View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16468_high_1 (Length: 784)

Name: NF16468_high_1
Description: NF16468
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16468_high_1
NF16468_high_1
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (17-771)||(54967088-54967840)
chr3 (151-784)||(54979854-54980485)
chr3 (138-771)||(44782523-44783152)
chr3 (139-771)||(39298364-39299001)
chr3 (139-773)||(17645364-17645981)
chr3 (139-362)||(18556305-18556523)
chr3 (230-297)||(50603254-50603320)
chr3 (139-207)||(50603333-50603403)
chr3 (73-126)||(14048528-14048581)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (136-771)||(2307-2939)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (138-772)||(36167186-36167814)
chr8 (139-772)||(41481187-41481815)
chr8 (144-767)||(18951129-18951748)
chr8 (517-767)||(18965826-18966078)
chr8 (140-185)||(18116885-18116930)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (139-772)||(4842648-4843280)
chr7 (136-778)||(25857128-25857770)
chr7 (139-608)||(4835575-4836041)
chr7 (139-771)||(24379279-24379894)
chr7 (139-771)||(27340935-27341565)
chr7 (259-742)||(4603262-4603755)
chr7 (340-693)||(38994237-38994598)
chr7 (230-451)||(13465048-13465264)
chr7 (139-450)||(17845741-17846051)
chr7 (627-772)||(4836030-4836175)
chr7 (488-771)||(17845440-17845726)
chr7 (510-758)||(13465994-13466246)
chr7 (139-316)||(38994060-38994236)
chr7 (654-753)||(38994605-38994705)
chr7 (139-189)||(24380113-24380163)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (139-772)||(342217-342851)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (139-774)||(9757212-9757825)
chr4 (156-731)||(42682854-42683427)
chr4 (164-660)||(37286908-37287402)
chr4 (654-768)||(37287373-37287487)
chr4 (654-771)||(3346319-3346435)
chr4 (523-656)||(3346410-3346541)
chr4 (655-772)||(38394082-38394199)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (153-660)||(37037612-37038112)
chr2 (654-740)||(37037555-37037641)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (228-713)||(16698118-16698603)
chr5 (139-357)||(22763814-22764029)
chr5 (683-770)||(22764036-22764123)
chr5 (139-408)||(33807965-33808213)
chr5 (139-408)||(33811619-33811867)
chr5 (139-408)||(33816537-33816785)
chr5 (139-200)||(16698609-16698670)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (139-360)||(22981494-22981710)
chr6 (139-360)||(23806698-23806914)
chr6 (139-191)||(31151926-31151978)
chr6 (230-297)||(31152009-31152076)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (192-543)||(27641915-27642261)
chr1 (654-774)||(27641311-27641432)
[»] scaffold0045 (2 HSPs)
scaffold0045 (230-450)||(26579-26795)
scaffold0045 (538-772)||(26798-27039)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 771
Target Start/End: Original strand, 54967088 - 54967840
Alignment:
Q  17 gcataggtgataggagttccctcagccaaaacagaccaatgagcagaaattagagattcacaactgtcataagtggtccaggatttataaaatttaaatc 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967088 gcataggtgataggtgttccctcagccaaaacagaccaatgagcagaaattagagattcacaactgtcataagtggtccaggatttataaaatttaaatc 54967187  T
Q  117 taggaataattacctcaaatcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967188 taggaataattacctcaaatcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtcaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgta 54967287  T
Q  217 atgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgata 316  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967288 atgacacaaagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgata 54967387  T
Q  317 acatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctca 416  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967388 a--tgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctca 54967485  T
Q  417 caagaaaactctctatgaggatgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  54967486 caagaaaactctctatgaggatgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcttgctctttgttgttcttctcttatggtgtgttgtgaatgcttga 54967585  T
Q  517 tcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaa 616  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  54967586 tcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaa 54967685  T
Q  617 tgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgc 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  54967686 tgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcctgctacttatcatcacatgc 54967785  T
Q  717 agccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 771  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967786 aaccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 54967840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 151 - 784
Target Start/End: Original strand, 54979854 - 54980485
Alignment:
Q  151 cctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaacctt 250  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  54979854 cctgcataatttccctcctccgtcaactcaaaataagcactagcggaaacgtgaaataaaagtgtaatgacacaaagagaattttagcatggaaaacctt 54979953  T
Q  251 ctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtgga 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54979954 ctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataa--tgggaatacaacaacttcacccttaggtgga 54980051  T
Q  351 tctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgacttttctctt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54980052 tctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcgctatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgacttttctctt 54980151  T
Q  451 gagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaagccaaag 550  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54980152 gagcaaggttctctttctctcttgctctttgttgttcttctcttatggtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaag 54980251  T
Q  551 ttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcatta 650  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54980252 ttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcatta 54980351  T
Q  651 caccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatg 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54980352 caccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcctgctacttgtcatcacatgcaaccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatg 54980451  T
Q  751 tggcaatggctggaccccacaaatcatacataaa 784  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54980452 cggcaatggctggaccccacaaatcatacataaa 54980485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 138 - 771
Target Start/End: Original strand, 44782523 - 44783152
Alignment:
Q  138 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  44782523 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaatagacactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacaaagagaattttag 44782622  T
Q  238 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  44782623 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaaccacgggacccttggacctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaactt 44782719  T
Q  337 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44782720 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgcaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 44782819  T
Q  437 atgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatagga 536  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  44782820 atgacttttctcttgagcaaggctctctttctct--tgctctttgttgttcttctcttgtggtgtgttttgaatgcttgctcatggtcctatttatagga 44782917  T
Q  537 ggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtg 636  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  44782918 gaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtcatttgccttttatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaaatg 44783017  T
Q  637 tctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaat 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  44783018 tctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcaccacatgcaaccttccatcttgtcaaat 44783117  T
