View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16542_low_3 (Length: 597)

Name: NF16542_low_3
Description: NF16542
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16542_low_3
NF16542_low_3
[»] scaffold0133 (4 HSPs)
scaffold0133 (6-582)||(8295-8880)
scaffold0133 (15-575)||(12646-13215)
scaffold0133 (6-257)||(17843-18094)
scaffold0133 (401-451)||(26947-26997)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (17-478)||(16796968-16797420)
chr6 (6-496)||(16787755-16788238)
chr6 (6-575)||(16987242-16987820)
chr6 (49-582)||(17069337-17069879)
chr6 (49-487)||(16657843-16658272)
chr6 (49-451)||(16867937-16868330)
chr6 (63-582)||(16837525-16838051)
chr6 (53-496)||(18873073-18873516)
chr6 (53-492)||(18806083-18806522)
chr6 (6-342)||(16780887-16781223)
chr6 (316-496)||(16843925-16844105)
chr6 (123-258)||(16843708-16843843)
chr6 (401-488)||(16781282-16781369)
chr6 (505-582)||(16797462-16797539)
chr6 (526-582)||(16658326-16658382)
[»] scaffold0144 (1 HSPs)
scaffold0144 (49-582)||(37321-37860)
[»] scaffold0230 (1 HSPs)
scaffold0230 (53-496)||(4507-4951)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (53-496)||(9188-9631)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (6-343)||(38939395-38939732)
chr3 (16-342)||(7053303-7053629)
chr3 (392-496)||(7053149-7053253)
chr3 (401-480)||(38939258-38939337)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (6-495)||(13377879-13378368)
[»] scaffold0256 (2 HSPs)
scaffold0256 (6-343)||(8939-9269)
scaffold0256 (401-480)||(9327-9406)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (172-233)||(30207085-30207146)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (169-233)||(7581201-7581265)


Alignment Details
Target: scaffold0133 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 582
Target Start/End: Original strand, 8295 - 8880
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8295 gtagcttattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaattcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtacag 8394  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8395 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctcgat 8494  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8495 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagcttgctaaatgatgagcatcagaagttcccatgatggatgcaacaat 8594  T
Q  306 gtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccac 405  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      ||||||| | |||| | |||| | || |||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  8595 gtcaagtctggtagtgatcaaaattgatgcacctttc------tttccatttagcaacaaagactttaacttattccatttctctttgtcttcagtccac 8688  T
Q  406 acatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttgga------------- 492  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||                 
T  8689 acatcatcaagaacaagtaaatacctatttttttgcaaaatttcttgaaccttttgttgcattgactctaaagacgagagatgtggattttttccaatgg 8788  T
Q  493 --ttttctacgacggactctaaaactttcatccttctgaaatcacctgcaacacacacccatattgtcaagtcaaaatgtgtcttcaccctt 582  Q
      ||||||| || |||||||||||||||||||    ||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  8789 tgttttctatgatggactctaaaactttcatcgcattgatatcaccagaaacacacacccatattttcaagtcaaaatgtgtctttaccctt 8880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 575
Target Start/End: Original strand, 12646 - 13215
Alignment:
Q  15 tctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactg 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12646 tctcaaagcagacatgataggatcaacctcaggtaaactccaaaactcactttctagtacagaaatccattgatgttcgtcacttgtaaagcacaaactg 12745  T
Q  115 ctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaa 214  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  12746 cttcctaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctatttgctacaa 12845  T
Q  215 aagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtct 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12846 aagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagcttgctaaatgatgagcatcagaagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtct 12945  T
Q  315 ggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatca 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||| ||||   |||| |||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  12946 ggtagtgaccaaaattgatgcacctttc------tttccatgttgcaacgaagacttgaacttattccatttctcttggtcttcactccacacatcatca 13039  T
Q  415 agaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggatt---------------ttcta 499  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||               |||||    
