View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16551_low_5 (Length: 725)

Name: NF16551_low_5
Description: NF16551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16551_low_5
NF16551_low_5
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (18-714)||(3584895-3585592)
chr6 (18-714)||(3575626-3576323)
chr6 (18-710)||(3572346-3573039)
chr6 (18-714)||(3563647-3564344)
chr6 (18-714)||(3569295-3569992)
chr6 (18-302)||(3577894-3578179)
chr6 (18-710)||(13275583-13276270)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-561)||(38356815-38357359)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-111)||(42603062-42603156)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 714
Target Start/End: Original strand, 3584895 - 3585592
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctatc-taccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3584895 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctaacctaccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 3584994  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3584995 atgggtcaaagcttccacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 3585094  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgagattctgccttaaac 316  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  3585095 gacagcccaaatagcaaggatgctttgtgcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttgagatcctgccttaaac 3585194  T
Q  317 catatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 416  Q
    || | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  3585195 cacacagcctcaccgaatttcacaccattgcgagccaagagttctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactatgaatgacctcga 3585294  T
Q  417 gttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtgaggtaagatggagcttc 516  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  3585295 gttcacggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccagcagtatcccaaccataatcaccaggaaattctcccgtgaggtaagatggagcttc 3585394  T
Q  517 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgttttcctcatgatgattctt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3585395 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactggcttccagaaggagcagtcttcttggtggttgttttcctcatggtgattctt 3585494  T
Q  617 cccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagcagccattgtagtatt 714  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3585495 cccatcacaaggtctggagtcgaaggggaaagcttgattgcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagcagccattgtagtatt 3585592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 3576323 - 3575626
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctatc-taccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  3576323 tgaacgaagaatccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttaactctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggccca 3576224  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3576223 atgggtcaaagcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttg 3576124  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgagattctgccttaaac 316  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  3576123 gacagcccatatagcaaggatactttgtgcgtggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtcctccctcactaaagatttgagatcctgccttgaac 3576024  T
Q  317 catatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 416  Q
    || | |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3576023 cacacagcctcgccgaatttcacaccattgcgagacaagagctcggggaagacacatcccaaagctcctaacatagcccatctactgtggatgacctcga 3575924  T
Q  417 gttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtgaggtaagatggagcttc 516  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| |||||| ||||| |||| ||| |  ||||| ||||||||||||||    
T  3575923 gttcacggttcttggcaaatgtctctgggtcagcagaaagcccagcagtgtcccaaccatagtcaccaggaaattcaccagtgagataagatggagcttc 3575824  T
Q  517 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgttttcctcatgatgattctt 616  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  3575823 accagagaatggacccaagtatttgacacgatctggaccgtaccacgggcttccagaagggacgttcttcttgttggttgttttcctcatggtgattctt 3575724  T
Q  617 cccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagcagccattgtagtatt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||    
T  3575723 cccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgattgccttcccaaccattgttgaagaagagagagccattgttgatgtagccattctagtatt 3575626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 3573039 - 3572346
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctatc-taccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||| | | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  3573039 tgaacaaagaatccaaacatggaaaacatagctaaccttccatttttgagttctttcacctttaactctgcaaaagcctctgggtcatcagctaggccta 3572940  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    |||||||||| || | |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3572939 atgggtcaaaactaccacctgggtagagtgggtcgacaacctcaccgagaggtccacctgcaatacgataaccctcaacagcacccattaagataacttg 3572840  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgagattctgccttaaac 316  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  3572839 gacagcccatatagcaaggatgctttgtgcatggactagacttggatttcccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttgagatcctgccttgaac 3572740  T
