View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16524_low_7 (Length: 584)

Name: NF16524_low_7
Description: NF16524
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16524_low_7
NF16524_low_7
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (15-584)||(2807602-2808171)
chr3 (15-584)||(2855044-2855613)
chr3 (15-584)||(5413221-5413790)
chr3 (17-584)||(2769404-2769971)
chr3 (15-584)||(2759549-2760118)
chr3 (15-580)||(2837834-2838399)
chr3 (28-584)||(2790655-2791211)
chr3 (32-584)||(2818892-2819444)
chr3 (17-584)||(2797696-2798263)
chr3 (15-584)||(2749330-2749899)
chr3 (30-288)||(3321481-3321739)
chr3 (31-184)||(3309883-3310036)
chr3 (31-237)||(3201614-3201820)
chr3 (368-482)||(3201381-3201495)
chr3 (30-109)||(3303194-3303273)
chr3 (368-454)||(3722009-3722095)
chr3 (368-416)||(3197940-3197988)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (17-584)||(5388-5955)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-130)||(11116737-11116848)
chr1 (251-298)||(11116893-11116940)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 2808171 - 2807602
Alignment:
Q  15 cttctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaa 114  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2808171 cttctctcatctgatttaacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaa 2808072  T
Q  115 tgcagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2808071 tgcagggtttcaagtagtagggcaagccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatt 2807972  T
Q  215 ttgactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaaca 314  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807971 ttgactcaccttttcccattccattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaaca 2807872  T
Q  315 atatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807871 atatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcgaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 2807772  T
Q  415 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgtt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807771 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgtt 2807672  T
Q  515 gttaggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807671 gttaggcatagcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 2807602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 584
Target Start/End: Original strand, 2855044 - 2855613
Alignment:
Q  15 cttctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaa 114  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855044 cttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaa 2855143  T
Q  115 tgcagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatt 214  Q
    |||| ||||| || ||||| |||||||  || ||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||    
T  2855144 tgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagattggttaaatgggcattacgtcccaattccaatctcatatt 2855243  T
Q  215 ttgactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaaca 314  Q
    || |||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  2855244 ttcactcacgttttgccattcaatcattgttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcattttagaaca 2855343  T
Q  315 atatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 414  Q
    || ||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2855344 atttcttttgacacagcctcaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggca 2855443  T
Q  415 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgtt 514  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855444 aaagttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgtt 2855543  T
Q  515 gttaggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  2855544 attaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaataccaaatac 2855613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 5413790 - 5413221
Alignment:
Q  15 cttctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaa 114  Q
    |||||||| | | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5413790 cttctctcttgcaattgaacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaataacatagtcctctggatataaaccaaaatacaaaa 5413691  T
Q  115 tgcagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatt 214  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  5413690 tgcatggtttcaagtagtaaggaaggccatcgtaactaagtgacagaatctttgttagactcgttaaatgggcattacgtcctaattccaggctcagatt 5413591  T
Q  215 ttgactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaaca 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||    
T  5413590 ttgactcaccttttgccattcaataattgttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaatttctagaggaagctgcttgcattttcgaaca 5413491  T
Q  315 atatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 414  Q
    || ||| | || | | ||| |||||||| |||||| | |||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  5413490 atttctttcgatacatcctgaagctccgatggacaattcccaccaagttcaaatccaaacaccttcttgcagtaaagttcccatgctttgtttggaggca 5413391  T
Q  415 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgtt 514  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413390 aaagttgcaggttgtgaacatatactagaaaggattttttgaaaaaatccgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctactacctttattgtt 5413291  T
Q  515 gttaggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413290 tttaggcatcgcaaattcaacctggtcagagaaatcttgttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 5413221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 2769971 - 2769404
Alignment:
Q  17 tctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatg 116  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  2769971 tctctcatcagatttaataaacccttcagctatccattgccgtgttaatctcttattattaatagaatagtcttgaggatatataccaaaatacaaaatg 2769872  T
Q  117 cagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatttt 216  Q
    || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | | || ||||    
