View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16551_high_21 (Length: 406)

Name: NF16551_high_21
Description: NF16551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16551_high_21
NF16551_high_21
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (23-390)||(14024650-14025017)
chr6 (33-390)||(13931742-13932099)
chr6 (33-390)||(13875629-13875986)
chr6 (33-390)||(14046783-14047140)
chr6 (33-390)||(13893333-13893690)
chr6 (33-390)||(13473317-13473674)
chr6 (33-390)||(13863159-13863516)
chr6 (33-390)||(14014529-14014886)
chr6 (33-390)||(14022098-14022454)
chr6 (33-390)||(14109855-14110212)
chr6 (33-390)||(14084049-14084406)
chr6 (33-249)||(13911241-13911457)
chr6 (288-390)||(13911456-13911557)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (178-276)||(37164850-37164948)
chr5 (178-235)||(38749107-38749164)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 23 - 390
Target Start/End: Original strand, 14024650 - 14025017
Alignment:
Q  23 cacagaggtaaagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaa 122  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14024650 cacaaaggtcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctag 14024749  T
Q  123 caccgcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaatt 222  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14024750 cacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatattaactttccaatt 14024849  T
Q  223 cttgaaggaattttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgat 322  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14024850 cttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattggatcaaatcagcaatttcaggtggaatctcgtctgaaaagtgat 14024949  T
Q  323 tgcttgagagatctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    |||| || | |||||||  ||| || |||  |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  14024950 tgctggataaatctatgcttttcaggagagacaattcattgttgttgaacacttgttctacacctttc 14025017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Original strand, 13931742 - 13932099
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||     
T  13931742 aagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatctctccagataattgattatgtgacagatctaacacactaagc 13931841  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    |  |||||| | || |||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||  ||||||||  |||| ||||    
T  13931842 cagtctatttgagagagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgagacaaatcaagagagtcaagtgaagttagatttccaatatttgatggaa 13931941  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13931942 ttttccctgtgaagttgtttcttgataaattcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattacttgagag 13932041  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13932042 atctatgacttttaaaagaaccaatccattgttgttgaagacatgttctacacctttc 13932099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 13875986 - 13875629
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||     
T  13875986 aagattatcttcgtaatttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatctctccagataattggttatgtgacaaatctaacacaccaagc 13875887  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    || |||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  13875886 cggtctatttgagaaagactagaaggaattgaaccaatcaacttatttctagacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaattcttgaaggaa 13875787  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  13875786 ttttccctgtgaagttatttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaattagctatttcaggtggaatctcttgtgaaaagtgattgctcgagag 13875687  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    |||||    ||||||||||| ||||  |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  13875686 atctacactttttagaagaaacaattgattgttgttgaacacttgttctacacctttc 13875629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Original strand, 14046783 - 14047140
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||   |||     
T  14046783 aagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatcttgccagataattgattatgtgacagatctaacacactaagc 14046882  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    || |||||| | || |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||  ||||||||  |||| ||||    
T  14046883 cggtctatttgagatagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagggagtcaagtgaggttagatttccaatatttgatggaa 14046982  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  14046983 ttttccctgcgaagttgtttcttgataaattcaatgagaccaattgaatcaaatctgcaatttcaggtggaatttcttctgaaaaatgattgcttgaaag 14047082  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14047083 atctacgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaacacatgttctacacctttc 14047140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 13893690 - 13893333
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||      
T  13893690 aagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagacaattgattatgtgacagatctaacacaccaatc 13893591  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||  |||||||||    
T  13893590 cgatctattttggaaagactagaaggaattgaaccaagcaacttattttgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaattttccgatatttgaaggaa 13893491  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| || | |||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  13893490 ttttccctgtcaagttgtttcttgataaatttagtgagactaattgaaccaaagttgctatttcaggtggaatctcgtgtgaaaagtgattgcttgagag 13893391  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  13893390 atctatactttttagaagaagcaatccattgttgttgaaaaattgttctacacctttc 13893333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 13473674 - 13473317
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  13473674 aagattatcttcgtaacttgacggattgaaactttgtagttgtgtgctcaatggaatctctccagataattgattatgtgacaaatctaacacaccaagc 13473575  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  13473574 cgatctatttgggaaagactagaaggaattgaacctagcaacttatttcgtgccaagtcaagaaagtcaagtgatcttagttttccaatatttgaaggaa 13473475  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  13473474 ttttccctgtaaaattgtttcttgataagttcaaagagaccaattgaatcaaatctgctatttcaagtggaatctcctctgaaaagtgattgcttgatag 13473375  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    |||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||| |  | |||||||||||||    
T  13473374 atctatgctttttaaaagaaacaatccattgttgttgaacagttcttctacacctttc 13473317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 13863516 - 13863159
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||     
T  13863516 aagattatcttcgtaaaatgaggcattgaaaccttgtagttgtgtactctttggaatttcaccagataattgattatgtgacacatctaacccaccaagc 13863417  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||  |||||||||    
