View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16486_low_2 (Length: 671)

Name: NF16486_low_2
Description: NF16486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16486_low_2
NF16486_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (276-659)||(11118672-11119057)
chr4 (18-185)||(11119079-11119246)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-383)||(8523841-8524199)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (18-624)||(42124069-42124676)
chr5 (18-384)||(34239484-34239850)
chr5 (19-370)||(42129699-42130050)
chr5 (103-373)||(41712563-41712833)
chr5 (18-384)||(34231732-34232098)
chr5 (208-387)||(41571127-41571306)
chr5 (281-392)||(41432340-41432451)
chr5 (348-395)||(41445148-41445195)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (66-466)||(25521997-25522397)
chr6 (568-610)||(25522500-25522542)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (18-399)||(12249269-12249650)
chr2 (155-259)||(32681107-32681211)
chr2 (419-493)||(32681369-32681443)
chr2 (280-330)||(32681216-32681266)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 276 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 11119057 - 11118672
Alignment:
Q  276 tctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgct 375  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11119057 tctaagcaacaaccggctacaaggcaatattccagaatgcattttcagcctaacaaagctagatgaactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgtt 11118958  T
Q  376 gtcaattttaaactcttctccaaatttgatgtactggaaattttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgacacttata 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11118957 gtcaattttaaactcttctccaaatttgctgacctggaaattttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgtcacttata 11118858  T
Q  476 gttttactaacctacaaatactgaaattat-ttctgtcatattgattgagtttcacaacttacaaggagatttcccacgtttgcaacatctgcatctttc 574  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||| || ||| |||||  ||||||| |||||||    
T  11118857 gttttactaacctacaaatactcaaattatcttctgtcaacttgatcgaatttcacaacttacaaggagaatttccaagtttgtcacatctggatctttc 11118758  T
Q  575 caataacaaacttaatggaagaatgcccaattggtttcttggaaataatttttggcaatctgtgctcctc-ctcaaaacttgttca 659  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||| |||| ||||||||||    
T  11118757 caaaaacaaacttaatggaagaatgcccaattggtttcttggaaatatttattggcaatctgtggacctctctcataacttgttca 11118672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 11119246 - 11119079
Alignment:
Q  18 acaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattc 117  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  11119246 acaaattccatcatcattatttaacttgactcaacttgttgcattaggttgttctaataataaattagatggtcccctgcccaacaaaattacagggttc 11119147  T
Q  118 caaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatc 185  Q
    |||||||||||   |||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119146 caaaagctaacaaatttgagattaaatgacaacttgataaatggaacaattccttcctccttgttatc 11119079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 25 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8524199 - 8523841
Alignment:
Q  25 cctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattccaaaagc 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||  ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||  | |||||||    
T  8524199 ccttcttcattatttaacttgactcatcttgttactttagattgttctcataataaattagatggtcccttacccaacaaaactacaggtcttcaaaagc 8524100  T
Q  125 taactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcg 224  Q
    |||||  ||||   |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||  ||  |||||| ||||||||||||     
T  8524099 taactaatttgcgattaaatgacaacttgctaaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttgctagtattagatttatcaaataatca 8524000  T
Q  225 acttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaac 324  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||  ||  ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523999 acttacagggaatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatctctaagtaacaacaggctacaaggcaatattccagaatccattttcaac 8523900  T
Q  325 cttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattt 383  Q
    ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8523899 cttgcaaacctaagtagactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattt 8523841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 162; Significance: 4e-86; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 42124676 - 42124069
Alignment:
Q  18 acaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattc 117  Q
    ||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||  | | ||||  ||||  |  ||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||    
T  42124676 acaaattccatcttcactatttaacttgactcagcttttcacattagattgtagaggtaacaaattagagggtcccctacccaacaaaattacaggactc 42124577  T
Q  118 caaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaa 217  Q
    ||||||||||    |||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||     
T  42124576 caaaagctaatgtatttgaatttaaaagacaacttgctaaatggaacagttccttcctccttgttatctttgccttctttggcaattttagatctatcat 42124477  T
Q  218 ataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccat 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  42124476 ataatcgacttacagggcatatcagtgaaatatcatcatattctttaaacatgctaactctaagcaacaacaggctacaaggcaatattcctgagtccat 42124377  T
Q  318 tttcaaccttacaaacctaaatacac-tagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaaactcttctccaaa-tttgatgtactggaaa 415  Q
    ||||||||| ||||| |||  | ||| ||  |||||| || ||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||  |||| || ||||    
T  42124376 tttcaacctaacaaaactatct-cacttaattctatcttcgaacgacttgagtggtcttgtcaattttcaactcttctccaaacttacatgt-ctagaaa 42124279  T
