View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16509_low_1 (Length: 561)

Name: NF16509_low_1
Description: NF16509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16509_low_1
NF16509_low_1
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (17-552)||(7721368-7721920)
chr4 (17-551)||(7520562-7521114)
chr4 (17-552)||(7128090-7128646)
chr4 (17-551)||(7494895-7495444)
chr4 (17-552)||(7528611-7529161)
chr4 (17-542)||(7482502-7483045)
chr4 (17-104)||(7717536-7717623)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (153-528)||(16749525-16749903)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (484-521)||(32727237-32727274)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 552
Target Start/End: Original strand, 7721368 - 7721920
Alignment:
Q  17 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaat 116  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7721368 caaaagagacatgacggggttgtttatcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaataaaacttgccagatcatgcacaat 7721467  T
Q  117 atcatgcatttgaaa------------------gaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcacca 198  Q
    |||||||||||| ||                  ||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7721468 atcatgcatttggaaagtcacgaagtcgtgaatgaaagaatattcggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcacca 7721567  T
Q  199 atatcttctaaacttgtactttcatctgtcgattgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaa 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  7721568 atatcttctaaacttgtactttcatctgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttt-ggaattaaatagtcttttggaa 7721666  T
Q  299 acaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721667 acaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaat 7721766  T
Q  399 cttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacat 498  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  7721767 tttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatccttcttcggcatggaatacatcaagcttccaatgcttctaatggcgagcggaacccctgaacat 7721866  T
Q  499 tttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721867 tttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 7721920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 7521114 - 7520562
Alignment:
Q  17 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  7521114 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatctcttgaaacaaaagttgccagatcatgcacaat 7521015  T
Q  117 atcatgcatttgaaa------------------gaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcacca 198  Q
    |||||||||||| ||                  |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7521014 atcatgcatttggaacatttcattctcaccatagaaaacatgtttggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcacca 7520915  T
Q  199 atatcttctaaacttgtactttcatctgtcgat---tgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  7520914 atatcttctaaacttgtactttcatctgatgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgttttatgaatgaaatagtcttttg 7520815  T
Q  296 gaaacaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatc 395  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||    
T  7520814 gaaacaatgaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttat---caccttgttcatc 7520718  T
Q  396 aatcttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaa 495  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7520717 aatttgcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacccctgaa 7520618  T
Q  496 cattttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 551  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520617 catttcttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 7520562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 552
Target Start/End: Original strand, 7128090 - 7128646
Alignment:
Q  17 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaat 116  Q
    ||||||||||||| || | ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  7128090 caaaagagacatggcgggtttgttcgtcaatattctgctcctttttattaactaaaagatagtcatctcttgaaacaaaagttgccagatcatgcacaat 7128189  T
Q  117 atcatgcatttgaaa------------------gaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcacca 198  Q
    |||||||||||| ||                  |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7128190 atcatgcatttggaacatttcattctcgccatagaaaacatgtttggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcacca 7128289  T
Q  199 atatcttctaaacttgtactttcatctgtcgat---tgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7128290 atatcttctaaacttgtactttcatctgatgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaactcgaatcaatgttgttttaggaattaaatagtcttttg 7128389  T
Q  296 gaaacaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatc 395  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128390 ggaacaatgaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatc 7128489  T
Q  396 aatcttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaa 495  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7128490 aattttcataagatctatgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacccctgaa 7128589  T
Q  496 cattttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128590 cattttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 7128646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 7495444 - 7494895
Alignment:
Q  17 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7495444 caaaagagacatgacgaggttgtctgtcaatatgttgccccttttctttaactaaaagatagtcatttcttgaaataaaacttgccagatcatgcacaat 7495345  T
Q  117 atcatgcatttg------------------aaagaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcacca 198  Q
    ||||||||||||                  |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7495344 atcatgcatttggcagctcacactgccataaaagaagttatcttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcacca 7495245  T
