View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16513_low_1 (Length: 947)

Name: NF16513_low_1
Description: NF16513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16513_low_1
NF16513_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-944)||(35170344-35171271)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 908; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 908; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 944
Target Start/End: Original strand, 35170344 - 35171271
Alignment:
Q  17 atcctcctgtttcggttttgtatggtatgttgattaggattcttaagttgcttaagaatccacattttatggcgaaacctgcgttgattgagttgaatag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170344 atcctcctgtttcggttttgtatggtatgttgattaggattcttaagttgcttaagaatccacattttatggcgaaacctgcgttgattgagttgaatag 35170443  T
Q  117 gtgtattattcaggctggtggagcttcgacgcagagtgttcttttgacggctgttggtagtattagagagggtttgaatgatacggattggaaaacacgt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170444 gtgtattattcaggctggtggagcttcgacgcagagtgttcttttgactgctgttggtagtattagagagggtttgaatgatacggattggaaaacacgt 35170543  T
Q  217 aaagcggcttccgttgcgttgggacaaattgctttgactcgtgcttcgttcttgtcgtctttgagggcttcttgtattcattctcttgattcatcgaggt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170544 aaagcggcttccgttgcgttgggacaaattgctttgactcgtgcttcgttcttgtcgtctttgagggcttcttgtattcattctcttgattcatcgaggt 35170643  T
Q  317 ttgataaggtggttactcactctctgtttttgacattattagtattgcatttctcaatattcatgtttctcattaactaacttatatgtgtatatatgaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170644 ttgataaggtggttactcactctctgtttttgacattattagtattgcatttctcaatattcatgtttctcattaactaacttatatgtgtatatatgaa 35170743  T
Q  417 taatcgtttataggtcaaaccggtgagggatgcggttttacaagctcttaaatattggaaaatgcttccgggtcattatactaccgagccttcagaaact 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35170744 taatcgtttataggtcaaaccggtgagggatgcggttttacaagctcttaaatattggaaaatgcttccgggtcattatactaccgagccttcggaaact 35170843  T
Q  517 gggtcctccttaaaaggtttacctttgctctctttttgaattttgatatcaatattacttttggtttgaataaggatatatacatatgatagtattatac 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35170844 gggtcctccttaaaaggtttacctttgctctctttttgaattttgatatcaatattacttttggtttgaataaggatatatacatatggtagtattatac 35170943  T
Q  617 gtcctaattagatagtattcttgtttatattcatcttaattaaccttgagcacatggctaaaatagtaatatgctaatatcatcatctgttaggatgaat 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170944 gtcctaattagatagtattcttgtttatattcatcttaattaaccttgagcacatggctaaaatagtaatatgctaatatcatcatctgttaggatgaat 35171043  T
Q  717 ttgtgacaaaactttctaattgctattcttttatttattggcatggttttaagttgttatgctttctgcagaaaatatctgcggaggtgactctgtcgat 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171044 ttgtgacaaaactttctaattgctattcttttatttattggcatggttttaagttgttatgctttctgcagaaaatatctgcggaggtgactctgtcgat 35171143  T
Q  817 ctcagtagtactactactactgagtccaggcatagagatgttaggctccaaaaagttaatatgaaatcaactacgggaaggattcctttgtctgtaagaa 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171144 ctcagtagtactactactactgagtccaggcatagagatgttaggctccaaaaagttaatatgaaatcaactacgggaaggattcctttgtctgtaagaa 35171243  T
Q  917 aagcatgtcaaaatgatgatgtccatct 944  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||    
T  35171244 aagcatgtcaaaatgatgttggccatct 35171271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University