Q  416 ttttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgacacttatagttttactaacctacaaatactgaaattat-ttctgtcat 514  Q
    | |||||||||||| |||||||||| || || ||||| || |||||||||| || |||||||||| ||| ||||||| || || |||| | ||||||||     
T  42124278 tgttatccctttcatggaatagtcaattatctctaaattttgaatccaatgtcaattatagtttttctagcctacaagtattggaattgtcttctgtcaa 42124179  T
Q  515 attgattgagtttcacaacttacaaggagatttcccacgtttgcaacatctgcatctttccaataacaaacttaatggaagaatgcccaattggtttctt 614  Q
     |||||  | || || || ||||||||||| |||  |  ||||  |   ||  || ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  42124178 tttgatcaaattccataatttacaaggagaattcttagatttgatatcacttgatatttctgataacaaacttcatggaagaatgcccaattggttactt 42124079  T
Q  615 ggaaataatt 624  Q
    | ||| ||||    
T  42124078 gaaaaaaatt 42124069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Original strand, 34239484 - 34239850
Alignment:
Q  18 acaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattc 117  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||   |||  |||| |  ||||||||||||| || || ||||  || |||||| |||| ||     
T  34239484 acaaattccatcttcattatttaacttgaatcaacttgttgatttagattgtgcttataataaattagagggtccactacataataaaattgcaggtttt 34239583  T
Q  118 caaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaa 217  Q
    |||||||||| |  |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |  |||||||||    
T  34239584 caaaagctaatttatttgaggttaaatgacaacttgctaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggtacttctgtatctatcaa 34239683  T
Q  218 ataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccat 317  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||| ||||| ||||||||| |||||||||  |||||||| | || ||    
T  34239684 acaatcgacttacagggcctatcagtgaaatctcatcatattccttagagtatctatctctatgcaacaacaagctacaaggtgatattccaaattcaat 34239783  T
Q  318 tttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaatttt 384  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34239784 tttcaaccttgcaaacctaattacactatgtctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 34239850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 42130050 - 42129699
Alignment:
Q  19 caaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattcc 118  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||   || ||||  |||||| || ||||||||||| || ||| ||||||| |||| |||||| ||||    
T  42130050 caaattccatcttcattatttaacttgaatcaactttatacattagattgttctaaaaataaattagagggtcccatacccaacaaaactacagggttcc 42129951  T
Q  119 aaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaaa 218  Q
    || |||||| || |||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||| |||||||||    
T  42129950 aagagctaaatgatttgagattaaatgacaacttgttaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccgtctttggttcatttagttctatcaaa 42129851  T
Q  219 taatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccatt 318  Q
    |||||| |||||| || |||||| || |||||||||||||||| ||  |   |||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||    
T  42129850 taatcgtcttacaaggcatatcactgcaatctcatcatattccttaaagaagctagatctaagcggcaacaagctacaaggcaatattccaaaatctatt 42129751  T
Q  319 ttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtg 370  Q
    ||||||||| ||||| ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42129750 ttcaaccttgcaaacttaactttgctagatctatcatcaaacaacttgagtg 42129699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 103 - 373
Target Start/End: Original strand, 41712563 - 41712833
Alignment:
Q  103 aaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaag 202  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||   ||||||| ||||||  |||||||| |||||||| |||||||||| || || |||||||||||||    
T  41712563 aaaattacagggttccaaaagctaactaatttgtatttaaatggcaacttgttaaatggagcaattcctccctccttgttttcctttccttctttggaag 41712662  T
Q  203 gtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaa 302  Q
     |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||| ||  |   |||  ||||  |  |||||  ||| |||||||    
T  41712663 atttagatctatcaaataaccgacttatagggcatatcattgcaatctcatcatattccttagaggagctatatctattcggcaacaaactagaaggcaa 41712762  T
Q  303 tattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtg 373  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  41712763 tattccagaatcaattttcaaacttataaacctaactagactagacctatcatcaaacaacttcagtggtg 41712833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 384
Target Start/End: Original strand, 34231732 - 34232098
Alignment:
Q  18 acaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattc 117  Q
    |||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||||||   || ||  | || || ||||||||||| ||     
T  34231732 acaaattccactttccttatttaagttgactcaacttgttagattcgattgttcatataataaattaagaggtccattgccaaataaaattacaggtttt 34231831  T
Q  118 caaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaa 217  Q
    ||| |||||  |  |||    ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||  |  |||| |||||||||    
T  34231832 caacagctagttcgttttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaa 34231931  T
Q  218 ataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccat 317  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||| |||||| || |||||  ||  | | |||| |||| ||   |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  34231932 acaatcaacttacagggcatatcagtgcaatctcgtcctattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaat 34232031  T
Q  318 tttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaatttt 384  Q
    ||||||||||  |||  ||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34232032 tttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 34232098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 208 - 387
Target Start/End: Original strand, 41571127 - 41571306
Alignment:
Q  208 gatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattc 307  Q