T  13040 agaacaagcaaataccttttgttttgcaaaatttcttgaaccttttttcgcattgactctaaagaggagagatttggattttttccaatggtgtcttcta 13139  T
Q  500 cgacggactctaaaactttcatccttctgaaatcacctgcaacacacacccatattgtcaagtcaaaatgtgtctt 575  Q
     || |||||||||||| |||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13140 tgatggactctaaaaccttcatcatactgaaatcatcagaaacacacacccatattttcaagtcaaaatgtgtctt 13215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 6 - 257
Target Start/End: Original strand, 17843 - 18094
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||  | | ||||||  |||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||    
T  17843 gtagcttagtctcaaagcagacattatagggttatcctcagataaattccaaacctcactttcctttacagaaagccattgatgttcctcacttttaaag 17942  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
    | || |  ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  || ||||||||  |||||||||| ||||| || | ||    
T  17943 cgcagaaggcttcccaaaaccttggcagcaagaggtgaacccacgcattttctcactatctccttacctattgctgcaagctctgcgcgctcctccccat 18042  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataa 257  Q
    ||  ||||| ||| |||||||| || || ||||| |||||||||||| ||||    
T  18043 ttggtccaacagcatgttgtttaaataatgaccaaatgtcatcatcatataa 18094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 401 - 451
Target Start/End: Original strand, 26947 - 26997
Alignment:
Q  401 tccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctt 451  Q
    |||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  26947 tccacacagcatccagtacaagtaaatactttttgctttgcaaaacttctt 26997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 17 - 478
Target Start/End: Original strand, 16796968 - 16797420
Alignment:
Q  17 tcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgct 116  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  16796968 tcaaagcagacatgatacgatcaacctgaggtaaattccaaaattcactttccagtacagaaatccattgatgttcgtcgcttgtaaagcgcaaactgct 16797067  T
Q  117 acccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaa 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16797068 tcccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaacttcttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctatttgctccaaaa 16797167  T
Q  217 gcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16797168 gcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataaccgtgttaaatgatg---aacataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctgg 16797264  T
Q  317 tagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaag 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||      ||||||| | |||| |  ||| ||||  ||||||||| | || |||| ||| ||||||||||||||||    
T  16797265 tagtgaccaaaattgatgcacctttc------tttccatttggcaacaatgacttgaacgtattccatttcacttggtcatcactccacacatcatcaag 16797358  T
Q  417 aacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaag 478  Q
    |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| || ||| ||| |||  ||||||||||    
T  16797359 aacaagcaaatacctttggttttgcaaaatttcttgaaccttttttcgcaaggactctaaag 16797420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 6 - 496
Target Start/End: Original strand, 16787755 - 16788238
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  16787755 gtagcttagtctcaaaacagacatgataggatcatcctcagttaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgtcgcttgtaaat 16787854  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  16787855 cgcaaactgcttcccaatactttagcagcaagagttgaacccacacattttctcactaacttcttgcctatttccacaagctctgcacgttcttctctat 16787954  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaat 305  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  || |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  16787955 tttctctgaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcagaatcagataagcgtgttaaacgatgagcatgataagttgccatgatggatgcaacaat 16788054  T
Q  306 gtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccac 405  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||      || ||| | |||| | |||| |||| |||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  16788055 gtcaagtcgtgcagtgaccaaaattgatgcacctttcg------tttcatattgcaacaaagacttgaacttattccatttctcttggtcttcattccac 16788148  T
Q  406 acatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggatttt 496  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| || ||| ||| |||||||||| ||||  ||||||| ||||||||    
T  16788149 acatcatcaagaacaagtagataccttttgttttg-aaaatttcttgaaccttctttcgcattgactccaaagatgagagatctggatttt 16788238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 6 - 575
