View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16498_high_2 (Length: 424)

Name: NF16498_high_2
Description: NF16498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16498_high_2
NF16498_high_2
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-415)||(3755314-3755740)
chr4 (191-415)||(3770617-3770841)
chr4 (5-358)||(3766911-3767258)
chr4 (1-195)||(3771304-3771498)
chr4 (1-358)||(3751516-3751873)
chr4 (5-272)||(3745785-3746052)
chr4 (5-358)||(3780889-3781242)
chr4 (1-358)||(3762495-3762858)
chr4 (5-358)||(3776576-3776929)
chr4 (360-400)||(3780835-3780875)
chr4 (250-358)||(3844990-3845098)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-195)||(25985274-25985461)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (250-358)||(10050-10158)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 3755740 - 3755314
Alignment:
Q  1 aaaactaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaacc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||   | |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  3755740 aaaactaagtcatttcagattctactggcacgacatagtgagtggaaaaaaccctacttcagttgcagttgtcccaccaccaatgaaactaaactcaacc 3755641  T
Q  101 actgcttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgcatctg 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  3755640 actgcctttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccacagttgaattctaagattgttggaaaagctcaaggattctatgcatctg 3755541  T
Q  201 catgcaaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaatgttgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  3755540 catgcaaagatgaagttgatttgcttatggctatgaattttgcttttactgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgt 3755441  T
Q  301 ttttcataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttcagatt------------tgctgaagctaatactcattggtttgatgtcaaa 388  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3755440 ttttcataaagttagagagatgcctgtgattggtggtagtggatttttcagatttgctagaggttatgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaa 3755341  T
Q  389 tctggggatgctgttgtcgagtataat 415  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||    
T  3755340 tctggggatgctattgttgagtataat 3755314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 191 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 3770841 - 3770617
Alignment:
Q  191 gatgcatctgcatgcaaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaa 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770841 gatgcatctgcatgcaaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaa 3770742  T
Q  291 ggaatgttgtttttcataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttcagatttgctgaagctaatactcattggtttgatgtcaaatc 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3770741 ggaatgttgtttttcataaagtttgagagatgcctatgattggtggtattggacttttcagatttgctgaagctaatactcattggtttgatatcaaatc 3770642  T
Q  391 tggggatgctgttgtcgagtataat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  3770641 tggggatgctgttgtcgagtataat 3770617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 5 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3767258 - 3766911
Alignment:
Q  5 ctaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaaccactg 104  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||  |  || || |||||||| || |      |||| | | |||||    
T  3767258 ctaagtcatttcaaattttattggcatgacatagtgagtggaaaaaaccctacttctatcgtagttattccaccatcatt------aaactccaacactg 3767165  T
Q  105 cttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgcatctgcatg 204  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  3767164 cctttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccacagttgaattctaagattgttggaaaagctcaaggattctatgcatctgcatg 3767065  T
Q  205 caaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaatgttgttttt 304  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  3767064 caaagatgaagttgatttgcttatggctatgaattttgcttttactgaaggaaagtataatggaagtacacttactatattgggaaggaatgctgttttt 3766965  T
Q  305 cataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttcagatttgct 358  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  3766964 cataaagttagagagatgcctgtgattggtggtagtggagttttcagatttgct 3766911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3771498 - 3771304
Alignment:
Q  1 aaaactaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaacc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3771498 aaaactaagtcatttcagattctactggcacgagatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaacc 3771399  T
Q  101 actgcttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgc 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3771398 actgcttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgc 3771304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3751873 - 3751516
Alignment:
Q  1 aaaactaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaacc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||   |||||| ||||| ||  || |  | | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3751873 aaaactaagtcatttcagattctattggcatgatatcttgagtgggaaaaatcccactgcaattacaattgttccaccaccattgaagctaaacacaacc 3751774  T
Q  101 actgcttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgcatctg 200  Q
    |||  |||||||||||||  |||| | ||  ||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  3751773 acttattttggttcagtcaacatgtttgatgaccctttgactataggaccacaattgagttctaagcttgttggaaaagctcaaggtttctatgcatctg 3751674  T
Q  201 catgcaaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaatgttgt 300  Q
    |||   |||||||  ||| ||| || ||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||| ||||||  ||     
T  3751673 catcacaagatgattttggttttctcatggctatgaactttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtacaattactatcttggggaggaattctgg 3751574  T
Q  301 ttttcataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttcagatttgct 358  Q
    | || |||| | | ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3751573 tattaataaggctagagagatgcctattattggtggtagtggacttttcagatttgct 3751516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 3746052 - 3745785
Alignment:
Q  5 ctaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaaccactg 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||   |||||||||||||||| ||||  | | | |||| |||| |||| |||| ||||||||||| |||     
T  3746052 ctaagtcatttcagattcttttggcatgacatcatgagtggaaaaaaccctacttcaattacagttgtaccactaccattgaagctaaacacaactactt 3745953  T
Q  105 cttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgcatctgcatg 204  Q
    ||||||||| ||||  ||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||     
