View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16508_low_2 (Length: 892)
Name: NF16508_low_2
Description: NF16508
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16508_low_2 |
 | |
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| [»] scaffold0182 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 818; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 818; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 48025640 - 48024774
Alignment:
| Q |
19 |
tacaaagcgttgtcaaaatcaaaatttgaacaaacgtctggtttttgccatctgtgattgaaaacactgataacaacaattcattcacaggaggatgatt |
118 |
Q |
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| T |
48025640 |
tacaaagcattgtcaaaatcaaaatttgaacaaacgtctggtttttgccatctgtgattgaaaacactgataacaacaattcattcacaggaggatgatt |
48025541 |
T |
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| Q |
119 |
cagctggtattcgagaaactataccaagttaccaactttgcaaagatcgatcaaatgacaatggacaatagaaacaaaatatcaaacatgtgtaaacaaa |
218 |
Q |
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| T |
48025540 |
cagctggtattcgagaaactataccaagttaccaactttgcaaagatcgatcaaatgacaatggacaatagaaacaaaatatcaaacatgtgtaaacaaa |
48025441 |
T |
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| Q |
219 |
ataagtaggaaggaacatgagattaacagtaacttgcaacacacaacaaacagaaaatcttacactcatat-attatcaacaacaaaagcataacttata |
317 |
Q |
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| T |
48025440 |
ataagtaggaaggaacatgagattaacagtaacttgcaacaca--acaaacagaaaatcttacactcatattattatcaacaacaaaagcataacttata |
48025343 |
T |
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| Q |
318 |
aactaattcaactcaactcaaaaaacaatagaaaattgacacactatggcaatttcccagatcgaaaaattgagaatttagaagcaacagagtatgaata |
417 |
Q |
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| T |
48025342 |
aactaattcaactcaactcaaaaaacgatagaaaattgacacactatggcaatttcccagatcgaaaaattgagaatttagaagcaacagagtatgaata |
48025243 |
T |
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| Q |
418 |
atcaatttcattctccttcaaaaactcctccagaatccgtttagcttcttcaggatcagaactctcacactcaatctcaaacaaagtcccaaaatcaaaa |
517 |
Q |
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| T |
48025242 |
atcaatttcattctccttcaaaaactcctccagaatccgtttagcttcttcaggatcagaactctcacactcaatctcaaacaaagtcccaaaatcaaaa |
48025143 |
T |
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| Q |
518 |
ccagtttcatcaacttccaatttcaaacctttccattcataaacattcctcacattcctaaaatcccctaaacccacaaacccatttttaccaaccacgc |
617 |
Q |
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| T |
48025142 |
ccagtttcatctacttccaatttcaaacctttccattcataaacattcctcacattcctaaaatcccctaaacccacaaacccatttttaccaaccaccc |
48025043 |
T |
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| Q |
618 |
caaattcctccttcactctccccataatcctcgaatccacaaaacccaacaacttccccggttcatcaacgcaatctcgaccaatcttcgggtccaaatc |
717 |
Q |
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| T |
48025042 |
caaattcctccttcactctccccataatcctggaatccacaaaacccaacaacttccccggttcatcaacgcaatctcgaccaatcttcggatccaaatc |
48024943 |
T |
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| Q |
718 |
ttcctcgtcttcctctacacgacgcacgccgttgactagaaccccttttgctttaagtgaaacgacaaaccgttcatcatcattgtagaatcggaaacga |
817 |
Q |
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| T |
48024942 |
ttcctcgtcttcctctacacgacgcacgccgttgactagaaccccttttgctttaagtgaaacgacacaccgttcatcatcattatagaatcggaaacga |
48024843 |
T |
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| Q |
818 |
agtgtggctcgacgagaagagagttcagaggcggcgccgtcgaagaagtggttgtgttgatgatgggtg |
886 |
Q |
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| T |
48024842 |
agtgtggctcgacgagaagagagttcagaggcggcgccgtcgaagaagtggttgtgttgatgatgggtg |