Target Start/End: Original strand, 16987242 - 16987820
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||  |       
T  16987242 gtagcttagtctcaaagcagaaatgataggatcatcctcaggtaaattccaaatctcactttccagtacagaaatccattgatgttcgtcagtttcacgt 16987341  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  16987342 tgcaaactgcttcccaatactttagcagcaagaggtgaacccacaaattttctcaccaacttcttacctatttccacaagctctgcacgctcttctccat 16987441  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaat 305  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    | ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |    
T  16987442 tttctccgaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtgatcatcagataagccgaccaaaggatgagcaggataagttcccatgatggatgcaacatt 16987541  T
Q  306 gtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccac 405  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||      ||| || | |||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16987542 gtcaagtctggtggtgaccaaaactgatgcacctttcg------ttctattttgcaacacagacttgaacttattccatttctctcggtcttcagtccac 16987635  T
Q  406 acatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttgga------------- 492  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||  || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||                 
T  16987636 acatcatcaagaacaagtaaataccttttgttttgtagaatttcttgaacatttttttgcattgactctaaagacgagagatgtggattttttccaatag 16987735  T
Q  493 --ttttctacgacggactctaaaactttcatccttctgaaatcacctgcaacacacacccatattgtcaagtcaaaatgtgtctt 575  Q
      ||||| | ||  |||||||||||||||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16987736 tgttttcaatgatcgactctaaaactttcatcatactgaaatcatcagaaacacacacccatattttcaagtcaaaatgtgtctt 16987820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 49 - 582
Target Start/End: Original strand, 17069337 - 17069879
Alignment:
Q  49 aaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 148  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17069337 aaattccaaaactcactttccaccacagaaatccattgatgttcatcgcttttaaagcgcaaaaggcttcccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 17069436  T
Q  149 cacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17069437 cacattttctcactaacttttggcctatttccacaagctctgcacgcccttctctctttgctccaaaagcatgttgtttgaacaaagaccagatgtcatc 17069536  T
Q  249 atcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctcca 348  Q
    |||||||||   || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          
T  17069537 atcagataaccgtgataaaggatgagcatcatgagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgactaaaattgatgcacctttc------ 17069630  T
Q  349 tttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaattt 448  Q
    ||||||| | | || | |||| ||||  ||||||||| | || |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  17069631 tttccatttggtaacaaagacttgaagctattccatttcacttggtcatcactccacacatcatcaagaacaagcaaataccttttgctttgcaaaattt 17069730  T
Q  449 ctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttgga---------------ttttctacgacggactctaaaactttcatccttctgaaatc 533  Q
    ||| || ||| |||||| |||||||||||| | |||||| | ||               ||||||| || ||||||||||| |||||||   ||||||||    
T  17069731 cttgaacctttttttgccttgactctaaagacaagagatctagattttttccaatggtgttttctatgatggactctaaaattttcatcaaactgaaatc 17069830  T
Q  534 acctgcaacacacacccatattgtcaagtcaaaatgtgtcttcaccctt 582  Q
    | | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  17069831 atccgaaacacacacccatattttcaagtcaaaatgtgtttttaccctt 17069879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 49 - 487
Target Start/End: Original strand, 16657843 - 16658272
Alignment:
Q  49 aaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 148  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| ||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657843 aaattccaaaactcactttccaccacagaaatccattgatgttcatcgcttttaaagcgtaaaaggcttcccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 16657942  T
Q  149 cacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16657943 cacattttctcactaacttttggcctatttccacaagatctgcacgcccttctctatttgctccaaaagcatgttgtttgaacaacgaccagatgtcatc 16658042  T
Q  249 atcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctcca 348  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||   | | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  16658043 atcagataactgtgctaaaggatg---aaccttagttcccatgatggatgcaacaatctcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttc------ 16658133  T
