View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16473_low_4 (Length: 468)

Name: NF16473_low_4
Description: NF16473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16473_low_4
NF16473_low_4
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (26-449)||(2592534-2592958)
chr6 (44-449)||(2568334-2568736)
chr6 (24-449)||(2671688-2672111)
chr6 (215-449)||(2624078-2624311)
chr6 (162-449)||(2440588-2440872)
chr6 (118-449)||(2595962-2596295)
chr6 (8-191)||(2624311-2624492)
chr6 (201-449)||(2640705-2640951)
chr6 (309-449)||(2451310-2451450)
chr6 (82-173)||(2624631-2624722)
chr6 (10-72)||(2634879-2634941)
[»] scaffold0103 (1 HSPs)
scaffold0103 (10-72)||(5068-5130)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 26 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 2592958 - 2592534
Alignment:
Q  26 aaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatgaaa 125  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2592958 aaaaggatttaactaaattacaatataaccatatagttattatcataggaattgtgttatgttagacaaacctacaattttgatgattatagaaatgaaa 2592859  T
Q  126 tttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacctatta----ccacaacaactacatcatcaactcc 221  Q
     ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    | |||||||||||||||||||| |     
T  2592858 attttaggaagctaagttgaaaccaatttccttgaacctcttctcagttttcttttcaatttcgcctattaattactacaacaactacatcatcaaccca 2592759  T
Q  222 tctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgt 321  Q
    |||||||||||||   |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  2592758 tctttgttgcttc---ccttaaaacattaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaataattatgttggttggtcttattttt 2592662  T
Q  322 agacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatca 421  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592661 agacttatcaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatca 2592562  T
Q  422 aatcacagttttggatagtactcaacct 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592561 aatcacagttttggatagtactcaacct 2592534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 44 - 449
Target Start/End: Original strand, 2568334 - 2568736
Alignment:
Q  44 tacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatgaaatttttaagaagctaaggt 143  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||     
T  2568334 tacaaaataactatatagtaattaacataggaattgtcttatgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacaaatgaaattttttagaagctaaggg 2568433  T
Q  144 gaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacctattaccacaacaactacatcatcaactcctctttgttgcttctccccttca 243  Q
      ||||||||||| | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | || ||||| |||||||| |||||||    
T  2568434 acaaccaatttccgtaaacctc--ctcaattttattttcaatttcacctgttatcacaacaagtacatcatcgattcttctttcttgcttct-cccttca 2568530  T
Q  244 aacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatg 343  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||  ||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  2568531 aacatgaaaaacttagtattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatacgaaattaaattgtttggtcttctttgcagacttaccaaagagtaataag 2568630  T
Q  344 ttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtact 443  Q
      |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  2568631 caccacttggcccttttgacaataaatttgaatgtgttcctttctcaacaacaatgcccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtact 2568730  T
Q  444 caacct 449  Q
    ||||||    
T  2568731 caacct 2568736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 24 - 449
Target Start/End: Original strand, 2671688 - 2672111
Alignment:
Q  24 aaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatga 123  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||      ||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||||    
T  2671688 aaaaaaagatgtaactatattacaatagaacc-----gtaattaacataggaattgtgctatgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacagatga 2671782  T
Q  124 aatttttaagaagctaa-ggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatt----tcacctattaccacaacaactacatcatcaac 218  Q
    ||  |||  |||||||| || | || |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||| ||| ||| | |    
T  2671783 aaacttttggaagctaaaggagcaaacaatctccttaaacctcttctcaattttcttttcaattaatttcgccaattaccacaacaacaaca-cataatc 2671881  T
Q  219 tcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctt 318  Q
       ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||    
T  2671882 aattctttgttgcttctccc-ttcaaccatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaatagtaatgttggttggtcttctt 2671980  T
Q  319 tgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaa 418  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2671981 tgtagacttaccaaagagtaataagctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttgtctaaaacagcaa 2672080  T
Q  419 tcaaatcacagttttggatagtactcaacct 449  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  2672081 tcaaatcgcaattttgtatagtactcaacct 2672111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 215 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 2624311 - 2624078
Alignment:
Q  215 caactcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtct 314  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  2624311 caactcatctttgttacttctccc-ttcaaacattaaaaacaagatattgtttatttatttaatttcatgtggagaatcaacaattatgttggttggtct 2624213  T
Q  315 tctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaaca 414  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624212 tttttgtagacttatcaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaggatgaatgtgttccattctcaacaacacttcccttatccaaaaca 2624113  T
