View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1649-Insertion-6 (Length: 492)

Name: NF1649-Insertion-6
Description: NF1649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1649-Insertion-6
NF1649-Insertion-6
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (7-492)||(4342-4827)
[»] chr6 (35 HSPs)
chr6 (6-479)||(4622146-4622619)
chr6 (6-479)||(4625955-4626428)
chr6 (6-492)||(4259809-4260295)
chr6 (14-467)||(4613381-4613834)
chr6 (14-479)||(4563715-4564180)
chr6 (16-479)||(4601793-4602256)
chr6 (16-477)||(4592237-4592698)
chr6 (6-479)||(4617026-4617499)
chr6 (14-467)||(4579448-4579901)
chr6 (16-477)||(4585642-4586103)
chr6 (6-480)||(4598174-4598648)
chr6 (6-467)||(4516337-4516798)
chr6 (14-479)||(4557129-4557594)
chr6 (14-479)||(4574312-4574777)
chr6 (6-479)||(4560510-4560982)
chr6 (6-479)||(3171745-3172218)
chr6 (6-479)||(4461127-4461600)
chr6 (15-477)||(4570978-4571440)
chr6 (6-479)||(4256279-4256740)
chr6 (16-479)||(4266831-4267294)
chr6 (15-479)||(4480697-4481161)
chr6 (6-477)||(4490010-4490481)
chr6 (6-479)||(4505861-4506334)
chr6 (6-479)||(4514776-4515249)
chr6 (14-477)||(4469809-4470272)
chr6 (6-464)||(4568072-4568533)
chr6 (16-203)||(4299486-4299673)
chr6 (6-477)||(4504052-4504523)
chr6 (92-479)||(4492959-4493346)
chr6 (16-233)||(4457844-4458061)
chr6 (22-200)||(4391794-4391976)
chr6 (274-479)||(4299669-4299868)
chr6 (377-479)||(4392052-4392154)
chr6 (430-474)||(4457644-4457688)
chr6 (432-479)||(4606972-4607019)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-477)||(3086426-3086897)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (6-479)||(3374-3847)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-464)||(1281133-1281591)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (6-479)||(1674230-1674703)
chr8 (6-479)||(20863498-20863971)
chr8 (22-479)||(16685938-16686395)
chr8 (148-194)||(1969140-1969186)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (6-464)||(27999754-28000212)
chr5 (16-492)||(24102990-24103466)
chr5 (145-195)||(20155247-20155297)
[»] scaffold0475 (2 HSPs)
scaffold0475 (94-258)||(3428-3591)
scaffold0475 (6-103)||(3164-3261)


Alignment Details
Target: scaffold0477 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 492
Target Start/End: Original strand, 4342 - 4827
Alignment:
Q  7 aagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4342 aagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaa 4441  T
Q  107 ttgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4442 ttgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgt 4541  T
Q  207 aggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaat 306  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4542 aggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactatcggtatatctcccatatatgggagactggtatggaaattgatactaat 4641  T
Q  307 gtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcag 406  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642 gtgaagagagagaaggtaacgaatatgatcaatgaattgatgtcgggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcag 4741  T
Q  407 aggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaacagtgctagactaaa 492  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4742 aggagaacaccagttctggtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaacaatgctagattaaa 4827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 35)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4622619 - 4622146
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4622619 caagaaaccctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcatgggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaggtagaggccta 4622520  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || ||  | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  4622519 atcgcaggttggtgtccacaagaggaagtacttaaccaccctgcaattggtggattcttgactcattgtggatggaattcaaccaccgaaagcatatgtg 4622420  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | |||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||| | ||  |||||||| ||| || |||||  |||||||    
T  4622419 ctggagtttcaatgctgtgttggccatttttcgctgatcagccaacaaactgtagatatatctgcaattcatgggagattggaatcgaaatcaatactaa 4622320  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    |||||  |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4622319 tgtgaaaagagaggaggtgtcgaatctgatcaatgaattgatgtcgggagataaaggaaagaagatgagacaaaaggccatggagttgaaggagaaggca 4622220  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    || ||||  || || ||| |||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4622219 gatgagacgaccagccctggtggttgttcatacaacaacttggacaaagttattaaggaggtcatgcttaaaca 4622146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4626428 - 4625955
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4626428 caagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtgattggtggctcatttatttcgtcatccgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 4626329  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4626328 atcgcaagctggtgtccgcaagagaaagtactgaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattgaaagcatatgcg 4626229  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| |||||| |||||||||||  ||| || |||||||||||||| |||   ||||| | | ||  |||||||| ||| |||||||| ||| ||||    
T  4626228 ctggagttccaatgctgtgttggccaaattttgctgatcagccaacaaattgtagatatatttgcaatgaatgggagattggaatggaaatcgatgctaa 4626129  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| ||| |||  ||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4626128 tgtgaagagggagggggtagagaaactgatcaatgcattgatggcaggagataacggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 4626029  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||  |||| ||| ||||||| || ||| ||||||||||    
T  4626028 gaggagaacattagtcccggtggttgttcatacatgaatatggataaactgattaatgatgtcttgcttaaaca 4625955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 6 - 492
Target Start/End: Original strand, 4259809 - 4260295
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4259809 caagaaaccctttttgtggatcattaggcctgacctcattattggtggctcctttattttgtcatctgagtttgagagtgaaatttcggatagaggccta 4259908  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4259909 atcgcgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttaactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatttgtg 4260008  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   | ||| |   |   |||||||| ||| || |||||| |||||||    
T  4260009 ccgaagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaacgaatgggagattggaattgaaattaatactaa 4260108  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    |||||  |||||  |||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4260109 tgtgaaaagagatgaggtggcgaagctgatcaatgaaattatgtcaggagaagaaggaaagaagatgaggcaaaaggtcatggagttgaagaggaaggca 4260208  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaacagtgctagactaaa 492  Q
    ||||||||||| |||||   ||| | |||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| | ||||| ||||    
T  4260209 gaggagaacaccagtccatctggttattcattgatgaacttggacaaagttattaagcaggtcatgctcaaacaatactagattaaa 4260295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 14 - 467
Target Start/End: Original strand, 4613381 - 4613834
Alignment:
Q  14 cctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4613381 cctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgag 4613480  T
Q  114 ctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagta 213  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  4613481 ctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtg 4613580  T
