View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16533_low_105 (Length: 263)
Name: NF16533_low_105
Description: NF16533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16533_low_105 |
 | |
|
| [»] scaffold0531 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 16652655 - 16652881
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
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|
|
| T |
16652655 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
16652754 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatct |
218 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16652755 |
catcatcttattctattcacagagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcattttttttaaattgttaacgaatgtttttcatct |
16652854 |
T |
|
| Q |
219 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
16652855 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
16652881 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 7604979 - 7604753
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
7604979 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtagttttggcctataaataataatctttggtttttcgatttcttttgtcattt |
7604880 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatct |
218 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7604879 |
catcatcttattctattcacagagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcattttttttaaattgttaacgaatgtttttcatct |
7604780 |
T |
|
| Q |
219 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7604779 |
cataaaattcgtgcggcgcacgggtta |
7604753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 140 - 245
Target Start/End: Original strand, 19011671 - 19011776
Alignment:
| Q |
140 |
gagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatctcataaaacccgtgcggcgcac |
239 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
19011671 |
gagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcattttttttaaattgttaacgaatgtttttcatctcataaaacccgtgcggcgcac |
19011770 |
T |
|
| Q |
240 |
gggtta |
245 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
19011771 |
gggtta |
19011776 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27313853 - 27313627
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27313853 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttgatttttcgacttcttttgtcattt |
27313754 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatct |
218 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27313753 |
catcatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcattttttttaaattgttaacgaatgtttttcatct |
27313654 |
T |
|
| Q |
219 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27313653 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
27313627 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 9061792 - 9062018
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
9061792 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttgatttttcgacttcttttatcattt |
9061891 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatct |
218 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9061892 |
catcatcttattctattcacggagatctataataatgagagataatattatataatgtaatgttcattttttttaaattgttaacgaatgtttttcatct |
9061991 |
T |
|
| Q |
219 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9061992 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
9062018 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 27018650 - 27018877
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27018650 |
cattgaacatgagtttttatcatgttgtttattgtttattctttacgtaattttggcctataaacaataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
27018749 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca-nnnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatc |
217 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27018750 |
catcatcttattctattcatagagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcatttttttttaaattgttaacgaatgtttttcatc |
27018849 |
T |
|
| Q |
218 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27018850 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
27018877 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 39878854 - 39879081
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39878854 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
39878953 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcac-ggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatc |
217 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
39878954 |
catcatcttattctattcacgggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcatttttttgaaatcgttaacaaatgtttttcatc |
39879053 |
T |
|
| Q |
218 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39879054 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
39879081 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2416513 - 2416286
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
2416513 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggttttttgacttcttttatcattt |
2416414 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca-nnnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatc |
217 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2416413 |
catcatcttattctactcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcattttttttaaaattgttaacgaatgtttttcatc |
2416314 |
T |
|
| Q |
218 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2416313 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
2416286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 33826614 - 33826389
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33826614 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttgacctataaataataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
33826515 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatct |
218 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33826514 |
catcatcttattctattcacagagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca-tttttttaaattgttaacgaatgtttttcatct |
33826416 |
T |
|
| Q |
219 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33826415 |
cataaaacccgtgcggcgcatgggtta |
33826389 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 39348564 - 39348793
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39348564 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttggcctataaataataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
39348663 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca---nnnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttca |
215 |
Q |
| |
|
||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39348664 |
catcatcttactctattcacagagatttataataatgagagacaatattatataatgcaatgttcatttttttttttaaattgttaacgaatgtttttca |
39348763 |
T |
|
| Q |
216 |
tctcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39348764 |
tctcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
39348793 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 38443686 - 38443913
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
38443686 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgccaataaataataatatttggtttttcgacttcttttatcattt |
38443785 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca-nnnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatc |
217 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38443786 |
catcatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcatttttttttaaattgttaacgaatgtttttcatc |
38443885 |
T |
|
| Q |
218 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38443886 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
38443913 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 4014407 - 4014634
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4014407 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttggcctataaataataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
4014506 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca-nnnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatc |
217 |
Q |
| |
|
||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4014507 |
catcatcttactctattcacagagatttataataatgagagacaatattatataatgcaatgttcatttttttttaaattgttaacgaatgtttttcatc |
4014606 |
T |
|
| Q |
218 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4014607 |
tcttaaaacccgtgcggcgcacgggtta |
4014634 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 15197849 - 15197658
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
15197849 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataatattctttggtttttcgacttcttttatcattt |
15197750 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcannnnnnnnaaattgttaacgaatgtt |
210 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15197749 |
catcatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcattttttttaaattgttaacgaatgtt |
15197658 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 172
Target Start/End: Original strand, 25880802 - 25880957
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
25880802 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttgacctataaataataatctttggtttttcaatttcttttgtcattt |
25880901 |
T |
|
| Q |
119 |
catgatcttattctattcac--ggagatctataataatgagagacaatattatata |
172 |
Q |
| |
|
||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25880902 |
catcatcttactctattcacaaagagatctataataataagagacaatattatata |
25880957 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 24773634 - 24773409
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
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24773634 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttggcctataaataataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
24773535 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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| T |
24773534 |
catcatcttattctattcacagagatctataataatgagagataatattatataatgtaatgttca-tttttttaaattgttaacgaatgtttttcatct |
24773436 |
T |
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219 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
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| T |
24773435 |
cataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
24773409 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 35349996 - 35350223
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
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| T |
35349996 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttggcctataaataataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
35350095 |
T |
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| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca-nnnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttcatc |
217 |
Q |
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| T |
35350096 |
catcatcttactccattcacaaagatttataataatgagagacaatattatataatgcaatgttcatttttttttaaattgttaacgaatgtttttcatc |
35350195 |
T |
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| Q |
218 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
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| T |
35350196 |
tcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
35350223 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Original strand, 921017 - 921245
Alignment:
| Q |
18 |
acattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcatt |
117 |
Q |
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| T |
921017 |
acattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcacctataaataataatctttggtttttcttcttcttttgtcatt |
921116 |
T |
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| Q |
118 |
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216 |
Q |
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| T |
921117 |
tcatcatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttcattttttttaaaattgttaacgaatgtttttcat |
921216 |
T |
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217 |
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245 |
Q |
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921217 |
ctcataaaactcgtgcggcgcacgggtta |
921245 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 2277073 - 2277302
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
118 |
Q |
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| T |
2277073 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttggcctataaataataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
2277172 |
T |
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| Q |
119 |
catgatcttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttca---nnnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttca |
215 |
Q |
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2277173 |
catcatcttactctattcacagagatttataataatgagagacaatattatataatgcaatgttcatttttttttttaaattgttaacgaatgtttttca |
2277272 |
T |
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216 |
tctcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
245 |
Q |
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2277273 |
tctcataaaacccgtgcggcgcacgggtta |
2277302 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0531 (Bit Score: 151; Significance: 6e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0531
Description:
Target: scaffold0531; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 11187 - 10958
Alignment:
| Q |
19 |
cattgaacatgagtttttattatgttgtttattgtttattctttacgtaattttcgcctataaataataatatttggtttttcgacttcttttgtcattt |
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11187 |
cattgaacatgagtttttattattttgtttattgtttattcataacgtaattttggcctataaataataatctttggtttttcgacttcttttgtcattt |
11088 |
T |
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catgatc-ttattctattcacggagatctataataatgagagacaatattatataatgtaatgttc--annnnnnnnaaattgttaacgaatgtttttca |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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