Q  349 tttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaattt 448  Q
    |||||| || |||| | |||| | || |||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  16658134 tttccaagttgcaacaaagactttaacttattccatttctcttggtcttcactccaaacatcatcaagaacaagcaaataccttttgttttgcaaaatat 16658233  T
Q  449 ctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagat 487  Q
    ||| || ||| |||| | |||||||||||| | ||||||    
T  16658234 cttgaaccttttttttccttgactctaaagacaagagat 16658272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 49 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 16868330 - 16867937
Alignment:
Q  49 aaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 148  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| | |||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16868330 aaattccaaaactcactttccaccacagaagtccattgatgttcatcgcttttaaagcgcaaaaggcttcccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 16868231  T
Q  149 cacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  16868230 cacattttctcactaacttttggcctatttccacaagctctgcacgcccttctctatttgctccaaaagcatgttgtttgaacaacgatcagatgtcatc 16868131  T
Q  249 atcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctcca 348  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||   | | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  16868130 atcagataactgtgctaaaggatg---aaccttagttcccatgatggatgcaacaatctcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttc------ 16868040  T
Q  349 tttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaattt 448  Q
    |||||| || |||| | |||| | || |||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16868039 tttccaagttgcaacaaagactttaacttattccatttctcttggtcttcactccaaacatcatcaagaacaagcaaatactttttgttttgcaaaattt 16867940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 63 - 582
Target Start/End: Original strand, 16837525 - 16838051
Alignment:
Q  63 actttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcact 162  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16837525 actttccaccacagaaatccattgatgttcatcgcttttaaagcgcaaaaggcttcccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcact 16837624  T
Q  163 aactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttg 262  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    
T  16837625 aacttttggcctatttccacaagctctgcacgcccttctctatttgctccaaaagcatgttgtttgaacaacgaccagatgtcatcatcagataactgtg 16837724  T
Q  263 ctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaa 362  Q
    ||||| ||||   | | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| | ||||    
T  16837725 ctaaaggatg---aaccttagttcccatgatggatgcaacaatctcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttc------tttccatttggcaa 16837815  T
Q  363 tacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattt 462  Q
     | |||| ||||  ||||||||| | || |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||    
T  16837816 caaagacttgaacgtattccatttcacttggtcatcactccacacatcatcaagaacaagcaaataccttttgttttgcaaaatttcttgaacctttttt 16837915  T
Q  463 tgcattgactctaaagtcgagagatttgga----------------ttttctacgacggactctaaaactttcatccttctgaaatcacctgcaacacac 546  Q
     |||  |||||||||| | |||||| | ||                ||||||| || ||||||||||| |||||||   ||||||||| | | |||||||    
T  16837916 cgcaaggactctaaagacaagagatctagatttttttccaatggtgttttctatgatggactctaaaattttcatcaaactgaaatcatccgaaacacac 16838015  T
Q  547 acccatattgtcaagtcaaaatgtgtcttcaccctt 582  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  16838016 acccatattttcaagtcaaaatgtgtttttaccctt 16838051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 53 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 18873516 - 18873073
Alignment:
Q  53 tccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacaca 152  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| |   || |||||| ||||  ||| || | |||||| || |||||||| |||||||||||    
T  18873516 tccaaaacttactttcctttacagaaagccattgatgttcctcagttttaaagcgcaaaaggcttcctagtacttttgcggcaagaggagaacccacaca 18873417  T
Q  153 ttttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatca 252  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  18873416 ttttctcactaactccttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctatttgtttcaaaagctttttgtttaaacaaataccagatggcatcatca 18873317  T
Q  253 gataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttc 352  Q
    ||||||  |   ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  18873316 gataagcctaacaaatgatgagcaggataagttcccatgattgatgcaacaatgtcaagtctggttgtgaccaaaactgatgcacctttcgtgccatttc 18873217  T
