View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16533_low_2 (Length: 983)

Name: NF16533_low_2
Description: NF16533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16533_low_2
NF16533_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-976)||(24488997-24489955)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 947; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 947; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 976
Target Start/End: Original strand, 24488997 - 24489955
Alignment:
Q  18 ttccggtgccggcccggtattcgttcttttaacacacttcttaatgcttttgctgagtctcatcaatgggatagggctgagaagtttttcgcgtattttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24488997 ttccggtgccggcccggtattcgttcttttaacacacttcttaatgcttttgctgagtctcatcaatgggatagggctgagaagtttttcgcgtattttg 24489096  T
Q  118 agacggcgggtgttgagccgagtgtgcagacttataatgtgttgatgaaggttttgtgtaagaaaggggagtttttgaaggcgaagaaattggtgacgtg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489097 agacggcgggtgttgagccgagtgtgcagacttataatgtgttgatgaaggttttgtgtaagaaaggggagtttttgaaggcgaagaaattggtgacgtg 24489196  T
Q  218 gatgtggagtgtggggatgaagcctgataagtttacttatggaactttgattaatttgtttgtgaaaattcgtgatttgaattctgcgttggaggtgttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489197 gatgtggagtgtggggatgaagcctgataagtttacttatggaactttgattaatttgtttgtgaaaattcgtgatttgaattctgcgttggaggtgttt 24489296  T
Q  318 gatgaaatgtctgaacgaggtgtggagccggatgtggcttgttataatattattattgatgggttttttaaaatgggtgattttgtgaaggggaagatga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489297 gatgaaatgtctgaacgaggtgtggagccggatgtggcttgttataatattattattgatgggttttttaaaatgggtgattttgtgaaggggaagatga 24489396  T
Q  418 tgtgggagaggttgttaagggtggagacggtttttccgagtgttgttagttataatattatgattagtgggttgtgtaggtgtgggaggttcaaagagag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489397 tgtgggagaggttgttaagggtggagacggtttttccgagtgttgttagttataatattatgattagtgggttgtgtaggtgtgggaggttcaaagagag 24489496  T
Q  518 tttagagatatgggagaggatgaaaatgaatgattggaagcatgatgcttttacttatagtgcgttgattcatgggttgtgtgaaggtggggatttggat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489497 tttagagatatgggagaggatgaaaatgaatgattggaagcatgatgcttttacttatagtgcgttgattcatgggttgtgtgaaggtggggatttggat 24489596  T
Q  618 ggcgcgagaaaggtttatgaggagatggttttgagaggggttaaggcggatgttgttacttgtaatgcaatgcttaatgggttgtgtaaagcggggaagg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489597 ggcgcgagaaaggtttatgaggagatggttttgagaggggttaaggcggatgttgttacttgtaatgcaatgcttaatgggttgtgtaaagcggggaagg 24489696  T
Q  718 ttgatgagagttttgagttgtgggaggagatggggaagtgtggttcgcggaatgtggttagttataatgtttttcttaaagggttgtttgaaaatgggaa 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489697 ttgatgagagttttgagttgtgggaggagatggggaattgtggttcgcggaatgtggttagttataatgtttttcttaaagggttgtttgaaaatgggaa 24489796  T
Q  818 ggttgatgaagcgattaatgtgtgggaggttttgcgtgagatggattgtgatgtagagtcgacaacttatggaatattggttcatggtttatgtaagaat 917  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489797 ggttgatgaagtgattaatgtgtgggaggttttgcgtgagatggattgtgatgtagagtcgacaacttatggaatattggttcatggtttatgtaagaat 24489896  T
Q  918 gggtatgtcactaaggctttgcgggtgttggaaggagctgatgatagaggtgatgatgt 976  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24489897 gggtatgtgactaaggctttgcgggtgttggaaggagctgatgatagaggtgatgatgt 24489955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University