View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16465_low_1 (Length: 940)

Name: NF16465_low_1
Description: NF16465
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16465_low_1
NF16465_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-922)||(35357798-35358696)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 736; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 736; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 35358696 - 35357798
Alignment:
Q  32 ctaataattttcataaaagtatgaatatttacaatttataccttcttacacccaacttataaattcctgaagaaagctttcagcatgttcaatattagag 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35358696 ctaataattttcataaaagtatgaatatttacaatttataccttcttacacccaaattataaattcctgaagaaagctttcagcctgttcaatattagag 35358597  T
Q  132 agatggcgagcccaacttaaggagcttgaattttatgctcaacctgaataggcttctcccacatgcgtaaacatcttttatcagtatatcaatgaataca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35358596 agatggcgagcccaacttaaggagcttgaattttgtgctcaacctgaataggcttctcccacattcgtaaacatcttttatcagtatatcaatgaataca 35358497  T
Q  232 ataataaacattttatgcttcccttctaaagaattgcctagtctagtcttcattatcaacacaaaaagaaaactcactattatgtcatgttaaataattg 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35358496 ataataaacattttatgcttcccttctaaagaattgcctagtctagtcttcattatcaacacaaaaagaaaactcattattatgtcatgttaaataattg 35358397  T
Q  332 tctagtctttatttgtttgtaaattctcaattgtactaaggatataaaagttccat------aatgatggaaaaaaggtttatgcaaaagataaattact 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  35358396 tctagtctttatttgtttgtaaattctcaattgtgctaaggatataaaagttccattactaaaatgatggaaaaaaggtttatgcaaaaaataaattgct 35358297  T
Q  426 tgtgtggcataagcaattgtcttcaaagtctgaggtgcaaaaaatgtctttgaagaaccatggacgttggaaagttacgttgtatcacctcaacttttcc 525  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35358296 tgtgtggcataagcaattgttttcaaagtctgaggtacaaaaaatgtctttgaagaaccatggacgttggaaagttacgttgtatcacctcaactttttc 35358197  T
Q  526 cattgatttctcttacaatgttccacaaaaagtagtgtaatgggaataacattccatcgaattgctatgagttgtaatgtgactgctaagattatcaaag 625  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35358196 cattgatttctcttacaatgttccacaaaaagtagtgtaatgggaataacattccatcgaattgctatgagttgtaatgtgactgctaagattatcaaag 35358097  T
Q  626 attgaggaaaaaatgaaataaaatgagttgttatgacttatgagtggtaattgctatgagttgataaaaactatacttag-ttcttaccaccaacaacaa 724  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35358096 attgaggaaaaaatgaaataaaatgagttgttatgaattatgagtggtaattgctatgagttgataaaaactatacttagtttcttaccaccaacaacaa 35357997  T
Q  725 tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaattgtacattcccatgtgcaaaatgaacatgcaagttttagattctacattcatgaccaaagatgaggcatagaga 824  Q
    |                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35357996 taaaagaaaagaaaaataaaatgaattgtacattcccatgtgcaaaatgaacatgcaagttttaaattctacattcatgaccaaagacgaggcatagaga 35357897  T
Q  825 tgtttaccttatatgacctcccaaaacgaaccaaaactgttgtg-ccctagagctactcctcaagatcagccactaatacctcaaagctgataccaaaa 922  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35357896 tgtttacctcatatgacctcccaaaacgaaccaaaactgttgtgcccctagagctactcctcaagatcagccactaataccccaaagctgataccaaaa 35357798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University