Q  737 gtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 771  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44783118 gtatgttgaacatgtggcaatggctggaccccaca 44783152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 139 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 39299001 - 39298364
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgc-ataatttccctcctccgtgaactcaaaatag-gcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 236  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| |||||||    
T  39299001 tgttgggaaatgacttccataatttccctccttcatgaacttaaaatagcgcattagcagaaacgtgaaatataagtgtaatgacacgaagataatttta 39298902  T
Q  237 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 336  Q
    | ||| |||||||||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  39298901 gtgtgaaaaaccttctcaatgtgatgaagg-aaaaatcacgggacccttgtgcctcttaaa--cttccactataatgataaa--gggaatacaacaactt 39298807  T
Q  337 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 436  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||    
T  39298806 cacccttaggtggatctaactacaatatatctctcaatttgtaagga-cactctcacaaattggctcactatttctctcacaaaggaactctccatgagg 39298708  T
Q  437 atgacttttctc--ttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatag 534  Q
    || |||||||||  |||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||    
T  39298707 atcacttttctcatttgagcaagactctctttctctcttgctttttgttgttcttatcttgtggtgtgttgtgaatgcttactcatggttctatttatag 39298608  T
Q  535 gaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaag 634  Q
    ||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||| |    
T  39298607 gagaagcaagccaaagttcatttacatgcatgaagacacttgtcatttgcttttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaaaacatgcatcacaccatg 39298508  T
Q  635 tgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatc 727  Q
    |||||||       ||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||  |||||||     
T  39298507 tgtctcttgcaatgcatgcatcacaacatatgttactcgtacactacactatgtgtacaccatgcaccttaatacttatcatcacatgcaatcttccatt 39298408  T
Q  728 ttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 771  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||| | | |||||||||||||    
T  39298407 ttgtcaaacctatgttggccatgtgggagttgctggaccccaca 39298364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 139 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 17645981 - 17645364
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatg-cctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 237  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||| | || || ||| ||||| ||||| |    |||||||    
T  17645981 tgttgggaaatgacctccataatttccctcatccgtgaactcaaaatagacactagtaggaacataaattataagtgtaatcacacaaa----attttag 17645886  T
Q  238 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||   |||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||||  ||  |||||||||||       
T  17645885 cgtggaaaaccttctcaatataaaaaa---aaaaaccacgggactcttgagcgtcttaaa--cttccactataatgataa--tgacaatacaacaac--- 17645796  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 437  Q
      || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |    
T  17645795 --ccctaggtggatctcactacaacgtatctctcaatttgtaaggaacactcttacaaattggctcactatttatctcacaaggaaactctttatgagaa 17645698  T
Q  438 tgacttt--tctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatagg 535  Q
    | |||||  ||| ||||  |||| |||  || |||| || | ||||||||||| ||| | | ||||||||||||| || | ||||| ||               
T  17645697 tcactttcctcttttgattaagggtcttcttttctcttgttttttgttgttctactcctgtggtgtgttgtgaattctagctcatgctc----------- 17645609  T
Q  536 aggagcaagccaaag-ttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaag 634  Q
     | | |||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |    
T  17645608 -gaatcaagccaaagtttgccttacatgcatgaacacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttccaatgaatgcaccgcaccatg 17645510  T
Q  635 tgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatc 727  Q
    |||||||       ||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| |  | |||||||| || | |||||||||| |||||||||| ||||| |      
T  17645509 tgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatatgttactcatacactacacaaactatacaccatacaccctgctacttgtgatcacatgcaaccttcgagt 17645410  T
Q  728 ttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaaa 773  Q
    |||||||||  | ||||| || |||||||| | |||||||||||||    
T  17645409 ttgtcaaatacaagttggccacgtggcaatcgatggaccccacaaa 17645364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 139 - 362
Target Start/End: Original strand, 18556305 - 18556523
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    ||||||||||  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | | |||||||||    
T  18556305 tgttgggaaacacctacataatttgcctcctccatgaactcaaaataggtaccagcagaaacgtgaaatataagcgtaatgacac--ataaaattttagc 18556402  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagg-gaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||    
T  18556403 gtggaaaaccttctcaatctgagaaaggcaaaaaaccacgggaccctcgagcctctt--aaacttccactataatgaca--atgagaatacaacaacttc 18556498  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaat 362  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  18556499 acccttaggtggatctcattacaat 18556523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 230 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 50603320 - 50603254
Alignment:
Q  230 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaa 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  50603320 aattttagcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-gaaaaaaccacggaacccgtaggcctcttaaa 50603254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 50603403 - 50603333
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaat 207  Q
    |||||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||    
T  50603403 tgttgggaaatgccagtacaatttctctcctccgtgaactcaaaatagacactttagcgaaaacgtaaaat 50603333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 14048581 - 14048528
Alignment:
Q  73 ttcacaactgtcataagtggtccaggatttataaaatttaaatctaggaataat 126  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||||    
T  14048581 ttcacaactatcaaaagtggtccaggatttaaagaacttaaatctaggagtaat 14048528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 136 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 2939 - 2307
Alignment:
Q  136 tcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttt 235  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  2939 tcatgttgggaaatgcatgcataatttcccttctccgtgaactcaaaatagacactagcggaaacgtgaaatataagcgtaatgacacaaagagaatttt 2840  T
Q  236 agcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaac 334  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  2839 agcgtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaac 2743  T
Q  335 ttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatga 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2742 ttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacgctctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatga 2643  T
Q  435 ggatgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatag 534  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2642 ggatgacttt-ctcatgagcaaggctctctttttctcttgctctttgttgttcttctcttgtggtgtgttttgaatgcttgatcatggtcctatttatag 2544  T
Q  535 gaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaag 634  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2543 gaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaagacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaag 2444  T
Q  635 tgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaa 734  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  2443 tgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgaaaccttccatcttgtcaa 2344  T
Q  735 atgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 771  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2343 atgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 2307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 138 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 36167814 - 36167186
Alignment:
Q  138 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  36167814 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacaaagagaattttag 36167715  T
Q  238 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  36167714 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaaccacgg-acccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaactt 36167619  T
Q  337 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 436  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36167618 cacccttaggtggatctcactataatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 36167519  T
Q  437 atgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatagga 536  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  36167518 atgacttttctcttgagcaaggctctctttctct--tgctctttgttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttatagga 36167421  T
Q  537 ggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtg 636  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  36167420 gaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgttattttcctttcatgcaaa-caccaagtgtcccttgcattgcatgcaccacaccaagtg 36167322  T
Q  637 tctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaat 736  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36167321 tctctcatgcattacaacatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccatcttgtcaaat 36167222  T
Q  737 gtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 772  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36167221 gtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 36167186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 41481815 - 41481187
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  41481815 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaatagacactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacaaagagaattttagc 41481716  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41481715 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaacttc 41481619  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41481618 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 41481519  T
Q  438 tgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggag 537  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  41481518 tgacttttctcttgagcaaggctctctttctct--tgctctttgttgttcttctcttgtggtgtgttatgaatgcttgctcatggtcctatttataggag 41481421  T
Q  538 gagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgt 637  Q
     ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  41481420 aagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtaatttacctttcatgcaaa-caccaagtgtccattgcaatgcatgcaccacaccaagtgt 41481322  T
Q  638 ctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatg 737  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41481321 ctctcatgcattacaacatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccatcttgtcaaatg 41481222  T
Q  738 tatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 772  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41481221 tatgttggacatgtagcaatggctggaccccacaa 41481187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 144 - 767
Target Start/End: Original strand, 18951129 - 18951748
Alignment:
Q  144 ggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtgga 243  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    |||||||| ||||    
T  18951129 ggaaatgcctgcataatttgcctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacatgaaatataagcgtaatgacacaga----attttagcatgga 18951224  T
Q  244 aaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcaccct 342  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18951225 aaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacgagacctttgggcttcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaacttcaccct 18951321  T
Q  343 taggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgact 442  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  18951322 taggttgatctcactataatttatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcattatttccctcaagagaaaactctctacgaggatgact 18951421  T
Q  443 tttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagca 542  Q
    |||||||| | ||||  ||| |||||||| || | ||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||| | ||    
T  18951422 tttctcttaaacaagactctttttctctcttgatttttgttgttcttctcttgtggtttgtcgtgaatgcttgcttatggtcttatttataggagaaaca 18951521  T
Q  543 agccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct- 641  Q
    |||||||| || ||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  18951522 agccaaagctgccttacatgcatgagaacacttgtcattttcctttcatgcaaatcaccaattgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtccctt 18951621  T
Q  642 -catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtat 740  Q
     ||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  18951622 acatgcaccacaacatgtgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttttcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtat 18951721  T
Q  741 gttggacatgtggcaatggctggaccc 767  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18951722 gttggtcatgtggcaatggctggaccc 18951748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 517 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 18966078 - 18965826
Alignment:
Q  517 tcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaa 616  Q
    |||||||| || ||||||||| || ||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  18966078 tcatggtcttatttataggagaaggaagccaaagctgccttacatgcatgaagacatttgtcattttcctttcatgcaaatcaccaactgtcccttgcaa 18965979  T
Q  617 tgcatgcaccacaccaagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacat 714  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  ||||||  | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18965978 tgcatgcaccacaccaagtgtcccttgcatgcaccaaaacatgtgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacat 18965879  T
Q  715 gcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccc 767  Q
     |  | |||||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  18965878 actacgttccattttgtcaaatacatgttggccatgtgacaatggctggaccc 18965826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 185
Target Start/End: Original strand, 18116885 - 18116930
Alignment:
Q  140 gttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaata 185  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||    
T  18116885 gttgggaaatgcctgcataatttacctcgtctgtgaacttaaaata 18116930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 772
Target Start/End: Original strand, 4842648 - 4843280
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4842648 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataagtgtaatgacacaaagagaattttagc 4842747  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  4842748 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacaggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataata--ggaatacaacaacttc 4842844  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4842845 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttttaaggaacactctcacaaattggctcaatatttctctcacaagaaaactctttatgagga 4842944  T
Q  438 tgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctcttt-gttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatagga 536  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4842945 tgacttttctcttgagcaaggctctctttctctcttgctcttttgttgttcttttcttgtggtgtgttttgaatgcttgttcatggtcctatttatagga 4843044  T
Q  537 ggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtg 636  Q