Q  214 ccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacg 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| | | ||  |||||| | ||| ||||||||||| || ||||||| |    
T  4613581 ccaatgttgtgttggccatttttcgcggatcagccagcaaactg-cagatatatatgcaatgaatgggaaattgggatggaaattgacaccaatgtgaag 4613679  T
Q  313 agagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggaga 412  Q
    |||||  |||||| ||| ||| ||||||||||||||   ||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  4613680 agagatgaggtagagaagctggtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaaaatgaggcaaaaggcaattgagttgaagaagaaggcagaggagg 4613779  T
Q  413 acactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggt 467  Q
    |||| || ||  | || |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  4613780 acacgagaccaggaggttgttcatatatgaacttggacaaagtgatcaatgaggt 4613834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4564180 - 4563715
Alignment:
Q  14 cctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4564180 cctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggtggctcagtcgttttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttaattgcaag 4564081  T
Q  114 ctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagta 213  Q
     ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  4564080 ttggtgtccacaggagaaagtattgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtt 4563981  T
Q  214 ccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacga 313  Q
    |||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||     ||| | | ||  |||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| | ||    
T  4563980 ccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggagattgggatggaaatcgatacgaatgtaaaga 4563881  T
Q  314 gagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaa 413  Q
    ||||  |||| | ||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||| |  ||||| ||    
T  4563880 gagaagaggtggagaaacttgtcaatgaattgatgtcaggagagaaaggaaagaagatgcggcaaaaggcaattgagttgaagaagaaagtggaggaaaa 4563781  T
Q  414 cactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    ||| ||  || | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  4563780 cacgagagctggaggttgttcatacatgaacttggacaaagtgatcaaggaggttttgcttaaaca 4563715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4602256 - 4601793
Alignment:
Q  16 tttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  4602256 tttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcagtgattttgtcatctgagtttacaaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagtt 4602157  T
Q  116 ggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtacc 215  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  4602156 ggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcgatcggcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgcc 4602057  T
Q  216 aatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgaga 315  Q
     |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   | ||| |   ||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  4602056 gatgttgtgttggcctttttttgccgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatggaaatcgatacaaatgtgaagaga 4601957  T
Q  316 gagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaaca 415  Q
    ||| || | ||||| |||||||||||| ||||  | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||    
T  4601956 gaggagttggcgaagctgatcaatgaagtgatagccggagataaaggcaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagatggcaaaggagagca 4601857  T
Q  416 ctagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||| |   |||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  4601856 ctagactaggtggttgttcatacaagaacctggacaaagttattaaggaggtgttgcttaaaca 4601793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 16 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 4592698 - 4592237
Alignment:
Q  16 tttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |  || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  4592698 tttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggtggcacaattgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcgtaatcgcgagct 4592599  T
Q  116 ggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtacc 215  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| | ||    
T  4592598 ggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatgtgctggaattcc 4592499  T
Q  216 aatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgaga 315  Q
    |||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||     ||| | | ||  |||||||| ||| |||||||||||||| ||||| | ||||    
T  4592498 aatgttgtgttggccattctttagtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggagattgggatggaaattgatacgaatgtaaagaga 4592399  T
Q  316 gagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaaca 415  Q
    ||| |||| | ||| || |||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592398 gaggaggtggagaaacttatcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggaaaaaggcaatcgagttgaagaagaaggcagaggagaaca 4592299  T
Q  416 ctagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaa 477  Q
    | || ||| | || |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||    
T  4592298 cgagacctggaggttgttcatatatgaacttggacaaattgatcaaggaggtgttgcttaaa 4592237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4617499 - 4617026
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  | ||||| ||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||    
T  4617499 caagaaatcatttttgtggatcataaggcctgatcttgtcattggtggctcagtgattttctcatctgagtttacaaatgaaattgcagatagaggccta 4617400  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || || ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |    
T  4617399 atagcaagttggtgtccacaagacaaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactgaaagtatatgcg 4617300  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||   | ||| |   ||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  4617299 ctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgaccagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatggaaatcgatacgaa 4617200  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| ||||||| || | || || |||||||||||| ||||  | ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4617199 tgtgaagagagaggagttggcaaagctgatcaatgaagtgatagccggagataaaggaaagaaaatgaagcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 4617100  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||  ||||||||||    
T  4617099 gaggagaacactagaccaggtggttgttcatacatgaacttgaacaaagttattaaggatgtgttgcttaaaca 4617026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 4579901 - 4579448
Alignment:
Q  14 cctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgag 113  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||   | |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  4579901 cctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcatcggcggctcagctgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaataacgag 4579802  T
Q  114 ctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagta 213  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||     
T  4579801 ctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaatcactgaaagcatatctgctggagtt 4579702  T
Q  214 ccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacg 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || ||| ||| ||| | | | ||| |||| | | ||| || ||||| || |||||||||| |    
