View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16557_low_1 (Length: 659)

Name: NF16557_low_1
Description: NF16557
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16557_low_1
NF16557_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-641)||(12877991-12878622)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 512; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 512; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 641
Target Start/End: Original strand, 12877991 - 12878622
Alignment:
Q  10 aaaatctttgcaatttaatgtgtgtttttgttttgggactgaggagtactttggtatgatctggatttgtatttggtttggggttgaaaacctgccacat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12877991 aaaatctttgcaatttaatgtgt--ttttgttttgggtctgaggagtactttggtatgatctggatttgtatttggtttggggttgaaaacctgccacat 12878088  T
Q  110 ttggcttatgtacttttggttaatggaataataataatatggtaactagtttgcttcttatattatatagttcatcttggtctctattgctacttttgag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  12878089 ttggcttatgtacttttggttaatggaataataataatatggtaactagtttgcttcatatattatatagttcatcttggtctctattactactgttgag 12878188  T
Q  210 acgaatgttaagtgaaatggagattctgttgagtttttgtaacagtaaaaggttagtgcaacnnnnnnnnn-ctctaaatataccagtagtgtggttaga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12878189 acgaatgttaagtgaaatggagattctgttgagtttttgtaacagtaaaaggttagtgcaacttttttttttctctaaatataccagtagtgtggttaga 12878288  T
Q  309 agtcagttagttggtacatcagacttatggaagttgctaatctggggaagtacttcggtattcccttgatagaaagagcactgaaaa-aagtagagtgtc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  12878289 agtcagttagttggtacatcagacttatggaagttgctaatctagggaagtattttggtattcccttggtagatagggcactgaaaaaaagtagagtgtc 12878388  T
Q  408 agtatctcatagaccaagttaatgctacattgtcctcgtggaaggctaagcggttatcctttgcaggtcgagttgcccttgctcgagcagctattgatgt 507  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12878389 agtctctcatagaccaagttaatgctacattgtcctcgtggaaggctaagcagttatcctttgcaggtcgagttgcccttgctcgagcagctattgatgt 12878488  T
Q  508 cgtaccttacctcttcaaggtatgatgaagagtattgttccaaaaaagtgtattacgtgcaacatgattttatttggggtgatcactcactatcaaagtc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12878489 cgtaccttacctcttcaaggtatgatgaagagtattgttccaaaaaagtgtattacgtgcaacatgcttttatttggggtgatcactaactataaaagtc 12878588  T
Q  608 gtcgttttcatgtagtttatcgggaattagttgc 641  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12878589 gtcgttttcatgtagtttattgggaattaattgc 12878622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University