    | |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  4843045 gaagcaagtcaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgctatgcatgcaccacaccaagtg 4843144  T
Q  637 tctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaat 736  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  4843145 tctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacacaatgcaccttgctacttctcatcacatgcaaccttccatcttgccaaat 4843244  T
Q  737 gtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 772  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4843245 gtatgttggccatgtggcaatggctggaccccacaa 4843280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 136 - 778
Target Start/End: Original strand, 25857128 - 25857770
Alignment:
Q  136 tcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttt 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  25857128 tcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaacttaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataagcgtaatgacacagaga--atttt 25857225  T
Q  236 agcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaact 335  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  25857226 agcgtggaaaaccttctcaatgtgagaaaaggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaact 25857322  T
Q  336 tcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgag 435  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25857323 tcacctttaggtggatctcactacaatatatctcttaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgag 25857422  T
Q  436 gatgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatagg 535  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  25857423 gatgacttttctcttgagcaaggctctctttctctcttgctctttgttgttcttctattgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttatagg 25857522  T
Q  536 aggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcac----cacacc 631  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||    ||||||    
T  25857523 agaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtcatttgcctttcatgcaaa-caccaagtgtcccttgcaatgcatgcacgcaccacacc 25857621  T
Q  632 aagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatctt 729  Q
    || |||| ||  ||||||  ||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  25857622 aaatgtcccttgcatgcaccacaacacatgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccatttt 25857721  T
Q  730 gtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaaatcata 778  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25857722 gtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaattcata 25857770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 608
Target Start/End: Original strand, 4835575 - 4836041
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4835575 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccatgaactcaaaataggcactagtggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacagaga--attttagc 4835672  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  4835673 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatgcaacaacttc 4835769  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4835770 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 4835869  T
Q  438 tgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctc-tttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatagga 536  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4835870 tgacttttctcttgagcaaggctctctttctctcttgctcttttgttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttatagga 4835969  T
Q  537 ggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtc 608  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4835970 gaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtc 4836041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 771
Target Start/End: Original strand, 24379279 - 24379894
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||| ||||| ||||||| |    
T  24379279 tgttggaaaatgtctacataatttctctcctccgtgaacttaaaataggcactagtggaaacgtaaaatataaacgtaatgacatagagataattttaac 24379378  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 338  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  24379379 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggatctttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataata--ggaatacaacaacttca 24379475  T
Q  339 cccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggat 438  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24379476 cccttaggtggatctccctacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcataaattggctcactatttctttcacaagaaaactctctatgaggat 24379575  T
Q  439 gacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggagg 538  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||        |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |     
T  24379576 gacttttctctcgagcaagactctcttt--------ctctttgttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttatagccga 24379667  T
Q  539 agcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtc 638  Q
    || |||||||||||| ||||||| ||||||||       ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  24379668 aggaagccaaagttgccttacatgcatgaaga-------catttgccttt-atgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacacaaagtgtc 24379759  T
Q  639 tct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaat 736  Q
    |||  ||||||  ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  24379760 tcttgcatgcaccacaacatatgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctgcttgttatcagatgcaaccttccattttgtcaaat 24379859  T
Q  737 gtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 771  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24379860 gtatgttggccatgtggcaatggctggaccccaca 24379894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 139 - 771
Target Start/End: Original strand, 27340935 - 27341565
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatg-cctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 237  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  27340935 tgttgggaaataacctccataatttccctcttttgtgaactcaaaataggcactagcggaaacatgaaatataagcgtaatgacacagaga--attttag 27341032  T
Q  238 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||  |||| |||| ||||||||  ||| ||||||| ||||||    
T  27341033 cgtggaaaaccttctcaatgtaagaaagg-aaaaaccacgggacccttgtacctcttaaa--cttctactacaatgataa--tggaaatacaataacttc 27341127  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 437  Q
     |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  27341128 tc--ttagatggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaggttggctcactatttctctcacaaagaaactctatatgagga 27341225  T
Q  438 tgacttttctc--ttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattatagg 535  Q
    | |||||||||  ||||||| |  |||||||||||| |||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||    
T  27341226 taacttttctcttttgagcatgactctctttctctcttgct-tttgttgttcttct-ttgtggtgtgttgtgaatgcttgcccatggtcccatttatagg 27341323  T
Q  536 aggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagt 635  Q
    || |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||    
T  27341324 agaagcaagtcaaagttgccttacatgcatgaagacacttgccattttcctttcaagcaaaacaccaagtgccccttgtaatgcatgcaccacaccatgt 27341423  T
Q  636 gtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatct 728  Q
    ||||||       ||||||  ||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||| | |||| | |    
T  27341424 gtctcttgcaatgcatgcaccacaacatg-gtaactcatatactacaccatgtgtacaccatgccccttgctacttgtcatctcgtgcaactttcccttt 27341522  T
Q  729 tgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 771  Q
    ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  27341523 tgtcaaatgcatattggccatgtggcaatggctagaccccaca 27341565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 259 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 4603755 - 4603262
Alignment:
Q  259 gagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcact 357  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4603755 gagaaagggaaaaaaccacgggacctttgggcctcttaaac-cttccactataatgataa--tggaaatacaacaactttacccttaggtggatctcact 4603659  T
Q  358 acaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgacttttctcttgagcaag 457  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  4603658 acaatatatctttcaatttgtaaggaacactt--acaaattggctctctatttctctcacaagaaaactctttatgaagataacttttctcttgagcaag 4603561  T
Q  458 gttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagttgtctt 557  Q
      ||||||||| || |||| || ||||||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||  |||    
T  4603560 actctctttctatcttgcttttcgttgttcttatcttgtggtgtgttgtgaatgcttgttcatgatcctatttataggagaagcaaaccaaagtttcctt 4603461  T
Q  558 acatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct--catgcattacacca 655  Q
    |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||  |   ||    
T  4603460 acatgcacgaagacatttgtcatttgcctttcatgcacaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcacaacaccaagtgtcccttgcatgcaccaacaca 4603361  T
Q  656 tgtgttactcatacactacaccatgtg------------tacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgt 742  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4603360 tgtgtcactcatacactacaccatgtgttactgatacactacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgt 4603262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 340 - 693
Target Start/End: Original strand, 38994237 - 38994598
Alignment:
Q  340 ccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaag-aaaactctctatgaggat 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38994237 ccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactatcacaaattggctcattatttctctcacaaggaaaactctctatgaggat 38994336  T
Q  439 gacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggagg 538  Q
     |||||||| ||||||||   || ||||||||| || | ||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| |||||||| || |||||||||     
T  38994337 tacttttcttttgagcaaaactccctttctctcttgttttttgttgttcttctcttgtggtgtgttgtgattacttgctcatggtcatatttataggaga 38994436  T
Q  539 agcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtc 638  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||    
T  38994437 agcaagccaaagttgtcttacgtgcatgaagaaacttgtcatttgcatttcatgcaaaacatcaagtgtcccatgcaatgcatgcaccacaccatgtgtc 38994536  T
Q  639 tct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgca 693  Q
    | |        |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38994537 ttttgtaatatatgcaccacaacatgtgttactcatacactacatcatgtgtacactatgca 38994598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 230 - 451
Target Start/End: Original strand, 13465048 - 13465264
Alignment:
Q  230 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaataca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  13465048 aattttagcgtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacaggacccttgggcctcttaaaa-catccactataatgataa--tgggaataca 13465144  T
Q  330 acaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctc 429  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||    
T  13465145 acaagttcaccctcaggtggatctcactacaatgtatctctcaatttgtaaggaacactcttacaaattggttcactatt--tctcacaagaaaacattc 13465242  T
Q  430 tatgaggatgacttttctcttg 451  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  13465243 tatgaggatcacttttctcttg 13465264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 139 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 17846051 - 17845741
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgc-ataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 237  Q
    |||||||||||| || | ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||  |||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  17846051 tgttgggaaatgacttccataattttcctcctccgtgaacttaaaattggcattaggagaaatgtgaaatataagcgtaaagacaca-agagaattttag 17845953  T
Q  238 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
     ||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  17845952 agtggaaaaccttcccaatgtgaggaagg-aaaaaccacaggacctttggacctcttaaa--cttccactataatgataa--tggaaatacaacaacttc 17845858  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctca----caaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatg 433  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||     
T  17845857 acccttaggtgaatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcataattaaattgactcaatatttctctcacaaggaaactctttatt 17845758  T
Q  434 aggatgacttttctctt 450  Q
    ||||| |||||||||||    
T  17845757 aggatcacttttctctt 17845741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 627 - 772
Target Start/End: Original strand, 4836030 - 4836175
Alignment:
Q  627 acaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccat 726  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4836030 acaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcaccttgctacttgtcatcacatgcaaccttccat 4836129  T
Q  727 cttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 772  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4836130 cttgtcaaatgtatgttggccatgtggcaatggctggaccccacaa 4836175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 488 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 17845726 - 17845440
Alignment:
Q  488 ttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctt 587  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||  ||||||  |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17845726 ttctcttgtggtgtgttatgaatgcttgtccatggtcctatttataggacaagcaagttaaagatgccttacatacatgaagacacttgtcatttgcctt 17845627  T
Q  588 tcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct---catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgta 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  17845626 tcatgcaaaacaccaaatgtcccttgcaatgcatgcaccacaccacatgtctcttgcaaagcactacaacatgtgttactcatacaccataccatgtgta 17845527  T
Q  685 caccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccaca 771  Q
    ||||||||| |||  |||||||| ||||||||| ||||| || || |||||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||    
T  17845526 caccatgcaccttattacttgtcttcacatgcaaccttctattttatcaaatatatgttggcgatgtgacaatggctgaaccccaca 17845440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 510 - 758
Target Start/End: Original strand, 13465994 - 13466246
Alignment:
Q  510 tgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcc 609  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||    
T  13465994 tgcttgctcatggtcctatttataggagaaacaagccaaagttatcttacatgcatgaagacacttgtcatttgtctttcatgcaaaacacttagtgtcc 13466093  T
Q  610 cttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctac 702  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||       | | ||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||   |||    
T  13466094 cttgcaatgcatgcaccacaccatgtgtcacttgcaatgcgtacaccacaacatgtgttactcatacattacaccatatgtacaccatacacct---tac 13466190  T
Q  703 ttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatg 758  Q
    | || |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||  |||||| |||||    
T  13466191 tagttatcacatgcaaccttctattttgtcaaatatatgttgtccatgtgacaatg 13466246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 139 - 316
Target Start/End: Original strand, 38994060 - 38994236
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    ||||||||||| | |||||||||||  || ||| |||||| ||||||| |||   ||||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||| |    
T  38994060 tgttgggaaatacatgcataatttctatcatccatgaacttaaaatagacaccgacggaaacatgaaatataaatgtaatgacacaaagagaattttaac 38994159  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgata 316  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  38994160 gtggaaaaccttctcaatgcgagaaagggaaaaaccacgggaccctcgagcctctt-aaaactttcattataatgata 38994236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 654 - 753
Target Start/End: Original strand, 38994605 - 38994705