48024774 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 261 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 48020615 - 48019992
Alignment:
| Q |
261 |
acaacaaacagaaaatcttacactcatatattatcaacaacaaaagc-ataacttataaactaattcaactcaactcaa----aaaacaatagaaaattg |
355 |
Q |
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| T |
48020615 |
acaacaaacatgaaatgttacattcttaaattatcaactacaaaaaccataacttataaactagttcatttcaactcaattgaaaaacaatagaaaatcc |
48020516 |
T |
|
| Q |
356 |
acacactatggcaatttcccagatcgaaaaattgagaatttagaagcaacagagtatgaataatcaatttcattctccttcaaaaactcctccagaatcc |
455 |
Q |
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| T |
48020515 |
actcactatggcaatttcccagctcgaaaaattgcaaatttagaagcaacagagtatgaataatcaattccattctccttcaagaactcctcaagaatgc |
48020416 |
T |
|
| Q |
456 |
gtttagcttcttcaggatcagaactctcacactcaatctcaaacaaagtcccaaaatcaaaaccagtttcatcaacttccaatttcaaacctttccattc |
555 |
Q |
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| T |
48020415 |
gtttggcttcttcaggatcagaactttcacattcaatctcaaacaaagttccaaaatcaaaatgagtctcatccacttccaatttcaaacctttccaatc |
48020316 |
T |
|
| Q |
556 |
ataaacattcctcacattcctaaaatcccctaaacccacaaacccatttttaccaaccacgccaaattcctccttcactctccccataatcctcgaatcc |
655 |
Q |
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| T |
48020315 |
ataaacattcctcacattcttaaaacctcccaaacccacaaacccattttcacccaccaccccaaattcctccttcaccctccccataatcctcgactcc |
48020216 |
T |
|
| Q |
656 |
acaaaacccaacaacttccccggttcatcaacgcaatctcgaccaatcttcgggtccaaatcttcctcgtcttcctctacacgacgcacgccgttgacta |
755 |
Q |
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| T |
48020215 |
accaaccc---caatttccccggttcatcaacacaatctcgaccaatcttcggatccaaatcctcctcatcttcttcaacacgactcacaccatcaacca |
48020119 |
T |
|
| Q |
756 |
gaaccccttttgctttaagtgaaacgacaaaccgttcatcatcattgtagaatcggaaacgaagtgtggctcgacgagaagagagttcagaggcggcgcc |
855 |
Q |
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| T |
48020118 |
gaaccgcctttgctttcaacgaaacaacacaccgttcatcgtcaccgtagaatcgtagccgaagaatagcgcgacgagaagagagttccgatccagcgcc |
48020019 |
T |
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| Q |
856 |
gtcgaagaagtggttgtgttgatgatg |
882 |
Q |
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| T |
48020018 |
gtcgaagaagagattatgttgacgatg |
48019992 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0182 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:
Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 229 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 14210 - 13548
Alignment:
| Q |
229 |
aggaacatgagattaacagtaacttgcaaca--------cacaacaaacagaaaatcttacactcatatattatcaacaacaaaagcataacttataaac |
320 |
Q |
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| T |
14210 |
aggaacatgagattaacagtaacttgcacaatatggcaacacaacaaacagaaaatcttacactcatatattatcaacaacaaaagcataacttataaac |
14111 |
T |
|
| Q |
321 |
taattcaactcaactcaaaaaacaatagaaaattgacacactatggcaatttcccagatcgaaaaattgagaatttagaagcaacagagtatgaataatc |
420 |
Q |
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| T |
14110 |
taattcaactcaactcaaaaaatgatagaaaattgacacactatggcaatttcccagatcgaaaaattgagaatttagaagcaacagagtatgaataatc |
14011 |
T |
|
| Q |
421 |
aatttcattctccttcaaaaactcctccagaatccgtttagcttcttcaggatcagaactctcacactcaatctcaaacaaagtcccaaaatcaaaacca |
520 |
Q |
| |
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|
| T |
14010 |
aatttcattctccttcaaaaactcctccagaatctgtttagcttcttcaggatcagagctttcacactcaatctcaaacaaagtcccaaaatcaaaacca |
13911 |
T |
|
| Q |
521 |
gtttcatcaacttccaatttcaaacctttccattcataaacattcctcacattcctaaaatcccctaaacccacaaacccatttttaccaaccacgccaa |
620 |
Q |
| |
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| T |
