View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16551_low_1 (Length: 919)

Name: NF16551_low_1
Description: NF16551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16551_low_1
NF16551_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-914)||(2550447-2551337)
chr4 (386-823)||(9265628-9266073)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (404-823)||(22918084-22918506)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (568-914)||(7710398-7710743)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 731; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 2551337 - 2550447
Alignment:
Q  14 gatggttcatctaatgatttgtctttatatatattgaatgaatttgtgctgattggtattgagtgttttctgcaagtgaatgttatggcttattattgtt 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2551337 gatggttcatctaatgctttgtctttatatatattgaatgaatttgtgctgattggtatttagtgttttctgcaagtgaatgttatggcttattattgtt 2551238  T
Q  114 gggtagctatatgtgaatttattaccagctagcatgaatcttaattatattaacaaggtattggaaattaagtctcgagagaattggaacattttcctat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2551237 gggtagctatatgtgaatttattaccagctagcatgaatcttaattatattaacaaggtattggaaattaagtctcgagagaattggaacattttcctat 2551138  T
Q  214 ttattattttacannnnnnngagtttagttgtaattgatactaaaaacaaatacccttttggtgcttttaactattgtgagtctatatgcgggaacttgt 313  Q
    |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||             ||||||||    
T  2551137 ttattattttacatttttttgagtttagttgtaattgatactaaaaacaaatatacttttggtgcttttaactattgtg-------------gaacttgt 2551051  T
Q  314 tttcttctttgagttgaaaaaagatatagtaacataaaaattcatttgtacatgcaggaataattgatccatatagtgcatgcagctgtgtcgtcatctt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2551050 tttcttctttgagttgaaaaaagatatagtaacataaaaattcatttgtacatgcaggaataattgatccatatagtgcatgcagctgtgtcgtcatctt 2550951  T
Q  414 atctgtccattccatcacaaaagagtgtgaatgtcttactgtgcttgtttgatattctgtagatgtttcagagtggtggtgaggaaatggannnnnnnn- 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||             
T  2550950 atctgtccattccatcacaaaagagtgtgaatgtcttactgtgcttgtttgatattctgtagatgtttcggagtggtggtgaggaaatggattttttttt 2550851  T
Q  513 caacaaggtatccattttaaagttatttcaggtatgataccaatgtcttaatctttataatggcgaaacttgtactcagtttgaattatcatcaacgtca 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2550850 caacaaggtatccattttaaagttatttcaggtatgataccaatgtcttaatctttataatggcgaaacttgtactcagtttgaattatcttcaacgtca 2550751  T
Q  613 attgacactgttgctat---gttatgtttgtatgtctgcaaaatgttatgttatgccaaagattatttggatttaaaagtgttatgtttacctttcatgg 709  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2550750 attgacactgttgctatattgttatgtttgtgtgtctgcaaaatgttatgttatgccaa-gattatttggatt-aaaagtgttatgtttacctttcatgg 2550653  T
Q  710 tgtcatcaacttgtttgatttttattgcgtggacttttcattttaaacttctttaggaattgtataggataccttgtatgtaaagtattgaaatgtt-ga 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2550652 tgtcatcaacttgtttgatttttattgcgtagacttttcattttaaacttcattaggaattgtataggataccttgtatgtaaagtattgaaatgttgga 2550553  T
Q  809 aggtttaatctatatgtgtttgtgagtttgttctccttcttgcttgtttacattggttctatttgatatctaattatggattcataattgtatccttacc 908  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2550552 aggtttaatctatatgtgttcgtgagtttgttctccttcttgcttgtttacattggttctatttgatatctaattatggattcataattgtatccttacc 2550453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 386 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 9266073 - 9265628
Alignment:
Q  386 atagtgcatgcagctgtgtcgtcatcttatctgtccattccatcacaaaagagtgtgaatgtcttactgtgcttgtt---tgatattctgtagatgtttc 482  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||||||     
T  9266073 atagtgcgtgcagctgcgtcgtcatcttatctgaccattttgtcacaaaagagtgtgaatgtcttattgtgcttgttgtttgatattatgtagatgtttt 9265974  T
Q  483 agagtggtggtgaggaaatggannnnnnnn---caacaaggtatccattttaaagttatttcaggtat--gataccaatgtcttaatctttataatggcg 577  Q
