View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16543_low_8 (Length: 619)

Name: NF16543_low_8
Description: NF16543
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16543_low_8
NF16543_low_8
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (31-602)||(20092327-20092905)
chr7 (29-261)||(20292215-20292445)
chr7 (15-268)||(20229249-20229500)
chr7 (10-268)||(20170278-20170534)
chr7 (10-268)||(20172271-20172527)
chr7 (15-268)||(20261832-20262083)
chr7 (10-213)||(20286892-20287093)
chr7 (10-286)||(20064740-20065014)
chr7 (10-285)||(20296617-20296890)
chr7 (10-184)||(20241283-20241455)
chr7 (10-268)||(20271401-20271657)
chr7 (18-263)||(20281720-20281963)
chr7 (18-285)||(20301393-20301658)
chr7 (508-555)||(20296564-20296611)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-239)||(40826048-40826275)
chr4 (10-357)||(40821378-40821710)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 602
Target Start/End: Original strand, 20092327 - 20092905
Alignment:
Q  31 tcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattccaacgtagcgacttgtagagttt 130  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20092327 tcccattagaatcattcagtggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccac--caaattccaacgtagcgacttgtagagttt 20092424  T
Q  131 gtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtg--atgaattgggatgatgtgattgtgcgtatggcaat 228  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20092425 gtagggctaaagaatccaaaggtgaagttaccacctttggagattagattttcagggtccgtgtgatgaattgggatgatgtgattgtgcgtatgacaat 20092524  T
Q  229 agtaacttg------taa-------caaatagcaaaacaatatgaataaaacattcaacaggtttgaacaaacacctgaaacacattatgtgatcaatat 315  Q
    ||||||||       |||       || ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  20092525 agtaacttcaattcataatgtgattcacatgtttgaacaatatgaataaaacattcaacaggtttgaacaa-cacctgaaacacattatgtgatcaatac 20092623  T
Q  316 taaaagtatgacacataaacaaccactctttcttattcataaagttgagtcttccttcttaatgtcgacaatctcacaaatcacaagtaatgcattgttt 415  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20092624 taaaagtatgatacataaacaaccactctttcttattcataaagttgagtcttccttcttaatgtcgacaatctcacaaatcacaagtaatgcattgttt 20092723  T
Q  416 cgaagatctctttcattttaaatattaaaagttatttctgtcatttcactacttaaatagattatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattccttgactgtc 515  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     |||||||||||||    
T  20092724 cgaagatctctttcatttcaaatattaaaagttatttctgtcatttcactacttaaatagattatctcttttcttttctttt-----ttccttgactgtc 20092818  T
Q  516 tattttatatcatgaaatcaacttgtatcctgtcacatatttgagaatcannnnnnnattaaaatatgtcttggtcaggtgcctcgt 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20092819 tattttatatcatgaaatcaacttgtatcctgtcacatatttgagaatcatttttttattaaaatatgtcttggtcaggtgcctcgt 20092905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 29 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 20292445 - 20292215
Alignment:
Q  29 agtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattccaacgtagcgacttgtagagt 128  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  20292445 agtcccattagaatcattcagtggttggtttctgttcgccacccatatgattgtagactgagacttccac--caaattccaacgtagcgatttgtagagt 20292348  T
Q  129 ttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatgtgattgtgcgtatggcaat 228  Q
    || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  20292347 ttttaggactaaagaatccaaaggtgaagttaccatctttggagataagagtttcagcgtccttgatgaattgggatgatgtgatggtgtttatggcaat 20292248  T
Q  229 agtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaa 261  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20292247 attaacttgtaacaaatagcaaaacaaaatgaa 20292215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 20229500 - 20229249
Alignment:
Q  15 tcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattccaacgta 114  Q
    |||||||| |||| | ||||||||||||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  20229500 tcagatattgtgacaatcccattagaatcattcagtggtttgtttctgtttgcaacccatatgattgtagattgagacttccac--caaattccaacgta 20229403  T
Q  115 gcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatgtgatt 214  Q
    |||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||||||     
T  20229402 gcggtttgtagaatttttagggctaaagaatccaaaggtgaagttaccatctttggagattagagtttcagggtctttgataaattgagatgatgtgatg 20229303  T
Q  215 gtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaaca 268  Q
    |||  |||  ||| | |||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  20229302 gtgtctataccaacactaacatgtaccaaatagcaacacaaaatgaataaaaca 20229249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 268
Target Start/End: Original strand, 20170278 - 20170534
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| ||| |||| |||| | ||||||||||||| || | ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||    
T  20170278 catcttcaaatattgtgacaatcccattagaatcattcagtggttagtttctgttagccacccatatgattgtagattgagacttccac--caaattcca 20170375  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatg 209  Q
    ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||    
T  20170376 acgtagcggtttgtagaatttttagggctaaagaatccaaaggtgaagttaccgtctttggagattagagtttcagggtctttgataaattgagatgatg 20170475  T
