View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16515_low_12 (Length: 531)

Name: NF16515_low_12
Description: NF16515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16515_low_12
NF16515_low_12
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (14-512)||(2877492-2877990)
chr4 (263-512)||(2887264-2887513)
chr4 (263-512)||(2896841-2897090)
chr4 (423-493)||(51049647-51049717)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (289-508)||(44222828-44223047)
chr2 (289-508)||(44233650-44233869)
chr2 (266-508)||(44210628-44210870)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (285-508)||(39547153-39547376)
chr7 (289-508)||(39537688-39537907)
chr7 (289-508)||(39338949-39339168)
chr7 (289-508)||(39366372-39366591)
chr7 (289-451)||(39588923-39589085)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (372-508)||(2160298-2160434)
chr1 (372-508)||(2148470-2148606)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (348-481)||(49773508-49773641)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 512
Target Start/End: Original strand, 2877492 - 2877990
Alignment:
Q  14 aatatcttgacataatgttggggtatcatgaatcatctcattagattagtttcctatcttagtatttgaagattactttccatattcaattatgatttta 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2877492 aatatcttgacataatgttggcgtatcatgaatcatctcattagattagtttcctatcttagtatttgaagattactttccatattcaattatgatttta 2877591  T
Q  114 ggtcttgtatccttataaataagggttagtagtatttagtcttttgtatcatattctcttgactttattattatgattaaagattggttttctctcttga 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2877592 ggtcttgtatccttataaataagggttagtagtatttagtcttttgtatcgtattctcttgactttattattatgattaaagattagttttctctcttga 2877691  T
Q  214 cttcaacaattctaaataacttagctttcgaacttagacttgttattcttacttttgaatctaacaaatatttgtagatgttcattgaggaagttatgga 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2877692 cttcaacaattctaaataacttagctttcgaacttagacttgttattcttacttttgaatctaacaaatatttgtagatgttcattgaggaagttatgga 2877791  T
Q  314 actagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2877792 actagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaa 2877891  T
Q  414 ttagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacacggtt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2877892 ttagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacacggtt 2877990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 263 - 512
Target Start/End: Original strand, 2887264 - 2887513
Alignment:
Q  263 tacttttgaatctaacaaatatttgtagatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggt 362  Q
    |||||||| |||| | ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||  |||| |||||  | |||||||||||||||    
T  2887264 tacttttggatctgataaatggttgtagatgttcattgaggaagtcatggaactagtggagctcaacccattgagaaactctttggttggtttgcctggt 2887363  T
Q  363 gtgagcggtctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggat 462  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2887364 gtgaatggtctttcaaccgaacaacgcaagaggctaactattgcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggatgagcctacatctggat 2887463  T
Q  463 tagatgctagagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacacggtt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2887464 tagatgctagagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacacggtt 2887513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 263 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 2897090 - 2896841
Alignment:
Q  263 tacttttgaatctaacaaatatttgtagatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggt 362  Q
    |||||| |||||| | ||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||  |||| |||||  | |||||||||||||||    
T  2897090 tactttggaatctgataaatggttgtagatgttcatcgaggaagtcatggaactagtggagctcaatccattgagaaactctttggttggtttgcctggt 2896991  T
Q  363 gtgagcggtctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggat 462  Q
    ||||  || |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2896990 gtgaatggcctttcaactgaacaacgcaagaggctaactattgcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggatgagcctacatctggat 2896891  T
Q  463 tagatgctagagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacacggtt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2896890 tagatgctagagctgctgcaattgttatgcgaacagttaggaacacggtt 2896841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 423 - 493
Target Start/End: Original strand, 51049647 - 51049717
Alignment:
Q  423 aatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgttatgcg 493  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| || || |||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  51049647 aatccatcgataatttttatggatgaacctacatcaggtttggatgctcgagctgctgcagtagttatgcg 51049717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 289 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 44223047 - 44222828
Alignment:
Q  289 agatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacg 388  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  44223047 agatgtttattgatgaagtcatggatctagtggagctgaactcgttgaggaactctctagttggtttgcctggtgtgagtggtctctcaactgaacagcg 44222948  T
Q  389 caagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgtt 488  Q
    ||||||  | |||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  44222947 caagagactgactattgcagtcgaacttgtggctaatccatctataattttcatggatgagcctacttctggtttagatgctagagcggctgcaattgtt 44222848  T
Q  489 atgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    |||||||| || ||||||||    
T  44222847 atgcgaactgtaaggaacac 44222828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 289 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 44233869 - 44233650
Alignment:
Q  289 agatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacg 388  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  44233869 agatgtttattgacgaagtcatggatctagtggagctgaactcattgaggaactctctagttggtttgcctggtgtgagtggtctctcaactgaacagcg 44233770  T
Q  389 caagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgtt 488  Q
    ||||||  | |||||| |||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44233769 caagagactgactattgcagttgaacttgtggctaatccatctataatttttatggatgagcctacttctggtttagatgctagagctgctgcaattgtt 44233670  T
Q  489 atgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    ||| |||| || ||||||||    
T  44233669 atgagaactgtaaggaacac 44233650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 266 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 44210870 - 44210628
Alignment:
Q  266 ttttgaatctaacaaatatttgtagatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtg 365  Q
    |||||||  ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||  || ||||| |||| || |||||||||||||||||     
T  44210870 ttttgaacataacaaatgcttgcagatgtttattgaggaagtaatggatcttgtggagctgaactcgttgagggactccctcgttggtttgcctggtgtt 44210771  T
Q  366 agcggtctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattag 465  Q
    || ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || ||||| ||||    
T  44210770 agtggtctctcaacggaacaacgtaaaaggttgactattgcagttgaactagtggctaatccgtccataattttcatggatgaaccaacttctggtttag 44210671  T
Q  466 atgctagagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  44210670 atgctagagctgctgcaattgttatgagaactgtaaggaacac 44210628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 285 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 39547376 - 39547153
Alignment:
Q  285 ttgtagatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaac 384  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||   ||| || |||| ||  | |||||||| |||||||| ||||| || |    
T  39547376 ttgtagatgttcattgaggaagtaatggaacttgtggaactgaaaccactgcaaaacgcaatagtaggactacctggtgttagcggtctctcaacggagc 39547277  T
Q  385 aacgcaagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaat 484  Q
    | ||||| ||| | |||||| ||||||| || || || ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||| | ||||| |||||||| || ||    
T  39547276 agcgcaaaaggctgactattgcagttgagttggttgctaatccttctataatattcatggatgagccaacttctggacttgatgcaagagctgcagctat 39547177  T
Q  485 tgttatgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    ||||||| |||| |||||||||||    
T  39547176 tgttatgagaacagttaggaacac 39547153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 289 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 39537907 - 39537688
Alignment:
Q  289 agatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacg 388  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| || ||| ||||| || |||| ||  | |||||||| ||| |||| ||||| || || ||    
T  39537907 agatgttcattgaagaagtcatggaacttgtggaactgaaaccactgcggaacgcattagtaggactacctggtgttagcagtctctcaacggagcagcg 39537808  T
Q  389 caagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgtt 488  Q
    ||| ||| | |||||| ||||||| || || || ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||| | ||||| || ||||| || ||||||    
T  39537807 caaaaggctgactattgcagttgagttggttgctaatccttctataatattcatggatgagccaacttctggacttgatgcaagggctgcagctattgtt 39537708  T
Q  489 atgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    ||| |||| |||||||||||    