T  2769871 catggtttcaagtagtaaggaaggccatcataactaagagacaaaatctttgttagactagataaatgggcattacgtcccaactccaggtttagctttt 2769772  T
Q  217 gactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaacaat 316  Q
    |||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2769771 gactcaccttttgccattcagttcttgttttagattttgttgaaaatagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcattttcgaacaat 2769672  T
Q  317 atctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaa 416  Q
     ||| | ||||| | || |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  2769671 ttctttagacatggactgaagctctggtggacattgcccatcaagttcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgttaggaggcaaa 2769572  T
Q  417 agttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgt 516  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  2769571 agttgcatgttaagaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttat 2769472  T
Q  517 taggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
    | ||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769471 ttggcatggaaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 2769404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 2760118 - 2759549
Alignment:
Q  15 cttctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaa 114  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2760118 cttctcccatcagatttaacaaacccttcagctgcccattgttgagttaatctcctatgatgaatagcaaaatcctctggatataaaccaaaatacaaaa 2760019  T
Q  115 tgcagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatt 214  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||| ||||| |||    
T  2760018 tgcatggtttcaagtagtgaggcaggccatcataactaagcgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggtattacaccccaactccaggctcaaatt 2759919  T
Q  215 ttgactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaaca 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||  |||  || |||||||| | |||||| |||||| | ||| | |||    
T  2759918 ttgactcaccttttgccattcaatcatggttttagattttgttgaaagtagaccagcaacggccacaattgcaagaggtagttgcttgaacttttgcaca 2759819  T
Q  315 atatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 414  Q
    || ||| ||| || |||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759818 atttcttttgccacagcctcaagctccggtggacaacgccctccaagatcatatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 2759719  T
Q  415 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgtt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2759718 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcataattctagtggtgattatgatcctactacctttgttgtt 2759619  T
Q  515 gttaggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759618 attaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 2759549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 580
Target Start/End: Original strand, 2837834 - 2838399
Alignment:
Q  15 cttctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaa 114  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837834 cttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaa 2837933  T
Q  115 tgcagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatt 214  Q
    |||| ||||| || ||||| |||||||  || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||    
T  2837934 tgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatatt 2838033  T
Q  215 ttgactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaaca 314  Q
    || |||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  2838034 ttcactcacgttttgccattcaatcattgttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaaca 2838133  T
Q  315 atatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 414  Q
    || ||| |||||| ||||| |||||| |||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2838134 atttcttttgacacagccttaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggca 2838233  T
Q  415 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgtt 514  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838234 aaagttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgtt 2838333  T
Q  515 gttaggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaa 580  Q
     |||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2838334 attaggcatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaa 2838399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 2791211 - 2790655
Alignment:
Q  28 atttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgcagggtttcaa 127  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2791211 atttaataaacccttcggctatccattgtcgagttaatctcttattattaacagaatagtcttgaggatatataccaaaatacaaaatgcatggtttcaa 2791112  T
Q  128 gtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagattttgactcaccttt 227  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||    
T  2791111 gtagtagggcaggctatcataactcagagataaaatctttgttagactagataaatgggcattacgtcccaactccaggttcaggttttgactcaccatt 2791012  T
Q  228 tcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaacaatatctattgaca 327  Q
    | ||||||| | |  ||||||  |||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2791011 ttccattcagtcacggttttagcttttgttgaaagtagaccactgacggctacaattgccaggggtagctgcttgcattttcgaacaatttcttttgaca 2790912  T
Q  328 tagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagtt 427  Q
    |   || |||||| |||||||| |||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2790911 tgaacttaagctctggtggacaatgcccaccaagctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggtgtcaaaagttgcaagtt 2790812  T
Q  428 gtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagca 527  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || || || |||    
T  2790811 gtgaacatgaactagaaaagatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctacaacctttattgttatttggaatggca 2790712  T
Q  528 aattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2790711 aattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcgaagaatatcaaatac 2790655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 2819444 - 2818892
Alignment:
