View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16533_low_15 (Length: 561)

Name: NF16533_low_15
Description: NF16533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16533_low_15
NF16533_low_15
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (18-551)||(74490-75023)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-540)||(618208-618733)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (23-551)||(29471308-29471836)
chr6 (39-551)||(29662979-29663499)
chr6 (38-551)||(29767413-29767922)
chr6 (39-551)||(28487724-28488230)
chr6 (39-551)||(29800136-29800642)
chr6 (38-551)||(29718617-29719130)
chr6 (23-547)||(29689438-29689955)
chr6 (83-444)||(29756007-29756367)
chr6 (207-444)||(29712088-29712319)
chr6 (210-551)||(29671545-29671884)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (38-551)||(12591757-12592271)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (23-405)||(209615-209995)
scaffold0012 (402-551)||(208911-209060)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (42-341)||(5918746-5919045)


Alignment Details
Target: scaffold0007 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Original strand, 74490 - 75023
Alignment:
Q  18 gaaagaaaagtgagcccaaagcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgt 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  74490 gaaagaaaagtgagcccgaagcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttttcaataagtttcatgttgt 74589  T
Q  118 ttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74590 ttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctattgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatga 74689  T
Q  218 ttgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaatta 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74690 ttgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaatta 74789  T
Q  318 ctaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacagga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74790 ctaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacagga 74889  T
Q  418 atcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74890 atcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgc 74989  T
Q  518 tttagaaataaatttcctgccatagttctctgtg 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74990 tttagaaataaatttcctgccatagttctctgtg 75023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 24 - 540
Target Start/End: Original strand, 618208 - 618733
Alignment:
Q  24 aaagtgagcccaaagcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgcta 123  Q
    ||||||| | ||| |||||||||||| ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||    
T  618208 aaagtgaacgcaatgcaatcttcacatgtaaagcatatttgtgtcaggaactgcaaactttcagatgaatatctgtcaaaaagtcttatgttgtttgcta 618307  T
Q  124 atgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtga 223  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  618308 atgtgaaagaattacacctaactaaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgaaaaatgtcatcttttatggaggcttgtcttggatgattgtga 618407  T
Q  224 ggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaat 323  Q
    |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  618408 ggaacttttggaaattgaagggattcctccatgcttaaaatctttatctgcaataaactgcaaatcgttgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaat 618507  T
Q  324 caggttgtgatt-tattt-----tgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaa---cttacattaattatttatgattaaca 414  Q
    |||||| ||||| |||||     ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||| ||| |    
T  618508 caggttatgattatatttttttgtgttatgcatttgatatgataattgatattattcttgatatagttaaaaattttacattaattatttatgactaata 618607  T
Q  415 ggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttc 514  Q
    ||||| |||||| || ||||| ||||||||||   |||||| ||  || | ||||||||||||| | |||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  618608 ggaattacatgaggctggaaatacttggttccatttgccacaagcgaaaattccagagtggttcaatcaccaatgtttggcaggattgtcaatttctttc 618707  T
Q  515 tgctttagaaataaatttcctgccat 540  Q
    || ||| | || || |||||||||||    
T  618708 tggtttcgtaacaagtttcctgccat 618733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 23 - 551
Target Start/End: Original strand, 29471308 - 29471836
Alignment:
Q  23 aaaagtgagcccaaagcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgct 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||   || ||||||||||| ||    
T  29471308 aaaagtgagcccaatgcaatcttcacatgtagaatatatttgtctgaggaactgcaaattttcagatgaatatttgtcaacgggtctcatgttgtttact 29471407  T
Q  123 aatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtg 222  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||| ||||| | ||||    
T  29471408 aatgtgaaagaattacacctaagtgataaccaattcaaaattcttccaaaatctatcgaaaaatgtcattttttacagaggcttgtcctggataactgtg 29471507  T
Q  223 aggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaa 322  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||    
T  29471508 aggaacttcaggaaattgaagggattccaccatgcttaaaaacattatctgcattaaactgcaaatcattgacctcaccgtgcaaaagcaaattactaaa 29471607  T
