View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16540_high_2 (Length: 256)

Name: NF16540_high_2
Description: NF16540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16540_high_2
NF16540_high_2
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-256)||(30954971-30955226)
chr6 (1-256)||(30944711-30944966)
chr6 (11-256)||(30986034-30986279)
chr6 (11-256)||(30992198-30992443)
chr6 (10-256)||(31201489-31201735)
chr6 (10-256)||(31145624-31145870)
chr6 (10-256)||(31171937-31172183)
chr6 (11-256)||(30960716-30960961)
chr6 (10-256)||(31224221-31224467)
chr6 (10-256)||(31189682-31189928)
chr6 (42-256)||(31131447-31131656)
chr6 (10-256)||(31229502-31229747)
chr6 (12-256)||(31213952-31214196)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (123-211)||(44035408-44035496)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (196-253)||(49215168-49215225)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30955226 - 30954971
Alignment:
Q  1 tccgggtattacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcagg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30955226 tccgggtattacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatagaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcagg 30955127  T
Q  101 tccctcattgtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaaca 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30955126 tcccttattgtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttattgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaaca 30955027  T
Q  201 acattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30955026 acattaacatgtgaggttctagtaatactagtaacctcattaataaattcttcacc 30954971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30944966 - 30944711
Alignment:
Q  1 tccgggtattacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcagg 100  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30944966 tccggatattacaccccctatgcaaatactccaaacttcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaacttaaagatgcaatggtttcagg 30944867  T
Q  101 tccctcattgtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaaca 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30944866 tcccttattgtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatacgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaaca 30944767  T
Q  201 acattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  30944766 acattaacatgtgaggttctagtaatactagtaacctcattaataaagtcttcacc 30944711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 11 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30986279 - 30986034
Alignment:
Q  11 acatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcattg 110  Q
    |||||| ||||||||||| || |  || || ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  30986279 acatcctctatgcaaatattctagcccacgggctatccctttcgcaatttgatgcatattatcccaacttaaagatgcaatcgtttcaggttccttattg 30986180  T
Q  111 taaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacat 210  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30986179 tatataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaaggttaacaacattaacat 30986080  T
Q  211 gtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30986079 gtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaagtcttcacc 30986034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 11 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30992443 - 30992198
Alignment:
Q  11 acatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcattg 110  Q
    |||||| ||||||||||| || |  || || ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  30992443 acatcctctatgcaaatattctagcccacgggctatccctttcgcaatttgatgcatattatcccaacttaaagatgcaatcgtttcaggttccttattg 30992344  T
Q  111 taaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacat 210  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30992343 tatataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaaggttaacaacattaacat 30992244  T
Q  211 gtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30992243 gtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaagtcttcacc 30992198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 256
Target Start/End: Original strand, 31201489 - 31201735
Alignment:
Q  10 tacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcatt 109  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |  || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  31201489 tacatcctctatgcaagtactctagtccacgagctattccttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttatt 31201588  T
Q  110 gtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaaca 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31201589 gtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatatatgagtgctttttttgtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaaca 31201688  T
Q  210 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31201689 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 31201735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 10 - 256
Target Start/End: Original strand, 31145624 - 31145870
Alignment:
Q  10 tacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcatt 109  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  31145624 tacatcctctatgcaagtactctagcccacgagctatcccttttgcaatttgatacaaattctcccaactcaaagatgcaattgtttcaggtcccttatt 31145723  T
Q  110 gtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaaca 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31145724 gtaaataaatttgtcaagtgaaccattggacataaattcatatatgagtgctttttttgtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacgttaaca 31145823  T
Q  210 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  31145824 tgtgaggttctagtaatactggaaacctcattaataaattcttcacc 31145870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 256
Target Start/End: Original strand, 31171937 - 31172183
Alignment:
Q  10 tacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcatt 109  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  31171937 tacatcctctatgcaagtactctagcccacgagctatcccttttgcaatttgatacaaattctcccaactcaaagatgcaattgtttcaggtcccttatt 31172036  T
Q  110 gtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaaca 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31172037 gtaaataaatttgtcaagagaaccatttgacataaattcgtatatgagtgctttttttgtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacgttaaca 31172136  T
