View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16505_low_2 (Length: 708)

Name: NF16505_low_2
Description: NF16505
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16505_low_2
NF16505_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-691)||(53057255-53057933)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 691
Target Start/End: Original strand, 53057255 - 53057933
Alignment:
Q  13 atgaatcaaaccaaccaccaaccagtgaattggccagttttcggttcaattggtagaactggccgattcggtctgttttaaaacattgacatgaaaattg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057255 atgaatcaaaccaaccaccaaccagtgaattggccagttttcggttcaattggtagaactggccgattcggtctgttttaaaacattgacatgaaaattg 53057354  T
Q  113 aagtaggatgtaacatgaacaatagatttagacaacaatgaaaccaactaacatgtcagtctatgattatatgatgacagcagcagtggcaggcagtacc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057355 aagtaggatgtaacatgaacaatagatttaggcaacaatgaaaccaactaacatgtcagtttatgattatatgatgacagcagcagtggcaggcagtacc 53057454  T
Q  213 gaccataaagcccttaacagtagtacttaattcatctgcaactctggcctcagaaaatccaacacgaggtgaggcctaaagtaatgtgggggaatcatag 312  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  53057455 taccataaagcccttaacagtagtacttaattcatctgcaactctggcctcagaaaatccaacacgaggtgaggcctaaagttatgtgggggaatcacag 53057554  T
Q  313 tgcaaaaatttatgagagaggtcaaatgtacggtttttgttaaatatcaaaatgaatgtaagtccataaaattattgatctatgcataaggcatcataaa 412  Q
    || ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53057555 tgaaaaaatttatgagagaggtcatatctacagtttttgttaaatatcaaaatgaatgtaagtccataaaattactgatctatgcataaggcatcataaa 53057654  T
Q  413 ctagatactagcaggagtttacaattacaagtcaaggacatgtgcaagtcaacttattttcacgttattcttcagaannnnnnnatgtatcaccatggac 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  53057655 ctagatactagcaggagtttacaattacaagtcaaggacatgtgcaagtcaacttattttcacgttattcttcagaaattttttatgtatcaccatggac 53057754  T
Q  513 taaaagaagcattaaatttcagaactacaacatcttcacacatgcaccatatatatatgtttggaaactccacataaacaccaaaatataactataggtt 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057755 taaaagaagcattaaatttcagaactacaacatcttcacacatgcaccatatatatatgtttggaaactccacataaacaccaaaatataactataggtt 53057854  T
Q  613 tgtataactaattcaagttaatggaaagaaatatgtatctgtgaagtgtaagtctaatacaatacatacctgtaataag 691  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53057855 tgtatatctaattcaagttaatggaaagaaatatgtatctgtgaagtgtaggtctaatacaatacatacctgtaataag 53057933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University