     |||  |||||||||||||  |           ||| | ||||||||| | ||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| |    
T  9265973 tgaggtgtggtgaggaaataaatttttttatttcaatagggtatccatctgaaagttattccaggtatatgatacaaatgtcttaatcttcataatggtg 9265874  T
Q  578 aaacttgtactcagtttgaattatcatcaacgtcaattgacactgttgctatgttatgtttgtatgtctgcaaaatgttatgttatgccaaagattattt 677  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  9265873 aaacttttactcaatttgaattatcatcaatgtcaattgacactgttgctatgttatgtttgtgtgtctgcaaaatgctatgttatgtcaa-gattattt 9265775  T
Q  678 ggatttaaaagtgttatgtttacctttcatggtgtcatcaacttgtttgatttttattgcgtggacttttcattttaaactt-ctttaggaattgtatag 776  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  9265774 ggatttaaaagtgttatgtttacccttcatggtgtcatca-cttgtttgttttttattgtgtgggcttttcattttaaactttctttaggaattctatag 9265676  T
Q  777 gata--ccttgtatgtaaagtattgaaatgttgaaggtttaatctatat 823  Q
    ||||  || |||||  || |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  9265675 gatataccatgtatacaa-gtattgaaatgttgaaagtttaaactatat 9265628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 404 - 823
Target Start/End: Original strand, 22918084 - 22918506
Alignment:
Q  404 tcgtcatcttatctgtccattccatcacaaaagagtgtgaatgtcttactgtgcttgttt---gatattctgtagatgtttcagagtggtggtgaggaaa 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  22918084 tcgtcatcttatctgcccattccgtcacaaaagagtgtgaatatcttattgtgcttgttttttgatattttgtagatgtttcggaggggtggtgaggaaa 22918183  T
Q  501 tggannnnnnnncaacaaggtatccattttaaagttatttcaggtatgataccaatgtcttaatctttataatggcgaaacttgtactcagtttgaatta 600  Q
    | ||        ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22918184 tagattttttt-caacaaggtatccatctgaaagttattccaggtatgatatcaatgtcttaatctttataatggtgaaacttgtactcagtttgaatta 22918282  T
Q  601 tcatcaacgtcaattgacactgttgcta---tgttatgtttgtatgtctgcaaaatgttatgttatgccaaagattatttggatttaaaagtgttatgtt 697  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  22918283 tcatcaatgtcaattgacattgttgctatgttgttatgtttgtgtctctgcaaaatgctatgttatgcc-aagattatttggatttaaaagtgttatgtc 22918381  T
Q  698 tacctttcatggtgtcatcaacttgtttgatttttattgcgtggacttttcattttaaacttctttaggaattgtataggataccttgtatgtaaagtat 797  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||    
T  22918382 tacccttcatgttatcatcaacttgtttgttttttattgcctaggattttcattttaaacttctttaggaattctataggataccatgtatg-caagtat 22918480  T
Q  798 tgaaatgttgaaggtttaatctatat 823  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  22918481 tgaaatgttgaaggtttaagctatat 22918506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 568 - 914
Target Start/End: Original strand, 7710398 - 7710743
Alignment:
Q  568 tataatggcgaaacttgtactcagtttgaattatcatcaacgtcaattgacactgttgctatg---ttatgtttgtatgtctgcaaaatgttatgttatg 664  Q
    |||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7710398 tataatggtgtaaattgtacccagtttgaattatcatcaatgtcaattgacactgtttctatgctgttatgtttgtgtgtctgcaaaatgttatgttatg 7710497  T
Q  665 ccaaagattatttggatttaaaagtgttatgtttacctttcatggtgtcatcaacttgtttgatttttattgcgtggacttttcattttaaacttcttta 764  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  7710498 ccaa-gattatttggagttaaaagtgttatgattacctttcatggtgtcatcaacttgtcagatttttattgcgtggccttttcattttaaactttttta 7710596  T
Q  765 ggaattgtataggataccttgtatgtaaagtattgaaatgttgaaggtttaatctatatgtgtttgtgagtttgttctccttcttgcttgtttacattgg 864  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||  | |||| |||| |||     
T  7710597 ggaattgtataggataccttgtatg-caagtattgaaatgttgaaggtttaatctata--tgttcgtgagtttgttctcctttgtccttgattacgttga 7710693  T
Q  865 ttctatttgatatctaattatggattcataattgtatccttacctatgct 914  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7710694 ttctatctgatatctaattatggattcataattgtatacttacctatgct 7710743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University