View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16482_low_1 (Length: 633)

Name: NF16482_low_1
Description: NF16482
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16482_low_1
NF16482_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-599)||(37347148-37347758)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (15-341)||(39219991-39220317)
chr3 (370-554)||(39220325-39220509)
chr3 (160-268)||(45146402-45146510)
chr3 (330-426)||(45146248-45146351)
chr3 (501-566)||(45146121-45146185)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (170-463)||(24153381-24153686)
chr5 (487-563)||(24153719-24153794)
chr5 (352-401)||(24904335-24904384)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (158-463)||(26670891-26671208)
chr6 (158-463)||(26673419-26673736)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (158-463)||(1300236-1300553)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-268)||(7599098-7599365)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (524-599)||(48621509-48621585)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 599
Target Start/End: Original strand, 37347148 - 37347758
Alignment:
Q  1 atgggattactcacgtgcttaattgtgttgggtttgtctgtcctgaatatttcaaaagtgaatttgtttataaaactctttggttgcaggatagtccaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37347148 atgggattactcacgtgcttaattgtgttgggtttgtctgtcctgaatatttcaaaagtgaatttgtctataaaactctttggttgcaggatagtccaac 37347247  T
Q  101 agaagatataacaagtattttgtatgatgtttttgattattttgaggatgttagattacaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37347248 agaagatataacaagtattttgtatgatgtttttgattattttgaggatgttagattacaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttct 37347347  T
Q  201 agatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaagatgcttttcattatgtcaagaatgctcgtggtgttacaaatc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37347348 agatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaagatgcttttcattatgtcaagaatgctcgtggtgttacaaatc 37347447  T
Q  301 ctaacatgggttttgcttgtcaacttttgcagtgtcagaaaagagtggtaaatgttaatt------------caaatgttaatgctatgccttcaagtcc 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37347448 ctaacatgggttttgcttgtcaacttttgcagtgtcagaaaagagtggtaaatgttaattcaaatgctaatgcaaatgttaatgctatgccttcaagtcc 37347547  T
Q  389 taattctgttcttaggatgtttagaatggcacctcattcaccttatgatcctcttcatttggtacctaaaatggttaataagccttgtgctaaagagctt 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37347548 taattctgttcttaggatgtttagaatggcacctcattcaccttatgatcctcttcatttggtacctaaaatggttaataagccttgtgctaaagagctt 37347647  T
Q  489 gattctcgcggtgcttttattgttcatgtaccttctgctatatatgtttggattggtaaaaattgtagttctgttatgtgttgtaatgcacgattggcag 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37347648 gattctcgcggtgcttttattgttcatgtaccttctgctatatatgtttggattggtaaaaattgtagttctgttatgtgttgtaatgcacgatcggcag 37347747  T
Q  589 ctacacaggtt 599  Q
    |||||||||||    
T  37347748 ctacacaggtt 37347758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 341
Target Start/End: Original strand, 39219991 - 39220317
Alignment:
Q  15 gtgcttaattgtgttgggtttgtctgtcctgaatatttcaaaagtgaatttgtttataaaactctttggttgcaggatagtccaacagaagatataacaa 114  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||  || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  39219991 gtgcttaactgtgttggttttgtttgtcccgagtatttcaaaagtgattttgagtacaaaacactttggttgcaggacagtccaactgaagatataacaa 39220090  T
Q  115 gtattttgtatgatgtttttgattattttgaggatgttagattacaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttctagatcaacctcttt 214  Q
    ||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||  ||||    
T  39220091 gtattctctatgatgtgtttgattactttgaggatgttagagaacaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggggtttcgcgatcaacggcttt 39220190  T
Q  215 ggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaagatgcttttcattatgtcaagaatgctcgtggtgttacaaatcctaacatgggtttt 314  Q
    ||| || |||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||| | ||| || | |||  | || || |||||||| ||||||||||||    
T  39220191 ggtgatagcttatctcatgtggaggaagggacagagctttgaagatgcttttcagtttgttaaaactgcaaggggagtcacaaatccaaacatgggtttt 39220290  T
Q  315 gcttgtcaacttttgcagtgtcagaaa 341  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  39220291 gcttgtcaactcttgcagtgtcagaaa 39220317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 370 - 554
Target Start/End: Original strand, 39220325 - 39220509
Alignment:
Q  370 atgctatgccttcaagtcctaattctgttcttaggatgtttagaatggcacctcattcaccttatgatcctcttcatttggtacctaaaatggttaataa 469  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| | || ||||| ||||||||  |    
