View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16505_low_9 (Length: 474)
Name: NF16505_low_9
Description: NF16505
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16505_low_9 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Original strand, 24557695 - 24558147
Alignment:
| Q |
1 |
acacatgattcatgaagaaaccgaacttattcgcatattgaatattgtatttcctaaagaaacaatattaataatataagaggattcatgaagcaacaat |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
24557695 |
acacatgattcatgaagaaacctaactttttcgcatattgaatattgtatttcctaaagaaacaatattaataatataagaggattcattaagcaacaat |
24557794 |
T |
|
| Q |
101 |
ccagatatgcagaacagaacagtgcaataatgannnnnnnnnngcttatatacactgagcataagaagaaacgtgagagggaagagatattaagataggg |
200 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
24557795 |
ccagatatgcagaacagaacagtgcaataatgattttttc----cttatatacactaagcataagaagaaacgtgagagggaagagatattaagataggg |
24557890 |
T |
|
| Q |
201 |
gtaaaatggtaatattttaatgggttgaaatataaataaagttttcannnnnnnnnccttccatatataccattgtaacaaaaaatataccattgctcca |
300 |
Q |
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| T |
24557891 |
gtaaaatgataatattttaatgggttgaaatataaataaagttttcatttttttttccttccatatataccattgtaacaataaatataccattgtacca |
24557990 |
T |
|
| Q |
301 |
acagatcaaacaacagaatcaaaaataaaatgaatactaactaaaagagtataaactttgttgaaaaggggttgaaggaaagttgaaatataaagaaagt |
400 |
Q |
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| T |
24557991 |
acagatcaaacaacagaatcaaaaataaaatgaatactaactaaaaacgtataaacttcgttgaaaaggggttgaaggaaagttgaaatacaaagaaagt |
24558090 |
T |
|
| Q |
401 |
tttcannnnnnnncttcttcttccttatataccattgttccaacaaatcaaataaca |
457 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
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| T |
24558091 |
tttcattttttttcttcttcttccttatataccatatttccaacaaatcaaataaca |
24558147 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Original strand, 24554634 - 24555088
Alignment:
| Q |
1 |
acacatgattcatgaagaaaccgaacttattcgcatattgaatattgtatttcctaaagaaacaatattaataatataagaggattcatgaagcaacaat |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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|
| T |
24554634 |
acacatgattcatgaagaaacctaactttttcgcatattgaatattgtatttcctaaagaaacaatattaataatataagaggattcattaagcaacaat |
24554733 |
T |
|
| Q |
101 |
ccagatatgcagaacagaacagtgcaataatgannnnnnnnnngcttatatacactgagcataagaagaaacgtgagagggaagagatattaagataggg |
200 |
Q |
| |
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| T |
24554734 |
ccagatatgcagaacagaatagtgcaataatgattttttttc--cttatatacactgagcataagaagaaacgtgagagggaagagatattaagataggg |
24554831 |
T |
|
| Q |
201 |
g-taaaatggtaatattttaatgggttgaaatataaataaagttttcannnnnnnnnccttccatatataccattgtaacaaaaaatataccattgctcc |
299 |
Q |
| |
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| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |
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| T |
24554832 |
ggtaaaatgataatattttaatgggttgaaatataaataaagttttcatttttttttccttccatatataccattgtaacaataaatataccattgtacc |
24554931 |
T |
|
| Q |
300 |
aacagatcaaacaacagaatcaaaaataaaatgaatactaactaaaagagtataaactttgttgaaaaggggttgaaggaaagttgaaatataaagaaag |
399 |
Q |
| |
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| T |
24554932 |
aacagatcaaacaacagaatcaaaaataaaatgaatactaactaaaaacgtataaactttgttgaaaaggggttgaaggaaagttgaaatacaaagaaag |
24555031 |
T |
|
| Q |
400 |
ttttcannnnnnnncttcttcttccttatataccattgttccaacaaatcaaataaca |
457 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24555032 |
ttttcatttttttt-ttcttcttccttatataccattgttccaacaaatcaaataaca |
24555088 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 24544736 - 24544335
Alignment:
| Q |
1 |
acacatgattcatgaagaaaccgaacttattcgcatattgaatattgtatttcctaaagaaacaatattaataatataagaggattcatgaagcaacaat |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24544736 |
acacatgattcatgaagaaacttaactttttcgcatattgaatattgtatttcctaaagaaacaatattaataatataagaggattcatgaagcaacaat |
24544637 |
T |
|
| Q |
101 |
ccagatatgcagaacagaacagtgcaataatgannnnnnnnnngcttatatacactgagcataagaagaaacgtgagagggaagagatattaagataggg |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24544636 |
ccagatatgcagaacagaacagtgcaataatgattttttttc--cttatatacactgagcataagaagaaacgtgagagggaagagatattaagataggg |
24544539 |
T |
|
| Q |
201 |
gtaaaatggtaatattttaatgggttgaaatataaataaagttttcannnnnnnnnccttccatatataccattgtaacaaaaaatataccattgctcca |
300 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
24544538 |
gtaaaatgataatattttaatgggttgaaatataaataaagttttcatttttttt-ccttccatatataccattgtaacaaaaaatataccattgtacca |
24544440 |
T |
|
| Q |
301 |
acagatcaaacaacagaatcaaaaataaaatgaatactaactaaaagagtataaactttgttgaaaaggggttgaaggaaagttgaaatataaagaaagt |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
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|
| T |
24544439 |
acagatcaaacaacagaatcaaaaataaaataaatactaactaaaaacgtataaactttgttgaaaaggggttgaaggaaagttgaaatacaaagaaagt |
24544340 |
T |
|
| Q |
401 |
tttca |
405 |
Q |
| |
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||||| |
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|
| T |
24544339 |
tttca |
24544335 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 169 - 457
Target Start/End: Original strand, 24551722 - 24552009
Alignment:
| Q |
169 |
aaacgtgagagggaagagatattaagataggggtaaaatggtaatattttaatgggttgaaatataaataaagttttcannnnnnnnnccttccatatat |
268 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
24551722 |
aaacgtgagagggaagagatattaagataggggtaaaatgataatattttaatgggatgaaatataaataaagttttcatttttttt-ccttccatatat |
24551820 |
T |
|
| Q |
269 |
accattgtaacaaaaaatataccattgctccaacagatcaaacaacagaatcaaaaataaaatgaatactaactaaaagagtataaactttgttgaaaag |
368 |
Q |
| |
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|
| T |
24551821 |
accattgtaacaaaaaatataccattgtacaaacagatcaaacaacataatcaaaaataaaatgaatactaactaaaaacgtataaactttgttgaaaag |
24551920 |
T |
|
| Q |
369 |
gggttgaaggaaagttgaaatataaagaaagttttcannnnnnnncttcttcttccttatataccattgttccaacaaatcaaataaca |
457 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24551921 |
gggttgaaggaaagttgaaatacaaagaaagttttcattttttttcttcttcttccttatataccattgttccaacaaatcaaataaca |
24552009 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 100
Target Start/End: Original strand, 38760790 - 38760864
Alignment:
| Q |
24 |
aacttattcgcatattgaatattgtatttcctaaagaaacaatattaataatataagaggattcatgaagcaacaat |
100 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
|
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| T |
38760790 |
aactttttcacatattgaatattgtattttcttaaaaaacaatattaata--tcaaaaggattcatgaagcaacaat |
38760864 |
T |
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Back To:
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