Q  199 atatcttctaaacttgtactttcatctgtcgattgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaa 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  7495244 atatcttctaaacttgtactttcatcagatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaattttgttttatcaattaaatagtcttttggaa 7495145  T
Q  299 acaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  7495144 acaatgaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaatt---ttatcaccttgttcatcaat 7495048  T
Q  399 cttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacat 498  Q
     | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7495047 ttgcataagatctttgttcttgaatgatgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacccctgaacat 7494948  T
Q  499 tttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 551  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494947 ttcttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 7494895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 7529161 - 7528611
Alignment:
Q  17 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  7529161 caaaagagacatgacgaggttgtttatcaatatgctgcccctttttattaactaaaagacaatcatttcttgaaataacacttgccagatcatgcataat 7529062  T
Q  117 atcatgcatttgaaag---------------aaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaata 201  Q
    ||||||||||||  ||               || | || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  7529061 atcatgcatttggcagctcacactaccataaaagttatcttcggtgatattttgaaagaaagatttataaactaaatccatgaagtacatatgaccaata 7528962  T
Q  202 tcttctaaacttgtactttcatc---tgtcgattgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaa 298  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528961 tcttctaaacttgtactttcatcatctgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaa 7528862  T
Q  299 acaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  7528861 acaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaatt---ttatcaccttgttcatcaat 7528765  T
Q  399 cttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacat 498  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||    
T  7528764 ttgcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctccttgaaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacacccgcacat 7528665  T
Q  499 tttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528664 tttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 7528611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 7483045 - 7482502
Alignment:
Q  17 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  7483045 caaaagagacatgacgaggttgtttatcaatatgctgcccctttttattaactaaaagacaatcatttcttgaaataacacttgccagatcatgcacaat 7482946  T
Q  117 atcatgcatttg---------------aaagaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaata 201  Q
    ||||||||||||               | |  | | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7482945 atcatgcatttggcaactcacactgccataatagttatcttcggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcaccaata 7482846  T
Q  202 tcttctaaacttgtactttcatctgtcgat---tgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaa 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||| ||||||||||||    
T  7482845 tcttctaaacttgtactttcatctgatgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttattttacaaattaaaaagtcttttggaa 7482746  T
Q  299 acaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482745 acaatgaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgaaaaattttattatcaccttgttcatcaat 7482646  T
Q  399 cttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacat 498  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || | ||||    
T  7482645 tttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttccgcatggaatagattaagcttccaatgcttctaatggcgagaggaacacccgcacat 7482546  T
Q  499 tttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctc 542  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  7482545 tttttcacaatttccttgccaactgacacaaattcctcattctc 7482502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 104
Target Start/End: Original strand, 7717536 - 7717623
Alignment:
Q  17 caaaagagacatgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccag 104  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7717536 caaaagagacatgatgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaataaaacatgccag 7717623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 153 - 528
Target Start/End: Original strand, 16749525 - 16749903
Alignment:
Q  153 ttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttctaaacttgtactttcatctgtcgattgaataaacccttgtgcaatc 252  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||  || || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  || ||||  |  ||||||||||||    
T  16749525 ttgaaagatagatctatgaagtaaagtcaagaagtacttatcaccattatcttctaaatttgtactttcatcggatgaatgaacgagaccttgtgcaatc 16749624  T
Q  253 caaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataac 352  Q
    ||||||||||||||  || | ||   |||   ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  16749625 caaagtcgaatcaactttttcttctcaattcgatagtcttttggaaacaaagagcaaaatgcaaagcactttttcagataaaagggtagatgatcataac 16749724  T
Q  353 ttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctcct---tctgcatgga 449  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||  |  ||||||||| ||   | | ||| ||    
T  16749725 ttagtttgataagttgaaaaattttattgccaccctgctcatcaattttgataagatctttgttcttgaagttcaaccaatccttctcagtttccataga 16749824  T
Q  450 atacattaagcttccaatggttctgatg-gcgagaggaacccctgaacattttttcacaatttccttgccaattgacacc 528  Q
    | ||||||| ||||||||  || | ||| || ||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  16749825 aaacattaaacttccaatactt-ttatgagcaagaggtacccctgaacatttttttgaaatttccttgccaattgacacc 16749903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 484 - 521
Target Start/End: Original strand, 32727237 - 32727274
Alignment:
Q  484 ggaacccctgaacattttttcacaatttccttgccaat 521  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  32727237 ggaacccctgcacattttttcacaatttctttgccaat 32727274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University