T  13863416 cgatctatttgggaaagactagaaggaattgaaccaaacaacttgttttgtgacaaatcaagaaattcaagtgatgttaaccttccgatatttgaaggaa 13863317  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  13863316 ttttccctgtcaagttgtttcttgataaatttagtgagaccaattgaatcaaatttgctatttcaggtggaatctcttccgaaaagtgattgcttgatag 13863217  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    |||||||  |||||||||||| |||| ||||||| |||| |  |||||||||||||||    
T  13863216 atctatgctttttagaagaacaaatcgattgttgatgaacagttgttctacacctttc 13863159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Original strand, 14014529 - 14014886
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  14014529 aagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctcccgataattgattatgtgacaaatctaacacaccaagc 14014628  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    || | |||| | ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
T  14014629 cggtgtatttgtgaaagactagatggaattgaacaaagcaaattatttcttgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaaggaa 14014728  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||    
T  14014729 ttttccccgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatttgctatttctggtggaatctcttctgagaagtgattgctggatag 14014828  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    |||||||  ||| ||||||  ||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  14014829 atctatgcttttcagaagagacaagccattgttgttgaactcttgttctacacctttc 14014886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Original strand, 14022098 - 14022454
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||   ||||    
T  14022098 aagattatcttcgtaacatgagggatcgaaactttgtagctgtgtacacgttggaatctctccatataattgattatgtgacacatctaacacactaagt 14022197  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    ||||| ||| | ||||||||||| |||||| ||||| |||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
T  14022198 cgatcaatttgagaaagactagaaggaatt-aaccacgcaacttgttttgtgataaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaatatttgaaggaa 14022296  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  14022297 tttttcctgtgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaattcgctatttcaggtggaatctctcctgaaaagtgattgcttgagag 14022396  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
    |||||||  ||||||||| | |||| ||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  14022397 atctatgctttttagaagcaacaattcattgttgttgaatacttggtctacacctttc 14022454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Original strand, 14109855 - 14110212
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||     
T  14109855 aagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacacacttagc 14109954  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    || |||||  | || ||||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||  |||||||||    
T  14109955 cggtctatgtgagagagactgggaggaattgaaccaaacaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagatttccaatatttgaaggaa 14110054  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||    
T  14110055 ttttccctgtcaagttgtttcttgataagttcaacgagaccaattgaatcaaatctgcaatttcaggtggaatctcttctgagaagtgattgctggatag 14110154  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
     ||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||| ||  | |||||||||||||||    
T  14110155 gtctatgctttttagaagatacaagccattgttgttaaactcttgttctacacctttc 14110212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 33 - 390
Target Start/End: Original strand, 14084049 - 14084406
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   |||     
T  14084049 aagattatctttgtaacgtgaggcatcaaaactttgaagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgcgacaaatctaacacactaagc 14084148  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    || |||||| | || ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||  |||||||||    
T  14084149 cggtctatttgagagagactatgaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgaaaaatcaagaaagtcaagtgatgctagatttccaatatttgaaggaa 14084248  T
Q  233 ttttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaattgaatcaaatctgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagag 332  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  14084249 ttttccctgtgaagttgtttcttgataaattcaaagagaccaattgaatcaaatttgctatttcatgtggaatctctcctgaaaagtgattgcttgagag 14084348  T
Q  333 atctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacctttc 390  Q
     ||||||  |||||||||||  ||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||    
T  14084349 gtctatgctttttagaagaaataatccattgtttttgaacatttgttctacacctttc 14084406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 33 - 249
Target Start/End: Original strand, 13911241 - 13911457
Alignment:
Q  33 aagattatcttcataacatgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatctaacaccgcaagt 132  Q
    |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||     
T  13911241 aagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtacttgttggaatctctccagataattgattatgtgacaaatctaacacactaaga 13911340  T
Q  133 cgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaatttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaa 232  Q
    || |||||  | || |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||||||||    
T  13911341 cggtctatgtgagagagactaggaggaattgaaccaagcaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccgaaatttgaaggaa 13911440  T
Q  233 ttttccctatgaagttg 249  Q
    |||||||| | ||||||    
T  13911441 ttttccctgtaaagttg 13911457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 288 - 390
Target Start/End: Original strand, 13911456 - 13911557
Alignment:
Q  288 tgctatttcaggtggaatctcttctgaaaaatgattgcttgagagatctatgacttttagaagaaccaatccattgttgttgaaaacatgttctacacct 387  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| ||||||||||| |  ||||||||||||    
T  13911456 tgctatttcaggtggaatctcttgtgaaaagtgattgcttgagagatctatactttttagaagaagcaatcc-ttgttgttgaacaattgttctacacct 13911554  T
Q  388 ttc 390  Q
    |||    
T  13911555 ttc 13911557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 37164948 - 37164850
Alignment:
Q  178 tttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaattttccctatgaagttgtttcttgataagttcaatgagaccaat 276  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||| |||| | || ||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  37164948 tttcttgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaactttccaatcattgaagtaatttcccctgtcaaattgttgcttgataaattcaatgacaccaat 37164850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 38749164 - 38749107
Alignment:
Q  178 tttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatcttaactttccaattcttgaaggaattt 235  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||  |||||| |||||    
T  38749164 tttcgtgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaaccttccaatctttgaagtaattt 38749107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University