T  4579701 ccaatgttgtgttggccatttttcgctgatcacccagtaagctg-cagatatttatgcaatacatggaaaattggaattgaaatcgacactaatgtgaag 4579603  T
Q  313 agagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggaga 412  Q
    |||||| |||| | ||| ||| | ||||||||||||   ||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||     
T  4579602 agagaggaggtggagaagctggttaatgaattgatggtgggagagaaagcaaagaagatgaggcaaaaggcaattgagttgaagaagaaggtggaggagg 4579503  T
Q  413 acactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggt 467  Q
    |||| || ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4579502 acacgagacctggaggctgttcatacatgaacttggagaaagtgattaaggaggt 4579448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 4586103 - 4585642
Alignment:
Q  16 tttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagct 115  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| | |    
T  4586103 tttttatggatcattagacctgatcttgtcattggtggttccttggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggtt 4586004  T
Q  116 ggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtacc 215  Q
    |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  4586003 ggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgcc 4585904  T
Q  216 aatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagta-tatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgag 314  Q
    ||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||| || | ||| | | ||  |||||||| ||| |||||| |||| || ||||||| |||    
T  4585903 aatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgt-agaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaagttgacaccaatgtgaagag 4585805  T
Q  315 agagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaac 414  Q
    |||| |||| | |||  || ||||||||||||||   ||||| || |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  4585804 agaggaggtggagaagttggtcaatgaattgatggtgggagagaatggaaagaagatgaggcaaaaggcaatcgagttgaagaagaaggcggaggaggac 4585705  T
Q  415 actagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaa 477  Q
    || || ||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||    
T  4585704 acgagacctggaggttgttcatacataaacttggaaaaagtgattaaggaggttttgcttaaa 4585642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 6 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 4598648 - 4598174
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  4598648 caagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggctta 4598549  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
     |||| ||||||||||  |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4598548 gttgcaagctggtgtctgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgcggatggaactcaaccactgaaagtatatgtg 4598449  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatacta 304  Q
    | ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||| | | ||||| ||| ||||| | | ||  |||||||| ||| ||  ||||||| ||||    
T  4598448 ccggagtgccaatgttgtgttgtccctttttcgcggatcagcaagccaactg-cagatatatttgcaatgaatgggagattggaatcaaaattgaaacta 4598350  T
Q  305 atgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggc 404  Q
    |||||| ||||||| |||| | ||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| | || || ||||||| ||||||    
T  4598349 atgtgaagagagaggaggtggagaagctggtcaacgaattgatgtcgggagataaaggaaagaaaatgaggcaaaagacaattgatttgaagatgaaggc 4598250  T
Q  405 agaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaacag 480  Q
     |||||| | || || | | | || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  4598249 ggaggaggaaacgagacttggaggttgttcatacatgaacttagagaaagtgattaaggaggtgtttcttaaacag 4598174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 6 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 4516798 - 4516337
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||| ||    
T  4516798 caagaaaccttttttgtggattattaggcctgaccttgtcattggtggctcggttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgta 4516699  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || ||||||||||| |||||| ||||  ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||    
T  4516698 atagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtg 4516599  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatacta 304  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||| ||||| | | ||  |||||||| |||    ||||||||||| |    
T  4516598 ccggagtaccaatgttgtgttggcctttttttgctgagcagccaacaaattg-cagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgatacca 4516500  T
Q  305 atgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggc 404  Q
    |||||| ||||||| |||| | ||| |||||||||||||| |||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4516499 atgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggc 4516400  T
Q  405 agaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggt 467  Q
    ||||||| |||| || ||  |||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  4516399 agaggaggacacaagaccaggtggttgttcatatgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggt 4516337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 14 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4557594 - 4557129
Alignment:
Q  14 cctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgag 113  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||  || |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  4557594 cctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcatcggtggctcagttgttttgtcatcggagtttgtcaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcggg 4557495  T
Q  114 ctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagta 213  Q
    |||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||     
T  4557494 ctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatctgctggagtt 4557395  T
Q  214 ccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||| ||||| | | ||| |||||||| ||| ||||||||||| || ||||||| |    
T  4557394 ccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaactg-cagatatatttgcaatacatgggagattggcatggaaattgacaccaatgtgaag 4557296  T
Q  313 agagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggaga 412  Q
    |||||  |||||| |||| || ||||||||||||||   || || ||||||| ||||||| || |||||   || ||| |||||| |||||| ||||||     
T  4557295 agagatgaggtagagaatttggtcaatgaattgatggagggggagaaaggaaagaagatgtggaaaaagataattgagatgaagacgaaggcggaggagg 4557196  T
Q  413 acactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||| || ||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4557195 acacgagacctggtggttgttcatacatgaatttggaaaaagtgattaaggaggttttgcttaaaca 4557129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 14 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4574777 - 4574312
Alignment:
Q  14 cctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  4574777 cctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggtggttttctcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaag 4574678  T
Q  114 ctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagta 213  Q
     ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  4574677 ttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacctttcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtt 4574578  T
Q  214 ccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacg 312  Q
    |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||| ||||||| ||| ||||| | | ||  |||||||| ||| | |||||| ||||||||||| | |    
T  4574577 ccaatgttatgttggccatttttttcggatcagccagcaaactg-cagatatatttgcaatgaatgggagattggaaaggaaatcgatactaatgtaaag 4574479  T
Q  313 agagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggaga 412  Q