    ||||||||||||||||   |||| ||  |||| |||| | |||||||||||||  | ||||  ||||  ||| ||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  41571127 gatctatcaaataatcagtttactggaaatataagtgcagtctcatcatattctttgtggtatctaaaactatgcagcaacaagctacaaggcgatattc 41571226  T
Q  308 cagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaaa 387  Q
    | ||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  41571227 ctgaatctattttcaaccttgtaaacctaactacactatgcctgtcatcaaacaacttgagtggtattgtcaattttaaa 41571306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 281 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 41432451 - 41432340
Alignment:
Q  281 gcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactag-atctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtca 379  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  |||||| | || ||| |  |||||| ||||| ||||||||||||  |||||    
T  41432451 gcaacaacatgttacaaggaaatattccagaatcacttttcaaccttgtaaaccttacta-acttgtgtctatcttcaaataacttgagtggttttgtca 41432353  T
Q  380 attttaaactctt 392  Q
    |||||||||||||    
T  41432352 attttaaactctt 41432340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 41445195 - 41445148
Alignment:
Q  348 tctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaaactcttctc 395  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  41445195 tctatcttcaaataacttgagtggttttgtcaattttaaactcttctc 41445148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 66 - 466
Target Start/End: Original strand, 25521997 - 25522397
Alignment:
Q  66 ttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaaca 165  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||  |||||||||||    
T  25521997 ttgttctaataataaattagagggtcctttacctaacaaaattatagggttccaaaagctaactgatttaagtttacatgacaacttgttaaatggaaca 25522096  T
Q  166 attccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatat 265  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| || |||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| ||     
T  25522097 attccttcctctttgttatctttgccttctttggtatatttatatctatctaacaatcgacttacaggatctatcagtgcaacctcatcatattccttag 25522196  T
Q  266 ggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaactt 365  Q
     |    ||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||  |||||| | |||| ||||    
T  25522197 agagtttaaatctatacaacaacaagctacaaggcaatattccagaatccattttcaatcttacaaacctaactaatctaattctatctttaaacgactt 25522296  T
Q  366 gagtggtgctgtcaattttaaactcttctccaaatttgatgtactggaaattttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaat 465  Q
    |||||||  |||||||||| ||| ||| |||||| ||      ||   | |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  25522297 gagtggttttgtcaattttcaacacttttccaaacttacaaatcttcgatttttatccctttcatggaatactcaattgtcactaaacttcgaatccaat 25522396  T
Q  466 g 466  Q
    |    
T  25522397 g 25522397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 568 - 610
Target Start/End: Original strand, 25522500 - 25522542
Alignment:
Q  568 atctttccaataacaaacttaatggaagaatgcccaattggtt 610  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25522500 atctttccaataacaaacttgatggaagaatgcccaattggtt 25522542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 7e-60; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 12249650 - 12249269
Alignment:
Q  18 acaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattc 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||  |||| |||||||| || |||||   ||| ||||| ||||| ||     
T  12249650 acaaattccgttttcattatttaacttgactcaacttgttacattagattgttcgcataacaaattagaaggtccccttggcaacaaaatcacagggttt 12249551  T
Q  118 caaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaa 217  Q
    |||||| |||||  ||| |  |||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  | |||| || ||||    
T  12249550 caaaagttaacttatttcagtttaagtgataactttctaaacggaacaattcctcccaccttgttatctttgccttctttggaacatctagagctgtcaa 12249451  T
Q  218 ataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccat 317  Q
    | |||||| |||||||  ||||||||| ||||||||| |||||  ||    | |||  ||||      |||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  12249450 acaatcgatttacaggacatatcagtgcaatctcatcgtattcgttagatacgctatatctatctggtaacaagctacaaggcaatattccaaaatccat 12249351  T
Q  318 tttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaaactcttctccaaa 399  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||| ||||||    
T  12249350 tttcaaccttacaaccctaactagactagatttatcatcaaacaacttgagtggtgttgttgattttcaactcttttccaaa 12249269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 155 - 259
Target Start/End: Original strand, 32681107 - 32681211
Alignment:
Q  155 taaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatc 254  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  32681107 taaatggaacgattccttccttcttgttatctttgccttatttggaatatttggatctatcaaataacctacttagagggtatatcaatgcaatctcatc 32681206  T
Q  255 atatt 259  Q
    |||||    
T  32681207 atatt 32681211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 493
Target Start/End: Original strand, 32681369 - 32681443
Alignment:
Q  419 tatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgacacttatagttttactaacctacaaa 493  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||| |||| || |||||||||    
T  32681369 tatctctttcatggaatagtcaattgtcactaaactttgaatccaatgtcagttatacttttccttacctacaaa 32681443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 280 - 330
Target Start/End: Original strand, 32681216 - 32681266
Alignment:
Q  280 agcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttaca 330  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||    
T  32681216 agcaacaacaagctacaaggcaatatttcagaatctgtttttaaccttaca 32681266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University