View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16503_low_2 (Length: 731)

Name: NF16503_low_2
Description: NF16503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16503_low_2
NF16503_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-719)||(44995144-44995845)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 719
Target Start/End: Original strand, 44995144 - 44995845
Alignment:
Q  18 gtttgtgtcctgatgttactacttttaataagcttgttcatgccttgtgtaagaaaggttttgttttggaaagtgagaggctttttgataaggttttgaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995144 gtttgtgtcctgatgttactacttttaataagcttgttcatgcgttgtgtaagaaaggttttgttttggaaagtgagaggctttttgataaggttttgaa 44995243  T
Q  118 gagaggggtttgtccgaatttgtttacttttaatatctttatacaaggtctttgtaaggagggttcgcttgatagggctgttagcttgttgggctgtgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44995244 gagaggggtttgtccgaatttgtttacttttaatatctttatacaaggtctttgtaaggagggttcgcttgatagggctgttaggttgttgggctgtgtt 44995343  T
Q  218 tcgagggaaggattgaggccggatgttgttacgtataatacagttatatgtgggttgtgtaggaagtcacgggttgttgaagcggaggaatgcttacata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995344 tcgagggaaggattgaggccggatgttgttacgtataatacagttatatgtgggttgtgtaggaagtcacgggttgttgaagcggaggaatgcttacata 44995443  T
Q  318 aaatggttaatggtggatttgagccgaatgatcttacttataatagtattattgatggatactgtaaaaaggggatggtagtggatgcaaataggattct 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995444 aaatggttaatggtggatttgagccgaatgattttacttataatagtattattgatggatactgtaaaaaggggatggtagtggatgcaaataggattct 44995543  T
Q  418 gaaagatgcggttttcaagggttttaaaccagacgagtttacctattgttccttagttaatggtttttgccaggatggtgaccctgatcaggctatggct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995544 gaaagatgcggttttcaagggttttaagccagacgagtttacctattgttccttagttaatggtttttgccaggatggtgaccctgatcaggctatggct 44995643  T
Q  518 gtctttaaggatgggctaggaaaaggtttaaggccgagcattattgtttacaataccttgattgaagggttatgtcagcaaggcctgattttgccggctt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44995644 gtctttaaggatgggctaggaaaaggtttaaggccgagcattattgtttacaataccttgattaaagggttatgtcagcaaggtctgattttgccggctt 44995743  T
Q  618 tgcaattgatgaatgagatgacagaaaagggttgtaaacctgatatatggacttataatttaattataaatggcttgtgcaagatgggttgtttatctga 717  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44995744 tgcaattgatgaatgagatggcagaaaagggttgtaaacctgatatatggacttataatttaattataaatggcctgtgcaagatgggttgtttatctga 44995843  T
Q  718 tg 719  Q
    ||    
T  44995844 tg 44995845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University