View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16527_low_29 (Length: 234)

Name: NF16527_low_29
Description: NF16527
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16527_low_29
NF16527_low_29
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (12-216)||(26154840-26155044)
chr7 (12-216)||(26203531-26203735)
chr7 (12-216)||(26301448-26301652)
chr7 (12-219)||(26178717-26178924)
chr7 (30-216)||(19103871-19104057)
chr7 (12-216)||(26128204-26128408)
chr7 (12-215)||(26190903-26191106)
chr7 (12-216)||(26082367-26082571)
chr7 (12-216)||(26106154-26106358)
chr7 (12-210)||(26223175-26223373)
chr7 (39-219)||(26297079-26297259)
chr7 (39-216)||(26250482-26250659)
chr7 (18-219)||(26242031-26242232)
chr7 (108-210)||(26207078-26207180)
chr7 (117-219)||(26184906-26185008)
chr7 (96-185)||(26259567-26259656)
chr7 (108-210)||(26226613-26226715)
chr7 (39-100)||(26240040-26240101)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-216)||(44902878-44903079)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26155044 - 26154840
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155044 tgagctgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 26154945  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26154944 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtctagctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 26154845  T
Q  212 aagtt 216  Q
    |||||    
T  26154844 aagtt 26154840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26203735 - 26203531
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  26203735 tgagctgaagggaactgaataagatgagtcttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatcgctttttggaaggttgaagcattagcatgtgtag 26203636  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  26203635 tgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccaggagttggaaatggaagaaaagttacatg 26203536  T
Q  212 aagtt 216  Q
     ||||    
T  26203535 cagtt 26203531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26301652 - 26301448
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||| |||||||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26301652 tgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatagggtatcctgaattgaagtcatcgtctatagatttttggaatgttgaagcattggcatgtgtag 26301553  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||| |||||||    
T  26301552 tgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggattcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaaattacatg 26301453  T
Q  212 aagtt 216  Q
    |||||    
T  26301452 aagtt 26301448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26178924 - 26178717
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26178924 tgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatagatttttggaatgttgaagcattggcatgtgtag 26178825  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
     ||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||  ||||||||||   |||||    
T  26178824 cgatgatggtaacattaacaccatgcatggcgaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaaacaacatg 26178725  T
Q  212 aagtttgt 219  Q
    ||||||||    
T  26178724 aagtttgt 26178717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 30 - 216
Target Start/End: Original strand, 19103871 - 19104057
Alignment:
Q  30 ataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaa 129  Q
    ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  19103871 ataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaa 19103970  T
Q  130 caccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtt 216  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19103971 caccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggcctggagttggatatggaagaaaagttacatgaagtt 19104057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26128408 - 26128204
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||| |||||||||||  ||||| || ||||| || | ||||||| || ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  26128408 tgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatggagtatcctaaactggtgtcactgtctatggctttttggaatgttgaggcattagcatgtgtag 26128309  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   |||||    
T  26128308 tgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatatgaaagaaaaacaacatg 26128209  T
Q  212 aagtt 216  Q
    |||||    
T  26128208 aagtt 26128204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26191106 - 26190903
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||| ||||||||| |  |||||||| |||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26191106 tgagctgaagggaattcaataagatgagttttgatggagtatcctaaactgaagtcactgtctatggttttttggaatgttgaagcattggcatgtgtag 26191007  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
    | |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  26191006 taatgatggttacattaacaccatgtttggctaatagtcttgcagtgtcaatcataggaatcatatggccaggagatggaaatggaagaaaagttacatg 26190907  T
Q  212 aagt 215  Q
    ||||    
T  26190906 aagt 26190903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26082571 - 26082367
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||||||| |||||||  ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  26082571 tgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtcaatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtag 26082472  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||  ||    
T  26082471 tgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattggattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattatctg 26082372  T
Q  212 aagtt 216  Q
    |||||    
T  26082371 aagtt 26082367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26106358 - 26106154
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||||||| |||||||  ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  26106358 tgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtcaatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtag 26106259  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||  ||    
T  26106258 tgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattggattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattatctg 26106159  T
Q  212 aagtt 216  Q
    |||||    
T  26106158 aagtt 26106154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26223373 - 26223175
Alignment:
Q  12 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 111  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  26223373 tgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcacagtctacagatttttggaatgtggaagcattggcatgtgtag 26223274  T
Q  112 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacat 210  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||| |||||  |||||||||||| ||||    
T  26223273 tgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtcaatcattgaaatcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaagtgacat 26223175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 39 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26297259 - 26297079
Alignment:
Q  39 gttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgct 138  Q
    |||||||| | ||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26297259 gttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttggaaccttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggttacatcaacaccatgct 26297160  T
Q  139 ttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtttgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |  ||||| |||||||||    |||||||||||||    
T  26297159 ttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatgaccagcagatggatatggaagaaagacaacatgaagtttgt 26297079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26250659 - 26250482
Alignment:
Q  39 gttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgct 138  Q
    |||||||| | ||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  26250659 gttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttggaaccttgaagcattagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtt 26250560  T
Q  139 ttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtt 216  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |  ||||| ||||||||||   ||||||||||    
T  26250559 tagcaaatagtcttgcagtgtcaatcatagggttcatatgaccagcagatggatatggaagaaaaacaacatgaagtt 26250482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26242232 - 26242031
Alignment:
Q  18 gaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatga 117  Q
    ||||||||||  | ||| || |||||||| | ||||||| || |||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||   ||||    
T  26242232 gaagggaactgaagaagttgagttttgatggagtatcctaaactgacatcactatctatggatttttggaaccttgaagcattggcatgtgtaagtatga 26242133  T
Q  118 tggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagttt 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  |  ||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  26242132 tggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgcagtgtcaatcatagggttcatatggccaatagctggatatggaagaaaaacaacatgaagttt 26242033  T
Q  218 gt 219  Q
    ||    
T  26242032 gt 26242031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 108 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26207180 - 26207078
Alignment:
Q  108 gtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagtta 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |    
T  26207180 gtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccaggagttggatatggtagaaaagtaa 26207081  T
Q  208 cat 210  Q
    |||    
T  26207080 cat 26207078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 117 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26185008 - 26184906
Alignment:
Q  117 atggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtt 216  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  26185008 atggtgacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgatgtggctatcatgggattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattacatgaagtt 26184909  T
Q  217 tgt 219  Q
    |||    
T  26184908 tgt 26184906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26259656 - 26259567
Alignment:
Q  96 gcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccagga 185  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26259656 gcattggcatgtgtagtgataatggtaacattaataccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccagga 26259567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 108 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26226715 - 26226613
Alignment:
Q  108 gtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagtta 207  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||||| |||||||| |    
T  26226715 gtagtgatgatggtaacatcaacaccatgctttgcaaatagccttgctgtgtcaatcatagggttcatatgaccaggagttacatgtggtagaaaagtaa 26226616  T
Q  208 cat 210  Q
    |||    
T  26226615 cat 26226613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 26240101 - 26240040
Alignment:
Q  39 gttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcatt 100  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26240101 gttttaatagggtatgctgaattgaagtcactctctatggctttttggaatgttgaagcatt 26240040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 44903079 - 44902878
Alignment:
Q  15 gatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtga 114  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||| |||||||    
T  44903079 gatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatggattcttggaaagttgaagcgttggcatgtgtagtga 44902980  T
Q  115 tgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaag 214  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||    
T  44902979 tgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaaactacatgaag 44902880  T
Q  215 tt 216  Q
    ||    
T  44902879 tt 44902878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University