View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16468_high_5 (Length: 557)

Name: NF16468_high_5
Description: NF16468
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16468_high_5
NF16468_high_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-542)||(36100971-36101512)
chr4 (1-542)||(36089559-36090105)
chr4 (46-542)||(21483004-21483500)
chr4 (50-534)||(34970876-34971360)
chr4 (1-542)||(36108230-36108777)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-528)||(8338855-8339382)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (50-547)||(6839046-6839543)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 542
Target Start/End: Original strand, 36100971 - 36101512
Alignment:
Q  1 taaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaacaattgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36100971 taaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaacaattgaa 36101070  T
Q  101 agacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnnggtatg 200  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  36101071 agacttttgccgttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacatttttttggtatg 36101170  T
Q  201 atattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaaaccaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36101171 atattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgaagaaaccaat 36101270  T
Q  301 tcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36101271 tcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattg 36101370  T
Q  401 ccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaacatcatg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36101371 ccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaacatcgtg 36101470  T
Q  501 tgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 542  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36101471 tgaatttttcaaggttgtttcacgaattcatgacgccctatg 36101512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 36090105 - 36089559
Alignment:
Q  1 taaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtg------gtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaaca 94  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||      || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  36090105 taaagatctttttattagagctcaacataatgttgttcaaattggtgaacatggtgaaaaggtagtgcaagttagtttcattggtcaatttttagggaca 36090006  T
Q  95 attgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnn 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||            
T  36090005 attgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaagtgattgttcttcaatgtcttggattaattccac-ttttttt 36089907  T
Q  195 ggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaa 294  Q
    |||||| ||  |||||     ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| | ||||| |||||| ||||    
T  36089906 ggtatggtaaaccaatcaattctcctcttgaagctttattggatgaaccaaaagaccctaaaccagtttatttcaaaggtaagtcagattatgtgaagaa 36089807  T
Q  295 accaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagag 394  Q
    ||| ||||| |   | | | |  | ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36089806 acctattccaagggaggctttaaagtctatgtggaaattgatgattgaaggtgagactttgtctatgcaatggaatccttacggtggaaggatggaagag 36089707  T
Q  395 atattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaac 494  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| || ||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||     |||||||||    
T  36089706 atatcgccatcaaaaacaccatttccacatagagcagggaacttgttcatgattcaatactttaattcttggacagaagaatgtcccaagactattgaac 36089607  T
Q  495 atcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 542  Q
     |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  36089606 gtcatgtgaatttttcaaggttgttttatgaattcatgacgccctatg 36089559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 46 - 542
Target Start/End: Original strand, 21483004 - 21483500
Alignment:
Q  46 tggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggttta 145  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||     
T  21483004 tggtcaaaagatagtacaagttagtttcattggtcaatttttggggacaattgaaagacttttacctttggtgaatgaaagtttccctgaattagggttg 21483103  T
Q  146 aagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaa 245  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||        |||||||||  |||||||| ||||||||||||| | | || ||||||||||    
T  21483104 aaaaaaagtgattgcttttcaatgccttgggttaattccactcttttttggtatgataagccaattggtactcctcttgaagtactattggatgaaccaa 21483203  T
Q  246 aagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaagg 345  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||| ||  ||| |||| ||||||| |||||||  || ||||    
T  21483204 aagatcctcaaccaacttatatcaaaggtcaatcagattatgtgaagaaacctattccaaaagaaattatagaatgtatatgggaattgataattaaagg 21483303  T
Q  346 tgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttg 445  Q
    ||| |  |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  21483304 tgaaagtttgcttatgcaatggaatccttacggtggaaggatggaagaaatattgccatcagaaacaccatttcctcatagagcagggaacttgttcttg 21483403  T
Q  446 attcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaacatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 542  Q
    |||   |||  ||||  ||||||  | |||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||  || | || |||||||| |||||||    
T  21483404 attttgtactataataattggattaatgaatcttctcaagctattgaacgccatgtgaatttttcaaggtcagtttatgagttcatgacaccctatg 21483500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 50 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 34971360 - 34970876
Alignment:
Q  50 aaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaaga 149  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |    
T  34971360 aaaaaggtagtacaagttagttttattggccaatttttagggacaattgaaagacttttacctttgatgaacgagagtttccctgaattaggtttgaaaa 34971261  T
Q  150 aaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaaga 249  Q
    ||| ||||||    |||||||||||| ||||||| ||        |||   |||  |||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  34971260 aaagtgattgtatgtcaatgccttgggttaattcaactctcttttggtggaataagccaattggtactcctctagaaacattgttggatgaaccaaaaga 34971161  T
Q  250 tcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgag 349  Q
