View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16548_low_2 (Length: 490)

Name: NF16548_low_2
Description: NF16548
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16548_low_2
NF16548_low_2
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (18-475)||(35169413-35169870)
chr2 (18-475)||(35177704-35178161)
chr2 (128-446)||(35105782-35106100)
chr2 (128-475)||(35183702-35184049)
chr2 (128-446)||(35054869-35055187)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (128-440)||(25484270-25484582)
chr7 (128-366)||(25636511-25636749)
chr7 (130-363)||(25478816-25479049)
chr7 (135-366)||(25442326-25442557)
chr7 (131-475)||(25436222-25436566)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (128-240)||(500322-500434)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 35169870 - 35169413
Alignment:
Q  18 cttgctcctgcaaccatttcgggctctgctgggtcgtttttcgttttccaattctggccagcgagttacaactttttctggtccttccattgattccagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169870 cttgctcctgcaaccatttcgggctctgctgggtcgtttttcgttttccaattctggccagcgaggtacaactttttctggtccttccattgattccagt 35169771  T
Q  118 ggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169770 ggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgctgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagg 35169671  T
Q  218 gtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169670 gtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcttttcaacgcaacatcgacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgt 35169571  T
Q  318 cttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169570 cttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttt 35169471  T
Q  418 tatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169470 tatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 35169413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 18 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 35178161 - 35177704
Alignment:
Q  18 cttgctcctgcaaccatttcgggctctgctgggtcgtttttcgttttccaattctggccagcgagttacaactttttctggtccttccattgattccagt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||  ||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  35178161 cttgctcctgcaaccatttcgggctctgttaggtcgtttgtcattttccaattcgggccaaggaggtacagctttttccggttcttccattgattccagt 35178062  T
Q  118 ggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagg 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  35178061 ggagtgcatagctataaatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaagaaaag 35177962  T
Q  218 gtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgt 317  Q
    || |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  35177961 gtatttttgcgttcaaggatgataaaaggctcgagaaaggagaatgcctttcgctgcaacttcgacaagcaattgcaaattcacggatatctatcgttgt 35177862  T
Q  318 cttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| | ||||   || ||  |||||||||||||||    
T  35177861 cttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctactattgttgaatgtcgtagcaatttcttacaaactgttttccctgttttt 35177762  T
Q  418 tatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 475  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  35177761 tatgatatcaatccatctcatgtacgaaaacagaacggtgtgtaccagaatgcctttg 35177704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 128 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 35106100 - 35105782
Alignment:
Q  128 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 227  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||    
T  35106100 gctatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacgcgcaacacttttgtcgatcatctttatgctcatctaaaaagaaagggtatttttgc 35106001  T
Q  228 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 327  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| ||  |||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  35106000 cttcaaggatgatcaaaggcttgagaaaggagaatccctttcgccgcaacttcttcaagcaattcaaaattctcgggtttctattgttgtcttctctgaa 35105901  T
Q  328 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 427  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||| |  ||||    ||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  35105900 agatatgccgagtcaacatggtgtttggaagagatggctactgttgctgaatgccgtaaaagattgaaacaaactgttttccctgttttttatgatgttg 35105801  T
Q  428 atccatctcatgtacgaaa 446  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  35105800 atccatctcatgttcgaaa 35105782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 128 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 35184049 - 35183702
Alignment:
Q  128 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 227  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| | || | ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||| |||||||    
T  35184049 gctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcagcacttttgttgatcatcttcatgctcatctaacaactaagggtattttcgc 35183950  T
Q  228 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 327  Q
     ||||||||||| ||||| || || |||||||||| ||||||  |||||| || ||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||  ||    
T  35183949 tttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaa 35183850  T
Q  328 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 427  Q
    |  ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| || |||| ||||     ||  || ||| |||  |  ||||||||| |||||||||||   |    
T  35183849 aattatgcggagtcaacattatgtttggaagagatggccactattgctgaatatcatacagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgccg 35183750  T
Q  428 atccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 475  Q
    |||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||    
T  35183749 atccatctcatgtacgaaaacagagcggggtgtaccagaatgcctttg 35183702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 128 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 35055187 - 35054869
Alignment:
Q  128 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 227  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| |||||   |||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||    
T  35055187 gctataaatacggggtgttcatcagttttagaggtcctgacactcgcaatagttttgttgatcatctttatgctcatctaacaagaaaaggtatttttgc 35055088  T
Q  228 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 327  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||||||   ||||| |||| | || ||||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||  ||    
