View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16534_low_1 (Length: 491)

Name: NF16534_low_1
Description: NF16534
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16534_low_1
NF16534_low_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (20-476)||(7699183-7699639)
chr7 (20-476)||(7713528-7713984)
chr7 (20-468)||(7731213-7731664)
chr7 (20-468)||(7727053-7727504)
chr7 (20-468)||(7739371-7739822)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (255-468)||(12908070-12908283)
chr3 (20-66)||(12907817-12907863)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 7699639 - 7699183
Alignment:
Q  20 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaacttcgtcg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  7699639 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccatttcggtggtcccaaaggccgcctcgacgactgggacaacaacaccgaatgttgtgactggagcttcgtcg 7699540  T
Q  120 gttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctccctta 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  7699539 gttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcggagtttggcaacctccctta 7699440  T
Q  220 tcttaacttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggttcc 319  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7699439 tcttagcatgctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactcttttagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggttcc 7699340  T
Q  320 aacagccttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcgctattccggcgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7699339 aacagccttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcactattccggcgt 7699240  T
Q  420 cactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaatgttagttttaaccagctctgtg 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7699239 cactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaatgttagctttaaccagctctgtg 7699183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 7713984 - 7713528
Alignment:
Q  20 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaacttcgtcg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7713984 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaacttcgtag 7713885  T
Q  120 gttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctccctta 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7713884 gttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccggcgtcaccatcggccgtggctggggtctttccggtacacttccagcggagtttggcgacctccctta 7713785  T
Q  220 tcttaacttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggttcc 319  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  7713784 tcttagcatgctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactcaaaagactagaaaatctcgaccttggctcc 7713685  T
Q  320 aacagccttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcgctattccggcgt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7713684 aacagccttagtgggccaatccctgaatttctgggcaagttgaagcgcctccaagaggttgatttgtccaacaacaagttatccggtgctattccggcgt 7713585  T
Q  420 cactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaatgttagttttaaccagctctgtg 476  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  7713584 cgctcgacaacctacagtctctttcgcagttcaatgttagctttaaccagctctgtg 7713528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 20 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 7731664 - 7731213
Alignment:
Q  20 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactggaacttcg 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||||   || || ||||||   ||||||| |||||    
T  7731664 aaagccaccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacggtacagactgttgtagcgactggagcttcg 7731565  T
Q  117 tcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctccc 216  Q
    |||| || || | |||    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7731564 tcgggtgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagtagagtttggcgacctccc 7731465  T
Q  217 ttatcttaacttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggt 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  7731464 ttatcttaacttcctctcattagccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactcttttagcaaactcaaaagactacaaaaacttgaccttggt 7731365  T
Q  317 tccaacagccttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcgctattccgg 416  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  7731364 tccaacagtcttagtgggccgatccccacttttctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccgg 7731265  T
Q  417 cgtcactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaatgttagttttaacca 468  Q
    ||||  |||||  | |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  7731264 cgtcgttcggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaacca 7731213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 20 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 7727504 - 7727053
Alignment:
Q  20 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactggaacttcg 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||   ||| ||||||||||  || || ||||||   ||||||| |||||    
T  7727504 aaagccactctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctctccgattgggacaacagtacagactgttgtagcgactggagcttcg 7727405  T
Q  117 tcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctccc 216  Q
    |||| || |||| |||    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7727404 tcgggtgtggcaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttctggtacgcttccagcagagtttggcgacctccc 7727305  T
Q  217 ttatcttaacttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggt 316  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  7727304 atatcttaacttcctctcattggctgaaatgcccaaagtaaccggaccaatccctaactctttcagcaaactcaaaagactacaaaaacttgaccttggt 7727205  T
Q  317 tccaacagccttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcgctattccgg 416  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |    
T  7727204 tccaacagtcttagtgggccgatccccacttttctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattcccg 7727105  T
Q  417 cgtcactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaatgttagttttaacca 468  Q
    ||||  |||||  | |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  7727104 cgtcgttcggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaacca 7727053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 7739822 - 7739371
Alignment:
Q  20 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactggaacttcg 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||||   || || ||||||   ||||||| |||||    
T  7739822 aaagccaccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacggtacagactgttgtagcgactggagcttcg 7739723  T
Q  117 tcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctccc 216  Q
    |||| || || | |||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  7739722 tcgggtgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgctaccagcggagtttggcgaccttcc 7739623  T
Q  217 ttatcttaacttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggt 316  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  7739622 atatcttaacttcctctcattggccgaaatgcccaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaaactcgaccttggt 7739523  T
Q  317 tccaacagccttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcgctattccgg 416  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||| | || |||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||    
T  7739522 tccaacagtcttagtgggtcgatccccactttcctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaataagttaaccggtgttattccgg 7739423  T
Q  417 cgtcactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaatgttagttttaacca 468  Q
    ||||  |||||  |||||  |||||||| |||||||| || || ||||||||    
T  7739422 cgtcgttcggctccctaccgtctctttcccagtttaacgtcagctttaacca 7739371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 255 - 468
Target Start/End: Original strand, 12908070 - 12908283
Alignment:
Q  255 taactgggccaatccctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggttccaacagccttagtgggccaatcccctcctttctagg 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | ||  ||  | |||   ||||||| ||||||||| || |||||| |||| |||||    
T  12908070 taactgggccaatccctaactctttcagcaaactcaaaaaattgcgaagcctcaaacttaactccaacaaccttagtggcccgatccccaccttcctagg 12908169  T
Q  355 caagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcgctattccggcgtcactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaat 454  Q
    |  |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||| || |||||  ||||| || ||||| |||    
T  12908170 ccggttgaagcgcttagaagaggttgatttgtctaacaacaagttatccggtgttattccagcgtcgctcgccaccctaccgtctctctcccagttgaat 12908269  T
Q  455 gttagttttaacca 468  Q
    ||||| | ||||||    
T  12908270 gttagctctaacca 12908283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 66
Target Start/End: Original strand, 12907817 - 12907863
Alignment:
Q  20 aaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacgg 66  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  12907817 aaagctgctctcctcaaaataagagaccatttcggcggccctaacgg 12907863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University