    || ||| |||| | ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||  |||| |     
T  4574478 agggaggaggtggagaaactggtcaatgaattgatgtccggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaagccattgagctgaagaagaaggtggaggtgg 4574379  T
Q  413 acactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||| || ||| | || ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4574378 acacgagacctggaggttgttcatacacaaacttggagaaagtgattaaggaggtgttgcttaaaca 4574312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4560982 - 4560510
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |||    
T  4560982 caagaaaccatttttatggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggtggttttctcatctgattttt-gaaagaaatttcagatagaggacta 4560884  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || || ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4560883 atagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacccatcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtg 4560784  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    ||||| | | ||  |||| ||| ||| |  ||||||||||| ||    
T  4560783 ctggagttccaatgttgtgttggccattttttgcagatcagccagcaaactgaagatatatttgcaatgaatggaagattggaaacgaaattgatacaaa 4560684  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||| | ||| ||| | || | ||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  4560683 tgtaaagagggaggacgtggagaaactggtcaatgaattgatgtcctgagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagctgaagaaaaaggcg 4560584  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||| | |||| || ||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4560583 gaggtgtacacgagacctggaggttgttcatacatgaacttggagaaagtgattaaggaggtgttgcttaaaca 4560510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 3172218 - 3171745
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3172218 caagaaaccctttttgtggattattaggcctgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggccta 3172119  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || || |||||||| |||||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||  ||||||    
T  3172118 atagcaagttggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcaattggcggattcttgactcactgcggatggaactcaaccacggaaagtgtatgtg 3172019  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagta-tatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatacta 304  Q
    | ||| | |||||||||||| |||||||||| || ||||| ||| | ||| || || | ||| | | |   |||| ||| ||| |||||||||||||| |    
T  3172018 ctggaatgccaatgttgtgtaggccattttttgctgatcaaccacctaacagt-agaattatttgccaagaatggaagattgggatggaaattgatacca 3171920  T
Q  305 atgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggc 404  Q
    |||| | ||||| | |||||| ||| |||||||| |||||||||   ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3171919 atgtaaagagaggggaggtagagaaactgatcaacgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaagggccatggagttgaagaagaaggc 3171820  T
Q  405 agaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    ||||||| | || ||   | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3171819 agaggaggatacaagatttggtggttgttcatacatgaacttggataaagtgattaaggaggtcttgcttaaaca 3171745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4461600 - 4461127
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4461600 caagaaaccctttttatggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggccta 4461501  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  4461500 atagcaagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgtg 4461401  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||| || |  ||||||||| ||||||||   | ||| | | | | |||||||| |||  | ||||| ||||   |    
T  4461400 ctggagtgccgatgttgtgttggccattctttggtgatcagccagcaaactgtagatttatttgcaacaaatgggagattggacttgaaatcgataaaga 4461301  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| ||| ||  |||| | |||  || |||| |||||||||   ||||| |  |||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||      
T  4461300 tgtgaagagggatgaggtggagaagttggtcaacgaattgatggttggagagattggaaagaagatgaggcaaaaggtcatggaattcaagaagaaggtg 4461201  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||||| | || || ||| | ||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  4461200 gaggaggataccagacctggaggtgtttcatacaagaacttggacaaagtcattaaggatgtcttgcttaaaca 4461127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 15 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 4571440 - 4570978
Alignment:
Q  15 ctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagc 114  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||  || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  4571440 ctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcattggtggctcagttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaattgctggt 4571341  T
Q  115 tggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtac 214  Q
    |||||  | |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |  |||||||||| | | ||||| |    
T  4571340 tggtgctcgcaagagaaagtattgaaccatccttcaattggtggtttcttgactcactgtggatggaactcaacgaccgaaagcatatctactggagttc 4571241  T
Q  215 caatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgag 314  Q
    |||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||   ||||||| | ||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| |||    
T  4571240 caatgttgtgttagccattttttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatcgaaatcgatactaatgtgaagag 4571141  T
Q  315 agagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaac 414  Q
    | |  |||| | |||| || ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||    |||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  4571140 aaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatataatggagatgaagaagaaggcggaggaggac 4571041  T
Q  415 actagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaa 477  Q
    || || ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||    
T  4571040 acgagacctggtggttgttcatacatgaacttggaaaaagtgattaaggaggttttgcttaaa 4570978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Original strand, 4256279 - 4256740
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||             | |||||||| |||    
T  4256279 caagaaaccatttttgtgtatcattaggcctgacctcgtcattggtggctcctttattttgtcatctgagttt-------------cggatagaggacta 4256365  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4256366 atcgagagttggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttgactcattgaggatggaactcaaccattgaaagcatttgtg 4256465  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcag-ccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatacta 304  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||   | ||| |       |||||||| ||| || |||||  ||||||    
T  4256466 ccggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagaccaacaaactgtagatttatttgtagcgaatgggagattggaattgaaatcaatacta 4256565  T
Q  305 atgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggc 404  Q
    |||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |    
T  4256566 atgtgaagagagatgaggtggagaatctgatcaatgaattgatgtcgggagaaaaaggaaagaagatgaggcaaaaggtcatggaattgaagaagaagac 4256665  T
Q  405 agaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||| ||||||| || ||   |||   |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4256666 agagaagaacaccagcccagctggtcattcattgatgaacttggacaaagttattaaggaggtcatgcttaaaca 4256740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 479
Target Start/End: Original strand, 4266831 - 4267294