Q  210 tgattgtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaaca 268  Q
    |||| |||  |||  ||| | |||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  20170476 tgatggtgtctataccaacactaacatgtagcaaatagcaacacaaaatgaataaaaca 20170534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 268
Target Start/End: Original strand, 20172271 - 20172527
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| ||| |||| |||| | ||||||||||||| || | ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||    
T  20172271 catcttcaaatattgtgacaatcccattagaatcattcagtggttagtttctgttagccacccatatgattgtagattgagacttccac--caaattcca 20172368  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatg 209  Q
    ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||    
T  20172369 acgtagcggtttgtagaatttttagggctaaagaatccaaaggtgaagttaccgtctttggagattagagtttcagggtctttgataaattgagatgatg 20172468  T
Q  210 tgattgtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaaca 268  Q
    |||| |||  |||  ||| | |||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  20172469 tgatggtgtctataccaacactaacatgtagcaaatagcaacacaaaatgaataaaaca 20172527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 20262083 - 20261832
Alignment:
Q  15 tcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattccaacgta 114  Q
    |||||||| |||| | ||||||||||||| || | | ||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  20262083 tcagatattgtgacaatcccattagaatcattcagtagtttgtttctgtttgcaacccatatgattgtagattgagacttccac--caaattccaacgta 20261986  T
Q  115 gcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatgtgatt 214  Q
    |||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||||||     
T  20261985 gcggtttgtagaatttttagggctaaagaatccaaaggtgaagttaccatctttggagattagagtttcagggtctttgataaattgagatgatgtgatg 20261886  T
Q  215 gtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaaca 268  Q
    |||  |||  ||| | |||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  20261885 gtgtctataccaacactaacatgtaccaaatagcaacacaaaatgaatacaaca 20261832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 20287093 - 20286892
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| |||||||| |||| | |||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |||||||||    
T  20287093 catcctcagatattgtgacaatcccattagaatcacttagtggtttgtttctgtttgccacccatatgattgaagattgagacttccac--caaattcca 20286996  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatg 209  Q
    || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||    
T  20286995 acatagcgatttgtagagtttttagggctaaagaatccaaaggtgaaattaccatctttggagagtagagttccagggtctttgatgaattgggatgatg 20286896  T
Q  210 tgat 213  Q
    ||||    
T  20286895 tgat 20286892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 286
Target Start/End: Original strand, 20064740 - 20065014
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||| |||||  ||||||||||    
T  20064740 catcttcagatatggtgatagtcccattagaatcatttattggttggtttctgtttgccacccatatgactgtagaacgagaattcca--ccaaattcca 20064837  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatg 209  Q
     |||||||| || |||| |||  ||||||||||||| ||||||   ||  |||| ||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  20064838 gcgtagcgatttatagaatttccagggctaaagaatccaaaggcataggaaccatctttggagagtagtgtttcagggtccttgatgaattgggatgatg 20064937  T
Q  210 tgattgtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaacattcaacaggtttgaacaa 286  Q
    |||| |||  |||  | ||| |||| |||||||||||  ||||||  ||||| |||||   |||||| |||||||||    
T  20064938 tgatggtgtctataccgatactaacatgtaacaaatacaaaaacacaatgaacaaaactaacaacagatttgaacaa 20065014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 20296890 - 20296617
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| |||||||| |||| | ||||||||||||| || | || ||||||| |||| |||||||||| || | |||   |||||||||||  |||||||||    
T  20296890 catcttcagatattgtgacaatcccattagaatcattcagtgattggtttttgttagccacccatacgactgtagtgcgagacttccac--caaattcca 20296793  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatg 209  Q
    || |||||| ||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  20296792 acatagcgatttgtagagtttataggactaaagcatccaaaggtgaagttaccatcttttgagattagagtttcagggtccttgatgaattgggaagatg 20296693  T
Q  210 tgattgtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaacattcaacaggtttgaaca 285  Q
    | || |||  |||||||||| | |  |||||||||| ||||||||  ||| ||||||||   ||||| ||||||||    
T  20296692 ttatagtgtctatggcaatactcatgtgtaacaaattgcaaaacagaatggataaaacagaaaacagatttgaaca 20296617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 20241455 - 20241283
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| |||||||| |||| | |||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||    
T  20241455 catcttcagatatcgtgacaatcccattagagtcattcagtggttggtttctgtttgccacccatatgattgtagattgagacttccac--caaattcca 20241358  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttca 184  Q
    ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  20241357 acgtagcggtttgtagaatttttagggctaaagaatccaaaagtgaagttaccgtctttggagattagagtttca 20241283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 20271657 - 20271401