Q  323 tcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatata-tttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatca 421  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |  ||||   ||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |    
T  29471608 tcaggttatgatatattttgtatttaatttttaatg-tatttgatattcttcttgatataggttaaacttacattaataatttatgactaccaggaatta 29471706  T
Q  422 catgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgcttta 521  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  || || |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||| || |    
T  29471707 catgaggcaggaaacacttggttccgtttgccacgaacaaggattccagagtggttcgaccatcaatgcttggcaggattgtctatttctttctggttca 29471806  T
Q  522 gaaataaatttcctgccatagttctctgtg 551  Q
    | || || ||||||| ||||| ||||||||    
T  29471807 ggaacaagtttcctgtcatagctctctgtg 29471836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 39 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 29663499 - 29662979
Alignment:
Q  39 caatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattac 138  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| || || || ||| || ||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29663499 caatctttacacgtagaatatatttgtcttagaaattgaaaagttccagatgagtacttgtcaataggtctcatgttgtttgctaatgtgaaagaattac 29663400  T
Q  139 acctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaat 238  Q
    |||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||    
T  29663399 acctaaatgaaagtcaattcacgtttcttcctaaatctttcgaaaaatgtcattttttatggaggcctgtcttggataattgtaaggaacttcaggaaat 29663300  T
Q  239 tgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttat 338  Q
    | |||||||||| |||||||||||| | ||||||||  | |||||||||||  || ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||    
T  29663299 taaagggattccaccatgcttaaaatcattatctgcttttaactgcaaatcgctgtcttcgtcatgcaaaagcaaattactaagtcaggtaatgatttat 29663200  T
Q  339 tttg----------taatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaag 428  Q
    ||||          ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||  || |||||| ||  ||| ||| ||||||  ||||| |    
T  29663199 tttgtttttattgttaatgtatttgatatgataatcgttattcttcttgatatggttaaacaaacgttaattgtt--tgagtaataggaattgcatgagg 29663102  T
Q  429 caggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataa 528  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||| ||  | || ||    
T  29663101 caggaaacactcggttccgtttgccatgagcaaagattccagagtgattcgaccaccaaggcttggcaggattgtcaatttcattctggttccgtaacaa 29663002  T
Q  529 atttcctgccatagttctctgtg 551  Q
     ||||||||||||||||| ||||    
T  29663001 gtttcctgccatagttctttgtg 29662979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 38 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 29767922 - 29767413
Alignment:
Q  38 gcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaatta 137  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  29767922 gcaatcttcacatgtaaagtatatttgtgtcaggaactgcaaactttcagatgaatatctgtcaataagtctcatgttgtttgctaatgtgaaagaacta 29767823  T
Q  138 cacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaa 237  Q
    ||| ||||| |   ||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| | ||||||||||   | ||||||||||||||| ||||| ||  |||||    
T  29767822 cacataactaactgtcaattcacagttattcctaaatctattgaaaaatgtcaatttttatggaaaatcgtcttggatgattgtaaggaacttatggaaa 29767723  T
Q  238 ttgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgattta 337  Q
    |  ||||||||||||||||||||| |   ||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  29767722 tgaaagggattcctccatgcttaagagagttatctgcactaaactgca---tattgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgattta 29767626  T
Q  338 ttttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaactt-acattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaac 436  Q
    ||||||  | ||||||  ||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||| |||||| || |||||     
T  29767625 ttttgt-ttttatttgtaatg-tattttatatttttcttgatatagttaaacttaacattaattatttatgactaatagaaattacatgaggctggaaat 29767528  T
Q  437 acttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctg 536  Q
    ||| |||| ||  ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||| ||| |    || |||||||    
T  29767527 actcggtttcgtttgccacgtgcaaagattccagagtggttcgaccaccaatgcgaggcaggaaagtcaatttctttctggttttgtggcaagtttcctg 29767428  T
Q  537 ccatagttctctgtg 551  Q
    |||||| ||||||||    
T  29767427 ccatagctctctgtg 29767413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 39 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 28488230 - 28487724
Alignment:
Q  39 caatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattac 138  Q
    |||||| |||| ||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28488230 caatctgcacatgtaaagtatatttgcatcagggactgcaaactttcagatgaatatctgtcactaaatctcatgttgtttgctaatgtgaaagaattac 28488131  T
Q  139 acctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaat 238  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||  || || |||||||||||  ||||  ||| ||||||    
T  28488130 acctaactaacattcaattcacagttcttcctaaatctattgaaaaatgtcattttttgtggaaactcgttttggatgattgcaaggatcttcaggaaat 28488031  T