Alignment:
Q  16 tttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagct 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  || ||||||||||||| |||   || ||||||||||||||||| ||||| || || |    
T  4266831 tttttgtggataattaggcctgatcttgtcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagtt 4266930  T
Q  116 ggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtacc 215  Q
    |||||||||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  4266931 ggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgcc 4267030  T
Q  216 aatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgaga 315  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||   | ||| | ||||  |||||||| |||  | |||||  |||| ||||||| ||||    
T  4267031 aatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattggactcgaaatcaatacaaatgtgaagaga 4267130  T
Q  316 gagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaaca 415  Q
    ||  | || | |||  |  ||||||||||||||   ||||| |||||||  | ||||| |||||| | | |||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  4267131 gatgacgtcgagaagttagtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaatatgatgaagcaaaatgtcttggagttgaagaggaaggcagaagagaaca 4267230  T
Q  416 ctagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    | || ||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4267231 caagacctggtggtttttcatacatgaacttggacaaagttattaaggaggtcatgcttaaaca 4267294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 15 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4481161 - 4480697
Alignment:
Q  15 ctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagc 114  Q
    |||||||||||| |||||| || | ||||||||||| |||||  |  | ||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||| || ||     
T  4481161 ctttttgtggattattaggtctaatcttgtcattggtggctcagtggtgttgtcatctgagtatttgaaagaaatttcaaatagaggcctaatagcaagt 4481062  T
Q  115 tggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtac 214  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| |    
T  4481061 tggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagtgtatgtgctggagtgc 4480962  T
Q  215 caatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagta-tatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacga 313  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||| || || | ||| | | ||  |||||||| |||  | ||||| ||||| ||||||| ||    
T  4480961 caatgttgtgttggccattctttgccgatcagccacctaaccgt-agaattatttgcaatgaatgggagattggactcgaaatcgataccaatgtgaaga 4480863  T
Q  314 gagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaa 413  Q
    ||||  | || | ||   | |||||||||||| ||   ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  4480862 gagaagatgtggagaggttaatcaatgaattgttggtgggagagaaaggaaagaagatgaagcaaaaggccatggagttgaagaagatggcagaggagga 4480763  T
Q  414 cactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    ||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4480762 cacaagacctggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcttgcttaaaca 4480697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 6 - 477
Target Start/End: Original strand, 4490010 - 4490481
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||     | ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |||    
T  4490010 caagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgttattggtggctcacaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggacta 4490109  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || || ||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || || |||||||    
T  4490110 atagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtg 4490209  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagta-tatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatacta 304  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||   | | || || | ||| | | |   |||||||| ||| ||| |||||||||| |    
T  4490210 ctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcaaccacttagcagt-agaattatttgcgaagaatgggagattgggatgaaaattgatacca 4490308  T
Q  305 atgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggc 404  Q
    |||| | ||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4490309 atgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggc 4490408  T
Q  405 agaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaa 477  Q
    || |||| |||| || |   ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4490409 agcggaggacacgagactcggtggtagttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggatgtcatgcttaaa 4490481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4506334 - 4505861
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  |  ||||||| || |||||||  |||||||||||||||||| ||||     
T  4506334 caagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtaattggtggctcagtggttttgtcttcagagtttgcaaatgaaatttcagatagaagcctt 4506235  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || ||||||||| |||||||| ||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  4506234 atagcaagctggtgttcacaagagaaagtgttaaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcg 4506135  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| |||||| |||||||||| || || |  ||||| ||||||||||||   | ||| | | ||  || ||||| ||| || ||||||||||||||    
T  4506134 ctggagtgccaatgctgtgttggccgttctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaattggagattggaatcgaaattgatactaa 4506035  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    |||||  ||||| || |||| ||| ||| || ||||| | |||   ||||| |||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  4506034 tgtgaatagagaaaatgtagagaagctggtcgatgaaattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggaaaaaggtcatggagttgaaaaagagggca 4505935  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
     ||||| | || || ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  4505934 aaggaggatacaagacctggtggttgttcattcatgaacttggacaaagttattaaggaggtgttgcttaaaca 4505861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Original strand, 4514776 - 4515249
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  4514776 caagaaaacctttttatggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcgtctgagtttgtgaatgaaattgcagatagaggccta 4514875  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || || ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |    
T  4514876 atagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgagagcatatgcg 4514975  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| |||||| | ||||||| ||| || |  ||||| ||||||||||||   | ||| | | ||  |||||||| ||| || ||||| ||||  ||    
T  4514976 ctggagtgccaatgctttgttggcaattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaatgggagattgggatcgaaatcgatatgaa 4515075  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| ||||||| |||| |  || ||  ||||||||||||||   ||||| |||||||  || |||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  4515076 tgtgaagagagaggaggttgaaaagcttgtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaataaaatgaggaaaaaggttatggagttgaaaaagaaggca 4515175  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    || ||| ||||||| | | | || | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  4515176 gacgaggacactagacttggcgggtcttcatacttgaacttggacaaagtgatcaaggaggtgttgcttaaaca 4515249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 4470272 - 4469809
Alignment:
Q  14 cctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgag 113  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |  |||| ||||| ||| |||  |||| ||||||||||||||||||||| | ||     
