View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16504_low_8 (Length: 539)
Name: NF16504_low_8
Description: NF16504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16504_low_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 524
Target Start/End: Original strand, 2275890 - 2276398
Alignment:
| Q |
16 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatggacacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
115 |
Q |
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| T |
2275890 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatgggcacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
2275989 |
T |
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| Q |
116 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctcnnnnnnnnnnnngtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
215 |
Q |
| |
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|
| T |
2275990 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctctttttcttttttgtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
2276089 |
T |
|
| Q |
216 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
315 |
Q |
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| T |
2276090 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
2276189 |
T |
|
| Q |
316 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacctaatgtttttattgttgtaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
415 |
Q |
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| T |
2276190 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacctaatgtttttattgttgtaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
2276289 |
T |
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| Q |
416 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtatttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
515 |
Q |
| |
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| T |
2276290 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtgtttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
2276389 |
T |
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| Q |
516 |
tttgagagt |
524 |
Q |
| |
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||||||||| |
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| T |
2276390 |
tttgagagt |
2276398 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 524
Target Start/End: Original strand, 39347381 - 39347889
Alignment:
| Q |
16 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatggacacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
115 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39347381 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatgggcacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
39347480 |
T |
|
| Q |
116 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctcnnnnnnnnnnnngtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
215 |
Q |
| |
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|
| T |
39347481 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctctttttcttttttgtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
39347580 |
T |
|
| Q |
216 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
315 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39347581 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
39347680 |
T |
|
| Q |
316 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacctaatgtttttattgttgtaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
415 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39347681 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacctaatgtttttattgttgtaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
39347780 |
T |
|
| Q |
416 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtatttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
515 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39347781 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtgtttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
39347880 |
T |
|
| Q |
516 |
tttgagagt |
524 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
39347881 |
tttgagagt |
39347889 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 524
Target Start/End: Original strand, 4013224 - 4013732
Alignment:
| Q |
16 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatggacacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4013224 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatgggcacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
4013323 |
T |
|
| Q |
116 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctcnnnnnnnnnnnngtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4013324 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctctttttcttttttgtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
4013423 |
T |
|
| Q |
216 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
315 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4013424 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
4013523 |
T |
|
| Q |
316 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacctaatgtttttattgttgtaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4013524 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacttaatgtttttattgttgtaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
4013623 |
T |
|
| Q |
416 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtatttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
515 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4013624 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtgtttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
4013723 |
T |
|
| Q |
516 |
tttgagagt |
524 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
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| T |
4013724 |
tttgagagt |
4013732 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 281
Target Start/End: Original strand, 25880114 - 25880376
Alignment:
| Q |
16 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatggacacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25880114 |
caatggtctaaatttttactcattattatctattagtcataaatagcaattgctcatgggcacaattcagggaactaagctttgaacttttcatgaatat |
25880213 |
T |
|
| Q |
116 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctcnnnnnnnnnnnngtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
215 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25880214 |
tggtgttgtgtttgtgtgtttagtctctttttcttttttgtcctattaattatttagaaataatgttagttttatgtaacaggactatgtgaagtaaaca |
25880313 |
T |
|
| Q |
216 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcct |
281 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25880314 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtccta---tatagaacttcct |
25880376 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 348
Target Start/End: Original strand, 25880373 - 25880412
Alignment:
| Q |
309 |
tccttataatgatttattgttgtcagtctccttacctaat |
348 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
25880373 |
tccttataatgatttattgtagtcagtctcattacctaat |
25880412 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 524
Target Start/End: Original strand, 35348813 - 35349321
Alignment:
| Q |
16 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatggacacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
115 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
35348813 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatgggcacaattcagggaactaagctttgaagttttcatgaatat |
35348912 |
T |
|
| Q |
116 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctcnnnnnnnnnnnngtcctattaactatttagaaataatgttagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348913 |
tggtgttgtttttgtgtgtttagtctctttttcttttttgtcctattaactatttagaaataatattagttttatgcaacaggactatgtgaagtaaaca |
35349012 |
T |
|
| Q |
216 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35349013 |
tgaagaatagagcaaatacaagaagaatttctttcggaaaatttgtcctactgtatagaacttcctaattattaatttcagcattaagagctctccttat |
35349112 |
T |
|
| Q |
316 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacctaatgtttttattgttgtaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35349113 |
aatgatttattgttgtcagtctccttacctaatgtttttattgttgcaggcttattaatttacatatccagcaggtgctaacaacttcaaataggcacca |
35349212 |
T |
|
| Q |
416 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtatttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
515 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
35349213 |
tggttgttagtataattaaaggatggatttaaggtgtttcaagcttggagaaatacttttcttaggagtagtggtttatgatgattgactgtggagtaac |
35349312 |
T |
|
| Q |
516 |
tttgagagt |
524 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
35349313 |
tttgagagt |
35349321 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 10789284 - 10789215
Alignment:
| Q |
16 |
caatggtctaaatttttactcattataacctattagtcataaatagcaattgctcatggacacaattcag |
85 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||| |
|
|
| T |
10789284 |
caatggtctaaatttttactcattattatctattagtcgtaaatagcaattgctcaagggcacagttcag |
10789215 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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