View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16517_high_1 (Length: 874)

Name: NF16517_high_1
Description: NF16517
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16517_high_1
NF16517_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-856)||(44016163-44017010)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 44017010 - 44016163
Alignment:
Q  9 acatcatcaccttctattctctcttcatggaacccttcaacatcaacaccatgttcatggaaaggcataacttgttcaccacaatctagagtgatttccc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44017010 acatcatcaccttctattctctcttcatggaacccttcaacatcaacaccatgttcatggaaaggcataacttgttcaccacaatctagagtgatttccc 44016911  T
Q  109 tttctatccctgatactttcctcaacctcacttctttaccatctcaactatcctctttaacaatgcttcagcttcttaatctctcttcaaccaatctctc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016910 tttctatccctgatactttcctcaacctcacttctttaccatctcaactatcctctttaacaatgcttcagcttcttaatctctcttcaaccaatctctc 44016811  T
Q  209 tggctctatcccaccttcttttggtcaactctcccatcttcaactccttgacctctcctcaaactctctcactggttccattcctaatgaacttggaagc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016810 tggctctatcccaccttcttttggtcaactctcccatcttcaactccttgacctctcctcaaactctctcactggttccattcctaatgaacttggaagc 44016711  T
Q  309 ctctcttctcttcaattccttttcttaaactcaaacagattaacaggaaccattccacaacaattttcaaatctcacttcacttgaagttctttgtcttc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016710 ctctcttctcttcaattccttttcttaaactcaaacagattaacaggaaccattccaaaacaattttcaaatctcacttcacttgaagttctttgtcttc 44016611  T
Q  409 aagacaatcttctcaatggctcaattccttcacaactaggctctttgaaatctcttcaacagtttaggataggtggtaacccttttctcactggagaact 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016610 aagacaatcttctcaatggctcaattccttcacaactaggctctttgaaatctcttcaacagtttaggataggtggtaacccttttctcactggagaact 44016511  T
Q  509 tccttcacagttaggactattaaccaacctcaccacatttggtgcagctgcaacttcactttcaggttccattccctctccatttggaaacttgatcaat 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44016510 tccttcacagttaggactattaaccaacctcaccacatttggtgcagctgcaacttcactttcaggttccattccctcttcatttggaaacttgatcaat 44016411  T
Q  609 ctacaaactctagcactttatgatacagaaatatctggttcaataccaactgaacttggtttgtgttctgagttgaggaatctttatttacatatgaaca 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016410 ctacaaactctagcactttatgatacagaaatatctggttcaataccacctgaacttggtttgtgttctgagttgaggaatctttatttacatatgaaca 44016311  T
Q  709 acctcactggctctattccttttcaattaggtaagttgcaaaaacttactagtttgcttctttgggggaatacattatctggtaaaatcccttctgaaat 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016310 acctcactggctctattccttttcaattaggtaagttgcaaaaacttactagtttgcttctttgggggaatacattatctggtaaaatcccttctgaaat 44016211  T
Q  809 ttcaaactgttcatcattagttatatttgatgtatcatctaacgatct 856  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44016210 ttcaaactgttcatcattagttatatttgatgtatcatctaacgatct 44016163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University