Q  353 catgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttcttt 452  Q
    || || |||  | | || |||| | |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||    
T  18873216 cacgttgcagaaaatacttgaactgattccatttctcttggtcttcattccacacatcatcaagaacaagtagataccttttgttttgcaaaatattttt 18873117  T
Q  453 aatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggatttt 496  Q
    || ||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  18873116 aaccttcttttgcattgattctaaagacgagagatctggatttt 18873073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 53 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 18806522 - 18806083
Alignment:
Q  53 tccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacaca 152  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| |   || |||||| ||||  ||| || | |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  18806522 tccaaaacttactttcctttacagaaagccattgatgttcctcagttttaaagcgcaaaaggcttcctagtacttttgcggcaagaggtgaacccacaca 18806423  T
Q  153 ttttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatca 252  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||| |||||| |||||| |||||||  ||||||||    
T  18806422 ttttctcactaactccttgcctattgccacaagctctgctcgctcttctctatttgtttcaaaagctttttgtttaaacaaataccagattgcatcatca 18806323  T
Q  253 gataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttc 352  Q
    ||||||  |   ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  18806322 gataagcctaacaaatgatgagcaggataagttcccatgattgatgcaacaatgtcaagtctggttgtgaccaaaattgatgcacctttcgtgccatttc 18806223  T
Q  353 catgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttcttt 452  Q
    || || |||  | | || |||| | |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||     
T  18806222 cacgttgcagaaaatacttgaactgattccatttctcttggtcttcattccacacatcatcaagaacaagtagataccttttgttttgcaaaattttttg 18806123  T
Q  453 aatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttgga 492  Q
    ||  |  ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  18806122 aacttccttttgcattgattctaaagacgagagatctgga 18806083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 6 - 342
Target Start/End: Original strand, 16780887 - 16781223
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||  || ||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||| |   || |||||    
T  16780887 gtagcttagtctcaaagcagacatgatagggttatcctcagataacttccaaagctcactttcctttacagaaagccattgatgttcctcatttttaaag 16780986  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
    | ||||  ||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||  ||||||||||| ||||||| | ||    
T  16780987 cgcaaaaggcttcccaaaaccttggcagcaagtggtgaacccacacattttatcactatctccttgcctattgctgcaagctctgcaggctcttccccat 16781086  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaat 305  Q
    |   ||||||||| |||||||| || || | ||| ||||| || ||| ||||   | | ||||| ||||||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  16781087 taggtccaaaagcgtgttgtttaaataatgtccaaatgtcgtcgtcatataaacctaccaaatggtgagcagggtgagttcccatgatggatgcaacaat 16781186  T
Q  306 gtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttc 342  Q
     |||||||  || ||||| ||||| |||| |||||||    
T  16781187 atcaagtcgtgttgtgactaaaatagatgaacctttc 16781223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 316 - 496
Target Start/End: Original strand, 16843925 - 16844105
Alignment:
Q  316 gtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaa 415  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||  | |||| | ||||||||| |||| |||||  | | |||||||| |||| ||||| ||||    
T  16843925 gtagtgaccaaaactgatgcaccttttgttccatttccacattgcaaaaaagacatgaacttatcccatttatgttggtcttcattccaaacatcgtcaa 16844024  T
Q  416 gaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggatttt 496  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||   || || ||| | ||||||||  | |||||||||||| ||||||||||    
T  16844025 ggacaagtaaataccttttgttttgcaaaatagtttgaaccttttcttgcattgcttgtaaagtcgagaggtttggatttt 16844105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 123 - 258
Target Start/End: Original strand, 16843708 - 16843843
Alignment:
Q  123 tactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgt 222  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||  || |||||||  ||||| |||||||| |||||||| |   |||||||||| |||    
T  16843708 tactttggcagcaagaggcgaacccacacattttctaactatctccttacctattgttacaaggtctgcacgttcttctctttcagctccaaaagcgtgt 16843807  T
Q  223 tgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataag 258  Q
