View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16555_low_1 (Length: 1047)

Name: NF16555_low_1
Description: NF16555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16555_low_1
NF16555_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-1039)||(47624269-47625290)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 963; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 963; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1039
Target Start/End: Original strand, 47624269 - 47625290
Alignment:
Q  18 tttgtaaatcccatttacttgatccacacaattggtcttactagatgaatgctgtttctggagagaagtatccttagatggtgtctttttctctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47624269 tttgtaaatcccatttacttgatccacacaattggtcttactagatgaatgctgtttctggagagaagtatccttagacggtgtctttttctctgaaacc 47624368  T
Q  118 aatattggatgagaaataagggcatcgataagaccttcccaggcaacctgcacgtaagacacttgaacagtcacataagcagaaatcaacgaacaatatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624369 aatattggatgagaaataagggcatcgataagaccttcccaggcaacctgcacttaagacacttgaacagtcacataagcagaaatcaacgaacaatatg 47624468  T
Q  218 ccaacagctagtgagtgctcgattgtttcacatttttctttgcttacnnnnnnnnntaacaagtgagtgcactattcatcggtcttcaaatgttaatcaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||         |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624469 ccaacagctagtgagtgctcgattgtttcacacttttctttgcttacaaaaaaaaataacaagtgagtgctctattcatcggtcttcaaatgttaatcaa 47624568  T
Q  318 gctttgttaagccgctttatgtttgtcacataaaatctgactagaattgcatctacacataactcaccactacgaatcattcatgggataatgcagtaac 417  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624569 gctttgttaagctgctttatgtttgtcacataaaatctgactagaattgcatctacacataactcaccactacgaatcattcatgggataatgcagtaac 47624668  T
Q  418 tgatatatggtacctgtgtggcaatctgaacttgagggtcaggatctgtaaatgtacgctcaggtattttcaacatatcattaactaaatgcttgttttt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624669 tgatatatggtacctgtgtggcaatctgaacttgagggtcaggatctgtaaatgtacgctcaggtattttcaacatatcattaactaaatgcttgttttt 47624768  T
Q  518 caaagcatgggacccgagcattcgaataaaccatccccatgcttgaacagcctgaatcttcgtaccactatctagcaaatccttcatcccattgagtaat 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47624769 caaagcatgggacccgagcattcgaataaaccatccccatgcttgaacagcctgaatcttcgtaccactatctagcaaatccttcatcccattgagcaat 47624868  T
Q  618 tttatcttcatatctttgacaagaacctgttgaaaaaggagaccagagagcacatgtataaaccattgcatgaaactttatagtacagttatgaaatgtc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624869 tttatcttcatatctttgacaagaacctgttgaaaaaggagaccagagagcacatgtataaaccattgcatgaaactttatagtacagttatgaaatgtc 47624968  T
Q  718 atggtcatgacatagtttgttttgttttccacattgcaataccccaaaaaacgatatttagatcattgtctaccacagcaaaacttgcaggcagcagagt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624969 atggtcatgacatagtttgttttgttttccacattgcaataccccaaaaaacgatatttagatcattgtctaccacagcaaaacttgcaggcagcagagt 47625068  T
Q  818 taacttgaataatttgcacagacatataaacactaaacaacaataatctagcagcttaaacagctatagtaaaatcatgtcatgccactgagagtacaga 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47625069 taacttgaataatttgcacagacatataaacactaaacaacaataatctagcagcttaaacagctatagtaaaatcatgtcatgccactgacagtacaga 47625168  T
Q  918 gtcatctcttaatattgaaggtaattggtaccttggagagctccagtgaaggaggaataactatagagctgatcttcaacaggcacctctctgaagaatc 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625169 gtcatctcttaatattgaaggtaattgttaccttggagagctccagtgaaggaggaataactatagagctgatcttcaacaggcacctctctgaagaatc 47625268  T
Q  1018 tttctccctcttgtctgtgctg 1039  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  47625269 tttctccctcttgtctgtgctg 47625290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University