Q  317 catatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 416  Q
    || |  |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  3572739 cacacggcctcaccgaatttaacaccattgcgagccaagagctcagggaagacacatcccaaggctcccaacatagcccacctactgtgaatgacctcta 3572640  T
Q  417 gttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtgaggtaagatggagcttc 516  Q
    ||||| ||||||| |  || ||||| || || |||||||| ||| || ||||||  ||||| |||||||||| ||| |  || |||||||||||||||||    
T  3572639 gttcacggtttttagagaaggtctccggatcagcagaaagtccagcagtgtcccatccatagtcaccgggaaattcaccagtaaggtaagatggagcttc 3572540  T
Q  517 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgttttcctcatgatgattctt 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3572539 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccatgggcttccagaaggaacattcttcttggtggttgttttcctcatggtaattctt 3572440  T
Q  617 cccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagcagccattgtag 710  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  3572439 cccatgacaaggtctggagtagagggggaaagcttgattgccttcccaaccaatgatgaagaagagagagacattgttgaagcagccatggtag 3572346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 3564344 - 3563647
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctatc-taccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| |||| | ||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  3564344 tgaacgaaaaatccaaacatagagaacatagctaacctaccattttttagttctttcaccttcaactctgcaaaagcctcgggatcttcggcaaggccca 3564245  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    | ||||||||||| | |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3564244 aggggtcaaagctgccacctgggtagagtgggtcaaccacctcaccgagaggtccaccagcaatacggtaaccctcaacagcacccattaagataacttg 3564145  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgagattctgccttaaac 316  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| |||    
T  3564144 gacagcccatatagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaac 3564045  T
Q  317 catatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 416  Q
    |||| |||||| |||||||| |||| |||| |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3564044 catacagcctcgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 3563945  T
Q  417 gttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtgaggtaagatggagcttc 516  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||||| ||| || ||||| |||| ||| |  |||||||| ||||| |||||    
T  3563944 gttcacggtttttggcaaatgtctctgggtcagcagaaagtccagcagtgtcccaaccgtagtcaccaggaaattcaccggtgaggtaggatggggcttc 3563845  T
Q  517 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgttttcctcatgatgattctt 616  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |   | |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||    
T  3563844 accggagaatgggcccaagtacttgacacggtctggaccgtaccaaggacttccagaaggaacagacttcttggtggttgctttcctcattgtgactctt 3563745  T
Q  617 cccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagcagccattgtagtatt 714  Q
    |||| | ||| |||| | ||||| ||||||||||||||| |||| || || | ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  3563744 cccaccccaatgtcttgggtggatggggaaagcttgattgccttccctacaaatgatgaagaagagagagacattgttgaagccgccattttagtatt 3563647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 3569992 - 3569295
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctatc-taccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  3569992 tgaacgaagaatccaaacatagagaacatagctaacctaccattttttagttctttcaccttcaactctgcaaaagcctcgggatcttcggcaaggccca 3569893  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    | ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||    
T  3569892 aggggtcaaagctgccacctgggtagagtggatcgactacctcgcctagaggtccaccagcaatacggtaaccctccacggcgcccattaagataacttg 3569793  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgagattctgccttaaac 316  Q
    |||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||    
T  3569792 gactgcccatatagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttgggatcctgccttgaac 3569693  T
Q  317 catatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 416  Q
    || |  |||||||||||||  |||| |||| |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3569692 cacacggcctcaccgaattgtacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 3569593  T
Q  417 gttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtgaggtaagatggagcttc 516  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||||| ||| || ||||| || | ||| |  |||||||| ||||| |||||    
T  3569592 gttcacggttcttggcaaatgtctctgggtcagcagaaagtccagcagtgtcccaaccgtagtcaccagggaattcacctgtgaggtaggatggggcttc 3569493  T
Q  517 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgttttcctcatgatgattctt 616  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||| | |  || ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  3569492 accggagaatgggcccaagtacttcacacggtctggaccgtaccatgggcttccagacggaacggacttcttggtggttgttttcctcattgtgactctt 3569393  T
Q  617 cccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagcagccattgtagtatt 714  Q
    |||| | ||| |||| ||||||| |||||||| |||||| |||| || || | ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  3569392 cccaccccaatgtcttgagtggatggggaaagtttgattgccttcccgacaaatgatgaagaagagagggacattgttgaagcagccattgtggtatt 3569295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 3578179 - 3577894