    || ||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  16843808 tgcttgaacaaagaccagatggaatcatcggataag 16843843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 401 - 488
Target Start/End: Original strand, 16781282 - 16781369
Alignment:
Q  401 tccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatt 488  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||  || ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  16781282 tccacacatcatccagtacaagtaaatactttttgctttgcaaaacttcttgaacttttttttgcattaattctaaagtcgagagatt 16781369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 505 - 582
Target Start/End: Original strand, 16797462 - 16797539
Alignment:
Q  505 gactctaaaactttcatccttctgaaatcacctgcaacacacacccatattgtcaagtcaaaatgtgtcttcaccctt 582  Q
    |||||||||| |||||||   ||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  16797462 gactctaaaattttcatcaaactgaaatcatccgaaacacacacccatattttcaagtcaaaatgtgtttttaccctt 16797539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 526 - 582
Target Start/End: Original strand, 16658326 - 16658382
Alignment:
Q  526 ctgaaatcacctgcaacacacacccatattgtcaagtcaaaatgtgtcttcaccctt 582  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  16658326 ctgaaatcatccgaaacacacacccatattttcaagtcaaaatgtgtttttaccctt 16658382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0144 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold0144
Description:

Target: scaffold0144; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 49 - 582
Target Start/End: Original strand, 37321 - 37860
Alignment:
Q  49 aaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 148  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37321 aaattccaaaactcactttccaccacagaaatccattgatgttcatcgcttttaaagcgcaaaaggcttcccaatactttagcagcaagaggtgaaccca 37420  T
Q  149 cacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37421 cacattttctcactaacttttggcctatttccacaagctctgcacgcccttctctatttgctccaaaagcatgttgtttgaacaacgaccagatgtcatc 37520  T
Q  249 atcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctcca 348  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||| | | |   ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||          
T  37521 atcagataactgtgctaaaggatgaacctta---gttcccatgatggatgcaacaatctgaagtctggtagtgaccaatattgatgcacctttc------ 37611  T
Q  349 tttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaattt 448  Q
    |||||| || |||| | |||| | || |||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  37612 tttccaagttgcaacaaagactttaacttattccatttctcttggtcttcactccaaacatcatcaagaacaagcaaataccttttgttttgcaaaatat 37711  T
Q  449 ctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggatttt---------------ctacgacggactctaaaactttcatccttctgaaatc 533  Q
    ||| || ||| |||| | |||||||||||| | |||||| | | ||||               ||| || ||||||||||| |||||||   ||||||||    
T  37712 cttgaaccttttttttccttgactctaaagacaagagatctaggttttttccaatggtgttttctatgatggactctaaaattttcatcaaactgaaatc 37811  T
Q  534 acctgcaacacacacccatattgtcaagtcaaaatgtgtcttcaccctt 582  Q
    | | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  37812 atccgaaacacacacccatattttcaagtcaaaatgtgtttttaccctt 37860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0230 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: scaffold0230
Description:

Target: scaffold0230; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 53 - 496
Target Start/End: Original strand, 4507 - 4951
Alignment:
Q  53 tccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactg-ctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacac 151  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||| ||||  | || || | |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4507 tccaaaacttactttcctttacagaaagccattgatgttcctcacttttaaagcgcaaaaaggcttcctagtactttggcagcaagaggcgaacccacac 4606  T
Q  152 attttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatc 251  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  4607 attttctcactaactccttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctatttgtttcaaaagctttttgtttaaacaaataccagatggcatcatc 4706  T
Q  252 agataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccattt 351  Q
    |||||||  |   ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  4707 agataagcctaacaaatgatgagcaggataagttcccatgattgatgcaacaatgtcaagtctggttgtgaccaaaactgatgcacctttcgtgccattt 4806  T
Q  352 ccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctt 451  Q
    ||| || |||  | | || |||| | |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| | ||    
