View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16551_low_2 (Length: 810)

Name: NF16551_low_2
Description: NF16551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16551_low_2
NF16551_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-804)||(7072736-7073535)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 804
Target Start/End: Original strand, 7072736 - 7073535
Alignment:
Q  17 aaaacatcagcaaaaataattaagtgtacactatttaagaatgattattaaatccctccnnnnnnnnntaa---tcgttaatcttgattaatttcttgct 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||           ||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  7072736 aaaacattagcaaaaataattaagtgtacactatttaagaatgatcgttaaatccctcaaaaaaaaaaaaaagatcgttaatcttgattaatttcttgct 7072835  T
Q  114 caatcaataaatctaattacattctacaaacatcctattattctcatttaattttctatgagcatcctagttaatacttggaaatgtgcttacaattgag 213  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7072836 caatcataaaatctaatcacattctacaaacatcctattattctcatttaattttctatgagcatcctagttaatacttggaaatgtgcttacaattgag 7072935  T
Q  214 ttcacatgtactacataacaatttttgggactttcaactagtaa-ctagtaaagtgaaatttcactgctattgaaggtatggacccaaaagtaagttgtg 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7072936 ttcacatgtactacataacaatttttgggactttcaactagtaaactagtaaagtgaaatttcactgctattgaaggtatggacccaaaagtaagttgtg 7073035  T
Q  313 gatggtgccaccaccctgccacatttaacccatttgtctagagaatcactgcatcaatggtacaatggaccactcaatcctaaacaataaagttgctaca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7073036 gatggtgccaccaccctgccacatttaacccatttgtctagagaatcactgcatcaatggtacaatggaccactcaatcctaaacaataaagttgctaca 7073135  T
Q  413 atttaatgtcattattagttgtcactgttgacagcaatagacattgactcaaccaaattggaattttggaagacacaaaatacacactatacattacaaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7073136 atttaatgtcattattagttgtcactgttgacagcaatagacattgactcaaccaaattggaattttggaagacacaaaatacacactatacattacaaa 7073235  T
Q  513 caagaatatgccatttgactaaaataggaaagttttgataaaccaacaaccaacatatcaatatacttccaacttaataggaatattcaatgctaaccct 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7073236 caagaatatgccatttgactaaaataggaaagttttgataaaccaacaaccaacatatcaatatacttccaacttaataggaatattcaatgctaaccct 7073335  T
Q  613 aaaaatttgccatatccacaaatttatttaagttaaaag--------aaaaaactattttggtcttttctaccacaattaatgccttgttgtgtctctac 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7073336 aaaaatttgccatatccacaaatttatttaagttaaaagaaaaaaaaaaaaaactattttggtcttttctaccacaattaatgccttgttgtgtctctac 7073435  T
Q  705 aaattaagttacaattagctagtgtttcatatctaagtaataataacatgaataactcacctagctaaaataaaaccaactttaatttccttcatctcac 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7073436 aaattaagttacaattagctagtgtttcatatctaagtaataataacatgaataactcacctagctaaaataaaaccaactttaatttccttcttctcac 7073535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University