      || || ||||| || |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||| | || ||| |||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  34971160 gtctgaagcaattaatttcaaagctcaatcagactatgtgaaaaaacctatttcaaagaaaaatatagaatccatatggaaaatgatgattgatggtgag 34971061  T
Q  350 acgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattc 449  Q
    ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||||     
T  34971060 acgttgcatatggaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattgtcatcagaaacaccgtttccccatagagcagggaatttgttcttgattg 34970961  T
Q  450 aatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaacatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgac 534  Q
    | |||  |||| ||||||| ||||||||||||| || |||| ||| | | ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  34970960 agtactataatacttggattgaagaatctcctgaagttattaaacgtaacgtgaatttttcaaggtcgttttataaattcatgac 34970876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 542
Target Start/End: Original strand, 36108230 - 36108777
Alignment:
Q  1 taaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagt------ggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaaca 94  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| ||      || |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |    
T  36108230 taaagatcttttcattagagcgcaacctaatgttgttcaaattggtcaagagggaaaaaaggtagtgcaaattagtttcattggtcagtttttggggaaa 36108329  T
Q  95 attgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnn 194  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||   ||||| ||||||||||| || ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||            
T  36108330 attgaaagacttttaactttgatgaataaggaattccccgaattaggtttgaacaaaagcgattgcttttcaatgccttggattaattccactctttttt 36108429  T
Q  195 ggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaa 294  Q
    |||||| |   |||||||| ||||||||||||| |||||| || || ||||| |||||| ||||| |||||   |||  | ||||||| |||||| ||||    
T  36108430 ggtatggtgagccaattggtactcctcttgaagtattgttggacgagccaaaggatcctcaaccactttatcaaaaaaataaatcagattatgtgaagaa 36108529  T
Q  295 accaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagag 394  Q
    ||| ||||| |   | | | | || |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36108530 acctattccaagggaggctttagagtctatatggaaattgatgattgaaggtgagaatttccttatgcaatggaatccatatggtggaaggatggaagag 36108629  T
Q  395 atattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaac 494  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   |||    | |||||| ||| || || |||||    
T  36108630 atattgccatcagaaacaccgttttctcatagagcaggaaacttgttcttgattcaataccttaatatatggtctaatgaatcttctgaagttagtgaac 36108729  T
Q  495 atcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 542  Q
     ||||||||||||||| || ||||||   ||||| |||||||| ||||    
T  36108730 gtcatgtgaatttttctagatcgttttttgaatttatgacgccttatg 36108777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Original strand, 8338855 - 8339382
Alignment:
Q  1 taaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaacaattgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8338855 taaagatatttttattagagtgcaacataatgttgttaaaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggcacaattgaa 8338954  T
Q  101 agacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnnggtatg 200  Q
    || ||| |||||||| | | ||||||||||||| |||| | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||| | ||||||||        ||||||    
T  8338955 aggcttatacctttggtgagtgagagtttccctaaattggctttgaagaaaagtgattgctttttaatgccttgggtaaattccactcttttttggtatg 8339054  T
Q  201 atattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaaaccaat 300  Q
    | |  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||| ||||||||  ||| || | |||| | ||||| ||    
T  8339055 acaagccaattggtactcctcttgaagcattgttggatgaaccaaaatatcctcatccaatgtatctcaaaggtggatcggattctgtgaacaaacctat 8339154  T
Q  301 tcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattg 400  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  8339155 tccaaaagaagctatagaatcgatatggaaatcgatgattgaaggtgagactttgtttatgcaatggaatcctgatggcggaaggatggaagagatattg 8339254  T
Q  401 ccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaacatcatg 500  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||  |||||| ||||||||| |  |||||||||||| |||||    
T  8339255 ccatcagaaacaccatttccccatagagcaggaaacttgttcttgattcaatatcttaatatttggattgaagaatcttcaagagctattgaacgtcatg 8339354  T
Q  501 tgaatttttcaaggtcgtttcacgaatt 528  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  8339355 tgaatttttcaaggtcgtttcatgaatt 8339382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 50 - 547
Target Start/End: Original strand, 6839046 - 6839543
Alignment:
Q  50 aaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaaga 149  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| | | | |||  ||||| ||||||||||| || |    
T  6839046 aaaaaggtagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaaaaattgaaagacttttagttttgttgagtaagaaattccccgaattaggtttgaaca 6839145  T
Q  150 aaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaaga 249  Q
    |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||        || ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  6839146 aaagcgattgcttttcaatgccttggattaattccactcttttttggcatgataagccaattggtactcctcttgaagcattgttggatgaaccaaagga 6839245  T
Q  250 tcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgag 349  Q
    |||| ||||| ||||||  |||  | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||  ||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  6839246 tcctcaaccactttataaaaaatataaatcagattatgtgaagaaacctattcctaaggaagctatagaatccatatggaaattgatgattgaaggtgag 6839345  T
Q  350 acgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattc 449  Q
       || | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  6839346 gatttatttatgcaatggaatccatatggtggaaggatgaaagagatattgccatcagaaacaccgtttcctcatagagcaggaaacttgttcttgattc 6839445  T
Q  450 aatacattaat-tcttggatagaagaatctcctggagctattgaacatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatgcttct 547  Q
     |||||||||| ||| |  || | |||||| ||| || || ||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||| ||||    
T  6839446 tatacattaatatctggtcta-atgaatcttctgaagttagtgaacttcatatgaatttttcaaggtcgttttatgaatttatgacaccttatgtttct 6839543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University