T  4470272 cctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcattggcggctcggtagttttctcatcagagattgtaaatggaatttcagatagaggcctaatcgtgaa 4470173  T
Q  114 ctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagta 213  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||     
T  4470172 ctggtgtcctcaagagcaagtactgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtg 4470073  T
Q  214 ccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacga 313  Q
    |||||||||||||||||||| || |  ||||||| | |||| |||   | ||| | | ||  |||||||| |||  | ||||| ||||   |||||| ||    
T  4470072 ccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagctagcaaattgtagatttatttgcaatgaatgggagattggacttgaaatcgataaagatgtgaaga 4469973  T
Q  314 gagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaa 413  Q
    ||||  |||| | ||| ||  ||||||||||||||   ||||| || |||| |||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||  |||||| |    
T  4469972 gagatgaggtggagaagctagtcaatgaattgatggttggagagaatggaaagaagatgagggaaaagatcatggagttcaagaagaaggtggaggagga 4469873  T
Q  414 cactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaa 477  Q
     || || ||| | ||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  4469872 taccagacctggaggtgtttcatacaagaacttggacaaagtcattaaggatgtcttgcttaaa 4469809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 6 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4568533 - 4568072
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||| ||||| || ||| |||||||||| |    
T  4568533 caagaaaccttttttgtggatcattaggccttagcttgtcattggtggctcagttattttgtcatccgagtttgtgaatggaacttcggatagaggccaa 4568434  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||| ||||    
T  4568433 atagcaagctggtgtccgcaagagcaagtgttgaaccacccttcagttggacgattcttgactcattgtggatggaactccacattggaaagcatttgtg 4568334  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatacta 304  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||  | || ||||||||| |||| ||| ||||| |   |||  | |||||  || || ||||||||||| |    
T  4568333 ccagagtaccaatgttatgttggccttttttttctgagcagccaacatactg-cagatatatttgtaataagttggagatcggaatcgaaattgatacaa 4568235  T
Q  305 atgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagtt---gaagaagaa 401  Q
    |||||| ||||||| |||| | ||| ||||| |||||||| |||   ||| | |||||||  |||||||||||||||||| |||||||   |||||||||    
T  4568234 atgtgaagagagaggaggtggagaagctgatgaatgaattaatggtgggacagaaaggaaaaaagatgaggcaaaaggccgtggagttgaagaagaagaa 4568135  T
Q  402 ggcagaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaagga 464  Q
    ||||||| || |||| || ||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4568134 ggcagagaaggacacaagacctggtgattcttcatacatgaacttggacaaagtgattaagga 4568072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 16 - 203
Target Start/End: Original strand, 4299486 - 4299673
Alignment:
Q  16 tttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagct 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||    
T  4299486 tttttgtggatcattaggccagaccttgtcattggcggcttgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaaatagaggcctaaccgcaagct 4299585  T
Q  116 ggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatg 203  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4299586 agtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccattgaaagcatatg 4299673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 477
Target Start/End: Original strand, 4504052 - 4504523
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||     | ||||||||||| |||| |||||||| |||  ||||||| ||     
T  4504052 caagaaaccttttttgtggattattaggcctgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttgtgaatgaaacttctaatagaggactt 4504151  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
     | || || ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  | ||||    
T  4504152 gtagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtgtttgtg 4504251  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||   ||  |  |   ||| | | |   |||||||| ||| ||| | |||||| | ||    
T  4504252 ctggagtgccaatgttgtgttggccatttttttctgatcagccacttaatagcaacattatttgcgaagaatgggagattgggatgaagattgatgccaa 4504351  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    |||   ||||||  |||||| ||| || || ||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4504352 tgtacagagagaagaggtagagaaacttattaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 4504451  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaa 477  Q
    |||||| |||| || | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  4504452 gaggaggacacaagacttggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggacgtcttgcttaaa 4504523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 92 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4493346 - 4492959
Alignment:
Q  92 cagatagaggcctaattgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccat 191  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  4493346 cagatagaggcctaattgctagttggtgtccacaagagaaactgctgaaccaccattcgattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaactac 4493247  T
Q  192 tgaaagcatatgtgcaggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatg 291  Q
      ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||||   |  || | | ||  || ||||| |||  |     
T  4493246 caaaaacatatgtgccggagtgccaatgttgtgttggcctttctttagtgatcagccaacaaactgtagattgatttgcaatgaattggagattggagta 4493147  T
Q  292 gaaattgatactaatgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagt 391  Q
    ||||| ||||  ||||| |  ||||| || || | ||||||| |||||||  | |||   ||||| |||||||  |||||||||  ||| |||| |||||    
T  4493146 gaaatcgataggaatgttaatagagaaaatgtggagaatctggtcaatgagattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggagaaaagccacggagt 4493047  T
Q  392 tgaagaagaaggcagaggagaacactagt-cctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  4493046 tgaaaaagaaggcagaggaggacac-agtacctggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgatcaaggatgtcttgcttaaaca 4492959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4458061 - 4457844
Alignment:
Q  16 tttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagct 115  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||| |||| || || |    
T  4458061 tttttgtggataactaggcctgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggattttgtgaatgaaacttctgatagaggcttaatagcaagtt 4457962  T
Q  116 ggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtacc 215  Q
    |||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||| ||    
T  4457961 ggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatgaaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgcc 4457862  T
Q  216 aatgttgtgttggccatt 233  Q
    |||| || ||||||||||    
T  4457861 aatgctgcgttggccatt 4457844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 22 - 200
Target Start/End: Original strand, 4391794 - 4391976
Alignment:
Q  22 tggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatt----gcgagctgg 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | || | | |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |    || || |||    
T  4391794 tggatcattaggcttgaccttgtcattggcaggtcatgtgttttgttatatgagtatgagaatgaaatttcagatagaggtctatctagtcgcaagatgg 4391893  T
Q  118 tgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcat 200  Q
    |||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| || ||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  4391894 tgtccgaaagagcaagtattgaaccacccttgaatttgtggattcttaacgcattgtggatgaaactcacccattgaaagcat 4391976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 274 - 479