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctatc-taccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  3578179 tgaacgaaaaatccaaacatcgagaacatagctaacctgccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctctgggtcgtctgcgaggccca 3578080  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  3578079 atgggtcaaagcttccaccggggtagagtggatcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagatagctag 3577980  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgag 302  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||    
T  3577979 gacaacccaaatagcaaggatgctttgtgcgtggactaggcttgggttacccaagtagtcaagccctccatcactaaagatttgag 3577894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 13276270 - 13275583
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgctatc-taccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||| |  ||||| || || |||||| ||||||| || ||||| || || || ||||    
T  13276270 tgaacgaagaatccaaacatagaaaacatggctaacctaccattcttaatctctttcactttcaactctacaaaagcttctgggtcatcggcgagaccca 13276171  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  13276170 atgggtcgaagctaccacctgggtagagtgggtcaatcacctcaccaagaggtccaccagcaatacggtaaccctcaacagcacccatcaagataacttg 13276071  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgagattctgccttaaac 316  Q
    |    |||| || ||||||||||||||| |||| || || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| ||    ||||| |||    
T  13276070 gcaggcccatatggcaaggatgctttgtgcatgtacaagacttgggttgcccaaatagtctagcccaccctcactaaagatttgggacctggccttgaac 13275971  T
Q  317 catatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 416  Q
    ||   | | || || ||| | || | |||  | ||||| | ||  ||||| ||||| |||| |||  | ||||| |||||||||  |||||| ||||| |    
T  13275970 caccga-cttcgccaaatgtgacgccattacgcgccaacaactaagggaacacacaacctagggc-tcgaacatggcccatctagagtggataacctcaa 13275873  T
Q  417 gttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtgaggtaagatggagcttc 516  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| || | | || |||||||||||| || | ||| |  || | ||||||||| || ||    
T  13275872 gttcacggttttttgcaaatgtctctggatcagcagaaagtccagcagtattccaaccataatcaccagggaattcaccagtcaagtaagatggggcctc 13275773  T
Q  517 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgttttcctcatgatgattctt 616  Q
    |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    ||||| ||||||      ||||| |||||||||||  ||||| |||  |||    
T  13275772 accaaagaatgggcccaggtacttgacacggtctggaccataccatggacttcctgaagaa---actttctttgtggttgtttt-ttcatggtgaccctt 13275677  T
Q  617 cccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagcagccattgtag 710  Q
    || ||  |||||||| | || || |||  ||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  13275676 ccaataccaaggtcttgggtagaggggttaagtttgattgcctttccaaccaatgatgaagaagagagagacattgttgaggcagccattgtag 13275583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 38357359 - 38356815
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgcta-tctaccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggccca 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  38357359 tgaacaaagaatccgaacatagagaacatggctaatctaccgttcttgagttccttaaccttcaactctgcgaaagcctctgggtcgtcagctaggccca 38357260  T
Q  117 atgggtcaaagcttctacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttg 216  Q
    ||||||||||||| |  ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  38357259 atgggtcaaagctgcctcctgggtatagtgggtcaacaacctcaccaagaggaccaccagcaatacggtaaccttcaacagcgcccatcaagataacttg 38357160  T
Q  217 gacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttgagattctgccttaaac 316  Q
    |  | |||| || ||||| ||||| ||  ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| | ||||| |||    
T  38357159 ggtagcccagatggcaagaatgctctgagcatggaccaaacttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcgctaaagatctgggatccggccttgaac 38357060  T
Q  317 catatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcga 416  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  38357059 catacagcctcaccgaatttaacaccattgcgagacaaaagctctgggaaaacacatcccaaggctcccaacatagcccacctactatggatgacttcaa 38356960  T
Q  417 gttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtgaggtaagatggagcttc 516  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||  || || ||||| || |  ||||  || | |||||| || |  ||    
T  38356959 gttcacggttcttggcgaatgtctctgggtcagcagaaagtccagcagtgtcccatccgtagtcacctgggaactctccagtcaagtaagacgggggctc 38356860  T
Q  517 accagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtacca 561  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  38356859 accagagaatgggcctaagtacttaacacggtctgggccgtacca 38356815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 42603156 - 42603062
Alignment:
Q  18 tgaacaaagaatccaaacatagagaacatcgcta-tctaccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaag 111  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| || | ||  || ||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  42603156 tgaacaaagaaaccaaacatggagaacatagccaatcggccgttcttgagttccttgaccttcaactctgcgaatgcatcggggtcatcagcaag 42603062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University