13910 |
gtttcatcaacttccaatttcaaacctttccattcataaacattcctcacattcctaaacttccctaatcccacaaacccatttttacccaccaccccaa |
13811 |
T |
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| Q |
621 |
attcctccttcactctccccataatcctcgaatccacaaaacccaacaacttccccggttcatcaacgcaatctcgaccaatcttcgggtccaaatcttc |
720 |
Q |
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| T |
13810 |
attcctccttcactctccccataatcctcgaatccacaaaacc---caacttccccagttcatcaacggaatctcgaccaatcttcggatccaaatcttc |
13714 |
T |
|
| Q |
721 |
ctcgtcttcctctacacgacgcacgccgttgactagaaccccttttgctttaagtgaaacgacaaaccgttcatcatcattgtagaatcggaaacgaagt |
820 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |
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| T |
13713 |
ctcgtcttcctctacacgacgcacgccgttgactagaaccccttttgctttaagtgaaacgacacaccgttcatcatcattgtagaatcgaaaacgaaat |
13614 |
T |
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| Q |
821 |
gtggctcgacgagaagagagttcagaggcggcgccgtcgaagaagtggttgtgttgatgatgggtg |
886 |
Q |
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| T |
13613 |
gtggctcgacgagaagagagttcggaggcggcgccgtcgaagaagtggttgtgttgatgatgggtg |
13548 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 229 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 51935040 - 51934378
Alignment:
| Q |
229 |
aggaacatgagattaacagtaacttgcaaca--------cacaacaaacagaaaatcttacactcatatattatcaacaacaaaagcataacttataaac |
320 |
Q |
| |
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| T |
51935040 |
aggaacatgagattaacagtaacttgcacaatatggcaacacaacaaacataaaatcttacactcatatattatcaacaacaaaaacataacttataaac |
51934941 |
T |
|
| Q |
321 |
taattcaactcaactcaaaaaacaatagaaaattgacacactatggcaatttcccagatcgaaaaattgagaatttagaagcaacagagtatgaataatc |
420 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
51934940 |
taattcaactcaactcaaaaaacgatagaaaattgacacactatggcaatttcccagatcgaaaaattgagaatttagaagcaaaagagtatgaataatc |
51934841 |
T |
|
| Q |
421 |
aatttcattctccttcaaaaactcctccagaatccgtttagcttcttcaggatcagaactctcacactcaatctcaaacaaagtcccaaaatcaaaacca |
520 |
Q |
| |
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| T |
51934840 |
aatatcattctccttcaaaaactcctccagaatccgtttagcttcttcaggatcagaactctcacactcaatctcaaacaaagtctcaaaatcaaaacca |
51934741 |
T |
|
| Q |
521 |
gtttcatcaacttccaatttcaaacctttccattcataaacattcctcacattcctaaaatcccctaaacccacaaacccatttttaccaaccacgccaa |
620 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |
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| T |
51934740 |
gtttcatcaacttccaatttcaaacctttccattcataaacattcatcacattcctaaaatcctctaatcccacaaacccatttttacccaccaccccaa |
51934641 |
T |
|
| Q |
621 |
attcctccttcactctccccataatcctcgaatccacaaaacccaacaacttccccggttcatcaacgcaatctcgaccaatcttcgggtccaaatcttc |
720 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
51934640 |
attcctccttcactctccccataatcctcgaatccacaaaacc---caacttccctggttcatcaacggaatctcgaccaatcttcggatccaaatcttc |
51934544 |
T |
|
| Q |
721 |
ctcgtcttcctctacacgacgcacgccgttgactagaaccccttttgctttaagtgaaacgacaaaccgttcatcatcattgtagaatcggaaacgaagt |
820 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |
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| T |
51934543 |
ctcgtcttcctctacacaacgcacgccgttgactagaaccccttttgctttaagtgaaacgacacaccgttcatcatcattatagaatcaaaaacgaaat |
51934444 |
T |
|
| Q |
821 |
gtggctcgacgagaagagagttcagaggcggcgccgtcgaagaagtggttgtgttgatgatgggtg |
886 |
Q |
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|
| T |
51934443 |
gtggctcgacgagaagagagttcagaggcggcgccgtcgaagaagtggttgtgttgatgatgggtg |
51934378 |
T |
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Back To:
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