T  35055087 cttcaaggatgacaaaagtcttgagaaaggagaatttatttcaccgcagcttctacaagcaattcgaaattcgcgaatttttattgttgtcttctctaaa 35054988  T
Q  328 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 427  Q
    | |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | |||| |||  | ||| |  ||||  ||| || |||||||||| ||||||||||| |||    
T  35054987 acatatgccgaatcaacttggtgtttggaagagatggctgcaattgctgattgttgtgagtatttcaaacaaacagttttccctattttttatgatgttg 35054888  T
Q  428 atccatctcatgtacgaaa 446  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  35054887 atccatctgatgtacgaaa 35054869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 6e-29; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 128 - 440
Target Start/End: Original strand, 25484270 - 25484582
Alignment:
Q  128 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 227  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||  | |||||||| ||||| || |||||||| | |||||| ||| ||||| |    
T  25484270 gctatagatacgatgtgttcatcagtttcagaggttctgacacccgtaattcctttgttgaccatctctacgctcatctcaatagaaaaggtattttcac 25484369  T
Q  228 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 327  Q
    |||||||||||| ||   |||| |||||||||||  | ||||| | |||| || ||||||||||  | | ||||| |||||||| ||||| |||||  ||    
T  25484370 cttcaaggatgacaagcagctacagaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcaacagtcacgcatttctatcgttgttttctc-caa 25484468  T
Q  328 aga-tatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatatt 426  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| | |||   |||    | |   ||||| ||| | | ||||||||||||||||||||| ||    
T  25484469 agattatgcttcttcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattagcgaatctagaataaatttgaaacaagttgttttccctgttttttatgatgtt 25484568  T
Q  427 gatccatctcatgt 440  Q
    ||||||||||||||    
T  25484569 gatccatctcatgt 25484582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 128 - 366
Target Start/End: Original strand, 25636511 - 25636749
Alignment:
Q  128 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 227  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||   |    
T  25636511 gctataaatatgatgtatttatcagtttcagaggtcctgacacccgcaacacctttgttgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtatttcgac 25636610  T
Q  228 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 327  Q
    |||||||||||| |||  |||  ||||||| |||| | |||||   |||| |   || ||||||| | |||| ||| |||||||  ||||||||||  ||    
T  25636611 cttcaaggatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctc-caa 25636709  T
Q  328 aga-tatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggct 366  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  25636710 agattatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggct 25636749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 130 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25479049 - 25478816
Alignment:
Q  130 tataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgcct 229  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||| | |    
T  25479049 tatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtattgacacccgtaaaacctttgctgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtattttcacgt 25478950  T
Q  230 tcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaag 329  Q
    ||| ||||||  |   ||| |||||||| |||| | |||||   |||| || ||| ||||||  | | || ||  ||||||| |||||||||||||||      
T  25478949 tcatggatgaccagcagctcgagaaaggggaatccatttcactccaacttcgacaggcaattcaacaatcgcgtctttctatagttgtcttctcagaaga 25478850  T
Q  330 atatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatg 363  Q
     |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  25478849 ttatgctggctcaacttggtgtttggatgaaatg 25478816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 135 - 366
Target Start/End: Original strand, 25442326 - 25442557
Alignment:
Q  135 atacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaag 234  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||   ||||||||| ||  | |||||||| ||||| || | |||||| |||||||| ||| |||||| |||||||    
T  25442326 atacgatgtgttcatcagttttagaggtcctgacacccgcaattcctttgttgaccatctctacgatcatctcactagaaaaggtattttcgtcttcaag 25442425  T
Q  235 gatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaaga-tat 333  Q
    ||||| |||  |||  ||||||| |||| | |||||   |||| |   || ||||||| | |||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||    
T  25442426 gatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctc-caaagattat 25442524  T
Q  334 gctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggct 366  Q
    |||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  25442525 gcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggct 25442557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 25436566 - 25436222
Alignment:
Q  131 ataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgcctt 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||| ||  ||||||||||||||||  |  ||||||||  |||||| ||| ||||  ||||    
T  25436566 ataaatacgatgtgttcatcagttttagaggttctgagacccgcaattcttttgttgatcatctccactctcatctagttagaaaaggtatttttacctt 25436467  T
Q  231 caaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaaga 330  Q
    ||||||||| ||   |||  | |||||||||  | ||||| | |||| || ||||||||||  |   |||||| ||| |||  |||| |||||| | |||    
T  25436466 caaggatgacaagcagctccaaaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcgacggtcacgggtttgtatcattgttttctca-agaga 25436368  T
Q  331 t-atgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgat 429  Q
    | |||||   ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||    | ||  | ||| ||| | | || |||||||||||||||||| | |||    
T  25436367 ttatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattgatgaatctagaaaaaaattgaaacaagttgtattccctgttttttatgatgtcgat 25436268  T
Q  430 ccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 475  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||    
T  25436267 ccatctcatgttcgaaaacaaaatggagtgtatgagaatgcatttg 25436222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 500434 - 500322
Alignment:
Q  128 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 227  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||| |    
T  500434 gctatagatatgatgtgtttatcagtttcagaggttccgacacacgcaacacttttgttgatcatctctatgctcatctcattagaaaaggtattttcac 500335  T
Q  228 cttcaaggatgat 240  Q
    ||| |||||||||    
T  500334 ctttaaggatgat 500322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University