View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16453_low_2 (Length: 742)

Name: NF16453_low_2
Description: NF16453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16453_low_2
NF16453_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-724)||(33877871-33878586)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 33878586 - 33877871
Alignment:
Q  12 gaagaatataaacatgtatataatcttgttttgaaattatactatatagtgatgaaagggaattaaatatctcatcaacaaatgaaattgatcaccaatt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878586 gaagaatataaacatgtatataatcttgttttgaaattatactatatagtgatgaaagggaattaaatatctcatcaacaaatgaaattgatcaccaatt 33878487  T
Q  112 aaagattcaaattagatctttgttggattctaagtttataggtttattcacctttnnnnnnnnnn-ttataggtttattctcttgagtctacgctgacag 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878486 aaagattcaaattagatctttgttggattctaagtttataggtttattcaccttttaaaaaaaaaattataggtttattctcttgagtctacgctgacag 33878387  T
Q  211 tgcaagaaatactcaaagtcgaataaagttgtgtaaatacaagaacaagtaccaagtataaaaaatatggagaaaagtaatcgnnnnnnn--gtgtatga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||    
T  33878386 tgcaagaaatactcaaagtcgaataaagttgtgtaaatacaagaacaagtaccaagtataaaaaatatggagaaaagtaatcgaaaaaaattgtgtatga 33878287  T
Q  309 gaatggtattattattactactaagagtgagttacatacatcaatcaaacaatcaataacatgtttatccttt-aagggaggatgtgtgatataatatgc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33878286 gaatggtattattattactactaagagtgagttacatacatcaatcaaacaatcaataacatgtttatccttttaagggaggatgtgtgatataatatgc 33878187  T
Q  408 aatcttacataatgaaatgaacgtccgaataaagagaacaaatctcatatttatcgtatcttcctaacaacacttaaaaatttattttgcaagtttctta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  33878186 aatcttacataatgaaatgaacgtccgaataaagagaacaaatctcatatttatcgtatcttcctaactacatttaaaaacttattttgcaagtttctta 33878087  T
Q  508 ttgtattcgaattttgatcttttatggcctctatttatacctaaaaacaattatcttgttagcaaacatcggtagatatatgattaaggcggataggcgt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878086 ttgtattcgaattttgatcttttatggcctctatttatacctaaaaacaattatcttgttagcaaacatcggtagatatatgattaaggcggataggcgt 33877987  T
Q  608 gtttcctctcaattgatggaaggttatacaaaggctatatataacaaccaagttaaagatatatatgattctttctcaaacatactgaactagtacataa 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33877986 gtttcctctcaattgatggaaggttagacaaaggctatatataacaaccaagttaaagatatatatgattctttctcaaacatactg-actagtacataa 33877888  T
Q  708 gttttgaagacatcaat 724  Q
    |||||||||||||||||    
T  33877887 gttttgaagacatcaat 33877871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University