T  4807 ccacgttgcagaaaatacttgaactgattccatttctcttggtcttcattccacacatcatcaagaacaagtagatatcttttgttttgcaaaatatttt 4906  T
Q  452 taatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggatttt 496  Q
    ||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  4907 taaccttcttttgcattgattctaaagacgagagatctggatttt 4951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 53 - 496
Target Start/End: Original strand, 9188 - 9631
Alignment:
Q  53 tccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacaca 152  Q
    ||||||||| ||| |||  |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||| ||||   || || | |||||| || |||||||| |||||||||||    
T  9188 tccaaaacttactgtcctttacagaaagccattgatgttcctcacttttaaagcgcaaaagacttcctagtactttggcggcaagaggcgaacccacaca 9287  T
Q  153 ttttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatca 252  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  9288 ttttctcactaactccttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctatttgtttcaaaagctttttgtttaaacaaataccagatggcatcatca 9387  T
Q  253 gataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttc 352  Q
    ||||||  |   ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  9388 gataagcctaacaaatgatgagcaggataagttcccatgattgatgcaacaatgtcaagtctggttgtgaccaaaactgatgcacctttcgtgccatttc 9487  T
Q  353 catgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttcttt 452  Q
    || || |||  | | || |||| | |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| | |||    
T  9488 cacgttgcagaaaatacttgaactgattccatttctcttggtcttcaatccacacatcatcaagaacaagtagatatcttttattttgcaaaatattttt 9587  T
Q  453 aatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggatttt 496  Q
    || ||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  9588 aaccttcttttgcattgattctaaagacgagagatctggatttt 9631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 38939732 - 38939395
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||  |||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||    
T  38939732 gtagcttagtctcaaagcagacatgatagggttatcctcagataaattccaaagctcactttcctttacagaaaaccattgatgttcctcacttttaaag 38939633  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
    | ||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||    
T  38939632 cgcaaaaggcttcccaatactttggcagcaagaggtgaacccacacattttctcactatctccttgcctattgctacaagctctgcatgctcttccccat 38939533  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaat 305  Q
     |  ||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||| ||||   | | ||||| ||||||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  38939532 ctggtccaaaagcatgttgtttaaataatgaccaaatgtcgtcatcatataaacctaccaaatggtgagcagggtgagttcccatgatggatgcaacaat 38939433  T
Q  306 gtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcg 343  Q
     |||||||  || ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  38939432 ctcaagtcgtgttgtgactaaaatagatgcccctttcg 38939395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 7053629 - 7053303
Alignment:
Q  16 ctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaagcacaaactgc 115  Q
    ||||||||||||||||| | || | ||||||  |||||||||||||  ||||||  || ||||| |||||||||||  |  | | |||| |  |||  ||    
T  7053629 ctcaaagcagacatgattggattatcctcagataaattccaaaacttgctttcctttatagaaagccattgatgtttctcacgtttaaatcgtaaaaggc 7053530  T
Q  116 tacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaa 215  Q
    | || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||    
T  7053529 ttcctaatacttttgctgcaagaggtgaacccacacattttctcactatctccttgcctattgtggcaagctctgcatgctcttctccatttggtccaaa 7053430  T
Q  216 agcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaatgtcaagtctg 315  Q
    ||     ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||   | ||||| |||||      | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  7053429 agtacagtgtttgaacaaaggccaaatgtcatcatcagataaacctactaaaagatgacggggttgagttcccatgatagatgcaacaatttcaagtctt 7053330  T
Q  316 gtagtgaccaaaattgatgcacctttc 342  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||    
T  7053329 gtagtgactaaaattgatgaacctttc 7053303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 392 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 7053253 - 7053149
Alignment:
Q  392 ggtcttcagtccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttgg 491  Q
    |||||||| |||| |||||||| |  |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||| || |||| ||  |||||||| ||    
T  7053253 ggtcttcattccaaacatcatctaatacaagtaaataccttttgctttgcaaaacttcttgaacctttttttgcatggattctagagaagagagattagg 7053154  T
Q  492 atttt 496  Q
    |||||    