T  3745952 cttttggtttagtcaacattattgacaaccctttaactttaggaccaaaaatgagttctaagcttgttggaaaagctcaagggttgtatgcatctgcatc 3745853  T
Q  205 caaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagta 272  Q
     || |||||  ||  |||| | |||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  3745852 aaaggatgagtttagtttgttcatggctatgacttttgctttcattgaaggaaagtataatgggagta 3745785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3781242 - 3780889
Alignment:
Q  5 ctaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaaccactg 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| |   |||||||||||| ||  |||||||   |||| |||||||| ||   ||| ||||| ||||||| |    
T  3781242 ctaagtcatttcagattctattggcatgacgtcttgagtggaaaaaatccaacttcggttgcaattattccaccatcatcaaaagtaaactcaaccaccg 3781143  T
Q  105 cttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgcatctgcatg 204  Q
    |||||||||  ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||| |     
T  3781142 cttttggtttggttaacatgattgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaagagctcaaggattctatgcatctgcttc 3781043  T
Q  205 caaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaatgttgttttt 304  Q
      |||| ||| | | ||| || ||| | |||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||||||  | || ||||||  ||   ||    
T  3781042 acaagaagaactaggttttcttatgacaatgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtactcttactatcgtagggaggaatcctgccatt 3780943  T
Q  305 cataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttcagatttgct 358  Q
     ||   ||| | |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3780942 aatttggttagggagatgcctgttgttggtggtagtggacttttcagatttgct 3780889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3762858 - 3762495
Alignment:
Q  1 aaaactaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaacc 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||| |  |  | | |||||||| ||||||| |||||||| || |||||    
T  3762858 aaaactaagccattttagattctactggcatgacatactaagtggaaataaccctacaacaattacaattgttcaaccaccattgaaactacactcaacc 3762759  T
Q  101 ------actgcttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatg 194  Q
          | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||| |||    
T  3762758 ggccttaatgcttttggtttagtccgcatgattgacaaccctttgactttaggacccgaactgagttctaaacttgttggaagagctcaaggattctatg 3762659  T
Q  195 catctgcatgcaaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaa 294  Q
    |||||||||   | || ||| | | ||| || ||| |  ||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||   ||||||| ||||| |||||    
T  3762658 catctgcatcacaggaagaaataggttttcttatgacagtgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtactattactatcttggggaggaa 3762559  T
Q  295 tgttgtttttcataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttcagatttgct 358  Q
    |   | | || |||| ||| | |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  3762558 tccagctcttaataaggttagggagatgcctgttgttggtggcagtggacttttcagatttgct 3762495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3776929 - 3776576
Alignment:
Q  5 ctaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaaccactg 104  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||| |||||||  ||||||||||| ||  |||||||   ||||||||||||| ||   ||| ||||| ||||||||     
T  3776929 ctaagtcatttcaaattatattggcatgacatagttagtggaaaaaatccaacttcggttgcaattgttccaccatcatcaaaagtaaactcaaccactt 3776830  T
Q  105 cttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgcatctgcatg 204  Q
     |||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| | | ||||||| ||| |||||||||| |     
T  3776829 tttttggtttagttagcatgattgacaaccctttaactttaggacccgaattgagttctaaacttgttggtagagctcaaggattctatgcatctgcttc 3776730  T
Q  205 caaagatgaagttgatttgctaatggctatgaattttgtttttactgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaatgttgttttt 304  Q
      | || ||| | | ||| || ||| | |||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||   ||||||| ||||| ||||||  || |  |    
T  3776729 acaggaagaaataggttttcttatgacaatgaattttgctttcattgaaggaaagtataatggtagtaccattactatcttggggaggaatcatgctcgt 3776630  T
Q  305 cataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttcagatttgct 358  Q
     |||| ||| | || ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3776629 aataaggttagggaaatgcctgttgttggtggtagtggacttttcagatttgct 3776576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 360 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 3780875 - 3780835
Alignment:
Q  360 aagctaatactcattggtttgatgtcaaatctggggatgct 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  3780875 aagctaatactcattggattgatttcaaaactggggatgct 3780835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 250 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3845098 - 3844990
Alignment:
Q  250 tgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaatgttgtttttcataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttc 349  Q
    |||||| || ||||||||||| | | ||||||| |||||||| |||| ||  | | | || ||| |||| ||||||||||||||||| | ||| |||||     
T  3845098 tgaagggaaatataatggaagcacaattactatcttgggaagaaatgatgcatatgaaaaggttagagaaatgcctgtgattggtggaagtgggcttttt 3844999  T
Q  350 agatttgct 358  Q
    |||||||||    
T  3844998 agatttgct 3844990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 195
Target Start/End: Original strand, 25985274 - 25985461
Alignment:
Q  5 ctaagtcatttcagattctactggcacgacatagcgagtggaaaaaaccctccttcggtaataattgttccaccaccaatgaaactaaacacaaccactg 104  Q
    ||||| ||||| | |||||| ||||| |||||||  |||||||| |||||| ||||  ||  |||||||||||||||  |||||   ||| |||||||||    
T  25985274 ctaagccatttaaaattctattggcatgacatagttagtggaaacaacccttcttcaataccaattgttccaccacctttgaaa---aactcaaccactg 25985370  T
Q  105 cttttggttcagtccgcatgatcgacaaccctttaactttaggaccagaactgagttctaagcttgttggaaaatctcaagggttcgatgc 195  Q
    ||||||||| |||   |||||| || ||||||||||| ||||||||  || ||||||| ||  | ||||||||| | ||||| ||| ||||    
T  25985371 cttttggtttagttaacatgattgagaaccctttaaccttaggacctcaattgagttccaaattggttggaaaagcacaaggattctatgc 25985461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 250 - 358
Target Start/End: Original strand, 10050 - 10158
Alignment:
Q  250 tgaaggaaagtataatggaagtaaacttactattttgggaaggaatgttgtttttcataaagtttgagagatgcctgtgattggtggtattggacttttc 349  Q
    |||||| || ||||||||||| | | ||||||| |||||||| |||| ||  | | | || ||| |||| ||||||||||||||||| | ||| |||||     
T  10050 tgaagggaaatataatggaagcacaattactatcttgggaagaaatgatgcatatgaaaaggttagagaaatgcctgtgattggtggaagtgggcttttt 10149  T
Q  350 agatttgct 358  Q
    |||||||||    
T  10150 agatttgct 10158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University