View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16533_low_38 (Length: 473)

Name: NF16533_low_38
Description: NF16533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16533_low_38
NF16533_low_38
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (13-450)||(4652086-4652523)
chr7 (24-380)||(4665571-4665927)
chr7 (24-380)||(4629545-4629901)
chr7 (21-377)||(4671279-4671635)
chr7 (21-367)||(4660450-4660796)
chr7 (21-372)||(4642348-4642699)
chr7 (21-372)||(4635501-4635852)
chr7 (21-307)||(4784956-4785242)
chr7 (21-307)||(4817385-4817671)
chr7 (111-304)||(4676737-4676930)
chr7 (60-307)||(4713226-4713473)
chr7 (21-76)||(4676945-4677000)
chr7 (60-307)||(4854596-4854843)
chr7 (51-134)||(4862771-4862854)
chr7 (75-197)||(4698365-4698487)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-379)||(18926860-18927218)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 4652523 - 4652086
Alignment:
Q  13 gtagcatagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtg 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652523 gtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtg 4652424  T
Q  113 tgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652423 tgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaata 4652324  T
Q  213 gtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4652323 gtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagctggcgttgagttgtgtgcatgatgatgggactcaacgtccat 4652224  T
Q  313 caatgagtcaagttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaaggtagccaacaattctcgcagtttatgagtgatcaagagtg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652223 caatgagtcaagttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaaggtagccaacaattctcgcagtttatgagtgatcaagagtg 4652124  T
Q  413 tgaccaacatttcgaaagatcccacacctacaaggaga 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652123 tgaccaacatttcgaaagatcccacacctacaaggaga 4652086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 24 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 4665927 - 4665571
Alignment:
Q  24 tatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 123  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665927 tatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 4665828  T
Q  124 ctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatccatt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4665827 ctttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccatt 4665728  T
Q  224 cctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccatcaatgagtcaa 323  Q
    | |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  4665727 cgtaagggattctatcacagatgagtacttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaa 4665628  T
Q  324 gttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaaggtagccaa 380  Q
    || |||   ||||| |||| ||| |||||| |||  ||||||||||||| |||||||    
T  4665627 gtggttgggggtttagagtttgcattgcaattggtagtgagtgaagaagatagccaa 4665571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 24 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 4629901 - 4629545
Alignment:
Q  24 tatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 123  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629901 tatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 4629802  T
Q  124 ctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatccatt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4629801 ctttggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccatt 4629702  T
Q  224 cctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccatcaatgagtcaa 323  Q
    | |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  4629701 cttaagggattctatcacagttgagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaa 4629602  T
Q  324 gttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaaggtagccaa 380  Q
    || |||   ||||| |||| ||| |||||| |||  ||||||||||||| |||||||    
T  4629601 gtggttgggggtttagagtttgcattgcaattggtagtgagtgaagaagatagccaa 4629545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 4671635 - 4671279
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 120  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4671635 gggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggc 4671536  T
Q  121 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 220  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |    
T  4671535 cacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattc 4671436  T
Q  221 attcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccatcaatgagt 320  Q
    ||||||||||| ||||||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  4671435 attcctaagggattctatcacgggtgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatgatggaactcaacgaccctcaatgagt 4671336  T
Q  321 caagttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaaggtagc 377  Q
    ||||| |||   ||||| |||| || ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||    
T  4671335 caagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgaggaagatagc 4671279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 21 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 4660796 - 4660450
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 120  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4660796 gggtatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggc 4660697  T
Q  121 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 220  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4660696 caccattggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatcc 4660597  T
Q  221 attcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccatcaatgagt 320  Q
    || |||||  | ||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  4660596 atccctaaaagattctatcacggatgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatgggactcaacgaccttcaatgagt 4660497  T
Q  321 caagttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtga 367  Q
    ||||| |||   ||||| |||| || ||||||| ||| |||||||||    
T  4660496 caagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtga 4660450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 21 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4642699 - 4642348
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 120  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4642699 gggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggc 4642600  T
Q  121 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 220  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4642599 cacctttggttcgtaatttggataagaatactgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatcc 4642500  T
Q  221 attcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccatcaatgagt 320  Q
    ||||||||| | ||| ||||| |  ||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  4642499 attcctaagagattccatcacgggcgagtgtttagaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagt 4642400  T
Q  321 caagttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaag 372  Q
    ||||| |||   ||||| |||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  4642399 caagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattggtggtgagtgaggaag 4642348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 21 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4635852 - 4635501