T  7053153 atttt 7053149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 401 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 38939337 - 38939258
Alignment:
Q  401 tccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtc 480  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||  || ||||||||||| || ||||||    
T  38939337 tccacacatcatccagtacaagtaaataccttttgctttgcaaaacttcttgaacttttttttgcattgattccaaagtc 38939258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 495
Target Start/End: Original strand, 13377879 - 13378368
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||  |||||||||| || |||||||  |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||    
T  13377879 gtagcttagtctcaaagcagacatgatagggttatcctcagataaattccaaagcttactttcctttacagaaagccattgatgttcctcacttttaaag 13377978  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
    | | ||  ||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||    
T  13377979 cgcgaaaggcttcccaaaaccttggcagcaagaggtgaacccacacattttctcactatctccttgcctattgctgcaagctctgcacgctcttccccat 13378078  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaat 305  Q
    |   ||||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||  |||   | | ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  13378079 taggtccaatagcatgtagtttaaacaaagaccaaatgtcttcatcatgtaatcctaccaaatgatgagcagggtgagttcccatgatggatgcaacaat 13378178  T
Q  306 gtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcgctccatttccatgtcgcaatacagacatgaatttattccattcctctcggtcttcagtccac 405  Q
     |||||||  |||||||| ||||||||||  ||||||  |  | | |||  | |||| | | || |||| || | |||||   |  |||||||| |||||    
T  13378179 ctcaagtcgcgtagtgactaaaattgatgatcctttccttgtaatgccacattgcaacaaaaacttgaacttttcccatttaacatggtcttcattccac 13378278  T
Q  406 acatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtcgagagatttggattt 495  Q
    |||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||  || ||||||||||| || |||| |  |||||| ||||||    
T  13378279 acatcatctagtacaagtaaataccttttgctttgcaaaacttcttgaacttttttttgcattgattccaaagacatgagattcggattt 13378368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 6 - 343
Target Start/End: Original strand, 8939 - 9269
Alignment:
Q  6 gtagattattctcaaagcagacatgatagaatcaacctcaggcaaattccaaaactcactttccagtacagaaatccattgatgttcgttgcttgtaaag 105  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||| ||||||||||   ||||| | |||||||||||| |  ||| |||||    
T  8939 gtagcttagtctcaaagcagacatgataggatcatcctcagttaaattccaaagctcactttccttgacagagagccattgatgttcctcacttttaaag 9038  T
Q  106 cacaaactgctacccaatactttagcagcaagaggtgaacccacacattttctcactaactttttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctat 205  Q
    ||||||   || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||        ||| |||||||||| | ||    
T  9039 cacaaaagacttcccaatactttggcagcaagaggtgaacccacacattttctcacaatctccttgcctattg------tttct-cacgctcttccccat 9131  T
Q  206 tttctccaaaagcttgttgtttgaacaaagaccagatgtcatcatcagataagtttgctaaatgatgagcatcataagttcccatgatggatgcaacaat 305  Q
        ||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||| ||||   | | ||||| ||||||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  9132 caggtccaaaagcatgttgtttaaataatgaccaaatgtcgtcatcatataaacctaccaaatggtgagcagggtgagttcccatgatggatgcaacaat 9231  T
Q  306 gtcaagtctggtagtgaccaaaattgatgcacctttcg 343  Q
     |||||||  || ||||| ||||| |||||||||||||    
T  9232 atcaagtcgtgttgtgactaaaatagatgcacctttcg 9269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 401 - 480
Target Start/End: Original strand, 9327 - 9406
Alignment:
Q  401 tccacacatcatcaagaacaagtaaatactttttgttttgcaaaatttctttaatcttattttgcattgactctaaagtc 480  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||  || |||||||| || || ||||||    
T  9327 tccacacatcatcgagtacaagtaaatactttttgctttgcaaaacttcttgaacttttttttgcatcgattccaaagtc 9406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 233
Target Start/End: Original strand, 30207085 - 30207146
Alignment:
Q  172 cctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaa 233  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||    
T  30207085 cctatttccacaagctctgcacgctcttctctattttgtccaaatgcatattgtttgaacaa 30207146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7581265 - 7581201
Alignment:
Q  169 ttgcctattgccacaagctctgcacgctcttctctattttctccaaaagcttgttgtttgaacaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| || | ||||||||||||    
T  7581265 ttgcctattgccacaagctctgcactctcttctctatcatgtccaaatgcatattgtttgaacaa 7581201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University