View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16555_high_3 (Length: 580)

Name: NF16555_high_3
Description: NF16555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16555_high_3
NF16555_high_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-566)||(24906402-24906949)
chr1 (10-566)||(24890477-24891024)
chr1 (10-566)||(24898943-24899490)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (349-566)||(5284950-5285163)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 566
Target Start/End: Original strand, 24906402 - 24906949
Alignment:
Q  10 attattctcactccaaaccacactcttcgtagactcatccaagcatggtgcaccatgaattcttcttatggaattgataggattccaacaccaaaacctc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24906402 attattctcactccaaaccacactcttcgtagactcatccaagcatggtgcaccatgaattcttcttatggaattgaaaggattccaacaccaaaacctc 24906501  T
Q  110 caacaacaaaaacccttgtagaaaaactcctcaaagaagcttctgattcttcagattcacctcatttgcttattcaaaccctaaaaaagctcaaaacaat 209  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24906502 caacaacaaaaatccttatagaaaaactcctcaaagaagcttctgatt---------cacctcatttgcttattcaaaccctaaaaaagctcaaaacaat 24906592  T
Q  210 agcatccgagagcgaaacaaatagacggtgtatcgaatcggccggcgctgttgagttcttagcatcaatagtaacaaaaaacaacacaagttgctcatct 309  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  24906593 tgcctctgagagcgaaacaaatagacggtgtatcgaatcggctggcgctgtcgagtttttagcatcaatagtaacacaaaacaacacaagttgttcatct 24906692  T
Q  310 tcatgtttagcaacagaattaattgaagctagttttgatgatgatgatgttgaaggttttgcttttgacttcaaaataggtgcagaagatgaagctatca 409  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24906693 tcatgttcagcaacagaattaattgaagctagctttgatgatgatgatgttgaaggttttgcttttgacttcaaaataggtgcagaagatgaagctataa 24906792  T
Q  410 acatcctttacaatcttcaattatcagaacaaggtttgaaaactctcttaaacttcaaaaatggagaatttttagactctctaatgagattattacaaaa 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24906793 acatcctttacaatcttcaattatcagaacaaggtttgaaaactctcttaaacttcaaaaatggagaatttttagactctttaatgagattattacaaaa 24906892  T
Q  510 aggtaactacgattcaagaacatacgcagtttttctgttgaaatctatgtcaaaagt 566  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||    
T  24906893 gggtaactacgattcaagaacatacgcagtttgtttgctgaaatctatatcaaaagt 24906949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 24891024 - 24890477
Alignment:
Q  10 attattctcactccaaaccacactcttcgtagactcatccaagcatggtgcaccatgaattcttcttatggaattgataggattccaacaccaaaacctc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24891024 attattctcactccaaaccacactcttcgtagactcatccaagcatggtgcaccatgaattcttcttatggaattgaaaggattccaacaccaaaacctc 24890925  T
Q  110 caacaacaaaaacccttgtagaaaaactcctcaaagaagcttctgattcttcagattcacctcatttgcttattcaaaccctaaaaaagctcaaaacaat 209  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24890924 caacaacaaaaaaccttatagaaaaactcctcaaagaagcttctgattc---------acctcatttgcttattcaaaccctaaaaaagctcaaaacaat 24890834  T
Q  210 agcatccgagagcgaaacaaatagacggtgtatcgaatcggccggcgctgttgagttcttagcatcaatagtaacaaaaaacaacacaagttgctcatct 309  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  24890833 tgcatccgagagcgaaacaaatagacggtgtatcgaatcggcaggcgctgtcgagtttttagcatcaatagtaacacaaaacaacacaagttgttcatct 24890734  T
Q  310 tcatgtttagcaacagaattaattgaagctagttttgatgatgatgatgttgaaggttttgcttttgacttcaaaataggtgcagaagatgaagctatca 409  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24890733 tcatgttcagcaacagaattaattgaagctagctttgatgatgatgatgttgaaggttttgcttttgacttcaaaataggtgcagaagatgaagctataa 24890634  T
