View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16508_high_2 (Length: 770)

Name: NF16508_high_2
Description: NF16508
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16508_high_2
NF16508_high_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-770)||(38898948-38899717)
chr8 (24-498)||(38645059-38645527)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 718; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 770
Target Start/End: Original strand, 38898948 - 38899717
Alignment:
Q  1 tattctagcaagtagtacctgtcataattatctaccatgaatgtgatggattgtgagcaatttgattactcattcacccctccttacatgaaccagctgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38898948 tattctagcaagtagtacctgtcataattatctaccatgaatgtgatggattatgagcaatttgattactcattcacccctccttacatgaaccagctgc 38899047  T
Q  101 atgagtgtaccttagaaaatttatcaccactccaagcagaagatctcttatttccaaatacaatcctagatgacatattgtttgatcaagaccaatcaca 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38899048 atgagtgtagcttagaaaatttatcaccactccaagcagaagatctcttatttccaaatacaatcctagatgaaatattgtttgatcaagaccaatcaca 38899147  T
Q  201 atatctctcatctccaaatacaatcctagacgaaatcttcgatcaagaagagtccaggcaaggattgctgcagcaacatacaaacctcgacttcaatatc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38899148 atatctctcatctccaaatacaatcctagacgaaatcttcgatcaagaagagtccatgcaaggattgctgcagcaacatacaaacctcgacttcaatatc 38899247  T
Q  301 ataaatcatgaacaggcaatggctctagagtatgaattgtgtggtggtgttaccgaaaaaggccgcgaaaatgtgtttgtttcgagggaaaaagattctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38899248 ataaatcatgaacaggcaatggctctagagtatgaattgtgtggtggagttacagaaaaaggccgcgaaaatgtgtttgtttcgagggaaaaagattctt 38899347  T
Q  401 attggaaggaagttcaagaagagataatggaagagacaagtttagttgatcttttgctgataggagctgaagctgctgaatcacaaaacatgactcttgc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38899348 attggaaggaagttcaagaagagttaatggaagagacaagtttagttgatcttttgctgataggagctgaagctgctgaatcacaaaacatgactcttgc 38899447  T
Q  501 ttctgacataatcgaaaaactaaacaatgcttcgtctgtaggaaaaggcgatagtttattgaacaggttgtgtcttttctttactcgaggattgtattat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38899448 ttctgacataatcgaaaaactaaacaatgcctcgtctgtaggaaaaggcgatagtttattgaacaggttgtgtcttttctttactcaaggattgtattat 38899547  T
Q  601 aaaactacaaatgctcctaagttccattcagaacatgtttctacacagacaagcacattctgtgtgtttcagatacttcaagaactctctccctatgtaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38899548 aaaactacaaatgctcctaagttccattcagaacatgtttctacacagacaagcacattctgtgtgtttcagatacttcaagaactctctccctatgtaa 38899647  T
Q  701 aatttgctcattttacagccaaccaggcaattttcgaagctacagctggtgtcgatgatgtccatctcat 770  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  38899648 aatttgctcattttacagccaaccaggcgattttcgaagctacagctggtgtcgaagatgttcatgtcat 38899717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 38645527 - 38645059
Alignment:
Q  24 ataattatctaccatgaatgtgatggattgtgagcaatttgattactcattcacccctccttacatgaaccagctgcatgagtgtaccttagaaaattta 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38645527 ataattatctaccatgaatgtgatgaattatgagcaatttgattactcattcac------ttacatgaaccagctgcatgagtgtaccttagaaaattta 38645434  T
Q  124 tcaccactccaagcagaagatctcttatttccaaatacaatcctagatgacatattgtttgatcaagaccaatcacaatatctctcatctccaaatacaa 223  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||    
T  38645433 tcaccactcccagcagaagatctcttatctccaaacacaatcctagatgaaatattgtttgatcaagaccaatcgcaatatcacttatatccaaatacaa 38645334  T
Q  224 tcctagacgaaatcttcgatcaagaagagtccaggcaaggattgctgcagcaacatacaaacctcgacttcaatatcataaatcatgaacaggcaatggc 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38645333 tcctagacgaaatcttcgatcaagaagagtccatgcaaggattgttgcagcaacatacaaacctcgacttcaatatcataaatcatgaacaggcaatggc 38645234  T
Q  324 tctagagtatgaattgtgtggtggtgttaccgaaaaaggccgcgaaaatgtgtttgtttcgagggaaaaagattcttattggaaggaagttcaagaagag 423  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  38645233 tctagagaatgaattgtgtggtggagttaccgaaaaaggccgcaaaaatgtgtttgtttcgagggaagaagaatcttattggaatgcagttcaagaagag 38645134  T
Q  424 ataatggaagagacaagtttagttgatcttttgctgataggagctgaagctgctgaatcacaaaacatgactctt 498  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||| || |||||||||    
T  38645133 ctaatggaagagacatgtttagttgatcttttgctgatgggagctgaagtcgttgaatcacagaatatgactctt 38645059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University