Q  239 tgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttat 338  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| |||| |||| ||| |||||||| || |||||||| | |||| |||| |||||| ||||||||    
T  28488030 taaagggaatcctccaagcttaaaaatgttatctgcactaaattgcatatcgttgacttcttcatgcaaaagcatattagtaaagcaggttatgatttat 28487931  T
Q  339 tttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacac 438  Q
    ||||  || ||||||  ||| || ||||||||||| ||||||    || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |  ||||||||    
T  28487930 tttgctat-tatttgtaatg-tatttgatattcttattgata----tagacttaaattaattatttatgactaacaggaattacatgaggatggaaacac 28487837  T
Q  439 ttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgcc 538  Q
    |||||||||  ||||||    ||||| |||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| |||   || || |||||||||    
T  28487836 ttggttccgtttgccacagacaaagattccagagtggttcgaccaccaaagcgaggcaggattgtcaatttctttctggtttcttaacaagtttcctgcc 28487737  T
Q  539 atagttctctgtg 551  Q
    |||| ||||||||    
T  28487736 atagctctctgtg 28487724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 39 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 29800642 - 29800136
Alignment:
Q  39 caatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattac 138  Q
    |||||| |||| ||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29800642 caatctgcacatgtaaagtatatttgcatcagggactgcaaactttcagatgaatatctgtcactaaatctcatgttgtttgctaatgtgaaagaattac 29800543  T
Q  139 acctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaat 238  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||  || || |||||||||||  ||||  ||| ||||||    
T  29800542 acctaactaacattcaattcacagttcttcctaaatctattgaaaaatgtcattttttgtggaaactcgttttggatgattgcaaggatcttcaggaaat 29800443  T
Q  239 tgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttat 338  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| |||| |||| ||| |||||||| || |||||||| | |||| |||| |||||| ||||||||    
T  29800442 taaagggaatcctccaagcttaaaaatgttatctgcactaaattgcatatcgttgacttcttcatgcaaaagcatattagtaaagcaggttatgatttat 29800343  T
Q  339 tttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacac 438  Q
    ||||  || ||||||  ||| || ||||||||||| ||||||    || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |  ||||||||    
T  29800342 tttgctat-tatttgtaatg-tatttgatattcttattgata----tagacttaaattaattatttatgactaacaggaattacatgaggatggaaacac 29800249  T
Q  439 ttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgcc 538  Q
    |||||||||  ||||||    ||||| |||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| |||   || || |||||||||    
T  29800248 ttggttccgtttgccacagacaaagattccagagtggttcgaccaccaaagcgaggcaggattgtcaatttctttctggtttcttaacaagtttcctgcc 29800149  T
Q  539 atagttctctgtg 551  Q
    |||| ||||||||    
T  29800148 atagctctctgtg 29800136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 38 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 29719130 - 29718617
Alignment:
Q  38 gcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgc-aaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaatt 136  Q
    |||||||||| | ||| | ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||| || | | ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  29719130 gcaatcttcaaatgtaaagtatatttgtgtcaggaa-tgctaaactttcagatgaattattgtcaaaaactcttatgttgtttgccaatgtgaaagaatt 29719032  T
Q  137 acacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaa 236  Q
    |||||||||  | |||||| ||||| || ||||||||||||| || |||||| | ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||  |||    
T  29719031 acacctaacaaacaatcaactcacaattattcctaaatctattgaaaaatgtcaatttttatggaaacttgtcttggatgattgtaaggaacttcacgaa 29718932  T
Q  237 attgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgattt 336  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| |   ||||||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||     
T  29718931 attaaagggattcctccacgcttaagagtgttatctgcagtacactgcatatcgttgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgattc 29718832  T
Q  337 attttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaac 436  Q
     |||| |  | | ||||  ||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||| ||  |||||    
T  29718831 ttttttt--tttgtttgtaatg-tattttatattctttttgatatagttaaacttacattaattattttttactaacaggaattacatgaggctagaaac 29718735  T
Q  437 acttggttccggatgccacgagt---aaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttc 533  Q
    || || || ||  ||||||| ||   ||||| |||| |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||    
T  29718734 acctgctttcgtttgccacgggttccaaagattccaaagtggttcgaccacaaatgcgaggcaggattgtcaatttctttctggtttcgtaacaaatttc 29718635  T
Q  534 ctgccatagttctctgtg 551  Q
    ||||||||| ||| ||||    
T  29718634 ctgccatagctctttgtg 29718617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 23 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 29689955 - 29689438
Alignment:
Q  23 aaaagtgagcccaaagcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgct 122  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||| ||| | ||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||    
