Q  223 aagatctcaatagcctcgtttgtttttctagaagaaatcaaacccaaagagttaacgtcttggttgtgttgctcagcactttgcacatgggtggtgacag 322  Q
    || |||||||| || ||   ||||||  ||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | || ||||    
T  43216928 aatatctcaatggcttccactgttttcatagcagaaatcaaccccaaagagttcacatcttggttgtgctgctcagcactttgcacatgacttgtcacag 43216829  T
Q  323 ggttagcaagatattgtaactcagagcaataagaagccatagcaatttcagatcccttgaaaccataatccaaacttgggtttctacttgcagtaagatt 422  Q
    | || || | |||||| |  ||||| ||||||| |||||| |||| ||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||    
T  43216828 gatttgctaaatattgaagttcagaacaataagcagccatggcaacttcagaggccttaaaaccataatccagacttgggtttctaccagcagaaagatt 43216729  T
Q  423 cgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcattaacaagctcagagaattgagcaaacatgagtttaccgatcgaagcaagagctaaacgagtgttgtccatt 522  Q
     || ||||  |||||||| || || ||||| || | |||||  ||||| ||||| | |||||| || || |||| || |||||||||    || ||||||    
T  43216728 tgacggcagcccattgttatacaagtcattgactaactcagtaaattgcgcaaagacgagttttccaattgaagtaacagctaaacgtacattatccatt 43216629  T
Q  523 gaaactccaataggtgttccttgaaagttaccaccatgtatggccttgttccttgaaacatcgatcaaagggttgtcgttgaccgagttaatctctcttt 622  Q
    ||||||||||| || || ||||| || |||||||||| ||  ||||| | | |||  ||||| |||| ||| |||||||| || || || ||||| ||||    
T  43216628 gaaactccaattggggtgccttggaaattaccaccatttagagccttatccgttgccacatcaatcagaggattgtcgttcactgaatttatctcccttt 43216529  T
Q  623 caatagacttggtcgaaaatcttatcacttcaatcaaaggaccaagccattgaggtgaagtt 684  Q
    |||| || ||||||||||| |  || |||||||||   ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  43216528 caatcgatttggtcgaaaaccggataacttcaatctgtggaccgagccactgaggagaagtt 43216467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 418 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 40549703 - 40549495
Alignment:
Q  418 agattcgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcattaacaagctcagagaattgagcaaacatgagtttaccgatcgaagcaagagctaaacgagtgttgt 517  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||| |  |  || || || | ||| | |||||| |  || || |    
T  40549703 agatttgaaggcaaaccattgttgtaaaaatcattaaccaactcagacatttgagcaaaaagtaactttccaatagcagccaaagctaatcttgtattat 40549604  T
Q  518 ccattgaaactccaataggtgttccttgaaagttaccaccatgtatggccttgttccttgaaacatcgatcaaagggttgtcgttgaccgagttaatctc 617  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |  || |||||||||   ||||| |||||||| || || || || || ||||||||    
T  40549603 ccatagaaacaccaattggtgtaccttgaaagtttccaccatgcaaagctttgttccttttcacatcaatcaaaggattatcattcacagaattaatctc 40549504  T
Q  618 tctttcaat 626  Q
    ||| |||||    
T  40549503 tctctcaat 40549495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University