T  39220325 atgctatgcctgcaagtcctaattctgttttaaggatgtatcgaatggctcctcactctccttatgaccctcttcatcttgttcctaagatggttaacca 39220424  T
Q  470 gccttgtgctaaagagcttgattctcgcggtgcttttattgttcatgtaccttctgctatatatgtttggattggtaaaaattgt 554  Q
     ||  || |   ||  |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  39220425 accaggttcactagcacttgattcgcgtggtgcttttattgttcatgttccttctgctatctatgtgtggattgggaaaaattgt 39220509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 160 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 45146510 - 45146402
Alignment:
Q  160 aaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttctagatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaaga 259  Q
    |||||| || |||||||||||  ||||| |||||| |||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||    
T  45146510 aaggtgatcttgttcttgttctatgttgacaaggtatttggagatcaacctcttttgtcattgcttatcttatgtggagaaaaggacagagctttaagga 45146411  T
Q  260 tgcttttca 268  Q
    |||||||||    
T  45146410 tgcttttca 45146402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 330 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 45146351 - 45146248
Alignment:
Q  330 cagtgtcagaaaagagtggtaaatgttaatt------caaatgttaatgctatgccttcaagtcctaattctgttcttaggatgtt-tagaatggcacct 422  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||      |||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  45146351 cagtgtcagaaaagagtagtaaatgtaaatttaagtgcaaatgctaaagttatgccttcaagtcctaattatgttctcaggatgttatagaatggctcct 45146252  T
Q  423 catt 426  Q
    ||||    
T  45146251 catt 45146248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 501 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 45146185 - 45146121
Alignment:
Q  501 gcttttattgttcatgtaccttctgctatatatgtttggattggtaaaaattgtagttctgttatg 566  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  45146185 gcttttagtgttcatgtttcttctgctatatatgtttgaatt-ttaaaaattgtagttctgttatg 45146121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 170 - 463
Target Start/End: Original strand, 24153381 - 24153686
Alignment:
Q  170 tgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttctagatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaagatgcttttca- 268  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||     
T  24153381 tgttcttattcattgttgacaaggtgtttctaaatcaaactcttttgtcattgcttatctcatgtggagaaaaggacagacccttgaagatgcttttcaa 24153480  T
Q  269 --------ttatgtcaagaatgctcgtggtgttacaaatcctaacatgggttttgcttgtcaacttttgcagtgtcagaaaagagtggtaaatgttaatt 360  Q
            |||||| ||||||||| | | |   |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  24153481 tttcaatattatgtgaagaatgcttgcgct---acaaatcctaacatgggttt-gcttgtcaacttttacagtgttagaaaagagtagtaaatgtaaatt 24153576  T
Q  361 ------caaatgttaatgctatgccttcaagtcctaattctgttcttaggatgtt-tagaatggcacctcattcaccttatgatcctcttcatttggtac 453  Q
          |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24153577 gaagtgcaaatgctaatgctatgccttcaagtcctaattatgttcttcggatgttatagaatggctcctcattcaccttatgaccctcttcatttggtac 24153676  T
Q  454 ctaaaatggt 463  Q
    ||||||||||    
T  24153677 ctaaaatggt 24153686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 487 - 563
Target Start/End: Original strand, 24153719 - 24153794
Alignment:
Q  487 ttgattctcgcggtgcttttattgttcatgtaccttctgctatatatgtttggattggtaaaaattgtagttctgtt 563  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24153719 ttgattctcgtggtgcttttactgttaatgtttcttctgctatatatgtttggatt-gtaaaatttgtagttctgtt 24153794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 352 - 401
Target Start/End: Original strand, 24904335 - 24904384
Alignment:
Q  352 atgttaattcaaatgttaatgctatgccttcaagtcctaattctgttctt 401  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24904335 atgtaaatttaaatgttaatactatgccttcaagtcctaattatgttctt 24904384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 118; Significance: 7e-60; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 158 - 463
Target Start/End: Original strand, 26670891 - 26671208
Alignment:
Q  158 acaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttctagatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaa 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||| |||| |||||||||  ||||||    
T  26670891 acaaggtggtcttgttcttgttcattgttgacaaggtatttctagatcaacctcttttgtcattgcttatc-tctgtagagaaaaggacaaatatttgaa 26670989  T
Q  258 gatgcttttc---------attatgtcaagaatgctcgtggtgttacaaatcctaacatgggttttgcttgtcaacttttgc-agtgtcagaaaagagtg 347  Q
    ||||||||||         ||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||     