Q  32 aacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgcagggtttcaagtag 131  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  2819444 aacaaacccttcagctatccattgtcgagttattctcccatgactaatagcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatgcatggtttcaggtag 2819345  T
Q  132 tagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagattttgactcaccttttccc 231  Q
    |  || |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  2819344 tgagggaggccatcataactaagcgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggcattacgttccaactccaggctcaaattttgactcaccttttgcc 2819245  T
Q  232 attcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaacaatatctattgacatagc 331  Q
    |||| || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  |||||| ||||| ||||||| ||| ||| || | |    
T  2819244 attcgatcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacgattgccaaaggtaattgcttgaatttttgaacaatttcttttgccacaac 2819145  T
Q  332 ctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtga 431  Q
    |||||| |||||||||||  | ||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2819144 ctcaagttccggtggacaacgaccaccaagctcagacctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtga 2819045  T
Q  432 acatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaatt 531  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||    
T  2819044 acatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattcttgtggtgattatgatcctactacctttgttgttattgggcatggcaaatt 2818945  T
Q  532 caacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2818944 caacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatattaaatac 2818892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 2798263 - 2797696
Alignment:
Q  17 tctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatg 116  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  2798263 tctctcatcagatttaacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattgatagaatagtcctgaggatatatagcaaaatacaaaatg 2798164  T
Q  117 cagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatttt 216  Q
    || |||||||||||  | || |||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  2798163 catggtttcaagtaaaaaggaaggctatcgtaactaagagataaaatctttgtaagactagttaaatgggcattgcgtcccaactccaggttcagatttt 2798064  T
Q  217 gactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaacaat 316  Q
    |||||||| ||| ||||||| | |  ||||||  |||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||    
T  2798063 gactcaccattttccattcagtcacagttttagcttttgtcgaaaatagaccaccaatggctacaattgccaggggtagctgcttgcattttcgaactat 2797964  T
Q  317 atctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaa 416  Q
     ||||||||||| |  | |||||| |||||||| |||||| |||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  2797963 ttctattgacatggagttaagctctggtggacaatgcccaccaacctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgatttgtttggtgtcaaa 2797864  T
Q  417 agttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |  |||| ||||| |    
T  2797863 agttgcaagttgtgaacatgaacttgaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctcgtggtgatgatgatcctatttgctttgttgttat 2797764  T
Q  517 taggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797763 taggcatggcaaattcaacctggtcagaaaagtcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 2797696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 15 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 2749899 - 2749330
Alignment:
Q  15 cttctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaa 114  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  2749899 cttctctcttccaattttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaa 2749800  T
Q  115 tgcagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatt 214  Q
    |||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||||| |||||||  |||||  |||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||    
T  2749799 tgcatggtttcaagtaataaggaagtccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgggcattacgtcctaattccagactcagatt 2749700  T
Q  215 ttgactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaaca 314  Q
    || ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||| |||||    
T  2749699 ttcactcaccttttgccattcaatcattgttttagattttgttgaaagtaaaccaccaatagctacaattgctagaggtagctgcctgcacttttgaaca 2749600  T
Q  315 atatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtca 414  Q
    || ||| |||||| ||||||||| || | |||||| || ||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  2749599 atttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggca 2749500  T
Q  415 aaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgtt 514  Q
    ||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  2749499 aaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgtt 2749400  T
Q  515 gttaggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
     || ||||| ||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2749399 atttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacgtcatcaaagaatatcaaatac 2749330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 288
Target Start/End: Original strand, 3321481 - 3321739
Alignment:
Q  30 ttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgcagggtttcaagt 129  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| ||||| | ||||||  |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| | |||||| |    
T  3321481 ttaacaaacccttctgccatccattgccgagtaagtctcttccgattgatggagtagtcctcaggatatataccaaaatatagcatgcatgatttcaaat 3321580  T
Q  130 agtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagattttgactcaccttttc 229  Q
     ||| ||||   |||| ||||| || ||||||||||||||||||||  | || ||  ||||  |  | |||||||  || ||||||||||||||||||      
T  3321581 ggtaaggcaaatcatcataactaagagataaaatctttgttagactattcaagtgcacattgtgctctaactccatccttagattttgactcacctttct 3321680  T
Q  230 ccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgcca 288  Q
    ||| ||||  || ||||||| ||||||||| |  ||||| ||||| || ||||||||||    
