View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16527_low_17 (Length: 349)

Name: NF16527_low_17
Description: NF16527
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16527_low_17
NF16527_low_17
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (23-332)||(15517487-15517796)
chr2 (35-317)||(15493676-15493958)
chr2 (23-332)||(15534000-15534309)
chr2 (23-336)||(15645397-15645710)
chr2 (27-336)||(15654449-15654758)
chr2 (26-307)||(15601209-15601490)
chr2 (23-336)||(15624772-15625085)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 23 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 15517796 - 15517487
Alignment:
Q  23 aacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgtt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15517796 aacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgcccgcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgtt 15517697  T
Q  123 ctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15517696 ctcaaatgagcatgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggagtg 15517597  T
Q  223 ttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcat 322  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15517596 ttcgctgctgcagttactttaccaggtggtatcgataacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggggtttgcaatatcagatgcat 15517497  T
Q  323 ctgcgttcat 332  Q
    ||||||||||    
T  15517496 ctgcgttcat 15517487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 35 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 15493958 - 15493676
Alignment:
Q  35 ttttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctcaaatgagca 134  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15493958 ttttcgtatgatagaaagtaaagaagataatgttgccagcacaaattaagtcaaaaaactccaaagacatgactgcagaagaactgttctcgaatgagca 15493859  T
Q  135 tgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtgttcgctgctgcc 234  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  15493858 tgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgccgagtcttgtatgctaatttcaacagtcattgctactggagtgttcgctgctgca 15493759  T
Q  235 gttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcaga 317  Q
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15493758 actactttaccaggtggtaccgatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcaga 15493676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 15534309 - 15534000
Alignment:
Q  23 aacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgtt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||  || || |||||||| ||||  | ||    
T  15534309 aacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgttgccagcacaaataaagttgaaaaactctgaacgcttgactgcacaagagttatt 15534210  T
Q  123 ctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15534209 ctcaaatgagcatgcaaaactaagggaggatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcatgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggagtg 15534110  T
Q  223 ttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcat 322  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| |||| || |||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  15534109 ttcgctgctgcagttactttaccaggtggtaccgatgacaccggaaaaccaaactagttgacgaaaacaccattcttggtatttgcaacatcagatgcat 15534010  T
Q  323 ctgcgttcat 332  Q
    |||| |||||    
T  15534009 ctgcattcat 15534000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 23 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 15645710 - 15645397
Alignment:
Q  23 aacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgtt 122  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || ||||||  ||||| | |||||| |||| || ||    
T  15645710 aacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctatt 15645611  T
Q  123 ctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtg 222  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||||||       | || ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  15645610 ctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaacggccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtg 15645511  T
Q  223 ttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcat 322  Q
    || ||||||||   |||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15645510 tttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcat 15645411  T
Q  323 ctgcgttcatctca 336  Q
    |||| |||||||||    
T  15645410 ctgcattcatctca 15645397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 27 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 15654758 - 15654449
Alignment:
Q  27 tatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctca 126  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || ||||||  ||||| | |||||| |||| || ||||||    
T  15654758 tatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctca 15654659  T
Q  127 aatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtgttcg 226  Q
    | ||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  15654658 attgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttg 15654559  T
Q  227 ctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcatctgc 326  Q
    |||||||   |||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654558 ctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctgc 15654459  T
Q  327 gttcatctca 336  Q
     |||||||||    
T  15654458 attcatctca 15654449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 26 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 15601490 - 15601209
Alignment:
Q  26 atatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctc 125  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||   || ||||||  ||||| | |||||| ||||| | |||||    
T  15601490 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggccttactgcacaagaagtcttctc 15601391  T
Q  126 aaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtgttc 225  Q
    ||| |||||| ||||||||||  || |||||||||| ||||||       | || ||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||     
T  15601390 aaaagagcatcaaaaactaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcagccgtcattgctaccggagtgttt 15601291  T
Q  226 gctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttg 307  Q
    ||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601290 gctgctgcaactactgtaccaggcggtatcgatgacacaggaaaaccaaattatttgaagaaaccatcatttttggtgtttg 15601209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 23 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 15625085 - 15624772
Alignment:
Q  23 aacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgtt 122  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| | |||||| |||  || ||||||  ||||| | || ||| |||| || ||    
T  15625085 aacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctggacagataaagatgagaaactctgaaggctttacagcacaagagctatt 15624986  T
Q  123 ctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtg 222  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||  || | |||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  15624985 ctcaattgagcatgaaacactaagagaaaacgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtg 15624886  T
Q  223 ttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcat 322  Q
    || ||||||||   |||||||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15624885 tttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgattctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcat 15624786  T
Q  323 ctgcgttcatctca 336  Q
     ||| |||||||||    
T  15624785 ttgcattcatctca 15624772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University