View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16503_low_1 (Length: 1167)

Name: NF16503_low_1
Description: NF16503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16503_low_1
NF16503_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (88-1151)||(45380584-45381642)
chr3 (20-96)||(45380093-45380166)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 893; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 893; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 1151
Target Start/End: Original strand, 45380584 - 45381642
Alignment:
Q  88 taatatttttgtcataaaaaatgaattggtctaaagtggtaaataacttaatcttcttaaacaagtgattaaatgattgattgggtacgaagaaaattca 187  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45380584 taatatttttgtcatcaacaatgaattgatcta--gtgttaaataacttaaacttcttaaacaagtgattaaatgattgattgcgtacgaagaaaattca 45380681  T
Q  188 gctaagagataagaactaacgcacatttgtatcaacacatactctgacaaaaattagtcacggtcaatgcgatcggacctgtaacatggnnnnnnnttat 287  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    
T  45380682 gctaggagataagaactaacgcacatttgtatcaacacatactctgacaaaaattagtcacggtcaatgcgatcggacctgtaacatggaaaagaattat 45380781  T
Q  288 gc-atttcttttccttgtcataaacatcacctatctgtcttttctcttcctatttagttttatcctagaggtatatactatacacaatttcctaatcttg 386  Q
    ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  45380782 gcttttttttttccttgtcataaacatcacctatctgtcttttcccttcctatttggttttatcctagagttatatattatacacaatctcctaatcttg 45380881  T
Q  387 tgaaaatgcaattctattattaaaaggaattatttatttcacgagaaatagcttgacgtgtaaaacggacctttgattatgtctcccatttctaaactac 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45380882 tgaaaatgcaattctattattaaaaggaattatttatttcacgagaaatagcttgacgtgtaaaacggacctttgattatgtctcccatttctaaactac 45380981  T
Q  487 taatactattctcaaggacatcaacattagcagtagacaccattatttttggcaagaatttctaaactaaaaacatatctagaatcacacacaatgaaca 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45380982 taatactattctcaaggacatcaacattagcagtagacaccattatttttggcaagaatttctaaactaaaaacatatctagaatcacacacaatgaaca 45381081  T
Q  587 cgtctcacattgttctattttcgcgtgcaagttaaggatctatatctcgttacttttgctatgttatgaacacaaattctcctcnnnnnnncctatctta 686  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||    
T  45381082 cgtctcacattgttctattttcgcgtgcaagttaaggatctatatctcgttacttttactatgttatgaacacaaattctcctctttttttcctatctta 45381181  T
Q  687 attaatctactcctacctaaataattcaacagttgttacaactgcaaattatacataacactttattcaaggnnnnnnntaatcaatccctcttccacaa 786  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  45381182 attaatctactcctacctaaataattcaatagttgttacaactgcaaattatacataacactttattcaaggaaaaaaataatcaatccctcttccacaa 45381281  T
Q  787 gaaacatgagctagatttatatgtaacatattactttttccacttttcctagtttttgaattctaactaggctggcttataaagtttccttgcgatttgc 886  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45381282 gaaac--gagctagatttatatgtaac--attactttttccacttttcctagtttttgaattctaactaggctggcttataaagtttccttgtgatttgc 45381377  T
Q  887 attgttttataatttcaatggcaacaatcagcaacattggcttacaagggaattggaatgtgagcaatgcaaagaaggaaaatatgatcaactcaaggaa 986  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45381378 attgttttataatttcaatggcaacaatcagcaacattggcttacaagggaattggaatgtgagcaatgcaaagaaggaaaatatgatcaactcaaggaa 45381477  T
Q  987 ggttttggaggtgaattttaattcctctcatcaaaacaatgacacattgaacaaccacaacaaacgaagattttcattggtgattacaaattctaatcat 1086  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45381478 ggttttggaggtgaattttaattcctctcatcaaaacaatgacacattgaacaaccacaacaaacgaagattttcattggtgattacaaattctaatcat 45381577  T
Q  1087 ggtagtacttttcataaagtggacacaattaatggaactaaggtgaatggtttacaagtggtaga 1151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45381578 ggtagtacttttcataaagtggacacaattaatggaactaaggtgaatggtttacaagtggtaga 45381642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 96
Target Start/End: Original strand, 45380093 - 45380166
Alignment:
Q  20 cttttacttgctcattaaattaacaatgttgccattctatagtttcatttttacattcaagttacaattaatatttt 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45380093 cttttacttgctcattaaattaacaatgttgccat---atattttcatttttacattcaagttacaattaatatttt 45380166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University