Alignment:
Q  654 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttcca-tcttgtcaaatgtatgttggacatgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | ||||||    
T  38994605 catgtgttactcatacactacttcatgtgtacttcatgcaccttgctacttgtcatcacatgcaacattccatttttgtcaaatgtatgttcgtcatgtg 38994704  T
Q  753 g 753  Q
    |    
T  38994705 g 38994705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 139 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 24380163 - 24380113
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggca 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24380163 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctctgtgaactcaaaataggca 24380113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 772
Target Start/End: Original strand, 342217 - 342851
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  342217 tgttggaaaatgcctgcataattttcctcctccgtgaactcaaaataggcactagcagaaacgtgaaatataagcgtaatgacacaaaga--attttagc 342314  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaa-aaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  342315 gtgaaaaaccttctcaatatgagaaatggaagaaaccacgggatccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaatttc 342411  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 437  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  342412 acccttaggtgtatctgactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 342511  T
Q  438 tgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggag 537  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  342512 tgacttttctcttgagcaaggctctctttctctcttgctctttgttgttcttctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggag 342611  T
Q  538 gagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcac----cacaccaa 633  Q
     ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||    ||||||||    
T  342612 aagcaagccaaagttgacttacatgcatgaagacatttgtcatttgcctttcatgcaaa-caccaagtgtcccttgcaatgcatgcacgcaccacaccaa 342710  T
Q  634 gtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgt 731  Q
     |||| ||  ||||||  ||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  342711 atgtcccttgcatgcaccacaacaaatgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccattttgt 342810  T
Q  732 caaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 772  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  342811 caaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 342851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 774
Target Start/End: Original strand, 9757212 - 9757825
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9757212 tgttggtaaatgcctgcataatttccttcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataagcgtaatgacacaaagagaattttagc 9757311  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctctt-aaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 337  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9757312 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaacttc 9757409  T
Q  338 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 437  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  9757410 acccttaggtggatctcactataatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcaaaagaaaactctctatgaaga 9757509  T
Q  438 tgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggag 537  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||          ||| ||||||||| | |||| || |||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  9757510 tgacttctctcttgagcaaggctctctttctctc----------ttgctcttctcttgtggtgt-ttttgaatgcttgctcatggtcctatttataagag 9757598  T
Q  538 gagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgt 637  Q
     ||| ||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  9757599 aagccagccaaagttgcctcacatgcatgaagacatttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagggt 9757698  T
Q  638 ctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaa 735  Q
    | ||  ||||||  ||| ||  ||  || |||||||||||||||||           ||||| |||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||    
T  9757699 cccttgcatgcaccacaacacatgccacccatacactacaccatgt-----------atcttactacttgtcatcacatactaccttccattttgtcaaa 9757787  T
Q  736 tgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaaat 774  Q
     ||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||    
T  9757788 -gtatgctgtacatgtggcaatggttggatcccacaaat 9757825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 156 - 731
Target Start/End: Original strand, 42682854 - 42683427
Alignment:
Q  156 ataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaa 255  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| || |||||||||||| |    |||| ||||||||||||||||||||    
T  42682854 ataatttccttcccccgtgaactcaaaatagacactagcgaaaacgtaaaatataaacgtaatgacacata----atttcagcgtggaaaaccttctcaa 42682949  T
Q  256 tatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctca 355  Q
    | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42682950 tgtgagaaagg-aaaaatcacgggacccttggacctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaacttcacccttaggtgcatctca 42683045  T
Q  356 ctacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgacttttctcttgagca 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  42683046 ctacaatatatctctcaatttgtaaggaacactcttacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctttgtgaggatgagttttctcttgagca 42683145  T
Q  456 aggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagttgtc 555  Q
    ||  ||||| |||||| |||| |||||||||||| || | | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  42683146 agactctctctctctcttgctttttgttgttcttatcctgtggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagtcaaagttgtc 42683245  T
Q  556 ttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcat 648  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||        |||||     
T  42683246 ttacatgcatgaagacacttgtcatttgtctttcatacaaaacacgaagtgt-ccttgcaatgcatgcaacacaccacgcgtctcttgtaatgtatgcac 42683344  T
Q  649 tacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgt 731  Q
     |   ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  42683345 catgacatgtgttactcatatactacatcatgtgtacaccatgcaccttgttacttgtcatcacatacaacctttcattttgt 42683427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 164 - 660
Target Start/End: Original strand, 37286908 - 37287402
Alignment:
Q  164 cctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaa 263  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  37286908 cctcctccgtgagctcaaaataaacactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacagaaagaaaattttagcatggaaaaccttctcaatgtga-aa 37287006  T
Q  264 agggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaac-ttcacccttaggtggatctcactacaat 362  Q
    | ||||||| ||||||||||||  || ||||  |||||||||||||||| |||  ||  |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  37287007 aaggaaaaatcacgggacccttaagcatctt--aaacttccactataataata--ataagaatacaacaactttcacccttagatggagctcactacaat 37287102  T
Q  363 atatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgacttt--tctcttgagcaaggtt 460  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||  || | |||  | | |||||||||  |    
T  37287103 atatctctcaatttgtaaggaacattaacacaaatcggctcactgtttctctcagaaggaaattctctatgaacatcaattttatgttttgagcaagact 37287202  T
Q  461 ctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagttgtcttaca 560  Q
     |||||||||| |||| |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37287203 ttctttctctcttgctttttgttattcttttcttgtggtgtgttgtgaatgcttactcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgtcttaca 37287302  T
Q  561 tccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgt 660  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||| || ||||  ||||| || ||||||||||||    
T  37287303 tgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacactaagtgtcccttgaaatgcatgcaccacaacatgtgttactcatacactacaccatgtgt 37287402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 654 - 768