Q  210 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31172137 tgtgaggttctagaaatactagaaacctcattaataaattcttcacc 31172183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 11 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30960961 - 30960716
Alignment:
Q  11 acatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcattg 110  Q
    |||||| ||||||||||| || |  || || ||||||||||| |||||||||| || || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  30960961 acatcctctatgcaaatattctagcccacgggctatccctttcgcaatttgatgcatatcatcccaacttaaagatacaatggtttcaggtcccttattg 30960862  T
Q  111 taaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacat 210  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30960861 taaatatatttgtcaagagaaccattggacataaattcatatacaagagcttttttacggccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacat 30960762  T
Q  211 gtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30960761 gtgaggttctagtaatactagcaacctcgttaataaattcttcacc 30960716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 31224467 - 31224221
Alignment:
Q  10 tacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcatt 109  Q
    ||||||| | |||||| ||||| |  || |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||    
T  31224467 tacatcctccatgcaagtactctagtccacgagctatcccttttgcaattttatacaatttatcccaactcaaagatgcaattgtttcaagttccttatt 31224368  T
Q  110 gtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaaca 209  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31224367 gtagataaatttgtcaagagaaccatttgacataaattcatatacgagagcttttttgttgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaaca 31224268  T
Q  210 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31224267 tgagaggttctagaaatactagcaacctcattaataaattcctcacc 31224221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 256
Target Start/End: Original strand, 31189682 - 31189928
Alignment:
Q  10 tacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcatt 109  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |  || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | || |||||||  ||    
T  31189682 tacatcctctatgcaagtactctagtccacgggctatcccttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgtaattctctctggtcccttgtt 31189781  T
Q  110 gtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaaca 209  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31189782 gtagataaatttgtcaagagaaccatttgacataaattcatatataagtgctttttttttgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaaca 31189881  T
Q  210 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  31189882 tgtgaggttctagtaatactagaaacttcattaataaattcttcacc 31189928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 42 - 256
Target Start/End: Original strand, 31131447 - 31131656
Alignment:
Q  42 gctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcattgtaaataaatttgtcaagggaaccattagaca 141  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || |     ||||  |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  31131447 gctatccctttcgcaatttgatgcaaattatctcagc-----gatgtgatggattcaggtcccttattgtagataaatttgtcaagagaaccattagaca 31131541  T
Q  142 taaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcatt 241  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||   |||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31131542 taaattcatatacaagagcttttttggtgccttcgtaacaaaatccaagaagggtgacaatattaacatgcgaggttctagaaatactagcaacctcatt 31131641  T
Q  242 aataaattcttcacc 256  Q
    |||||||||||||||    
T  31131642 aataaattcttcacc 31131656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 31229747 - 31229502
Alignment:
Q  10 tacatcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcatt 109  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| | | | |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||  ||    
T  31229747 tacatcccttatgcaagtactcaagccctcgagctatccctttcgcaatttgataaagaatgtcccaactcagagatggaatg-tctcaggtcccttttt 31229649  T
Q  110 gtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaaca 209  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||     
T  31229648 gtagatgaatttttcaagggaaccattcgacattaattcataaatgagagcttttttccgtccttcaaaacaaaatccaagaagggcgaaaacattaacg 31229549  T
Q  210 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
    || |||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  31229548 tgagaggttttagtaatgctagaaacctcattcataaattcatcacc 31229502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 31214196 - 31213952
Alignment:
Q  12 catcccctatgcaaatactccaaacctcgagctatccctttggcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtccctcattgt 111  Q
    ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| | | | |||||||||| ||||  |  ||||||| ||  | | ||||    
T  31214196 catcctctatgcaggtactccaaccctcgagctatccctttagcaatttcataaagaatctcccaactcagagattgataggtttcatgttgcgcgttgt 31214097  T
Q  112 aaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacatg 211  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  31214096 aaataaatttgtcaagcgaaccattagacatgaattcatagatcagggcttttttgcgaccgtcaaaacaaaatccaagaagggcaacaacattaacgtg 31213997  T
Q  212 tgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 256  Q
     |||||| | || || |||| |||||| || ||||||||||||||    
T  31213996 agaggtttttgttatgctagaaacctcgttcataaattcttcacc 31213952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 44035496 - 44035408
Alignment:
Q  123 tcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttgttgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacatg 211  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||   || |||| ||||||||| | ||| || ||||||||||||||    
T  44035496 tcaagtgaaccattggacataaactcatagatgagagcttttttggttccatcaagacaaaatcctaaaagagtgacaacattaacatg 44035408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 49215225 - 49215168
Alignment:
Q  196 taacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttc 253  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  49215225 taacaacgttgacatgtgaagttctactaatactcgcaacttcattaataaaatcttc 49215168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University