View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16512_low_2 (Length: 761)

Name: NF16512_low_2
Description: NF16512
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16512_low_2
NF16512_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-737)||(46212444-46213172)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 46213172 - 46212444
Alignment:
Q  10 gtagataatactatactcaagaggaaacaggttgttaaaatgcaactcattttttcaattagagtgatttgatacttagccatgtatacaagcaagggaa 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46213172 gtagataagactatactcaagaggaaacaggttgttaaaatgcaactcattttttcaattagagtgatttgatacttagccatgtatacaagcaagggaa 46213073  T
Q  110 gatggagactatgatttttgaagcattggttataaaatgaaatggataggagaagaaaatttaattataagggtttatgctctattctgagtgagataga 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46213072 gatggagactatgatttttgaagcattggttataaaatgaaatggataggagaagaaaatttaattataagggtttatgctctattctaagtgagataga 46212973  T
Q  210 tatatttaagactttaagagaaaggatagtagtgagtgagtgatatttagtgtgccagcagtgcaatggaaatataaaggtgaacggttgattcttgttg 309  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46212972 tatatttaagactt-aagagagaggatagtagtgagtgagtgatatttagtgtgccagcagtgcaatggaaatataaaggtgaacggttgattcttgttg 46212874  T
Q  310 aattggtaaattgaagggtgaattaaaagagctacctatagaggttggtgattgaagttaatatgggtatggttctctgactctacttttattgtgttat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46212873 aattggtaaattgaagggtgaattaaaagagctacctatagaggttggtgattgaagttaatatgggtatggttctctgactctacttttattgtgttat 46212774  T
Q  410 gctattctaacaataagttggttcatgtttgttaaagggcctcaatatttccnnnnnnnatcaaacagtcattcaattgtatactcaaaatttgattcaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46212773 gctattctaacaataagttggttcatgtttgttaaagggcctcaatatttcctttttttatcaaacagtcattcaattgtatactcaaaatttgattcaa 46212674  T
Q  510 tactaacttttgtactagtaaaaattttaatataggacatgataatgttaaaaagctaaaggtctattgattgaggactcaactcaatttacttttcttc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46212673 tactaacttttgtactagtaaaaattttaatataggacatgataatgttaaaaagctaaaggtctattgattgaggactcaactcaatttacttttcttc 46212574  T
Q  610 actttgagatagattcc--nnnnnnnaactaatatgaaaatttaagggagctgggttgcaaaagtttactagggtgaggacaatttccaaggttaaaaaa 707  Q
    |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46212573 actttgagatagattcctttttttttaactaatatgaaaatttaagggagctgggttgcaaaagtttactagggtgaggacaatttccaaggttaaaaaa 46212474  T
Q  708 ccactttcaaagatgattaagacctaaggg 737  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46212473 ccactttcaaagatgattaagacctaaggg 46212444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University