T  39537707 atgagaacagttaggaacac 39537688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 289 - 508
Target Start/End: Original strand, 39338949 - 39339168
Alignment:
Q  289 agatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacg 388  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||   ||| || |||| ||  | |||||||| |||||||| ||||| || || ||    
T  39338949 agatgttcattgaggaagtcatggaacttgtggaactgaaaccactgcaaaacgcaatagtaggactacctggtgttagcggtctctcaacggagcagcg 39339048  T
Q  389 caagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgtt 488  Q
    ||| ||| | ||| || ||||||| || || || ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||  ||||||| || ||||| || ||||||    
T  39339049 caaaaggctgactgttgcagttgagttggttgctaatccttcaataatattcatggatgagccaacttctgggctagatgcaagggctgcagctattgtt 39339148  T
Q  489 atgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    ||| |||| |||||||||||    
T  39339149 atgagaacagttaggaacac 39339168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 508
Target Start/End: Original strand, 39366372 - 39366591
Alignment:
Q  289 agatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacg 388  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||  |  |  || |||| ||  |||||||||| || ||||| || || || || ||    
T  39366372 agatgtttattgaggaagtcatggaacttgtggaactgaaaccgctacgatatgcattagtaggactgcctggtgttagtggtctctcgacagagcagcg 39366471  T
Q  389 caagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgctagagctgctgcaattgtt 488  Q
    ||| ||| ||||| || |||||||||| || || ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||  ||||||| || ||||| || || ||     
T  39366472 caaaaggctaactgttgcagttgaattggtagctaatccttcaataatattcatggatgagccaacttctgggctagatgcgagggctgcagctatagtg 39366571  T
Q  489 atgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    ||| || | |||||||||||    
T  39366572 atgagagcagttaggaacac 39366591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 289 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 39589085 - 39588923
Alignment:
Q  289 agatgttcattgaggaagttatggaactagtcgagctgaatccgctgaggaactcactagttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacg 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||| |  || | || || ||||| || || || ||||| || || || |||||    
T  39589085 agatgttcattgaggaagtcatggagcttgtggagctaaacccgcttagggatgcaattgtcggattgccaggggttagtggtctatcgacggagcaacg 39588986  T
Q  389 caagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcc 451  Q
    ||| ||||| ||  || ||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  39588985 caaaaggttgacagttgcagttgagttagtggctaatccttctataatattcatggatgagcc 39588923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 372 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2160434 - 2160298
Alignment:
Q  372 ctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgcta 471  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||| ||  |||||||| | || || |||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||  | |||||||    
T  2160434 ctttcgaccgaacaacgcaagagactaacgatcgcagttgaacttgtagcgaatccatcgataatattcatggatgagccaacctctggccttgatgcta 2160335  T
Q  472 gagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  2160334 gagcagctgcaattgtaatgagaacagtgaggaacac 2160298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 372 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2148606 - 2148470
Alignment:
Q  372 ctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacgagcctacatctggattagatgcta 471  Q
    |||||||||||||| ||||||||  | |||||| |||||||| | || || |||||||| ||||| |||||||| || || || |||||  | ||||||     
T  2148606 ctttcaaccgaacagcgcaagagacttactattgcagttgaacttgtagcgaatccatcgataatattcatggatgaaccaacctctggcctggatgctc 2148507  T
Q  472 gagctgctgcaattgttatgcgaaccgttaggaacac 508  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  2148506 gagcagctgcgattgtaatgcgaacagtaaggaacac 2148470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 481
Target Start/End: Original strand, 49773508 - 49773641
Alignment:
Q  348 gttggtttgcctggtgtgagcggtctttcaaccgaacaacgcaagaggttaactatttcagttgaattagtggccaatccatccataattttcatggacg 447  Q
    ||||| || ||||||||||  ||||| || || ||||| |||||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||||||| || || |||||||| |    
T  49773508 gttggattacctggtgtgaatggtctgtccacagaacagcgcaagaggttaacgattgcagttgaacttgttgccaatccatctattatattcatggatg 49773607  T
Q  448 agcctacatctggattagatgctagagctgctgc 481  Q
    | ||||| |||||  | ||||| |||||||||||    
T  49773608 aacctacctctggccttgatgcaagagctgctgc 49773641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University