View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16486_low_25 (Length: 333)

Name: NF16486_low_25
Description: NF16486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16486_low_25
NF16486_low_25
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-320)||(8766276-8766586)
chr1 (10-320)||(8748706-8749016)
chr1 (10-320)||(8756257-8756567)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 10 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 8766586 - 8766276
Alignment:
Q  10 ttatactcttctctatgcttaatctccattggagctggtggtgtaagagcttcctctttagcctttggcattgatcaactaaacaaggaaaaagatgccg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8766586 ttatactcttctctatgcttaatctccattggagctggtggtgtaagagcttcctctttagcctttggcattgatcaactaaacaaggaaaaagatgcag 8766487  T
Q  110 gaatcatagagggctactttaattggacctatgctttaacagcagctgcagttctaactggaatgaccgttttggcatatattcaagaaatttttggttg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8766486 gaatcatagagggctactttaattggacctatgctttaacagcagctgcagtcctaactggaatgaccgttttggcatatattcaagaaatttttggttg 8766387  T
Q  210 gatggttggatttggtgtacctgttgtgttcatgttcatatctatggtgtctttctttttcggttcttcactctatgttaaggtggaaccaaaaggcaat 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8766386 gatggttggatttggtgtacctgttgtgttcatgttcatatctatggtgtctttctttttaggttcttcactctatgttaaggtggaaccaaaaggcaat 8766287  T
Q  310 gtgattagtga 320  Q
    |||||||||||    
T  8766286 gtgattagtga 8766276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 10 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 8749016 - 8748706
Alignment:
Q  10 ttatactcttctctatgcttaatctccattggagctggtggtgtaagagcttcctctttagcctttggcattgatcaactaaacaaggaaaaagatgccg 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  8749016 ttatactcttctctatgcctaatcgccattggagctggtggtgtaagagcttcttccttaccctttggcattgaccaactagacaaggaaaaagatgcag 8748917  T
Q  110 gaatcatagagggctactttaattggacctatgctttaacagcagctgcagttctaactggaatgaccgttttggcatatattcaagaaatttttggttg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8748916 gaatcatagagggctactttaattggacctatgctttagcaacagctgcagttttaattggaacgaccattttggcatatattcaagaaaattttggttg 8748817  T
Q  210 gatggttggatttggtgtacctgttgtgttcatgttcatatctatggtgtctttctttttcggttcttcactctatgttaaggtggaaccaaaaggcaat 309  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8748816 gattgttggatttggtttacctgttgtgttcatgttcatatctatggtatctttctttctagcttcttcactctatgtcaaggtggaaccaaaaggcaac 8748717  T
Q  310 gtgattagtga 320  Q
    |||||||||||    
T  8748716 gtgattagtga 8748706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 10 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 8756567 - 8756257
Alignment:
Q  10 ttatactcttctctatgcttaatctccattggagctggtggtgtaagagcttcctctttagcctttggcattgatcaactaaacaaggaaaaagatgccg 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  8756567 ttatactcttctctatgcctaatctccattggagctggtggtgtaagagcctcttccttagcctttggcattgaccaactagacaaggaaaaagatgcag 8756468  T
Q  110 gaatcatagagggctactttaattggacctatgctttaacagcagctgcagttctaactggaatgaccgttttggcatatattcaagaaatttttggttg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| | ||||| || |||||||||| |||||||||    
T  8756467 gaatcatagagggctactttaattggagctatgctttaacagcagctgcagttttaattggaacgaccatcttggcgtacattcaagaaaattttggttg 8756368  T
Q  210 gatggttggatttggtgtacctgttgtgttcatgttcatatctatggtgtctttctttttcggttcttcactctatgttaaggtggaaccaaaaggcaat 309  Q
    |||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  8756367 gattattggatttggtgtccctgttgtcttcatgttcatatctatggtgtctttgttcttagcttcttcactctatgttaaggttgaaccgaaaggcaat 8756268  T
Q  310 gtgattagtga 320  Q
    |||||||||||    
T  8756267 gtgattagtga 8756257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University