Target Start/End: Original strand, 4299669 - 4299868
Alignment:
Q  274 atatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatga 373  Q
    |||||||||| ||| || ||||| ||||| ||||||| ||||||| |||| |  || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||   |||||||    
T  4299669 atatgggagattggaatcgaaatcgatacaaatgtgaggagagaggaggtggaaaagctgatcaatgaattgatggtgggagagaaaggagataagatga 4299768  T
Q  374 ggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgct 473  Q
    | |||||||| | ||||||||||      |||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||    
T  4299769 gacaaaaggcaagggagttgaag------gcagaggagaacactaatccaggtggttgttcgtacatgaacttggacaaagttattaaggaggttctgct 4299862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 377 - 479
Target Start/End: Original strand, 4392052 - 4392154
Alignment:
Q  377 aaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaa 476  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||  | ||| |||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4392052 aaaaggcgatcgagttgaagaagaaggcaaaggaggacacatgacctggtggttcttcattcatgaacttggacaaactgattaaggaggtcttgcttaa 4392151  T
Q  477 aca 479  Q
    |||    
T  4392152 aca 4392154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 430 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 4457688 - 4457644
Alignment:
Q  430 tgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgctt 474  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4457688 tgttcatacttgaacttggacaaagtgactaaggaagtcatgctt 4457644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 432 - 479
Target Start/End: Original strand, 4606972 - 4607019
Alignment:
Q  432 ttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  4606972 ttcatacatgaacttggaaaaagtgattaagaaggttttgcttaaaca 4607019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 6 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 3086897 - 3086426
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  3086897 caagaaaccatttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcctttattatgtcatctgagtttgagaaagaaatttcagatagaggtcta 3086798  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||  ||    
T  3086797 atcgcaagctggtgtccgcaagagcaagtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaacggttgaaagcgtacttg 3086698  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||  |  ||||| |||| |||||||   ||||||| | |||||||||||| ||| || ||||| ||||||||    
T  3086697 ctggagtgccaatgttgtgttggccattttatggagatcaaccaataaactgtagatatatctgcaatatatgggagattggaattgaaatcgatactaa 3086598  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| ||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||| | |   ||||| |||||||| |||    
T  3086597 tgtgaagagagaggaggtcgagaagctgatcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaatgtcgcagagttaaagaagaaagca 3086498  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaa 477  Q
    || |||||||| |||    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  3086497 gaagagaacaccagtatcggtggttgttcatacatgaacttggacaaagttattaaggaggtcttgcttaaa 3086426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Original strand, 3374 - 3847
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3374 caagaaaccgtttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcgtttattttgtcatcagaatttgagaatgaaatttcagatagaggccta 3473  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  3474 atcacaagctggtgtccacaagagcaagtactgatccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgcg 3573  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | |||||||||||| | ||||||||||| || |  ||||||||||||||||||   | ||| | | |   |||||||| |||  | ||||| ||||   |    
T  3574 ctggagtaccaatgctttgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgcaacgaatgggagattggacttgaaatcgatatgga 3673  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| ||||||  |||| | ||| ||  |||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  3674 tgtgaagagagatgaggtggagaagctagtcaatgaattgacggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggccgtggagttaaagaagaaggca 3773  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  3774 gaggagaacactagaccaggtggtcgttcatacatgaacctggacaaagttattaaggaggttttgcttaaaca 3847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 6 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 1281591 - 1281133
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1281591 caagaaaccatttttgtggatcactaggcctgatcttgtcattggcggctcagtgattttgtcatctgactttgcgaatgaaatttcagatagaggccta 1281492  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || || || ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1281491 atagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtg 1281392  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||   | ||| |   ||  |||| ||| |||||||||||| ||||| ||    
T  1281391 ctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaatcgatacaaa 1281292  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| ||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||  | || ||| |||||| ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||  |||     
T  1281291 tgtgaagagagaggaggtggctaagttgatcaatgaattgatagccggggatgaaggaaagaatatgagagaaaaggccatggaattgaagaaggcggcg 1281192  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaagga 464  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1281191 gaggagaacactagaccgggtggttgttcatacatgaacttcgacaaagtgattaagga 1281133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 1674703 - 1674230
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  1674703 caagaaaccttttttgtggatcactaggcctgatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcatctgagtttatgaaagaaatttcagatagaggccta 1674604  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    ||  | |  ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  1674603 atatcaaattggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcggcggattcttgacacactgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcg 1674504  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   | ||| |   ||  |||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  1674503 ctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaattgatacgaa 1674404  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| |||||||    | | ||| || |||||||||||||||   ||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1674403 tgtgaagagagagggtttggagaagcttatcaatgaattgatggtgggagagaatggaaaaaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggca 1674304  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  1674303 gaggagaacactagaccaggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaagtgttgcttaaaca 1674230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Original strand, 20863498 - 20863971
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20863498 caagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggtgattttttcatctgcgtttgtgaatgaaatttcagatagaggccta 20863597  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    || ||||| ||||||||||||||| | ||  ||||||| |||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20863598 atcgcgagttggtgtccacaagagaaggtgttgaaccatccttcaattggtggatttctaactcattgtggatggaactcaaccattgagagcatatgtg 20863697  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatacta 304  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||| || || | | | | |||||||| ||| || |||||||| || |    