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 120  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4635852 gggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggc 4635753  T
Q  121 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 220  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4635752 cacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatcc 4635653  T
Q  221 attcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccatcaatgagt 320  Q
    ||||||||| | ||| ||||| |  ||||| ||  |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  4635652 attcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagt 4635553  T
Q  321 caagttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaag 372  Q
    ||||| |||   ||||| |||| |||||||||| | | ||||||||| ||||    
T  4635552 caagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattagtggtgagtgaggaag 4635501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 307
Target Start/End: Original strand, 4784956 - 4785242
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 120  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4784956 gggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagac 4785055  T
Q  121 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 220  Q
    | || |||||||||  |||||||||||| | ||||||| | | |  || |||| ||| ||| ||| |||||||| ||| ||||||| | || ||||| ||    
T  4785056 ccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggaccc 4785155  T
Q  221 attcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacg 307  Q
     ||| | |  | |||||| |||   ||||| ||||||| ||||||  |  ||| ||| | |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4785156 gttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacg 4785242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 307
Target Start/End: Original strand, 4817385 - 4817671
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 120  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||  |||||  | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4817385 gggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagac 4817484  T
Q  121 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 220  Q
    | || ||||||||   |||||||||||| | ||||||| | | |  || |||| ||| ||| ||| |||||||| ||| ||||||| | || ||||| ||    
T  4817485 ccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggaccc 4817584  T
Q  221 attcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacg 307  Q
     ||| | |  | |||||| |||   ||||| ||||||| ||||||  |  ||| ||| | |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4817585 gttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacg 4817671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 4676930 - 4676737
Alignment:
Q  111 tgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaa 210  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||  | ||| ||||||||| |||| ||| ||| || | ||||  |||||||||| ||||||    
T  4676930 tgtgctaggccgcctttggttcgcgatttagacaagaagacgactagtttagtttgttggtttcaaagatgttagggtgaatatgtggcaattaaacaaa 4676831  T
Q  211 tagtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactca 304  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||  ||| |||||||||| |  |||  |||||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  4676830 tagtggatccattcctaaggaattctatcatagaggagtttttgtaatattattgaactttgatgttgagttatttgcataatgatgggactca 4676737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 60 - 307
Target Start/End: Original strand, 4713226 - 4713473
Alignment:
Q  60 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtc 159  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  |||||||||| | | ||  |       
T  4713226 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaaca 4713325  T
Q  160 tagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaata 259  Q
    | |||  |||||| |||||||| ||| |||||||||||  | ||||| | || ||||| || ||| ||| ||  ||||| |||   ||||| |||||||     
T  4713326 tggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatg 4713425  T
Q  260 ttattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacg 307  Q
    ||||||  |  ||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  4713426 ttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacg 4713473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 4677000 - 4676945
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgt 76  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4677000 gggtatttggatcctgaatattacatgctccaaaggctaactctaaaatcggatgt 4676945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 60 - 307
Target Start/End: Original strand, 4854596 - 4854843
Alignment:
Q  60 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtc 159  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || |   ||||||||||| | ||  |       
T  4854596 actctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaagtgaaca 4854695  T
Q  160 tagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaata 259  Q
    | |||  |||||| |||||||| ||| ||||||| |||  | ||||| | || ||||| |||||| ||| ||  ||||| |||   ||||| |||||||     
T  4854696 tggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatt 4854795  T
Q  260 ttattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacg 307  Q
    ||||||  |  ||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  4854796 ttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacg 4854843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 4862854 - 4862771
Alignment:
Q  51 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgt 134  Q
    |||||| | ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4862854 caaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgt 4862771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 197
Target Start/End: Original strand, 4698365 - 4698487
Alignment:
Q  75 gtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgttta 174  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| | ||| ||| |||| | || |||      
T  4698365 gtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttcc 4698464  T
Q  175 aaaaatgctacgatgaaggtgtg 197  Q
    ||| ||| ||| |||||||||||    
T  4698465 aaagatgttacaatgaaggtgtg 4698487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 379
Target Start/End: Original strand, 18926860 - 18927218
Alignment:
Q  21 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 120  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |    
T  18926860 gggtatttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggc 18926959  T
Q  121 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 220  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||| || || |||||    
T  18926960 cacctttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctagtttgttggtttcaaagatgttacgatgaaggtgttccaattaaacagatcgtagatcc 18927059  T
Q  221 attcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttgagttgtgtgcatgatgatggaactcaacgtccatcaatgagt 320  Q
    |||||| |||| |||||||||| | || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||| |    
T  18927060 attcctgagggattctatcacaaatgaatgtttgaaatattactgcaagttggcgttgagttgtttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgaat 18927159  T
Q  321 caagttgttataggtttggagtatgcgttgcaaatggaggtgagtgaagaaggtagcca 379  Q
    ||||| ||| |  ||||||||| || ||||||  ||| ||||||||| |||| ||||||    
T  18927160 caagtggttgtgagtttggagtctgtgttgcagttggtggtgagtgacgaagatagcca 18927218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University