T  29689955 aaaaatgagcccaatacaatcttcacatgtaaagtatatttgtgtgaagaaatgcaaactttcagatgaatatctgtcaaaaactctcatgttgtttgct 29689856  T
Q  123 aatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtg 222  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||     
T  29689855 aatgtgaaagaattacacctaactaacagtaaattcacagttattcctaaatctattgaaaaatgtaattttctatggaaactggtcttggatgattgta 29689756  T
Q  223 aggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaa 322  Q
    ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||||| ||||||||||   |||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  29689755 aggaacttgaggaaattaaagggattcctccatgcttaagagagttatctgcagtaaactgcaa---attgacttcgtcatgcaaaagcaatttactaaa 29689659  T
Q  323 tcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcac 422  Q
    ||||||| | ||||||||  |  |  ||||| ||   || ||  |||||||||||||||  |||||||||||||  | |||||||| |||||| ||| ||    
T  29689658 tcaggttat-atttatttatttttaaatttg-tactgtattttctattcttcttgatatcgttaaacttacatt--taatttatgaataacagaaattac 29689563  T
Q  423 atgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttag 522  Q
    |||| || ||||||||| ||||  |  ||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||  || |||| ||||| |||||||||| ||| |    
T  29689562 atgaggctggaaacactcggttttgtttgccacgggcaaagattccagagtggtttgaccaccaatgcgaggcaggaatgtcagtttctttctggttttg 29689463  T
Q  523 aaataaatttcctgccatagttctc 547  Q
     || || |||||| |||||| ||||    
T  29689462 taacaagtttccttccatagctctc 29689438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 83 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 29756367 - 29756007
Alignment:
Q  83 ttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgag 182  Q
    |||||| |||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||     
T  29756367 ttcagaggaatatctgtcaaaaagtcttatgttgtttgctaatgtgaaagaattacacttaactagtaatcatttcacagttattcctaaatctattgaa 29756268  T
Q  183 aaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaact 282  Q
    || ||| | ||||| ||||  ||  ||||||||||||||  || | ||   |||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||    
T  29756267 aattgtcaatttttgtggaaactcatcttggatgattgtacggcacttaaagaaattaaagggattcctccatgcttaagaatgttatctgcactaaact 29756168  T
Q  283 gcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatata 382  Q
    |||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||| |  | ||||||  ||| || || |||||||||||||||||    
T  29756167 gcaagtcgttgacttcgtcgtgcaagagcaaattgctaaatcaggttatgatttattttcttttttatttgtaatg-tattttatattcttcttgatata 29756069  T
Q  383 tttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggtt 444  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| || ||||| || |||||    
T  29756068 gttaaacttatattaattgtttatgactaacaggaattacatgaggctggaaaaacatggtt 29756007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 207 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 29712319 - 29712088
Alignment:
Q  207 gtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgca 306  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||      ||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||    
T  29712319 gtcttggatgattgtaaggaacttcaggaaattcaagtgattcctccatgcttatg----ttatctgcagtaaactgcatgtcgttgacttcgtcgtgca 29712224  T
Q  307 aaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttat 406  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||| |||| |  | ||||||  ||| || || |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29712223 aaagcagattactaaatcaggttatgattttttttatttt-tatttgtaatg-tattttatattccttttgatatagttaaacttaaattaattatttat 29712126  T
Q  407 gattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggtt 444  Q
     ||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  29712125 tattgacaggaattacataaggcaggaaacacttggtt 29712088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 210 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 29671884 - 29671545
Alignment:
Q  210 ttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaa 309  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||  |||||||||  || |||||||| ||||||| ||    
T  29671884 ttggatgattgtaaggaacttcaggaaattaaagtgattcctccatgcttaagaatgttatctgctgtaaactgcacgtcgttgacttcttcgtgcacaa 29671785  T
Q  310 gaaaattactaaatcagg-ttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatga 408  Q
    | |||||||||||||||| || |||||||||||||  | |||||| ||   || || |||||||| |||||||| |||||||    | |||||||||| |    
T  29671784 gcaaattactaaatcaggtttatgatttattttgt-ttttatttg-taatttattttatattctttttgatatagttaaact----tgaattatttataa 29671691  T
Q  409 ttaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagt---aaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtca 505  Q
     |||||||||| |||| | || ||||||||||||||  |  ||||||| ||   ||| | |||||||||||| |||||| ||| |  ||  |||||||||    
T  29671690 ctaacaggaattacataaggctggaaacacttggttttgtttgccacgggtgccaaaaattccagagtggtttgaccacaaatacgaggccggattgtca 29671591  T
Q  506 atttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtg 551  Q