Q  415 gcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacct 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624112 gcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacct 2624078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 162 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 2440872 - 2440588
Alignment:
Q  162 cctcttctcaattttcttttcaatttcacctattaccacaacaactacatcatcaactcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgata 261  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||  | |||||| || || ||||||| ||| ||||||     
T  2440872 cctcttctcatttttctttt-aatttcacatattaccacaacaactccatcatcaattcttcttcatagcttctaccttt-aaacatggaaa-cttgatc 2440776  T
Q  262 ttgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttag 361  Q
     ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2440775 atgtttatttagttaatttcatggcaagaatcagcaattatattgtttggtcttctttgtagacttaccaaagagtaatatgctccacttggccctttag 2440676  T
Q  362 acaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacct 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2440675 acaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacaattcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgaatagtactcaacct 2440588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 118 - 449
Target Start/End: Original strand, 2595962 - 2596295
Alignment:
Q  118 aaatgaaatttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacctattaccaca-acaactacatcatca 216  Q
    |||||||||||||  |||||||| |  || | ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||| |    
T  2595962 aaatgaaatttttcggaagctaaaggaaatctaattttcctaaacctcttctcatttttcttttcaattttacctattaccaaacacaactccatcataa 2596061  T
Q  217 actcctcttt-gttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttg--gtc 313  Q
    | || | ||| || ||||||||| |||||||||| ||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||   |||    
T  2596062 attctttttttgtagcttctccc-ttcaaacatggaaa-ctggaccttgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattgtattggttatagtc 2596159  T
Q  314 ttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaac 413  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||| ||   ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  2596160 ttctttgtagacttaccaaagagtaataaactccacttggtcccaaagataacaaagacgaatgtgttcctttctcaacaacaattcccttatccaagac 2596259  T
Q  414 agcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacct 449  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2596260 agcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacct 2596295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 2624492 - 2624311
Alignment:
Q  8 agattatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcataggaattgtcttatgttagaaaagcctacaattttg 107  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  2624492 agattatacatagtagagaaaaggatttaactatattacaatataaacatatagtaattagcatataaattgtgttatgttagaaaaacctacaattttg 2624393  T
Q  108 atgattgtagaaatgaaatttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaattttcttttcaatttcacc 191  Q
    |||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624392 atgattgtagaaatg--attttttggaagctaaggtgaaaccaatttctctgaacttcttctcaattttcttttcaatttcacc 2624311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 201 - 449
Target Start/End: Original strand, 2640705 - 2640951
Alignment:
Q  201 aacaactacatcatcaactcctctttgttgcttctccccttcaaacatgaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaatt 300  Q
    ||||||| |||||| || || | ||||| |||||| || |||||||||| |||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2640705 aacaactccatcataaattcttttttgtagcttcttcc-ttcaaacatggaaaa-tcgaccttgtttatttagttgatttcatgtgaagaaccaacaatt 2640802  T
Q  301 atgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttc 400  Q
     | || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  2640803 gtattggttggtcttctttgtagacttactaaagagtaataaactccacttggtcccaaagacaacaaagatgaatgtgttcctttttcaacaacaatcc 2640902  T
Q  401 ccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacct 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2640903 ccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacct 2640951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 309 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 2451450 - 2451310
Alignment:
Q  309 tggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatcc 408  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  2451450 tggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacactacccttatcc 2451351  T
Q  409 aaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacct 449  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2451350 aaaacaacaatcatatcacaattttgtatagtactcaacct 2451310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 82 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 2624722 - 2624631
Alignment:
Q  82 ttatgttagaaaagcctacaattttgatgattgtagaaatgaaatttttaagaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaat 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624722 ttatgttagaaaagcctacaattttcataattgtagaaatgaaatttttaggaagctaaggtgaaaccaatttccctgaacctcttctcaat 2624631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 2634941 - 2634879
Alignment:
Q  10 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 72  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2634941 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 2634879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0103 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0103
Description:

Target: scaffold0103; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 5068 - 5130
Alignment:
Q  10 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 72  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5068 attatacttagttgaaaaaaggatttaactatattacaatataacgatatagtaattagcata 5130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University