T  26670990 gatgcttttcaatttcaatattatgtgaagaatgctc---gtgttacaaatcctaacatggattttgcttgtcaaattttacaagtgtcagaaaagagtt 26671086  T
Q  348 gtaaatgttaatt------caaatgttaatgctatgccttcaagtcctaattctgttcttaggatgtt-tagaatggcacctcattcaccttatgatcct 440  Q
    |||||||| ||||      ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||| |||  |||    
T  26671087 gtaaatgtaaattcaaatgcaaatgttaatgcta-gccttcaagtcctatttatgttcttgggatgttataaaatggctcctcattcacctaatggccct 26671185  T
Q  441 cttcatttggtacctaaaatggt 463  Q
    ||| ||||||| |||||||||||    
T  26671186 cttaatttggtgcctaaaatggt 26671208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 158 - 463
Target Start/End: Original strand, 26673419 - 26673736
Alignment:
Q  158 acaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttctagatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaa 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||| |||| |||||||||  ||||||    
T  26673419 acaaggtggtcttgttcttgttcattgttgacaaggtatttctagatcaacctcttttgtcattgcttatc-tctgtagagaaaaggacaaatatttgaa 26673517  T
Q  258 gatgcttttc---------attatgtcaagaatgctcgtggtgttacaaatcctaacatgggttttgcttgtcaacttttgc-agtgtcagaaaagagtg 347  Q
    ||||||||||         ||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||     
T  26673518 gatgcttttcaatttcaatattatgtgaagaatgctc---gtgttacaaatcctaacatggattttgcttgtcaaattttacaagtgttagaaaagagtt 26673614  T
Q  348 gtaaatgttaatt------caaatgttaatgctatgccttcaagtcctaattctgttcttaggatgtt-tagaatggcacctcattcaccttatgatcct 440  Q
    |||||||| ||||      ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||| |||  |||    
T  26673615 gtaaatgtaaattcaaatgcaaatgttaatgcta-gccttcaagtcctatttatgttcttgggatgttataaaatggcccctcattcacctaatggccct 26673713  T
Q  441 cttcatttggtacctaaaatggt 463  Q
    ||| ||| ||| |||||||||||    
T  26673714 cttaattgggtgcctaaaatggt 26673736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 158 - 463
Target Start/End: Original strand, 1300236 - 1300553
Alignment:
Q  158 acaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttctagatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaa 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||| |||| |||||||||  ||||||    
T  1300236 acaaggtggtcttgttcttgttcattgttgacaaggtatttctagatcaacctcttttgtcattgcttatc-tctgtagagaaaaggacaaatatttgaa 1300334  T
Q  258 gatgcttttc---------attatgtcaagaatgctcgtggtgttacaaatcctaacatgggttttgcttgtcaacttttgc-agtgtcagaaaagagtg 347  Q
    ||||||||||         ||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||     
T  1300335 gatgcttttcaatttcaatattatgtgaagaatgctc---gtgttacaaatcctaacatggattttgcttgtcaaattttacaagtgttagaaaagagtt 1300431  T
Q  348 gtaaatgttaatt------caaatgttaatgctatgccttcaagtcctaattctgttcttaggatgtt-tagaatggcacctcattcaccttatgatcct 440  Q
    |||||||| ||||      ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||| |||  |||    
T  1300432 gtaaatgtaaattcaaatgcaaatgttaatgcta-gccttcaagtcctatttatgttcttgggatgttataaaatggcccctcattcacctaatggccct 1300530  T
Q  441 cttcatttggtacctaaaatggt 463  Q
    ||| ||| ||| |||||||||||    
T  1300531 cttaattgggtgcctaaaatggt 1300553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 7599098 - 7599365
Alignment:
Q  1 atgggattactcacgtgcttaattgtgttgggtttgtctgtcctgaatatttcaaaagtgaatttgtttataaaactctttggttgcaggatagtccaac 100  Q
    ||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||  ||| | ||||| || || ||||| |     
T  7599098 atgggattactcatgttttgaattgtgttggttttgtgtgtcctgagtattttaaaggtgattttgtgtataggactttgtggttacaagacagtcctag 7599197  T
Q  101 agaagatataacaagtattttgtatgatgtttttgattattttgaggatgttagattacaaggtggtcgtgttcttgttcattgttgtcaaggtgtttct 200  Q
     || ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   | |   |||  | ||  ||||||||||||||||||| || ||     
T  7599198 tgaggatattactagtatattgtatgatgtgtttgattactttgaggatgttagggaaaagaatgggagggtgtttgttcattgttgtcaaggggtgtcg 7599297  T
Q  201 agatcaacctctttggttattgcttatcttatgtggagagaaggacaaagctttgaagatgcttttca 268  Q
    || || || ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  7599298 aggtcgacgtctcttgttattgcttatcttatgtggagggaaggacagagttttgatgatgcttttca 7599365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 524 - 599
Target Start/End: Original strand, 48621509 - 48621585
Alignment:
Q  524 tgctatatatgtttggattggtaaaa-attgtagttctgttatgtgttgtaatgcacgattggcagctacacaggtt 599  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||  | ||||||| |||||    
T  48621509 tgctatatatatttggatcggtaaaaaattgtagttcgattatgcgttgtaatgcatgatcagtagctacagaggtt 48621585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University