Target Start/End: Original strand, 37287373 - 37287487
Alignment:
Q  654 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 753  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |  | |||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||  ||||||    
T  37287373 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacactatgcaccttaccatatctcatcacatgcaaccttctattttatcaaatgtatgttggctatgtgg 37287472  T
Q  754 caatggctggacccc 768  Q
    |||||||||||||||    
T  37287473 caatggctggacccc 37287487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 654 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 3346435 - 3346319
Alignment:
Q  654 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 753  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  3346435 catgtgtcactcatacactacaccatatgtacatcatgcaccttgctatttgtcatcacaagcaaccttccattttgtcaaatgtatgttgta-atgtgg 3346337  T
Q  754 caatggctggaccccaca 771  Q
    ||||  |||| |||||||    
T  3346336 caataactgggccccaca 3346319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 523 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 3346541 - 3346410
Alignment:
Q  523 tcctaattataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatg 622  Q
    ||||| ||||||||| || |||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||| ||||  |||    
T  3346541 tcctatttataggagaagtaagttaaagttgtcttacatgcataaagacacttgtcatttgactttcatgtaaaacatcaagtgtcccttgcaat--atg 3346444  T
Q  623 caccacaccaagtgtctctcatgcattacaccat 656  Q
    ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||    
T  3346443 caccacaacatgtgtcactcatacactacaccat 3346410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 655 - 772
Target Start/End: Original strand, 38394082 - 38394199
Alignment:
Q  655 atgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtggc 754  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||  || ||| |    
T  38394082 atgtgttactcatacaccacactatgtgtacatcgtgcacgttgctacttgtcatcacatgcaacattctattttatcaaatgtatgttgaccacgtgac 38394181  T
Q  755 aatggctggaccccacaa 772  Q
    |||| || ||||||||||    
T  38394182 aatgactagaccccacaa 38394199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 287; Significance: 1e-160; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 153 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 37038112 - 37037612
Alignment:
Q  153 tgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttct 252  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    |||||| |||||| |||   |||||||| ||||||||||||    
T  37038112 tgcataatttctctcctccgtgaactcaaaataggcactagcgaaaacctgaaatctttgcgtaaagacacatagat--ttttagcgaggaaaaccttct 37038015  T
Q  253 caatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatc 352  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37038014 caatgtgagaaagg-agaaaccacgggacccttgggcctcttaaa--ctttcactataacgataa--tgagaatacaacaacttcactcttaggtggatc 37037920  T
Q  353 tcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgacttttctcttga 452  Q
    ||| |||||| |  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37037919 tcattacaatctgactctcaatttataagaaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatcacttttctcttga 37037820  T
Q  453 gcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaagccaaagtt 552  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  37037819 gcaaggctctctttctctcttgctttttgttgtttttctcttgcggtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagacaaagtt 37037720  T
Q  553 gtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattaca 652  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||| || ||||    
T  37037719 gtcttacatgcatgaaaacacttgtcatttgtctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttccaatgcatgcaccacaacatgtgttgctcatacactaca 37037620  T
Q  653 ccatgtgt 660  Q
    ||||||||    
T  37037619 ccatgtgt 37037612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 654 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 37037641 - 37037555
Alignment:
Q  654 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtat 740  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  37037641 catgtgttgctcatacactacaccatgtgtacaccatgcaccttactacttgtcatcacatgcaacctttcattttgtcaaatgtat 37037555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 228 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 16698603 - 16698118
Alignment:
Q  228 agaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaata 327  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16698603 agaattttagtgtggaaatccttctcaatgtgagaaagggaaaaattatgggacccttggacctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaata 16698507  T
Q  328 caacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactc 427  Q
    ||||   |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  16698506 caac---ttcacccttatgtggatctcactacaatgtatctctcaatttgtaagaaacactctcacgaattgggtccctatttctcccacaagaaaactc 16698410  T
Q  428 tctatgaggatgacttttctcttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttcttctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtccta 527  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  16698409 tctatgaggatcacttttctcttgagcaaggctatcttcctctcttgctttttgttgttcttctcttgtggtgtattgtgaatgcttgatcatgatccta 16698310  T
Q  528 attataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcacca 627  Q
     ||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  16698309 tttacaggagaagcaagcaaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgcaaaacatcaagtgtcccttgcaatgcatgcacca 16698210  T
Q  628 caccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcaca 713  Q
    ||||| ||||||||       ||||||  ||| |||||||   |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  16698209 caccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatatgtacatcatgcaccttgctac-tgtcatcaca 16698118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 139 - 357
Target Start/End: Original strand, 22763814 - 22764029
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||||||||| | ||||||||| | ||||| | ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  22763814 tgttgggaaatgtcagcataattttcttcctcggagaatttaaaataggcactagcagaaacgtgaaatataagcgtaatgatacaaagagaattttagc 22763913  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 338  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22763914 atggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggaccattgggcctctt-aaaacttatgctataatgata--atgggaatacaacaacttca 22764010  T
Q  339 cccttaggtggatctcact 357  Q
    | |||||||| ||||||||    
T  22764011 ctcttaggtgaatctcact 22764029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 683 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 22764123 - 22764036
Alignment:
Q  683 tacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccac 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22764123 tacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgttggacatgtggcaatggttggaccccac 22764036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 33808213 - 33807965
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |           ||||||||| | | |||||||    
T  33808213 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactttagcggaaacgtaa-----------aatgacaca-acaaaatttta 33808126  T
Q  237 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 336  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | ||||||||  |||  ||||||||||| |||  |||||||||||| | |||    
T  33808125 gcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-ggaaaaaccacgggacccgtaggcctctt--aaatctccactataataata--atgggaatacaa-atctt 33808032  T
Q  337 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactat 408  Q
    |||||| ||||||| || ||     ||| | ||||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  33808031 caccctcaggtggacctaac-----tatgtatctcaatttgtagatacaactctcacaaattggctcactat 33807965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 33811867 - 33811619