    ||||||||||| ||| | || || ||||||||||||| ||||||||    
T  29671590 atttctttctggtttcgtaacaagtttcctgccatagctctctgtg 29671545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 38 - 551
Target Start/End: Original strand, 12591757 - 12592271
Alignment:
Q  38 gcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaatta 137  Q
    |||||||||| | ||| | ||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||| || |||||| || | |||| |||||| |||||||  ||||||||    
T  12591757 gcaatcttcaaatgtaaagtatatttgtgtgggaaactgcaaactttcatatgaaaatctgtcaaaaattctcatcttgttttctaatgtgcaagaatta 12591856  T
Q  138 cacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaa 237  Q
    ||||||||| |  ||||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  12591857 cacctaactaactatcaattcaaagttcttcctaattgtatcgaagaatgtcattttttatggaaactcgtcttggatgattgtaaggaacttcaggaaa 12591956  T
Q  238 ttgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgattta 337  Q
    || |||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |    
T  12591957 ttaaagggattcctccacgcttaagaatgttatctgcactaaactgcaagtcattgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgattca 12592056  T
Q  338 ttttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaaca 437  Q
    ||||||  | | ||||  ||| || ||  ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  || || ||  ||||||    
T  12592057 ttttgt-ttttgtttgtaatg-tattttgtattctttttgatatagttaaacttactttaattatttttgactaacaggaattgcacgaggctagaaaca 12592154  T
Q  438 cttggttccggatgccacgagt---aaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcc 534  Q
    ||||||| ||  ||||||| ||   ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | || || |||||    
T  12592155 cttggtttcgtttgccacgggtgccaaagattccagagtggttcgaccacaaatgctcggcaggattgtcaatttctttttggtttcgtaacaagtttcc 12592254  T
Q  535 tgccatagttctctgtg 551  Q
      |||||||||| ||||    
T  12592255 ctccatagttctttgtg 12592271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 143; Significance: 7e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 23 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 209995 - 209615
Alignment:
Q  23 aaaagtgagcccaaagcaatcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgct 122  Q
    |||||||| | ||| |||||||| ||| ||| | ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||    
T  209995 aaaagtgaacacaatgcaatctttacatgtaaagtatatttgtgtcaggaggtgcaatctttcagatgaatatctgtcaaaaagtcttatgttatttgct 209896  T
Q  123 aatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtg 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||  ||||||||||||||||  | ||||| | ||| ||||  || |||||||||||||||     
T  209895 aatgtgaaagaattacacctaactagtaatcacttcacagtaattcctaaatctatcgaatattgtaaatctttgtggaaactcgtcttggatgattgta 209796  T
Q  223 aggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaa 322  Q
    ||| | |||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  209795 aggcacttcaagaaattaaagggattcctccatgcttaagaatgttatctgcactaaactgcatatcattgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaa 209696  T
Q  323 tcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattattta 405  Q
    ||||||| |||||||||||    | |||||| ||  ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  209695 tcaggttatgatttatttt-ccttttatttg-tactatattttatattcttcttgatatagttaaacttacattgattgttta 209615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 402 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 209060 - 208911
Alignment:
Q  402 tttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggatt 501  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||  |||||||||  |    ||||||||||||||||||||| || | || | ||||    
T  209060 tttatgactaacaggaattacatgaggctggaaacacttggtttcgtttgccacgagcgacatttccagagtggttcgaccaccactgtttggcaagatt 208961  T
Q  502 gtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtg 551  Q
    |||| |||||||||| ||| | || || ||||||||||||| ||||||||    
T  208960 gtcattttctttctggtttcgtaacaagtttcctgccatagctctctgtg 208911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 5919045 - 5918746
Alignment:
Q  42 tcttcacaagtagaatatatttgtctcaggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacc 141  Q
    |||||||||||||||| | || || || |||||||||| ||||| |||||||  ||| ||||  || | |||| |||||||||||| ||||||||| |||    
T  5919045 tcttcacaagtagaatttcttcgtgtctggaactgcaacctttctgatgaatcattggcaatcggtcttatgtggtttgctaatgttaaagaattatacc 5918946  T
Q  142 taactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattga 241  Q
    ||| |   | | |||| ||  |||| || || |  || || |||||  | ||||||| || |||| |||||||| | |||||| |  ||| ||||||  |    
T  5918945 taagttggagtaaatttaccattctccccaactgcattgaaaaatgccactttttatagaagcttttcttggataactgtgagaatcttcaggaaatcaa 5918846  T
Q  242 agggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttatttt 341  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||| || || || ||||||| ||| ||||||| |||||| | ||| || ||  | ||||||||  |||||||||||    
T  5918845 agggattccgccaaacttaaaaactttttcggccattaactgcatatctttgactttgtcgtgtacaagcaagtttatgaatcaggtcttgatttatttt 5918746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University