T  3321681 ccactcaaacatggttttatcttttgttgacaaaagacctccaatggccacaattgcca 3321739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 31 - 184
Target Start/End: Original strand, 3309883 - 3310036
Alignment:
Q  31 taacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgcagggtttcaagta 130  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||||||  |||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||     
T  3309883 taacaaacccttcagccatccattgccgagtaagtctcttccgattgatggtgtagtcctcaggatatataccaaaatacagcatgcaagatttcaagtg 3309982  T
Q  131 gtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatg 184  Q
    ||  ||||   |||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||    
T  3309983 gtgaggcaaatcatcataactaagagataaaatctttgttagactagtcaaatg 3310036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3201820 - 3201614
Alignment:
Q  31 taacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgcagggtttcaagta 130  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||||||   | | || | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | |||||| |     
T  3201820 taacaaacccttcagccatccattgccgagtaagtctcttcgtagtgatggtgtagtcctcgggatatataccaaaatacagcatgcatgatttcaaatg 3201721  T
Q  131 gtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagattttgactcaccttttcc 230  Q
    |   ||||   |||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||  |||| ||  | |||||||  |||||||||| |||| |||||| |    
T  3201720 gctaggcaaatcatcgtaacttagagataaaatctttattagacttgtcaaatgcacattgcgctctaactccattctcagatttttactcgcctttttc 3201621  T
Q  231 cattcaa 237  Q
    |||||||    
T  3201620 cattcaa 3201614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 3201495 - 3201381
Alignment:
Q  368 tctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgca 467  Q
    ||||||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| |||| | || ||||| |||||| ||||| |||||||| ||| | || ||     
T  3201495 tctaaatgccttgttgcaaaacagttcccacgctttgtttggaggcaaaggttgtaggtggtgaatatgaacaagaaaagatttcttaaaatattcagct 3201396  T
Q  468 acttgcatcattcta 482  Q
    || ||||||||||||    
T  3201395 acatgcatcattcta 3201381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 109
Target Start/End: Original strand, 3303194 - 3303273
Alignment:
Q  30 ttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaata 109  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| ||||| | ||||||  | || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3303194 ttaacaaacccttctgccatccattgccgagtaagtctcttccgtttgatggagtagtcctcaggatatataccaaaata 3303273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 368 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 3722095 - 3722009
Alignment:
Q  368 tctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttctt 454  Q
    ||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |  | ||||| ||||||  |||| ||||||||    
T  3722095 tctaaataccttgttgcaaaacagttcccatgctttgtttggaatcaaaggttgtagttcgtgaatatgaacaggaaaagatttctt 3722009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 368 - 416
Target Start/End: Original strand, 3197940 - 3197988
Alignment:
Q  368 tctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaa 416  Q
    ||||||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  3197940 tctaaatgccttgttgcaaaacagttcccatgctttgtttggagtcaaa 3197988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 584
Target Start/End: Original strand, 5388 - 5955
Alignment:
Q  17 tctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatg 116  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5388 tctctcatcatacttaacaaacccttcagctatccattgacgagttaatctcttatgattaatagaatagtcctctggatatataccaaaatacaaaatg 5487  T
Q  117 cagggtttcaagtagtagggcaggccatcgtaactcagtgataaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagatttt 216  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||    
T  5488 catggtttcaagtagtaaggcaggccatcataactaagtgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggcattacgttccaactctaggctcaaatttt 5587  T
Q  217 gactcaccttttcccattcaattattgttttatattttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaacaat 316  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||    
T  5588 gactcaccttttgccattcaaccattgttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgcaagaggtagctgcttgcattttttaacaat 5687  T
Q  317 atctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaa 416  Q
     ||| |||| | ||||||||||||  ||||||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||     
T  5688 ttcttttgatacagcctcaagctcaagtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatacttttttgcagaagagttcccatactttgtttggaggcaag 5787  T
Q  417 agttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgt 516  Q
    |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  5788 agttgcagtttgtgaacatgaactataaaggatttcttgaaaaattcggcaacaagcatcattcttgtggtgattataatcctactacctttattgttat 5887  T
Q  517 taggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 584  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5888 taggcatggcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatac 5955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 130
Target Start/End: Original strand, 11116737 - 11116848
Alignment:
Q  18 ctctcatccgatttaacaaatccttcagctatccattgtcgagttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgc 117  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11116737 ctctcttccaatttaacaaacccttcagctatccat-gtcgagttaatctcctgtgattaatagcatagtcctctggatatacaccaaaatacaaaatgc 11116835  T
Q  118 agggtttcaagta 130  Q
    | |||||||||||    
T  11116836 atggtttcaagta 11116848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 298
Target Start/End: Original strand, 11116893 - 11116940
Alignment:
Q  251 ttttgttgaaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctg 298  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11116893 ttttgttgaaagtaggccaccaatggctacaattgccaaaggaagctg 11116940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University