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |           ||||||||| | | |||||||    
T  33811867 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactttagcggaaacgtaa-----------aatgacaca-acaaaatttta 33811780  T
Q  237 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 336  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | ||||||||  |||  ||||||||||| |||  |||||||||||| | |||    
T  33811779 gcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-ggaaaaaccacgggacccgtaggcctctt--aaatctccactataataata--atgggaatacaa-atctt 33811686  T
Q  337 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactat 408  Q
    |||||| ||||||| || ||     ||| | ||||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  33811685 caccctcaggtggacctaac-----tatgtatctcaatttgtagatacaactctcacaaattggctcactat 33811619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 33816785 - 33816537
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |           ||||||||| | | |||||||    
T  33816785 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactttagcggaaacgtaa-----------aatgacaca-acaaaatttta 33816698  T
Q  237 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 336  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | ||||||||  |||  ||||||||||| |||  |||||||||||| | |||    
T  33816697 gcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-ggaaaaaccacgggacccgtaggcctctt--aaatctccactataataata--atgggaatacaa-atctt 33816604  T
Q  337 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactat 408  Q
    |||||| ||||||| || ||     ||| | ||||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  33816603 caccctcaggtggacctaac-----tatgtatctcaatttgtagatacaactctcacaaattggctcactat 33816537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 16698670 - 16698609
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaac 200  Q
    |||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16698670 tgttgggaaatatatgcataatttccatcctccgtgaactcagaataggcactagcggaaac 16698609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 139 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 22981710 - 22981494
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  22981710 tgttgggaaatgactgcataatttcccccctccgtgaactcaaaacaggcactagcggaaacgtgaaaaataagcgtaatgacaca--gagaattttagc 22981613  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 338  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22981612 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctctt-aaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaacttca 22981516  T
Q  339 cccttaggtggatctcactaca 360  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  22981515 cccttaggtggatttcactaca 22981494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 139 - 360
Target Start/End: Original strand, 23806698 - 23806914
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 238  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  23806698 tgttgggaaatgactgcataatttcccccctccgtgaactcaaaacaggcactagcggaaacgtgaaaaataagcgtaatgacac--agagaattttagc 23806795  T
Q  239 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 338  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  23806796 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctctt-aaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaacttca 23806892  T
Q  339 cccttaggtggatctcactaca 360  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  23806893 cccttaggtggatttcactaca 23806914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 191
Target Start/End: Original strand, 31151926 - 31151978
Alignment:
Q  139 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcact 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  31151926 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctctctgaactcaaaataggcact 31151978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 297
Target Start/End: Original strand, 31152009 - 31152076
Alignment:
Q  230 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaa 297  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| || | |||||||||||    
T  31152009 aattttaatgtggaaaaccttctcaatgtgagtaagaaaaaaaccacgggatccgtaggcctcttaaa 31152076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 5e-83; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 192 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 27642261 - 27641915
Alignment:
Q  192 agcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcct 291  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||  ||| ||| ||    
T  27642261 agcggaaacgtgaaatataagcgtaatgataca-ag-gaattttggcgtgtaaaaccttctcaatgtgagaaaggaaaaaatcacggggtcctcgggtct 27642164  T
Q  292 cttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctc 391  Q
    ||||||  ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27642163 cttaaa--cttccactataataataa--tgggaataaaacaacttcatctttaagtggatctcactacaatatatctctctatttgtaaggaacactctc 27642068  T
Q  392 acaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatgacttttctc--ttgagcaaggttctctttctctcatgctctttgttgttctt 489  Q
    |||||||| ||  |||||||||||| ||| ||||| | || |||||| |||||||||  |||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  27642067 acaaattgacttcctatttctctcaaaaggaaactttttacgaggatcacttttctcttttgagcaagactctctttctctcttgct-tttgttgttctt 27641969  T
Q  490 ctcttatagtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctaattataggaggagcaa 543  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||    
T  27641968 ctcttgtggtgtgttgtgaatgcttgattatggtcttatttataggagaagcaa 27641915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 654 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 27641432 - 27641311
Alignment:
Q  654 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 753  Q
    |||||||||||||||||| |||| || || | ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  27641432 catgtgttactcatacacaacactatctgcataccatgcacattgctacttgtcatcacatgcaaccttccatgttgtcaaatgtatgttggccaagtgg 27641333  T
Q  754 -caatggctggaccccacaaat 774  Q
     ||||| |||||||||||||||    
T  27641332 ccaatgactggaccccacaaat 27641311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 118; Significance: 9e-60; HSPs: 2)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 230 - 450
Target Start/End: Original strand, 26579 - 26795
Alignment:
Q  230 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaataca 329  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  | |||||||    
T  26579 aattttagggtggaaaaccttttcaatgtgagtaagg-aaaaactacgggacccttgggcctcttaaa--cttccactctaatgataac--gagaataca 26673  T
Q  330 acaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactct- 428  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  26674 actactccacccttaggtggatctcactacaatttatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactattt-tctcacaaaaaaactcta 26772  T
Q  429 -ctatgaggatgacttttctctt 450  Q
     ||||| |||| |||||| ||||    
T  26773 gctatgcggatcacttttatctt 26795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 538 - 772
Target Start/End: Original strand, 26798 - 27039
Alignment:
Q  538 gagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgt 637  Q
    |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||  || |||  |||||||||||||| || |    
T  26798 gagcaagccaaagttgcctcacatgcatgaagacacttgttattttcctttcatgcaaaacaccaagtgtcagttgcaacacatgcaccacaccatgtat 26897  T
Q  638 ctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttg 730  Q
    ||||       ||||||| | | || |||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  26898 ctcttgcaatacatgcatcataacacgtgttactcatacactacactatttgtacaccatacaccttgctacttgtcatcacatgcaacctttcattttg 26997  T
Q  731 tcaaatgtatgttggacatgtggcaatggctggaccccacaa 772  Q
    |||||||||||||||    |||||||| | ||||||||||||    
T  26998 tcaaatgtatgttggcggcgtggcaatagttggaccccacaa 27039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University