Q  410 acatcctttacaatcttcaattatcagaacaaggtttgaaaactctcttaaacttcaaaaatggagaatttttagactctctaatgagattattacaaaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||    
T  24890633 acatcctttacaatcttcaattatcagaacaaggtttgaaaactctcttaaacttcaaaaatggagaatttatagactctttaataaaattattacaaaa 24890534  T
Q  510 aggtaactacgattcaagaacatacgcagtttttctgttgaaatctatgtcaaaagt 566  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||    
T  24890533 gggtaactacgaatcaagaacatacgcagtttatatgatgaaatctatatcaaaagt 24890477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 566
Target Start/End: Original strand, 24898943 - 24899490
Alignment:
Q  10 attattctcactccaaaccacactcttcgtagactcatccaagcatggtgcaccatgaattcttcttatggaattgataggattccaacaccaaaacctc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  24898943 attattctcactccaaaccacactcttcgtagactcatccaagcatggtgcaccatgaattcttcttttggaattgaaaggattccaactccaaaacctc 24899042  T
Q  110 caacaacaaaaacccttgtagaaaaactcctcaaagaagcttctgattcttcagattcacctcatttgcttattcaaaccctaaaaaagctcaaaacaat 209  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24899043 caacaacaaaaatccttatagaaaaactcctcaaagaagcttctgatt---------cacctcatttgcttattcaaaccctaaaaaagctcaaaacaat 24899133  T
Q  210 agcatccgagagcgaaacaaatagacggtgtatcgaatcggccggcgctgttgagttcttagcatcaatagtaacaaaaaacaacacaagttgctcatct 309  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  24899134 tgcttctgagagcgaaacaaatagacggtgtatcgaatcggctggcgctgtcgagtttttagcatcaatagtaacacaaaacaacacaagttgttcatct 24899233  T
Q  310 tcatgtttagcaacagaattaattgaagctagttttgatgatgatgatgttgaaggttttgcttttgacttcaaaataggtgcagaagatgaagctatca 409  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24899234 tcatgttcagcaacagaattaattgaagctagctttgatgatgatgatgttgaaggttttgcttttgacttcaaaataggtgcagaagatgaagctataa 24899333  T
Q  410 acatcctttacaatcttcaattatcagaacaaggtttgaaaactctcttaaacttcaaaaatggagaatttttagactctctaatgagattattacaaaa 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| || || ||    
T  24899334 acatcctttacaatcttcaattatcagaacaaggtttgaaaactctcttaaacttcaaaaatggagaatttttagactctttaattttattttttcataa 24899433  T
Q  510 aggtaactacgattcaagaacatacgcagtttttctgttgaaatctatgtcaaaagt 566  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  24899434 gggtaactacgattcaagaacatacgcagtttttttgttgaaatctatttcaaaagt 24899490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 349 - 566
Target Start/End: Original strand, 5284950 - 5285163
Alignment:
Q  349 gatgatgatgttgaaggttttgcttttgacttcaaaataggtgcagaagatgaagctatcaacatcctttacaatcttcaattatcagaacaaggtttga 448  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||      
T  5284950 gatgatgacgttgaag-ttttgcttttgagttcaaaataggtgcagaggatgaagctatagacatcctttacaatcttcaattatcagaaaaatgttt-- 5285046  T
Q  449 aaactctcttaaacttcaaaaatggagaatttttagactctctaatgagattattacaaaaaggtaactacgattcaagaacatacgcagtttttctgtt 548  Q
     ||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||  ||   ||||||||| |||||||||||| | ||| |||| ||||    
T  5285047 taacactctttaacttaaaaaatagagaatttttagactcttcaatgagatttttctaagcgggtaactacaattcaagaacatgcacag-ttttatgtt 5285145  T
Q  549 gaaatctatgtcaaaagt 566  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  5285146 gaaatctatatcaaaagt 5285163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University