T  20863698 ctggagtgccaatgttgtgctggccattttttgctgatcagccgacaaactg-cagatacatttgcaacaaatgggagattgggatcgaaattgacacca 20863796  T
Q  305 atgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggc 404  Q
    |||| | ||||||| |||| | ||  ||| | ||||||||||||   ||||| ||||||| || ||||||||||||| | |  |||||||||||||||||    
T  20863797 atgtcaagagagaggaggtggagatgctggtaaatgaattgatggtgggagagaaaggaaggaggatgaggcaaaagacaaatgagttgaagaagaaggc 20863896  T
Q  405 agaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    ||||||| |||| || ||    ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  20863897 agaggaggacacaagaccggaaggtggttcatatatgaacttggacaaagtgattaaggaggtgttgcttaaaca 20863971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 22 - 479
Target Start/End: Original strand, 16685938 - 16686395
Alignment:
Q  22 tggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagctggtgtc 121  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |    
T  16685938 tggatcattaggtctgatcttgtcatttgcggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatctcagatagaagcctaatcgcgagctggtgcc 16686037  T
Q  122 cacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtaccaatgtt 221  Q
    | |||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||| ||||||||    
T  16686038 cgcaagagcaagtattaaaccatccttcaatcggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatatgctggagttccaatgtt 16686137  T
Q  222 gtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcag-tatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgagagagaa 320  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||| || ||| ||||| | | ||  |||||||| ||| ||||||||||| || ||||||| ||||||  |    
T  16686138 gtgttggccattttttgctgatcagccagcaaaatg-cagatatatttgcaatgaatgggagattggcatggaaattgacaccaatgtgaagagagatga 16686236  T
Q  321 ggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaacactagt 420  Q
    ||| | |||  || ||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||| |||||   || ||  || | | |||||  || ||  || | ||     
T  16686237 ggtggagaaattggtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggaaaaagataattgaactgcaaatgaaggtggacgaagacccgaga 16686336  T
Q  421 cctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaaca 479  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  16686337 cctggtggttgttcatacatgaacttggaaaaagtgattatggaggttttgcttaaaca 16686395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 148 - 194
Target Start/End: Original strand, 1969140 - 1969186
Alignment:
Q  148 tcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||    
T  1969140 tcaattggtggattcttgactcattgtggctggaattcaacccttga 1969186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 183; Significance: 9e-99; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 6 - 464
Target Start/End: Original strand, 27999754 - 28000212
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggccta 105  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  27999754 caagaaaccttttttgtggatcactaggcctaatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcatctgagtttaggaaagaaatttcagatagaggccta 27999853  T
Q  106 attgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtg 205  Q
    ||  | |  ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  27999854 atatcaaattggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcagcgggttcttgactcactgcggatggaactcaaccaccgaaagcatatgcg 27999953  T
Q  206 caggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaa 305  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||   | ||| |   ||  |||| ||| |||||||||||||||||  ||    
T  27999954 ctggagtgccaatgttgtgttggtcattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaattgatatgaa 28000053  T
Q  306 tgtgacgagagagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggca 405  Q
    ||||| || |||| |  | | ||| || |||||||||||||||   ||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28000054 tgtgaagatagaggatttggagaagcttatcaatgaattgatggtgggagagaatggaaaaaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaaaaaggca 28000153  T
Q  406 gaggagaacactagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaagga 464  Q
    |||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28000154 gaggagaacactagaccaggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaagga 28000212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 16 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 24103466 - 24102990
Alignment:
Q  16 tttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagct 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  || ||||||||||||| |||   || ||| ||||||||||||| ||||| || || |    
T  24103466 tttttgtggataattaggcctgatcttgtcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaagtttcagatagaggactaatagcaagtt 24103367  T
Q  116 ggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgcaggagtacc 215  Q
    |||||||||||||  ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  24103366 ggtgtccacaagataaagtgttaaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgcc 24103267  T
Q  216 aatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgtcagtatatctcctatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgacgaga 315  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||||| ||||||||||||   | ||| | ||||  |||||||| |||  | ||||| ||||| ||||||| ||||    
T  24103266 aatgttgtgttggccattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattggactcgaaatcgatacaaatgtgaagaga 24103167  T
Q  316 gagaaggtagcgaatctgatcaatgaattgatgtcaggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaaca 415  Q
    ||  | || | |||  |  ||||||||||||||   ||||| || |||| || ||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  24103166 gatgacgtcgagaagttagtcaatgaattgatggtgggagagaacggaaagacgatgaagcaaaaggtcttggagttcaagaagaaggcagaagagaaca 24103067  T
Q  416 ctagtcctcgtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcatgcttaaacagtgctagactaaa 492  Q
    | ||  || |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  24103066 caagatctggtggtttttcatacatgaacttggacaaagttattaaggaggtcatgcttaaacaattctagattaaa 24102990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 195
Target Start/End: Original strand, 20155247 - 20155297
Alignment:
Q  145 ccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaa 195  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  20155247 ccttcaattggaggattcttgacacattgtggatggaattcaacaattgaa 20155297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 94 - 258
Target Start/End: Original strand, 3428 - 3591
Alignment:
Q  94 gatagaggcctaattgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattg 193  Q
    |||| ||||||| | || || ||||||||  ||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  3428 gatataggcctagtcgcaagatggtgtccgtaagagcaagtgttgaaccaccctt-agttggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattg 3526  T
Q  194 aaagcatatgtgcaggagtaccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactgt 258  Q
    ||||||| ||| | ||||| |||||| || |||||||||||||| |||| ||  |||||||||||    
T  3527 aaagcatttgttctggagttccaatgctgcgttggccatttttccccgaacactcaacaaactgt 3591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 6 - 103
Target Start/End: Original strand, 3164 - 3261
Alignment:
Q  6 caagaaatcctttttgtggatcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcc 103  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |  ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3164 caagaaaccctttgtgtggatcattaggtctgaccttgtcattggcggatcatgtgctttgttatatgagtttgagaatgaaacttcagatagaggcc 3261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University