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| |||||||| |||| | ||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  20271657 catcttcagatattgtgacaatcccattagtatcattcaatggttggtttctgtttgccacccatatgatagtagattgagacttcca--ccaaattcca 20271560  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatg 209  Q
    || |||||  ||||||| ||| |||  ||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||| |||  ||||  |||| |||||||    
T  20271559 acatagcggtttgtagaatttttagcactaaagaatcccaaggtgaagttaccatctttggaggttagagcttcagggtctttgatatattgagatgatg 20271460  T
Q  210 tgattgtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaaca 268  Q
    |||| |||  | |  ||||| |||| | ||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  20271459 tgatggtgtttgtaccaatactaacatttagaaaatagcaaaacaaaatgaataaaaca 20271401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20281963 - 20281720
Alignment:
Q  18 gatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattccaacgtagcg 117  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||| || | ||| |||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||  ||||||||||| | |||    
T  20281963 gatattgtgaaattcccattagaatcattcagtggctggtttctgttttccacccacatgattgtagattgagacttccac--caaattccaacattgcg 20281866  T
Q  118 acttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatgtgattgtg 217  Q
    | ||||||| ||| || ||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||| || |||    
T  20281865 atttgtagaatttctacggctaaagaatcccaaggtgaagttaccatctttggagattagagtttcagggtctttgataaattgagatgatgttatagtg 20281766  T
Q  218 cgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaata 263  Q
      ||   ||||| |||| ||||  ||||||||| |||| |||||||    
T  20281765 tctacaccaatactaacatgtagtaaatagcaacacaaaatgaata 20281720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 20301658 - 20301393
Alignment:
Q  18 gatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattccaacgtagcg 117  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||  |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  20301658 gatattgtgacaatcccattagaatcattcagtggttggtttctgttagccacccatacgactgtagaacgagaattccac--caaattccaacgtagcg 20301561  T
Q  118 acttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatgtgattgtg 217  Q
    | ||||||| |||  ||||||||||||| ||||||   ||  |||| ||| ||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  20301560 atttgtagaattttcagggctaaagaatccaaaggcataggaaccatctttggaaagtagagtttcagggtccttgatgaattgggatgatgtgatggtg 20301461  T
Q  218 cgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaacattcaacaggtttgaaca 285  Q
      |||  | ||| ||||  ||||||||||| ||||||  ||||| ||||||   ||||| ||||||||    
T  20301460 tctataccgatactaacacgtaacaaataggaaaacagaatgaacaaaacaaagaacagatttgaaca 20301393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 508 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 20296611 - 20296564
Alignment:
Q  508 tgactgtctattttatatcatgaaatcaacttgtatcctgtcacatat 555  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  20296611 tgactgtcttttttatttcattaaatcaacttgtatcctctcacatat 20296564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Original strand, 40826048 - 40826275
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgtttgccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcca 109  Q
    |||| |||||||| || ||| ||||||||||||| || | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  40826048 catcctcagatatagtaataatcccattagaatcattcagtgatcggtttctgtttgccacccatatgattgtagactgagacttccac--caaattcca 40826145  T
Q  110 acgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgatg 209  Q
    ||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  40826146 acgtagcgatttgtagaattcttagggctaaagaatcccaaggtgaagttaccatctttggagagtagagtttcagggtccttgatgaattgagatgatg 40826245  T
Q  210 tgattgtgcgtatggcaatagtaacttgta 239  Q
    |||| |||  ||| |||||| ||| |||||    
T  40826246 tgatggtgtctattgcaatactaaattgta 40826275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Original strand, 40821378 - 40821710
Alignment:
Q  10 catcatcagatatggtgatagtcccattagaatcgtttattggttggtttctgttt-gccacccatatgaatctagattgagacttccacgccaaattcc 108  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||  |||||||| |||  ||||||||    
T  40821378 catcttcagatattgtgacagtcccattagaatcgttcagtggttggtttctgttttgccacccatatgattgtaggctgagacttgcac--caaattcc 40821475  T
Q  109 aacgtagcgacttgtagagtttgtagggctaaagaattcaaaggtgaagttaccaccttcggagattagagtttcagtgtccgtgatgaattgggatgat 208  Q
    ||               | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  40821476 aa---------------aatttttagggctaaagaatccaaaggtgaagttaccatctttggagataagagtttcagtgtcctttatgtactgggatgat 40821560  T
Q  209 gtgattgtgcgtatggcaatagtaacttgtaacaaatagcaaaacaatatgaataaaacattcaacaggtttgaacaaacacctgaaaca--cattatgt 306  Q
    |||||  ||  |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||| | ||||   | ||  ||||||| |||  ||||||||  |||||| |    
T  40821561 gtgatgttggttatggcaatactaacttgtaacaaagtgcaaaacaaaatgaacagaacagagagcatatttgaac-aacgactgaaacacccattatat 40821659  T
Q  307 gatcaatattaaaagtatgacacataaacaaccactctttcttattcataa 357  Q
    |||||| | | | | ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  40821660 gatcaacaattagactatgatacaaaaacaaccactctttcttattaataa 40821710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University